국유지를 매입하는 데 어려움으로 인해 도록 조성공사 지연은 정당한 사유

조심2022지1409(20221208) 취득세경정

이 건 토지를 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부

결정요지

청구법인은 쟁점1·2토지에 이 건 건축물과 이 건 도로를 신축(조성)하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 한국자산관리공사로부터 국유지를 매입하는데 어려움으로 인해 도로 조성 공사가 지연되었고 그에 따른 개발행위 준공 지연 등으로 사실상 시간이 부족하여 유예기간 내에 이 건 토지를 해당 용도에 직접 사용하지 못한 것으로 보이므로 여기에는 청구법인으로서 어쩔 수 없는 정당한 사유가 있다고 판단됨. 다만, 쟁점3토지(3,404㎡)는 쟁점1·2토지와 달리 그 유예기간(2021.7.16.)이 경과할 때까지 나대지 상태로 있었고, 그 규모나 형상을 볼 때, 충분히 건축물을 신축할 수 있다고 보이는바, 쟁점3토지 인근에 있는 국유지를 취득하지 못하여 유예기간 내 쟁점3토지를 해당 용도에 직접 사용하지 못한 것이라는 청구법인의 주장만으로 여기에「지방세특례제한법」제58조의3 제7항 제1호에서 규정하고 있는 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다고 판단됨.

참조조문

지방세특례제한법 제58조의3 제7항

주문

OOO시장이 2022.6.10. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 OOO외 26필지 OOO㎡ 중 OOO㎡를 그 과세대상에서 제외하는 것으로 하여 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

이유

1. 처분개요

 

가. 청구법인은 2018.7.16. OOO외 26필지 토지 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 OOO원에 취득한 후, 이 건 토지를「지방세특례제한법」(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정된 것, 이하 같다) 제58조의3 제1항 제1호에서 규정하고 있는 창업중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 부동산으로 하여 취득세의 100분의 75를 경감받았다.

 

나. 처분청은 청구법인이 이 건 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 3년(이하 “유예기간”이라 한다) 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 않았다고 보아 2022.6.10. 청구법인에게 이 건 토지의 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

 

다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.8.29. 심판청구를 제기하였다.

 

 

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

 

가. 청구법인 주장

 

  (1) 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 1년 정도 경과한 2019.10.15. 이 건 토지(OOO㎡) 중 OOO외 4필지 토지 OOO㎡(이하 “쟁점1토지”라 한다)에 건축물(3개동, OOO㎡, 폐기물재활용시설 등, 이하 “이 건 건축물”이라 한다)의 신축공사를 착공하여 유예기간 내인 2021년 2월 경 사실상의 신축공사를 완료한 후 2021.2.22. 이 건 건축물로 OOO에 소재하던 청구법인의 사업장을 이전하고, 2021.5.26. 이 건 건축물로 본점을 이전(이전등기일 2021.6.4.)하였으며, 2021.6.8. 이 건 건축물을 사업장 소재지로 하여 사업자등록을 한 사실이 청구법인이 제출한 이사화물 견적서(2021.1.25.), 전기요금명세서, 전화요금 명세서OOO청구법인의 법인등기부 등에서 입증되는바, 청구법인은 이 건 토지를 그 유예기간 (2021.7.16.) 내에 해당 용도에 직접 사용한 것으로 보는 것이 타당하다.

 

  (2) 처분청은 2018.6.25. 쟁점1토지에 대한 개발행위를 허가하면서 이 건 토지를 분할하여 이 건 토지를 관통하는 도로(이하 “이 건 도로”라 한다)를 조성하도록 하였고, 청구법인은 이 건 건축물의 신축공사 착공과 함께 이 건 도로를 조성하고자 하였으나, 이 건 도로의 조성부지에는 청구법인 소유의 토지(OOO외 토지 OOO㎡, 이하 “쟁점2토지”라 한다) 외에도 국유지가 포함되어 있어 이를 취득하여야 하는데, 국유지를 공매하는 OOO의 사정으로 해당 토지를 취득할 수 없어 이 건 건축물의 신축공사를 착공한 후 상당한 시일이 경과해서야 국유지를 임차하는 방법으로 도로 조성공사를 하여 2021.12.29. 이 건 도로의 조성공사를 완료할 수 있었다.

