장상록박사 지방세이야기
이월공제(연구비) 효과의 법인지방소득세 적용 여부 본문
대법원 2020두50393(2023.11.30) 지방소득세
이월공제(연구비) 효과의 법인지방소득세 적용 여부
판결요지
주문 / 처분청 승소
이유
1. 사안의 개요
원심판결 이유와 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
가. 원고는 2009~2013 사업연도에 구 조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제10조, 제11조, 제24조, 제26조, 제144조 제1항 및 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제26조, 제144조 제1항(이하 위 각 규정을 통틀어 ‘구 조특법 제144조 제1항 등’이라 한다)에 따른 법인세 세액공제 또는 이월공제 대상인 연구․인력개발비 등(이하 ‘이 사건 연구비 등’이라 한다)을 지출하였다. 그러나 원고는 최저한세 미달 등으로 인하여 이 사건 연구비 등을 위 각 사업연도의 법인세에서 세액공제 또는 이월공제받지 못하였다.
나. 지방세법이 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되면서(이하 ‘이 사건 개정’이라 하고, 이 개정 전 지방세법을 ‘구 지방세법’이라 한다), 내국법인의 소득에 관한 지방세 과세체계가 종래 ‘법인세액’을 과세표준으로 하고 ‘10%’의 세율을 적용하는 부가세 방식(지방소득세 법인세분)에서 ‘법인세의 과세표준’을 과세표준으로 하고 ‘법인세율의 10%’를 세율로 적용하는 독립세 방식(법인지방소득세)으로 변경되었다. 이 사건 개정으로 개정된 지방세법 부칙 제1조 본문은 ‘이 법은 2014. 1. 1.부터 시행한다’고 규정하고, 부칙 제2조 단서는 ‘법인지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다’고 규정하는 한편, 부칙 제15조는 ”이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.“라고 규정하였다(이하 ‘이 사건 경과규정’이라 한다).
다. 원고는 이 사건 연구비 등과 관련하여, 구 조특법 제144조 제1항 등에 따른 이월공제를 적용하여 2014, 2017 사업연도의 법인세를 신고․납부하였으나, 같은 기간의 법인지방소득세를 신고․납부할 때에는 독립세 방식으로 변경된 과세체계로 인하여 구 조특법 제144조 제1항 등에 따른 이월공제를 적용하지 않았다.
라. 그 후 원고는 이 사건 경과규정을 근거로, 이 사건 연구비 등과 관련한 2014, 2017 사업연도 법인세 이월공제의 효과가 같은 기간 법인지방소득세에도 미친다고 주장하면서, 2018. 10. 5. 당초 신고․납부한 법인지방소득세액의 일부 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고들은 2018. 11. 6.과 2018. 11. 7. 이를 각각 거부하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).
2. 관련 법리
‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.’고 규정한 개정 세법 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰 보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다(대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결, 대법원 2013. 9. 12. 선고 2012두12662 판결 등 참조).
3. 상고이유에 관한 판단
가. 원심은, 지방소득세 법인세분의 산출방법에 관한 구 지방세법 제89조 제1항, 제94조 제1항 외에도 법인세액을 산출하는 법인세법 규정과 구 조특법 제144조 제1항 등과 같은 법인세 감면규정이 일체로서 이 사건 경과규정의 ‘종전의 규정’에 해당하고, 구 조특법 제144조 제1항 등이 법인세뿐만 아니라 지방소득세 법인세분에 대하여도 5년이라는 장래의 한정된 기간 동안 이월공제를 명시한 조세감면 등 규정에 해당한다는 이유로, 위 구 지방세법 및 구 조특법 규정들에 대한 원고의 기득권 내지 신뢰 보호를 위해 2014, 2017 사업연도 법인지방소득세에 대하여 이 사건 경과규정을 근거로 구 지방세법의 과세표준 및 세율을 적용하여야 한다고 판단하였다.
나. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다.
1) 이 사건 경과규정은 이 사건 개정에 따른 신․구 법령의 적용관계를 정한 것이므로, 여기서 말하는 ‘종전의 규정’은 이 사건 개정의 대상이 된 구 지방세법 본칙만을 가리킨다고 보아야 한다. 따라서 구 지방세법 본칙에 있지 않고 이 사건 개정 대상이 되지도 않은 구 조특법 제144조 제1항 등은 위 ‘종전의 규정’에 해당한다고 볼 수 없다.
2) 또한 구 조특법 제144조 제1항 등은 법인세에 대한 세액공제․이월공제 규정일 뿐 지방소득세 법인세분에 대한 조세감면 등을 정한 규정도 아니다.
3) 구 지방세법 본칙에 있는 구 지방세법 제89조 제1항, 제94조 제1항은 이 사건 개정의 대상이 된 규정이기는 하나, 지방소득세 법인세분의 산출방법만 규정하였을 뿐 그 규정에서 직접 지방소득세 법인세분에 관한 조세감면 등을 명시하였다고 볼 수 없다.
4) 결국 이 사건에는 ‘장래의 한정된 기간 동안 조세감면 등을 명시적으로 규정한 종전의 규정’이 존재한다고 볼 수 없으므로, 2014, 2017 사업연도 법인지방소득세에 대하여 이 사건 경과규정을 근거로 구 지방세법의 과세표준 및 세율을 적용할 수는 없다.
다. 그런데도 원심은 이 사건 경과규정을 근거로 원고에 대하여 구 지방세법을 적용하여야 한다는 전제에서 이 사건 거부처분이 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 이 사건 경과규정의 해석 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
4. 결론
그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리․판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
2심-서울고등법원 2019누67823(2020.09.11) 지방소득세
이월공제(연구비) 효과의 법인지방소득세 적용 여부
판결요지
주문 / 처분청 패소
이유
▣ 청구취지 및 항소취지
1. 청구취지
피고들이 원고에 대하여 한 별지 목록 기재 각 법인지방소득세 경정거부처분을 모두 취소한다.
