연구개발부서(기업부설연구소)

연구개발부서(기업부설연구소)

 

1. 본점사무소용 신증축 부동산의 중과기준세율(구 취득세분) 중과

 

과학기술부장관의 인정을 받아 대도시 내에서 설립된 기업부설연구소가 본점과는 별도로 해당 연구소 직원만의 급여지급, 회계결산, 인사업무 등을 독자적으로 수행하기 위한 사무실과 회의실 등은 법인의 본점과는 관련이 없는 해당 기업부설연구소의 시설에 해당된다 할 것입니다(지방세정팀－1303, 2005.6.23.). 따라서 단순히 연구개발 업무를 위한 사무실로만 사용하는 것으로 이를 대도시 내 부동산을 취득하여 본점으로 사용한다고 볼 수는 없다 할 것이다.

 

한편, ｢지방세법 기본통칙｣ 13－5에 따르면 본점 이외의 장소에서 경리, 인사, 연구, 연수, 재산관리업무 등 대외적인 거래와 직접적인 관련이 없는 내부적 업무만을 처리하고 있는 경우는 지점이 아닌 본점에 해당된다라고 규정하고 있으나, 이 규정에서 연구업무를 규정하고 있는데, 이는 별도의 조직이 아닌 본점 내의 일부 부서의 역할을 하는 경우를 말한다.

 

예를 들어 건물의 3층과 4층에 소재하고 있는 파워사업장(항공기 엔진 및 군함엔진 등의 연구개발)과 특수사업장(자주포, 장갑차, 탄약운반차 등의 연구개발)은 방위산업과 관련된 장비 등의 연구개발을 전담하는 사업장으로, 일반적인 상거래에서의 영업활동이 아니라 동 연구소가 개발하여야 할 Item을 발굴하는 선행개발부서로서의 역할을 수행하는 곳으로, 방위산업은 방위사업청이라는 고정된 판매처를 확보하고 있으므로 일반적인 상거래의 경우처럼 마케팅활동이 필요하지 아니하며, 중장기현대화계획에 따라 미래형 무기개발을 계획하고 이에 따라 회사가 수주개발하는 방위산업만의 고유한 업무특성을 가지고 있으므로, 마케팅 부문은 연구개발사업을 수행함에 있어 선행개발 역할을 수행하는 연구지원 부서로서의 역할을 수행하고 있어 본점기능을 수행하는 것으로 보기에는 무리가 있다 할 것이다(조심 2012지408, 2013.5.24.).

 

상기의 내용과 최근 조세심판원 심판례에 따르면 신축에 대한 취득세 본점 중과 시 본점 사무실과 별개의 장소에 있는 기업부설연구소는 본점에 해당하지 않는다고 보아야 할 것으로[본점사무실과 같은 장소에 있더라도 본점사무실과 독자적으로 급여지급, 회계결산, 인사업무 등을 한 경우 본점으로 보는 것은 문제가 될 여지가 있으나 대법윈판례(대법원 2022두66088, 2023.3.16.)에 따르면 사업장 내에 함께 존재하는 경우 본점에 해당되는 것으로 판시하고 있음], 중과세에 해당되지 아니할 것으로 보이며, 도시형업종과 관련된 기업부설연구소는 도시형업종에 해당되는 것으로 보아야 할 것이다.

 

2. 구 등록세분 중과

 

구 등록세분 취득세 중과대상이 되는 '지점'이란 인적설비와 물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소로, 영업활동 내지 대외적인 거래업무를 처리하기 위한 인원을 상주시키고 이에 필요한 물적 시설을 갖추었으며, 실제로 그러한 활동이 행하여지고 있는 장소를 말하나, 사업자등록 대상이 먼저 되어야 하는 것이다. 한편, 연구소는 일반적으로 영업활동 등 대외업무를 하지 아니하므로 사업자등록 대상이 되지 아니하는 것이나, 영업활동 등을 하는 경우라면 사업자등록 대상이 되어 지점에 해당되어 중과가 될 것이다.

(참고)- 연구개발업(Research and Development) 설명 여기에는 다음과 같은 세가지 유형의 활동이 분류된다. 1. 기초연구 - 새로운 지식을 얻기 위하여 체계적으로 수행되는 기초 탐구 2. 응용연구 - 실용적인 특정목적을 위하여 수행되는 기초 탐구 3. 실험개발 - 제품 및 공정을 새롭게 개발하거나 개량하기 위하여 연구결과 및 기타 과학지식을 응용하는 작업 <제외> ·자연과학 및 사회과학의 기초연구에 대한 정부지원행정(84) ·교육활동에 결합된 연구활동은 85의 적합한 항목에 각각 분류 법인세법 시행령 제2조 제2호에서 규정하고 있는 "상업적연구개발업"을 "특정인으로부터 수수료 또는 계약에 의하여 연구개발을 하고 대가를 받는 사업"으로 해석하고 있다. 그러나 법인세법 시행령 제2조 본문에서 비영리법인의 수익사업은 한국표준산업분류표에 의하도록 하고 있으므로 법인세 과세대상이 되는 수익사업에 해당되는지 여부는 한국표준산업분류표상의 사업분류에 따라 판단되어야 할 것인 바, 한국표준산업분류표에서는 자연과학 연구개발업에서는 상업적·비상업적의 구분을 두지 아니하고 인문 및 사회과학연구개발에서만 상업적·비상업적인 것의 구분을 두어 상업적인문 및 사회과학개발업과 비상업적 인문 및 사회과학연구개발업으로 나누고 있다.

 

 

3. 해석사례

 

사례) 기업부설연구소용 부동산을 본점 사업용 부동산으로 보아 취득세 등 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨(조심 2018지2274, 2019.06.19.).