 

   결국, 청구법인은 2021.2.22.부터 이 건 건축물을 사실상 사용할 수 있었으나, 이 건 도로의 개통이 위와 같은 사정으로 예정보다 늦어짐에 따라 이 건 도로를 조성한 후 이 건 건축물에 대한 사용승인 신청을 하여 2022.6.22. 사용승인을 받은 것인바, 이 건 토지의 유예기간(2021.7.16.)을 경과한 후 이 건 건축물의 사용승인(2022.6.22.)을 받은 것이라 하더라도 청구법인은 이 건 토지의 유예기간 내에 이 건 건축물을 해당 용도로 사용할 준비를 마쳤고, 계속하여 이 건 도로를 조성하고 있었으므로 처분청이 정당한 사유 없이 유예기간이 경과하도록 이 건 토지를 해당 용도에 직접 사용하지 않았다고 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다.

 

  (3) 설령 이 건 건축물의 사용승인을 받기 전까지 청구법인이 이 건 건축물을 직접 사용한 것으로 보기 어렵다 하더라도 청구법인은 그 사용승인을 받기 전까지 이 건 건축물 신축행위(이 건 도로 조성공사 포함)를 계속하였고, 건축물을 신축하는 행위는 해당 용도에 직접 사용할 수 없는 정당한 사유에 해당(대법원 2009.3.12. 선고 2006두11781 판결)하는 것인바, 쟁점1·2토지(OOO㎡)를 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에는 청구법인으로서는 어쩔 수 없는 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하다.

 

  (4) 이 건 토지 OOO㎡ 중 쟁점1·2토지(OOO㎡)를 제외한 OOO㎡(이하 “쟁점3토지”라 한다)에도 공장 신축을 준비 중에 있으나 공장부지의 한 가운데 있는 국유지로 인해 공장 신축을 할 수 없는 상태이므로 쟁점3토지에도 유예기간 내 해당 용도로 직접 사용할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하다.

 

나. 처분청 의견

 

   (1) 건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세 감면규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 해당 사업에 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다 할 것(대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319 판결)인데, 청구법인은 이 건 토지의 취득일(2018.7.16.)부터 유예기간이 경과할 때까지 쟁점1토지에 신축한 이 건 건축물의 사용승인을 받지 못하였고, 쟁점2토지와 쟁점3토지는 진입도로이거나 사실상 나대지인바, 청구법인은 정당한 사유 없이 유예기간이 경과할 때까지 이 건 토지를 해당 용도에 직접 사용하지 못한 것에 해당된다.

 

  (2) 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 유예기간 이내인 2021.2.22. 이 건 건축물로 이사한 후, 이 건 건축물을 사업장 소재지로 하여 직접 사용하였다고 주장하나 처분청 담당공무원이 2022.3.21. 이 건 건축물의 사용 현황을 조사할 당시 청구법인이 이 건 건축물을 사업용으로 사용하지 않고 있는 사실이 현장사진 등에서 확인되고 있고, 청구법인이 제출한 전기·전화 사용명세서 등만으로 청구법인이 이 건 건축물을 해당 용도로 직접 사용한 것이 입증된다고 보기 어렵다.

 

  (3) 청구법인이 이 건 도로를 조성하는데 있어 제 때 국유지 등을 취득할 수 없어 2022.6.22. 이 건 건축물의 사용승인을 받았다 하더라도 청구법인으로서는 이 건 도로의 개통이 있은 후에야 이 건 건축물의 사용승인을 받을 수 있다는 사실을 알고 있었다고 보이고, 토지를 취득하기 전부터 존재하던 장애 사유로 인해 고유 업무에 직접 사용하지 못한 경우 그 이유는 정당한 사유가 될 수 없는바, 청구법인은 이 건 토지의 유예기간이 경과할 때까지 쟁점1토지에 소재하는 이 건 건축물을 해당 용도에 직접 사용하지 않았고, 나머지 토지(쟁점2·3토지)는 사실상의 나대지로서 해당 용도에 사용한 사실이 없으므로 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 정당하다.

 

  

3. 심리 및 판단

 

가. 쟁점

 

   이 건 토지를 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부

 

나. 관련 법령 : <별지> 기재

 

다. 사실관계 및 판단

 

  (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

 

   (가) 청구법인은 2017.5.24. OOO을 본점소재지로 하고, 폐기물 자원화 사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 후 2018.3.22. OOO로부터 벤처기업 확인(유효기간 2018.3.22.부터 2020.3.21.까지)을 받았다.

 

   (나) 처분청은 2018.6.25. 청구법인에게 쟁점1토지 일대(OOO㎡)에 자원순환시설(폐기물 처리시설) 부지 조성을 허가하면서 이 건 도로를 조성하도록 하는 개발행위허가(이하 “이 건 개발행위”라 한다)를 하였고, 2018.7.12. 이 건 토지 중 도로 조성예정지인 쟁점2토지(OOO㎡)를 종전 지번OOO에서 분할하여 새로운 지번OOO을 부여하였다.