2. 항소취지
제1심판결을 취소한다. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.
▣ 이 유
1. 제1심판결 이유의 인용
이 법원이 이 판결에 기재할 이유는 제1심 판결문 제4면 제18행과 제12면 제7행의 각 “제4조”를 “제3조”로, 제9면 제2행과 제17행의 각 “최저한세”를 “최저한세액”으로 각 고쳐 쓰고, 원고와 피고들이 당심에서 추가하거나 강조하여 주장하는 부분에 대한 판단을 아래 제2항에서 추가하는 이외에는 제1심 판결문의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.
2. 추가하는 부분
가. 당사자의 주장
1) 원고의 주장
조세법령은 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하는 것이 원칙이라고 할 것이나, 조세법령의 개정으로 납세의무자에게 불리하게 변경된 경우 납세의무 성립일 이전에 납세의무자에게 부여된 신뢰를 보호하기 위하여 특별규정으로 이 사건 경과규정과 같은 부칙을 규정하고 있다면 그와 같은 경과규정에 의하여 납세의무 성립일 이전의 종전 규정을 적용할 수 있다. 그런데 종전에 법인세법에 따라 납부하여야 할 법인세액을 과세표준으로 하여 부가세 방식으로 법인세분 지방소득세가 산정되던 구 지방세법과는 달리 개정 지방세법은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액을 과세표준으로 하여 과세표준 구간에 따른 누진세율을 적용한 세액을 법인지방소득세 산출세액으로 규정하면서 독자적으로 세액감면 규정을 지방세특례제한법 등에 규정하는 독립세 방식으로 변경하고, 개인지방소득세와 달리 법인지방소득세에 대하여는 구 조세특례제한법 제10조, 제144조에 따라 세액감면 및 이월공제를 받을 수 있었던 규정을 지방세특례제한법에 신설하지 않음으로써 원고로서는 개정 지방세법 시행 이전에 이미 구 조세특례제한법 제10조에 규정된 이 사건 연구비 등을 지출하였음에도 법인지방소득세에서 이를 공제받지 못하게 되었다. 따라서 이는 지방세법의 개정으로 납세의무자에게 불리하게 변경된 경우에 해당하고, 원고의 이 사건 연구비 등의 지출에 대한 신뢰는 보호하여야할 가치가 충분하므로, 이 사건 경과규정에 따라 종전 규정인 구 지방세법 제85조, 제89조, 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 이전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제13조, 제55조, 구 조세특례제한법 제10조, 제144조가 적용되어야 한다.
2) 피고들의 주장
조세법령은 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하는 것이 원칙이라고 할 것이고 개정 지방세법 부칙 제2조 단서도 지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다고 규정하고 있다. 따라서 개정 지방세법 시행 이후에 과세기간이 시작되는 2015년 법인지방소득세부터는 개정 지방세법이 적용되어야 할 뿐 이 사건 경과규정이 적용될 수 없다. 한편 견해를 달리하여 개정 지방세법 시행 이후에도 이 사건 경과규정이 적용될 수 있다고 하더라도 ① 이 사건 경과규정의 ‘종전 규정’은 구 지방세법만을 의미할 뿐 구 지방세법에 따라 법인세분 지방소득세의 과세표준을 산정하는 산식에 불과한 구 법인세법 및 구 조세특례제한법의 규정들은 ‘종전 규정’에 해당하지 아니하며, ② 구 지방세법의 법인세분 지방소득세는 법인세액을 과세표준으로 함에 따라 지방세 부과 주체의 의사와 무관하게 이 사건 연구비 등이 감면되었을 뿐만 아니라, 이 사건 경과규정에 따라 종전 규정을 적용하려면 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정하고 있어야 하는데 구 조세특례제한법 제10조 및 제144조는 ‘법인세’에 대하여 감면한다는 내용을 명시하고 있을 뿐 ‘법인세분 지방소득세’에 대하여는 감면한다는 내용을 규정하고 있지 아니하여 이는 부가세 형태의 부과방식에 따른 반사적 이익에 불과할 뿐 법적으로 보호되는 이익이라고 할 수 없어 개정 지방세법을 적용할 수 있을 뿐 구 지방세법 및 구 법인세법, 구 조세특례제한법의 규정을 적용할 수 없다.
나. 관련 규정의 내용
1) 구 지방세법 제85조는 ‘지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다’고 규정하고, 제1호에서 ‘"소득분"이란 소득세분 및 법인세분을 총칭하는 것을 말한다’고, 제4호에서 ‘"법인세분"이란 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다’고 규정하고 있었다. 그리고 구 지방세법 제89조 제1항은 법인세분 지방소득세의 표준세율을 법인세액의 100분의 10으로 규정하고 있었다.
한편 구 법인세법 제13조, 제55조는 법인세액을 이 법과 다른 법률에 따른 비과세소득과 소득공제액을 모두 공제한 과세표준에 일정한 세율을 적용하여 계산하도록 규정하고 있었다. 그리고 구 조세특례제한법 제10조는 일정한 요건을 충족한 연구․인력개발비는 법인세에서 공제하도록 규정하고 있었으며, 제132조 제1항은 법인세 최저한세액에 미달하는 경우에는 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면을 하지 않되, 제144조는 제10조에 따라 공제한 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 법인세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 경우에 상당하는 금액은, 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일로부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 법인세에서 공제할 수 있도록 규정하고 있었다.