 

이 건 부동산에 설치된 기업부설연구소는 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법령에 따라 연구인력 및 시설 등 요건을 갖추어 인정된 기업부설연구소로서, 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의 4 제1호 및 제14조의 3 제1항 제7호에서 기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발 활동과 관련된 업무 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않도록 규정하고 이를 위반하는 경우 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있도록 하고 있어 ㅇ 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이는 점, 독립된 연구소, 연구단지, 연구개발부서 등 다양한 형태의 기업부설연구소를 본점 사무소의 부대시설로 보기는 어려운 점, 청구법인의 기업부설연구소는 이전하기 전부터 본점과 다른 장소인 경기도 용인시에 별도로 소재하고 있다가 이 건 부동산으로 이전하였고 경기도 용인시에 소재할 당시부터 본점과 다른 사업자등록을 하고 있었으며 이 건 부동산으로 이전한 후에도 여전히 본점과 다른 사업자등록을 하고 있고 본점 사무실과 별개의 장소인 연구동에 위치하면서 본점 사무실과 구분되어 관리되고 있는바, 청구법인이 그간 본점에 해당하지 아니하였던 기업부설연구소를 이 건 부동산 중 연구동으로 이전하였다는 사유만으로 이 건 기업부설연구소가 본점 또는 그 부대시설이 된 것으로 보는 것은 타당하지 아니한 점 등에 비추어, 이 건 부동산 중 기업부설연구소용으로 사용되는 부분이 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산에 해당한다고 보기는 어렵다 할 것(조심 2018지175, 2018.6.1., 같은 뜻임)이므로, 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

 

---> 청구법인 주장

본점은 영리법인의 주된 사무소를 의미하며, 주된 사무소인지는 주된 기능을 실질적으로 수행하는지 여부에 따라 판단하여야 하고, 법인의 주된 기능을 수행하는 장소로서 취득세 중과대상 본점에 해당하기 위해서는 ① 대표이사 등 임직원이 상주할 것, ② 기획, 재무, 총무 등 법인의 전반적인 사업을 수행할 것, ③ 법인의 중추적인 의사결정 등 주된 기능을 수행하여야 하며, 법인등기나 명칭 등의 형식이 아닌 실질을 기준으로 판단하여야 할 것(＜조심 2014지379, 2015.1.2. ; 조심 2015지1059, 2017.3.16. ; 조심 2011지917, 2012.6.15. ; 지방세운영-167, 2016.1.15. ; 세정-2480, 2004.8.11.＞ 등 참조)인데, 기업부설연구소는 연구를 위한 시설로서 법인의 중추적인 의사결정과는 무관하며, 연구인력만이 근무하는 연구소로서 종전에는 본점과 연구소가 분리되어 있다가 이 건 건축물을 신축하면서 물리적으로 같은 건축물에 입주한 것에 불과한데도, 기업부설연구소용 부동산을 본점의 일부로 보아 취득세를 중과세한 부분은 잘못이라 할 것이다.

 

사례) 단순히 연구개발 사무실은 본점용 부동산 아님(조심 2011지917, 2012.6.15.)

 

본점이라 함은 대표이사 등 임직원이 상주하면서 기획, 재무, 경영전략 등 법인의 전반적인 사업을 수행하고 있는 경우를 말하고, 본점용 부동산이라 함은 법인의 중추적인 의사결정이 이루어지는 장소를 뜻한다할 것이다. 청구법인의 경우 법인등기부 상 본점 소재지가 ○○○로 등재되어 있고 이 사건 부동산에 별도의 사업자 등록을 하지 않고 있으며, 처분청의 주장처럼 실질적인 본점의 역할을 수행하려면 회사의 영업정책과 재무정책을 총괄하고 결정할 수 있는 회장실, 임원실, 회계부서, 총무부서 등의 사무실이 구비되어야 하고 그 해당 임직원이 상시 근무하여 그 역할을 하여야 함에도 이 사건 부동산에는 단순히 연구개발 업무를 위한 사무실로만 사용하는 것으로 이를 대도시 내 부동산을 취득하여 본점으로 사용한다고 볼 수는 없다 할 것임.

 

사례) 기업부설연구소용 부동산의 본점 중과세 해당 여부(대법원 2022두66088, 2023.3.16.)

 

이 사건 사업장은 공업지역 내 공장과 임대부동산 등을 제외하고는 나머지 전체가 유기적으로 결합되어 본점으로서 중추적인 의사결정을 수행하는 역할을 하는 것으로 보이는 점, 이 사건 기업부설연구소가 별도의 연구단지로 구획되어 있는 것이 아니라 이 사건 사업장 내에 함께 존재하는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 기업부설연구소는 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산 또는 그 부대시설용 부동산의 범주에 포함된다고 봄이 타당함. 가사 이 사건 기업부설연구소가 본점용 부동산이 아니라고 하더라도, ① 이 사건 부동산은 그 전부가 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산의 부대시설임이 명확하고 기업부설연구소가 없더라도 본점용 부동산을 위한 필수적 부대시설로서 기능하는 점, ② 이 사건 부동산은 당초부터 본점용 부동산의 부대시설로서 기능할 것을 주된 목적으로 취득된 것이고 기업부설연구소의 부대시설로서 동시에 이용된다는 사정만으로 이 사건 부동산의 취득 용도를 본점용 부동산용과 기업부설연구소용으로 면적을 구분하여 과세하는 것은 타당하지 않은 점 등에 비추어 보면, 이 사건 부동산을 본점용 부동산으로 보아 중과세율을 적용하는 데 별다른 방해가 되지 아니함.