 

   (다) 청구법인은 2018.7.16. 이 건 토지를 OOO원에 취득한 후 이를 창업중소기업이 해당 용도로 사용하기 위해 취득한 부동산으로 하여 취득세의 100분의 75를 감면받아 취득세 등 OOO원을 신고 납부하였다.

 

   (라) 청구법인은 이 건 토지의 취득일부터 1년 정도 경과한 2019.10.15. 쟁점1토지에 이 건 건축물 OOO㎡(3개동)의 신축공사를 착공하였으며, 그 결과 이 건 토지의 사용 현황은 <표1>과 같고, 이 건 건축물의 현황은 <표2>와 같다.

 

   <표1> 이 건 토지(쟁점1·2·3토지)의 사용 현황

                                                           (단위 : ㎡, 원)

  

   <표2> 이 건 건축물 신축 현황

                                                               (단위 : ㎡)

  

   (마) 청구법인이 제출한 이사화물 견적서OOO등을 보면, 청구법인은 이 건 건축물의 사용승인을 받기 전인 2021.2.22. 청구법인의 사업장을 OOO등에서 이 건 건축물(B동, OOO㎡)로 이전하였고, 그 후부터 전력과 전화(유선)를 사용하였으며, 그 납부내역은 아래 <표3>과 같다.

  

   <표3> 2021년 2월 이후 이 건 건축물의 전력 및 전화요금 내역

                                                              (단위 : 원)

  

   (바) 청구법인은 이 건 건축물의 사용승인을 받지 못하였으나, 사실상 사용하고 있다고 하여 2021.6.4. 이 건 건축물을 소재지로 하여 본점 등기를 하였으며, 2021.6.8. OOO세무서장에게 사업자등록을 하고 사업자등록증을 교부받았다.

 

   (사) 청구법인은 이 건 개발행위 허가(2018.6.25.)에 따라 이 건 건축물의 신축공사와 같은 때에 이 건 도로의 조성공사를 시작하고자 하였으나, 해당 부지에 있는 국유지의 매각(공매) 담당자인 OOO가 해당 국유지 매각에 적극성을 보이지 않아 이를 취득하지 못하고 상당 기간 동안 매각을 기다리다가 해당 국유지를 임차하는 방법으로 사용동의를 받아 도로 조성 공사를 착공하여 2021년 12월 경 이 건 도로의 조성을 마쳤다고 한다.

 

   (아) 처분청은 2021.12.29. 쟁점2토지(OOO㎡)의 지목을 잡종지에서 도로로 변경하였고, 청구법인은 쟁점2토지의 지목변경에 따른 취득세 등을 신고한 후 2022.1.19. 처분청에게 이 건 개발행위(이 건 건축물 신축 및 이 건 도로 조성)에 대한 준공신청서를 제출하였다.

 

   (자) 처분청이 담당공무원이 2022.3.21. 이 건 토지 및 건축물의 사용 현황을 확인하고 작성한 출장보고서를 보면, OOO외 3필지 토지(쟁점3토지)은 나대지이고, 청구법인의 직원(AAA 선임)에게 문의한 결과 청구법인은 이 건 건축물의 사용승인을 받기 위한 개발행위 준공신청서를 이 건 토지의 유예기간(2021.7.16.)이 경과한 2022.1.19. 제출하여 현재까지 이 건 건축물의 사용승인을 받지 못한 상태로서 이 건 건축물 중 B동(사무동)은 공사 감독을 위한 직원이 올 때 잠시 사용하나 사업용으로 사용하지 않고 있다고 답변하였다고 기재되어 있다.

 

   (차) 처분청은 2022.6.22. 이 건 건축물에 대한 사용승인을 하였고, 청구법인은 이 건 건축물의 취득(신축)가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

 

   (카) 2022.10.31. 개최한 조세심판관회의에 출석한 청구법인이 임원 BBB는 이 건 심리일 현재 이 건 건축물의 A동(공장)에 폐전선 재처리를 위한 기계장치 설치를 마치고 그 가동을 준비하고 있고, 이 건 토지 중 쟁점3토지는 그 중간에 국유지가 있어 현실적으로 건축물 등을 신축할 수 없어 나대지 상태로 관리하고 있으며, 아직까지 정상적인 사업을 하지 못하고 있어 폐기물 자원화 사업을 통한 매출액은 발생하지 않았다고 진술하였다.