2) 개정 지방세법 제85조는 ‘지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다’고 규정하면서 제2호에서 ‘"법인지방소득"이란 법인세법 제3조에 따른 내국법인 또는 외국법인의 소득을 말한다’고 규정하고, 제103조의19는 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액으로 규정하였다. 그리고 제103조의20은 법인지방소득세의 세율을 규정함으로써 법인지방소득세는 법인세 과세표준에 법인지방소득세 표준세율을 곱하여 산출되게 되었고, 한편 지방세법 제103조의22에 따라 지방소득세에 대한 세액공제․감면 등은 지방세특례제한법에 별도로 규정하게 되었다.
그리고 개정 지방세법 부칙 제2조(일반적 적용례) 단서에서 지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다고 규정하면서, 이 사건 경과규정인 제15조(일반적 경과조치)에서 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하였다.
다. 판단
1) 개정 지방세법 부칙 제2조 및 이 사건 경과규정의 관계
조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세․재정정책을 탄력적․합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼, 조세에 관한 법규․제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 원칙적으로 세율 등 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수 없다. 따라서 조세법령의 개정이 있는 경우 개정 전․후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하는 것이 원칙이라고 할 것이다. 개정 지방세법 부칙 제2조 단서는 이를 반영하여 지방소득세에 대해서는 개정 지방세법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다고 규정하였다.
그러나 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령이 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’는 경과규정을 두고 있고, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정한 것으로 볼 수 있다면, 이러한 경과규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로, 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 납세의무 성립 당시의 법령이 아니라 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전 규정이 적용된다고 할 것이나, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과하므로, 원칙으로 돌아가 종전 규정이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다(대법원 1994. 5. 24. 선고 93누5666 전원합의체 판결, 대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결, 대법원 2015. 9. 24. 선고 2015두42152 판결 등 참조).
그런데 이 사건 경과규정은 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있으므로, 앞서 본 법리에 따라 지방세법이 납세의무자에게 불리하게 변경되고 납세의무자에게 보호할 정도의 신뢰가 형성되었다면 개정 지방세법 부칙 제2조의 특별규정인 이 사건 경과규정에 의하여 납세의무 성립 당시의 법령이 아닌 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전 규정이 적용될 수 있다.
2) 이 사건 경과규정의 종전 규정의 의미 및 불리한 개정 여부
가) 구 지방세법 제85조, 제89조에 의하면 법인세분 지방소득세는 ‘법인세법에 따라 납부하여야 할 법인세액’을 과세표준으로 한다고 규정하고 있을 뿐 구 지방세법과 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 이전의 것, 이하 ‘구 지방세특례제한법’이라 한다)에서는 법인세분 지방소득세의 부과 및 감면에 관한 별도의 규정을 두지 않고 있었다. 따라서 구 지방세법 시행 당시 법인세분 지방소득세의 과세표준을 산출하여 부과하려면 구 법인세법 제13조, 제55조 등 법인세액을 산출하는 규정과 구 조세특례제한법 제10조, 제144조 등과 같은 법인세액을 감면하는 규정을 모두 적용하여야만 가능하였다. 그렇다면 법인세액 산정 규정인 구 법인세법 제13조, 제55조와 이 사건 연구비 등에 대한 세액공제 및 이월공제에 관한 규정인 구 조세특례제한법 제10조, 제144조는 모두 구 지방세법 관련 조항과 일체로서 법인세분 지방소득세의 세액을 확정하는 규정들이므로 이 사건 경과규정에서 말하는 ‘종전 규정’, 즉 법인세분 지방소득세를 부과 또는 감면하는 규정이라고 할 것이다.
이에 대하여 피고들은, 구 지방세법 제85조 및 제89조에 따라 법인세분 지방소득세의 과세표준을 산정함에 있어 구 법인세법 및 구 조세특례제한법을 적용하더라도 이는 과세표준을 산정하는 규정에 불과하므로, 이 사건 경과규정의 ‘종전 규정’에 해당하지 아니하고 구 지방세법의 규정만이 이 사건 경과규정의 ‘종전 규정’에 해당한다고 주장한다. 그러나 구 지방세법이 법인세분 지방소득세에 관하여 그 과세표준을 ‘법인세법에 따라 납부하여야 할 법인세액’으로 규정하여 법인세의 부가세 방식을 취하고 있다는 점에서 최종적인 세액을 확정하기 위해서는 법인세법의 과세표준 및 구 조세특례제한법의 세액감면 규정 등을 모두 유기적 일체로서 결합하여 적용하여야 비로소 그 최종적인 세액을 확정할 수 있는 것이므로, 구 법인세법 제13조, 제55조 등 법인세액을 산출하는 규정과 구 조세특례제한법 제10조, 제144조의 법인세액 감면규정 등은 모두 지방세법 개정 전의 법인세분 지방소득세를 산정하기 위한 ‘종전 규정’에 해당한다.
나) 한편 구 지방세법은 법인세분 지방소득세의 과세표준을 ‘법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액’으로 규정함으로써 구 법인세법 및 구 조세특례제한법에 따른 과세표준 규정과 세액감면 규정을 모두 적용한 이후에 확정된 법인세액이 법인세분 지방소득세의 과세표준이 되었다. 또한 구 조세특례제한법 제10조, 제132조, 제144조에 의하면 이 사건 연구비 등 중 일정금액을 법인세에서 공제하되 최저한세액의 제한에 의하여 당해 과세연도에 공제를 할 수 없으면 해당 과세연도의 다음 과세연도 다음 개시일로부터 5년 이내에 끝나는 과세연도에 이월하여 공제할 수 있었다.
그런데 개정 지방세법은 법인지방소득세의 과세표준을 ‘법인세법 제13조에 따라 계산한 금액‘으로 규정함으로써 구 법인세법 및 구 조세특례제한법에 따른 세액감면 규정이 적용되기 이전의 금액을 과세표준으로 하면서 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면 사항은 지방세특례제한법에 정하도록 규정하였다. 한편 2014. 1. 1. 개정된 지방세특례제한법에는 구 조세특례제한법에 존재하던 세액감면 규정들과 유사한 규정들로서 지방소득세 특례규정이 신설되었으나, 구 조세특례제한법에 존재하던 법인세 세액공제 및 세액감면 규정에 대하여는 지방자치단체의 독립성과 재원확보를 위한다는 목적으로 이를 새로이 신설된 지방소득세 특례 항목에 규정하지 않음으로써 그 적용을 배제하였다.
이로 인하여 지방세법 개정 이전인 2013년까지 이 사건 연구비 등을 지출하고도 최저한세액의 제한으로 당해 과세연도에 법인세분 지방소득세에서 이를 공제받지 못한 원고로서는 지방세법의 개정으로 그 이월공제를 받지 못하게 되었으므로, 이러한 점에서 지방세법의 개정은 원고에게 불리한 개정이라고 할 것이다.
3) 이 사건 경과규정의 적용 여부
앞서 인정한 법리 및 사실관계에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 원고는 지방세법이 개정되기 이전에 이 사건 연구비 등을 지출함으로써 그 원인행위를 완료하여 법적 지위 또는 법률관계를 형성하였으므로, 그 원인행위의 시점에 시행 중이던 ’종전 규정‘이 적용되어야 하고, 구 조세특례제한법 제132조 및 제144조에 의하여 최저한세액의 제한에 의하여 당해 과세연도에 공제를 받을 수 없으나 해당 과세연도의 다음 과세연도 다음 개시일로부터 5년 이내에 끝나는 과세연도까지 한정된 기간 동안 이월하여 공제받을 수 있을 것이라는 원고의 신뢰는 법적으로 보호받을 수 있는 신뢰라고 보기 충분하므로, 개정 지방세법 시행 이후에 납세의무가 성립한 원고의 2014, 2017 사업연도 법인지방소득세에 대하여는 종전 규정인 구 지방세법 제85조, 제89조, 구 법인세법 제13조, 제55조, 구 조세특례제한법 제10조, 제132조, 제144조를 적용하여 이 사건 연구비 등이 이월공제되어야 한다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 달리 개정 지방세법을 적용한 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
가) 원고는 지방세법이 2014. 1. 1. 개정되기 이전인 2009년부터 2013년까지 이 사건 연구비 등을 지출하였는데 구 조세특례제한법 제132조의 최저한세액 규정에 의하여 당해 과세연도에 이 사건 연구비 등 중 일정금액을 공제받지 못하였으나, 구 조세특례제한법 제144조에 의하여 향후 일정기간 법인세 및 이를 과세표준으로 하는 법인세분 지방소득세에서 이를 공제받을 수 있을 것이라고 신뢰하게 되었다.
나) 구 조세특례제한법 제144조는 제132조의 최저한세액 제한으로 인하여 공제를 받지 못한 금액에 대하여 명시적으로 ‘해당 과세연도의 다음 과세연도 다음 개시일로부터 5년 이내에 끝나는 과세연도까지’ 한정된 기간으로 세액공제의 이월공제를 허용하고 있다.
이에 대하여 피고들은, 구 조세특례제한법 제144조는 최저한세액의 제한으로 이월된 세액공제 금액을 ‘법인세’에서 공제한다고 규정하고 있을 뿐 ‘법인세분 지방소득세’에서 공제한다는 취지를 규정하지 않았으므로, 위 조항을 종전 규정에서 법인세분 지방소득세에 관하여 장래 일정 기간 면제한다는 내용을 명시적으로 규정한 것으로 볼 수 없다고 주장한다.
그러나 앞서 본 바와 같이 구 지방세법 제85조, 제89조, 구 법인세법 제13조, 제55조, 구 조세특례제한법 제10조, 제132조, 제144조는 모두 유기적으로 결합되어 이 사건 경과규정의 ‘종전 규정’에 해당된다. 또한 구 지방세법이 법인세분 지방소득세의 과세표준을 ‘법인세법에 따라 납부하여야 할 법인세액’으로 규정하고 있어 구 지방세법 또는 지방세특례제한법에 이월공제 규정을 추가로 규정하게 되면 구 조세특례제한법에 의하여 이월공제된 금액이 지방세특례제한법에 의하여 또다시 이월공제되는 이중 이월공제의 우려가 있었다. 이에 지방세특례제한법은 2014. 1. 1. 개정 전까지는 법인세분 지방소득세와 소득세분 지방소득세를 포함한 모든 지방소득세에 대하여 지방소득세 특례 규정을 두고 있지 아니하였다. 따라서 구 조세특례제한법 제144조가 이월공제 대상을 ‘법인세’라고만 규정하였더라도 이는 구 지방세법 제85조, 제89조, 구 법인세법 제13조, 제55조, 구 조세특례제한법 제10조, 제132조, 제144조의 유기적 결합에 의하여 ‘법인세분 지방소득세’에 관하여도 5년이라는 장래의 한정된 기간 동안 이월세액공제가 적용됨을 명시적으로 규정한 것이라고 볼 수 있다. 따라서 이와 다른 전제에 선 피고들의 주장은 이유 없다.
다) 한편 피고들은, 구 지방세법이 법인세분 지방소득세의 과세표준을 ‘법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액’으로 규정함으로써 지방자치단체의 의사와 무관하게 ‘법인세분 지방소득세’의 경우에도 이 사건 연구비 등이 세액공제됨으로써 그 혜택을 받는 것에 불과하고, 원고로서는 기술개발을 통한 경쟁력을 확보하기 위하여 이 사건 연구비 등을 지출한 것이고 그 금액도 법인세액의 1/10에 불과하여, 법인세분 지방소득세에서 이 사건 연구비 등에 상당하는 세액이 감면되는 효과가 있었다고 하더라도 이 사건 연구비 등을 지출할 직접적인 유인이나 동기가 되었다고 보기 어려우므로 이와 같은 혜택은 단순한 기대이익 또는 반사적 이익에 불과하다고 주장한다.