 

  (2)「지방세특례제한법」(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정된 것)제58조의3 제1항 제1호에서 2020.12.31.까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(창업중소기업)이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 경감한다고 규정하면서 같은 조 제7항 제1호에서 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

 

  (3) 취득세 등을 감면받은 토지에 해당 용도로 사용할 건축물을 건축하는 것은 원칙적으로 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과하므로 토지를 취득하여 고유업무에 직접 사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 그 토지를 고유업무에 직접 사용한 것이라고 볼 수 없고, 다만 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 할 것이다(대법원 2009.3.12. 선고 2006두11781 판결, 같은 뜻임).

 

   또한,「지방세특례제한법」제58조의3 제7항 제1호에서 규정하고 있는 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 아울러 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 1993.2.26. 선고 92누8750 판결, 같은 뜻임).

 

  (3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 이 건 토지에 폐전선 재처리(해당 용도)를 위한 공장용 건축물을 신축하고 있다고 하여 이 건 토지를 해당 용도에 직접 사용하는 것으로 볼 수는 없으나 건축을 하는 동안은 해당 용도에 직접 사용할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는 점, 청구법인이 2018.6.25. 처분청으로부터 받은 이 건 개발행위 허가는 이 건 토지의 부지 조성, 이 건 건축물의 신축뿐만 아니라 이 건 도로의 조성도 포함하고 있는바, 이 건 도로의 조성을 완료하고 처분청으로부터 개발행위 준공 통보를 받을 때까지 그 개발행위(이 건 건축물 신축 포함)를 계속한 것으로 볼 수 있는 점, 청구법인은 2019.10.15. 이 건 건축물의 신축공사를 착공하여 이 건 토지의 유예기간 내인 2021년 2월 경 그 공사를 완료하였으나 국유지 매입 등의 문제로 이 건 도로를 적기에 조성하지 못함에 따라 이 건 토지의 유예기간(2021.7.16.)이 경과한 2022.6.22.에서야 이 건 개발행위 준공 통보를 받은 것으로 보이는 점, 청구법인은 2022.6.22. 이 건 건축물의 사용승인을 받은 후 이 건 건축물의 A동(공장동)에 제품 생산을 위한 기계장치를 설치하고 있고, B동(사무동)의 경우에는 그 이전부터 사실상 사용한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점1·2토지에 이 건 건축물과 이 건 도로를 신축(조성)하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 OOO로부터 국유지를 매입하는데 어려움으로 인해 도로 조성 공사가 지연되었고 그에 따른 개발행위 준공 지연 등으로 사실상 시간이 부족하여 유예기간 내에 이 건 토지를 해당 용도에 직접 사용하지 못한 것으로 보이므로 여기에는 청구법인으로서 어쩔 수 없는 정당한 사유가 있다고 판단된다.

 

  (4) 다만, 쟁점3토지(OOO㎡)는 쟁점1·2토지와 달리 그 유예기간(2021.7.16.)이 경과할 때까지 나대지 상태로 있었고, 그 규모나 형상을 볼 때, 충분히 건축물을 신축할 수 있다고 보이는바, 쟁점3토지 인근에 있는 국유지를 취득하지 못하여 유예기간 내 쟁점3토지를 해당 용도에 직접 사용하지 못한 것이라는 청구법인의 주장만으로 여기에「지방세특례제한법」제58조의3 제7항 제1호에서 규정하고 있는 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다고 판단된다.

 

 

4. 결론

 

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제6항과「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

<별지> 관련 법령

 

  (1) 지방세특례제한법(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정된 것)

 

제58조의3[창업중소기업 등에 대한 감면] ①「중소기업창업 지원법」 제2조 제1호에 따른 창업을 한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 사업을 하기 위하여 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 “창업일”이라 한다)부터 4년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 경감한다. 이 경우 제2호의 경우에는「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조 에 따라 벤처기업으로 확인받은 날(이하 이 조에서 “확인일”이라 한다)부터 4년간 경감한다.

  1. 2020년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따라 경감된 취득세를 추징한다. 다만,「조세특례제한법」제31조제1항에 따른 통합(이하 이 조에서 “중소기업간 통합”이라 한다)을 하는 경우와 같은 법 제32조 제1항에 따른 법인전환(이하 이 조에서 “법인전환”이라 한다)을 하는 경우는 제외한다.

   1. 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우

 

  (2) 지방세특례제한법 시행령(2017.12.29. 법률 제28525호로 개정된 것)

 

제29조의2 [창업중소기업 등의 범위] ① 법 제58조의3 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 “대통령령으로 정하는 날”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날을 말한다.

  1. 법인이 창업하는 경우 : 설립등기일

  2. 개인이 창업하는 경우 :「부가가치세법」제8조 에 따른 사업자등록일