그러나 구 조세특례제한법 제10조는 기업의 기술인력개발을 장려하는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는 취지의 규정(대법원 2014. 3. 13. 선고 2013두22147 판결 참조)이라고 할 것이나, 구 지방세법이 법인세분 지방소득세의 과세표준을 ‘법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액’으로 규정함으로써 납세의무자로서는 법인세뿐만 법인세분 지방소득세도 일정 금액이 공제될 것이라는 신뢰가 형성되었다고 할 수 있고, 법인세액의 1/10에 불과한 금액이라도(이 사건 원고의 경우 그 금액이 서울사업장에서 한정하더라도 3억 원이 넘는 금액이다) 기업에게는 기술인력개발을 위한 연구비 등을 지출할 유인 또는 동기가 되었다고 할 것이므로 이로 인한 이익을 단순한 기대이익 또는 반사적 이익에 불과하다고 볼 수 없다.
라) 피고들은 또한 지방세법의 개정에 따라 지방소득세에 대하여 세액공제 및 세액감면을 규정하고 있는 지방세특례제한법은 구 조세특례제한법과 달리 법인지방소득세에 대하여는 세액공제 및 세액감면 규정을 두고 있지 않는 것으로 보아 입법자는 개인지방소득세와는 달리 법인지방소득세에 대하여는 세액공제 및 세액감면을 배제하려는 의사였으므로 이러한 입법자의 의사도 고려하면 이 사건 연구비 등으로 인한 이월세액공제에 대한 원고의 신뢰는 단순한 기대이익 또는 반사적 이익에 불과하다고 주장한다.
그러나 피고들 주장과 같이 입법자의 의사가 법인지방소득세에 대하여 향후 세액공제 및 세액감면을 배제하려는 것이었다고 하더라도 이는 지방세법 개정 이후에 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하고자 하는 취지를 넘어서서 이미 원인관계가 완료되어 신뢰가 형성된 납세의무자의 신뢰이익까지 배제하겠다는 명시적인 의사를 포함하고 있다고 단정할 수 없다(한편 개정 지방세법 및 지방세특례제한법이 개정될 당시 국회 행정안전위원회 전문위원이 작성한 검토보고서에 “구 지방세법 하에서 법인세 세액공제 및 세액감면에 연동하여 ‘부가적으로’ 법인세분 지방소득세도 세액공제․세액감면을 받았으나, 지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다”라고 기재되어 있으나, 위 검토보고서에 기재된 ‘부가적’이라는 의미는 법인세분 지방소득세의 과세표준이 법인세액에 부가되는 방식으로 산정됨으로써 법인세액에 연동된다는 의미라고 보이고, ‘혜택’이라는 표현이 있다고 하여 단순한 반사적 이익이라고 볼 수도 없을 뿐만 아니라 위와 같은 검토보고서의 내용이 법원을 구속하는 것도 아니므로 국회 행정안전위원회 전문위원 작성 검토보고서를 이유로 납세의무자에게 형성된 신뢰를 단순한 기대이익 또는 반사적 이익에 불과하다고 볼 수는 없다).
3. 결론
원고의 피고들에 대한 청구는 이유 있어 인용한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고들의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각한다.
목록
| 피고 | 처분일 | 귀속연도 | 세액(원) |
| 서울특별시 종로구청장 | 2018. 11. 6. | 2017 | 894,708 |
| 서울특별시 강남구청장 | 2018. 11. 7. | 2014 | 328,440,419 |
1심-서울행정법원 2018구합87279(2019.11.19) 지방소득세
이월공제(연구비) 효과의 법인지방소득세 적용 여부
판결요지
주문 / 처분청 패소
이유
▣ 청 구 취 지
주문과 같다.
▣ 이 유
1. 처분의 경위
가. 원고는 1983. 2.경 반도체 생산업 등을 목적으로 설립된 법인이다.
나. 원고는 2009 사업연도부터 2013 사업연도까지 연구․인력개발비 등(이하 ‘이 사건 연구비 등’이라 한다)을 지출하였고, 이는 구 조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조에 따라 세액공제의 대상에 해당하였으나, 2009 사업연도부터 2013 사업연도까지 최저한세액 제한 등으로 인하여 원고는 해당 사업연도에 이 사건 연구비 등에 대한 세액공제를 받지 못하였다.
다. 원고는 위와 같이 최저한세액 제한 등으로 공제받지 못한 이 사건 연구비 등에 관하여, 구 조세특례제한법 제144조 제1항의 이월공제 규정에 따라 세액공제를 하여 2014 사업연도부터 2017 사업연도까지의 법인세를 신고·납부하였다.
라. 한편 지방세법이 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되면서(이하 법률 제12153호로 개정되기 전 지방세법을 ‘구 지방세법’, 법률 제12153호로 개정된 지방세법을 ‘개정 지방세법’이라 한다), 종전의 법인세액을 과세표준으로 하는 부가세(10%) 방식이던 지방소득세 법인세분이 법인세 과세표준을 과세표준으로 삼는 독립세 방식의 법인지방소득세로 전환되었다.
마. 원고는 2014 사업연도부터 2017 사업연도까지의 ‘법인세 과세표준‘을 과세표준으로 적용하여 산출한 법인지방소득세를 신고·납부하면서 이 사건 연구비 등의 이월에 따른 세액공제를 적용하지 않았다.
바. 이후 원고는 2018. 10. 5. 피고들에게 법인지방소득세에 대하여도 구 조세특례제한법 제10조, 제144조 제1항에 따라 이 사건 연구비 등이 이월공제되어야 한다고 주장하면서, 2014, 2017 사업연도 법인지방소득세에 대하여 별지 목록 ‘세액’란 기재 각 금액을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였다.
사. 피고 서울특별시 종로구청장은 2018. 11. 6., 피고 서울특별시 강남구청장은 2018. 11. 7. 원고에 대하여 ‘지방세법이 2014. 1. 1. 개정됨에 따라 지방소득세가 독립세 방식으로 전환되었으므로, 2014년 이후 소득에 대한 법인지방소득세는 개정된 과세체계를 적용하여야 하고, 개정 지방세법 제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항을 지방세특례제한법에서 정하도록 하였으나, 지방세특례제한법에는 관련 규정이 없다’는 이유로 위 경정청구를 각 거부하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증의 기재, 변론 전체의 취지
2. 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
개정 지방세법 부칙 제15조(이하 ‘이 사건 경과규정’이라 한다)는 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있고, 이 사건 경과규정은 구법에 의하여 납세의무 성립일 이전 납세자에게 부여된 신뢰를 보호하기 위한 특별규정이다. 종전의 부가세 방식이었던 지방소득세 법인세분이 독립세 방식인 법인지방소득세로 전환한 취지가 세액공제 규정을 배제하기 위한 것이라고 하더라도, 이는 종전의 세액공제의 혜택까지 배제하려는 취지라고 볼 수 없다. 또한 원고는 이 사건 연구비 등을 지출함에 있어 법인세법에 따른 법인세액 이외에도 그에 부가되는 지방소득세 법인세분도 5년간 이월하여 공제받을 수 있다는 신뢰를 가지고 있었다. 따라서 이 사건 경과규정상의 ‘종전의 규정’에 구 조세특례제한법 제10조, 제144조 제1항 등이 포함되어야 한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하다.
나. 관계 법령
별지 관계 법령 기재와 같다.
다. 판단
1) 구 지방세법 제85조는 ‘지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다’고 규정하고, 제1호에서 ‘"소득분"이란 소득세분 및 법인세분을 총칭하는 것을 말한다’, 제4호에서 ‘"법인세분"이란 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다’고 규정하고 있었고, 제89조 제1항은 법인세분의 표준세율을 법인세액의 100분의 10으로 규정하고 있었다. 이후 개정 지방세법 제85조는 ‘지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다’고 규정하면서 제2호에서 ‘"법인지방소득"이란 법인세법 제4조에 따른 내국법인 또는 외국법인의 소득을 말한다’고 규정하고, 제103조의20 제1항은 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다’고 규정하면서 법인세율의 1/10을 표준세율로 규정하며, 제103조의22 제1항은 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득, 법인세법 제56조 및 조세특례제한법 제100조의32 제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다’고 규정하고, 부칙<법률 제12153호, 2014. 1. 1.> 제1조 본문은 ‘이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다’고 규정하며, 제15조(이 사건 경과규정)는 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있다.
구 조세특례제한법 제10조 제1항 본문은 ‘내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다’고 규정하면서 각 호에서 세액공제의 비율을 규정하고 있고, 제132조 제1항은 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준에 100분의 16을 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다’고 규정하면서 제3호에서 ‘제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조(중소기업이 아닌 자만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제31조 제6항, 제32조 제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22 및 제104조의25에 따른 세액공제금액’을 들고 있으며, 제144조 제1항은 ‘제10조에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다’고 규정하고 있다.
한편, 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령의 부칙에서 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 예에 의한다’는 취지의 규정을 두고 있다면 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이므로, 여기서 ‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세’에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위하여는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것이다(대법원 2015. 10. 15. 선고 2015두36652 판결 등 참조).
2) 위와 같은 법리에다가 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 비추어 인정되는 아래와 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 경과규정의 ‘종전의 규정’에는 구 조세특례제한법 제10조, 제144조 등이 포함되고, 원고의 이 사건 연구비 등에 대한 지출은 지방소득세 법인세분의 과세표준인 법인세액의 공제 등을 신뢰하여 이루어진 것으로, 그와 같은 신뢰는 보호되어야 한다고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 주장은 이유 있고, 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하다.
① 지방소득세 법인세분은 당초 법인세액을 과세표준으로 하여 10/100을 세율로 하는 지방세였는데(구 지방세법 제85조, 제89조 참조), 지방세법이 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되면서 내국법인의 각 사업연도 소득에 관하여 개정 지방세법에서는 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액을 과세표준으로 하여 법인세율의 10/100을 세율로 하는 법인지방소득세가 도입되었다(개정 지방세법 제85조, 제103조의19, 제103조의20 참조). 위와 같이 법인지방소득세가 도입된 취지는 소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과·징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환하여 재원을 확보하고, 지방자치발전에 기여하려는 것이다.
한편 지방소득세 법인세분은 법인세액의 10/100을 세율로 하였으므로 법인세법에 따라 법인세 과세표준이 일응 산출되었더라도 조세특례제한법에 규정된 세액 공제·감면을 거쳐 최종적으로 확정된 법인세액의 10/100이 지방소득세 법인세분을 구성하였다. 그런데 법인지방소득세로 변경된 후 과세표준을 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액으로, 세율은 법인세율의 10/100으로 규정하면서 지방세특례제한법에 법인지방소득세에 대한 세액 공제·감면 규정이 없는 이상 기존의 조세특례제한법에 따른 세액 공제·감면은 이루어지지 않게 되었다(개정 지방세법 제103조의22 참조). 나아가 지방세특례제한법은 개인지방소득세와는 달리 법인지방소득세에 있어서는 연구비 등에 대한 세액 공제·감면을 포함하여 대부분의 세액 공제·감면을 배제하고 있다. 따라서 납세의무자인 내국법인으로서는 지방소득세 법인세분에 있어 종전에는 세액 공제·감면을 받았으나 법인지방소득세에 있어서는 세액 공제·감면을 받지 못하게 되었다.
② 지방소득세 법인세분과 법인지방소득세는 명칭의 차이는 있지만 내국법인의 소득에 대하여 내국법인이 지방자치단체에 납부하는 세목으로 그 실질에 있어 차이가 있다고 보기 어렵다. 지방소득세 법인세분은 부가세 형식 즉, 법인세액에 종속하는 방식이었으므로 최종적인 세액을 산출하기 위하여는 법인세액이 확정되어야 한다. 또한 위와 같은 법인세액의 확정을 위하여는 법인세법 이외에도 조세특례제한법에서 정한 세액 공제·감면 규정에 따라 내국법인의 과세표준에 따라 산출한 일응의 세액에서 공제·감면이 이루어지게 된다.
한편 이 사건 경과규정은 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있고 이는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것으로 종전의 지방세 중 지방소득세 법인세분에 있어서는 그 구조상 법인세법과 조세특례제한법에 따른 규정에 의하여 산출된 법인세액에 대한 신뢰가 있었다고 보는 것이 타당하다. 따라서 지방소득세 법인세분 내지 법인지방소득세에 있어 이 사건 경과규정상의 ‘종전의 규정’에는 지방세법만이 아닌 법인세법 내지 조세특례제한법의 제반 규정이 포함된다고 해석하는 것이 타당하다.
만약 위와 같이 해석하지 아니하는 경우 납세의무자인 내국법인으로서는 종전의 지방소득세 법인세분에 있어 법인세법 내지 조세특례제한법에 따라 공제·감면받을 수 있었던 부분을 개정 지방세법에 의하여 법인지방소득세가 도입되면서는 전혀 공제·감면받을 수 없게 되어 부당하다. 또한 지방소득세 법인세분은 법인세액을 과세표준으로 하는 세목이어서 법인세법과 조세특례제한법에 따라 과세표준 즉, 법인세액이 산출되었다는 측면에서도 더욱 그러하다.
③ 원고의 이 사건 연구비 등의 지출이 신뢰를 보호하여야 할 정도에 이르는지 관하여 보면, ㉠ 당초 지방소득세 법인세분은 법인세액을 과세표준으로 하였던 점, ㉡ 납세의무자로서는 이 사건 연구비 등의 지출에 있어 최저한세 등의 제한으로 감면받지 못한 연구비가 추후 공제될 수 있다는 구 조세특례제한법 제10조, 제144조를 신뢰하여 이 사건 연구비 등에 대하여 세액공제를 받을 수 없는 상황에서도 연구비를 지출한 점, ㉢ 납세의무자의 이 사건 연구비 등에 대하여 추후 세액 공제·감면이 이루어질 수 있다는 신뢰는 법인세 뿐만 아니라 그에 부가하는 지방소득세 법인세분에 있어서도 동일한 점, ㉣ 연구비 등에 대한 세액의 공제·감면은 연구나 개발을 통한 국가경쟁력의 확보를 위하여 이루어지는 것이므로 원고의 신뢰에 보호가치가 없다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 보면, 원고의 이 사건 연구비 등의 지출에 대한 신뢰는 보호되어야 하는 신뢰에 해당한다고 봄이 상당하다.
④ 피고들은 구 지방세법에서는 법인지방소득세의 세액 공제·감면에 대한 규정이 별도로 존재하지 않고, 원고의 신뢰는 단순한 기대이익에 불과하다는 취지로 주장한다. 그러나 ㉠ 구 지방세법에서 연구비 등에 대한 세액 공제·감면 규정을 별도로 규정하지 않은 이유는 지방소득세 법인세분이 법인세에 부가하는 형태의 세목이었기 때문으로 과세표준이 법인세액인 이상 구 지방세법에 별도의 세액 공제·감면 조항이 존재하지 않았더라도 법인세액을 산출하기 위한 법인세법과 조세특례제한법의 세액 공제·감면 조항 역시 세액 공제·감면 조항에 포함되는 것인 점, ㉡ 연구비 등에 대하여 최저한세 등의 적용으로 당해 사업연도에 세액공제를 받지 못하더라도 구 조세특례제한법 제10조, 제144조 등에 의하면 5년간 이월하여 세액공제를 받을 수 있었고, 법인세액에 부가하여 이루어지는 지방소득세 법인세분에 있어 그와 같은 신뢰가 단순한 기대이익에 불과하다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 피고들의 위 주장은 받아들이기 어렵다.
3. 결론
그렇다면 원고의 피고들에 대한 각 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
별지
목록
| 피고 | 처분일 | 귀속연도 | 세액(원) |
| 서울특별시 종로구청장 | 2018. 11. 6. | 2017 | 894,708 |
| 서울특별시 강남구청장 | 2018. 11. 7. | 2014 | 328,440,419 |
별지
관계 법령
■ 지방세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것)
제85조(정의) ① 지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "개인지방소득"이란 소득세법 제3조 및 제4조에 따른 거주자 또는 비거주자의 소득을 말한다.
2. "법인지방소득"이란 법인세법 제4조에 따른 내국법인 또는 외국법인의 소득을 말한다.
제91조(과세표준) ① 거주자의 종합소득에 대한 개인지방소득세 과세표준은 소득세법 제14조 제2항부터 제5항까지에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다.
제94조(세액공제 및 세액감면) 종합소득 또는 퇴직소득에 대한 개인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 다만, 종합소득 또는 퇴직소득에 대한 개인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다.
제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다.
제103조의20(세율) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다.
제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득, 법인세법 제56조 및 조세특례제한법 제100조의32 제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.
부칙 <법률 제12153호, 2014. 1. 1.>
제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제92조 제2항, 제103조의3 제4항의 개정규정은 2020년 1월 1일부터, 제103조의20 제2항의 개정규정은 2017년 1월 1일부터 시행하고 제123조의 개정규정은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행하며, 제103조의29의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다.
제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
■ 지방세법(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것)
제85조(정의) 지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "소득분"이란 소득세분 및 법인세분을 총칭하는 것을 말한다.
3. "소득세분"이란 소득세법에 따라 납부하여야 하는 소득세액(소득세 과세표준 예정신고자 또는 확정신고자로서 해당 신고세액의 전부 또는 일부를 납부하지 아니한 데 대한 납부불성실가산세는 제외한다)을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다.
4. "법인세분"이란 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다.
제86조(납세의무자) ① 소득분은 지방자치단체에서 소득세 및 법인세의 납세의무가 있는 자에게 부과한다.
제89조(세율) ① 소득분의 표준세율은 다음과 같다.
■ 조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것)
제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.
1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액
가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액
1) 중소기업인 경우: 100분의 25
2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율
가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15
나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10
3) 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8
4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)
100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
④ 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.
제132조(최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제) ① 내국법인(제72조 제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 법인세법 제91조 제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(법인세법 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 16[과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 12, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업 및 제85조의6에 따른 사회적기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 8, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 9로 한다)]을 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.
1. 제9조에 따라 각 사업연도의 소득금액계산을 할 때 손금으로 산입하는 연구·인력개발준비금
2. 제8조, 제8조의2, 제10조의2, 제13조, 제14조, 제55조의2 제4항, 제60조 제2항, 제61조 제3항, 제62조 제1항, 제63조의2 제5항에 따른 소득공제금액, 손금산입금액, 익금불산입금액 및 비과세금액
3. 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조(중소기업이 아닌 자만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제31조 제6항, 제32조 제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22 및 제104조의25에 따른 세액공제금액
4. 제6조, 제7조, 제12조의2, 제21조, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조(수도권 밖으로 이전하는 경우는 제외한다), 제64조, 제68조(농업소득 외의 소득만 해당한다), 제85조의6, 제102조 및 제121조의22에 따른 법인세의 면제 및 감면
② 거주자의 사업소득(제16조를 적용받는 경우에만 해당 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)과 비거주자의 국내사업장에서 발생한 사업소득에 대한 소득세(가산세와 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며 사업소득에 대한 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 소득세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 사업소득(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함한다)에 대한 산출세액에 100분의 45(산출세액이 3천만원 이하인 부분은 100분의 35)를 곱하여 계산한 세액(이하 "소득세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.
1. 제9조에 따라 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금으로 산입하는 연구·인력개발준비금
2. 제8조, 제10조의2, 제16조, 제86조의3 및 제122조의3 및 제132조의2에 따른 손금산입금액 및 소득공제금액
3. 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제31조 제6항, 제32조제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 및 제126조의3제2항에 따른 세액공제금액
4. 제6조, 제7조, 제12조의2, 제21조, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제63조(수도권 밖으로 이전하는 경우는 제외한다), 제64조, 제85조의6, 제102조 및 제121조의22에 따른 소득세의 면제 및 감면
③ 이 법을 적용할 때 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등과 그 밖의 감면 등이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 제1항 각 호 및 제2항 각 호에 열거된 감면 등을 먼저 적용한다.
④ 제1항 및 제2항에 따른 최저한세의 적용에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제144조(세액공제액의 이월공제) ① 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 소득세법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.
② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제126조의6 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 금액과 제1항에 따라 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우에는 제1항에 따라 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제한다.
■ 지방세특례제한법
제102조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 100분의 10을 해당 과세연도의 개인지방소득세(사업소득에 대한 개인지방소득세만 해당한다)에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.
1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력ㆍ원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비에 다음 각 목의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액
가. 중소기업의 경우: 100분의 30
나. 중소기업에 해당하지 아니하는 경우: 다음의 계산식에 따른 비율(100분의 30을 한도로 한다)
100분의 20 + (해당 과세연도의 수입금액에서 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비 비율 × 대통령령으로 정하는 일정 배수)
3. 제1호에 해당하지 아니하거나 제1호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액
가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액
1) 중소기업인 경우: 100분의 25
2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율
가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15
나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10
3) 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 "중견기업"이라 한다)이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8
4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 3을 한도로 한다)
100분의 2 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
④ 제1항 제1호를 적용받으려는 내국인은 일반연구ㆍ인력개발비와 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.
제167조의2(개인지방소득세의 세액공제ㆍ감면) ① 소득세법 또는 조세특례제한법에 따라 소득세가 세액공제ㆍ감면이 되는 경우(조세특례제한법 제144조에 따른 세액공제액의 이월공제를 포함한다)에는 이 장에서 규정하는 개인지방소득세 세액공제ㆍ감면 내용과 이 법 제180조에도 불구하고 그 공제ㆍ감면되는 금액(조세특례제한법 제127조부터 제129조까지, 제132조 및 제133조가 적용되는 경우에는 이를 적용한 최종 금액을 말한다)의 100분의 10에 해당하는 개인지방소득세를 공제ㆍ감면한다.
② 소득세법 또는 조세특례제한법에 따라 세액공제ㆍ감면받은 소득세의 추징사유가 발생하여 소득세를 납부하는 경우에는 제1항에 따라 세액공제ㆍ감면받은 개인지방소득세도 납부하여야 한다. 이 경우 납부하는 소득세에 소득세법 또는 조세특례제한법에서 이자상당가산액을 가산하는 경우에는 그 가산하는 금액의 100분의 10에 해당하는 금액을 개인지방소득세에 가산한다.
■ 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것)
제13조(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 조세특례제한법 제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 60(2018년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 개시하는 사업연도는 100분의 70을 말한다)으로 한다.
1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.
2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득
3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액. 끝.