기업부설연구소의 본점이나 주사무소 포함 여부에 대한 회신

부동산세제과-1026(20231116) 취득세

기업부설연구소의 본점이나 주사무소 포함 여부에 대한 회신

관계법령

지방세법 제13조 제1항

답변요지

○ 법인의 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산은 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행 등 관리행위가 이뤄지는 장소인바, - 쟁점 연구시설은 법인의 의사결정이나 경영·인사·재무·기획 등 관리행위와 관계가 없으므로 취득세 중과세 대상인 본점 또는 주사무소에 해당하지 않음

본문

<질의요지>

 

○「지방세법」제13조 제1항에서 과밀억제권역 안의 본점이나 주사무소의 사업용 부동산 취득 등에 대해 중과세 하도록 규정하고 있는바,

  - 연구개발 활동만 하는 기업부설연구소가 본점이나 주사무소에 해당되는지 여부

 

<회신내용>

 

○「지방세법」(2019.12.31. 법률 제16855호) 제13조 제1항에서는「수도권정비계획법」제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하기 위하여 신축하거나 증축하는 건축물을 포함)과 그 부속토지를 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지·유치지역 및「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다고 규정하고 있고,

 

  - 같은 법 시행령(2016.11.29. 대통령령 제27619호) 제25조에서는 법 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과(예비군 병기고 및 탄약고는 제외)을 말한다고 규정하고 있음.

 

○ 또한,「기초연구법」제14조의2에서는 기업의 연구개발 활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 연구기관을 기업부설연구소로 인정받을 수 있도록 규정하고 있으며,

 

  - 같은 법 제14조의4에서는 기업부설연구소의 준수사항으로 기업부설연구소 등에 근무하는 자는 연구개발 활동과 관련된 업무 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않을 것을 규정하고 있고,

 

  - 같은 법 시행령 제17조에서는 제14조의2 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서를 설립 또는 설치한 기업은 해당 기업부설연구소 등에서 근무하는 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원이 연구에만 전념할 수 있도록 연구 활동 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보해야 한다고 규정하고 있음.

 

○ 한편, 법원에서는 법인의 본점 또는 주사무소란 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행 관리행위가 이뤄지는 장소로서(대법원 2020두41832, 2020.10.15. 선고),

 

  - 이에 해당하는지는 법인등기부상의 본사무소와 같은 형식적인 본점 등기 여부를 기준으로 할 것이 아니라, 법인의 주된 기능, 즉 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행과 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 실질적으로 수행되는지 여부에 따라야 한다고 설시하고 있음[(대법원 92누473, 1993.1.15. 선고), (대법원 2020두41832, 2020.10.15. 선고)].

 

○ 또한 우리부 유권해석에서도 본점 또는 주사무소와 기업부설연구소를 분리하여 중과세나 감면 여부를 판단하여 왔음[(지방세정팀-595, 2007.3.22.), (지방세운영-4080, 2012.12.18.), (지방세특례제도과-4001, 2016.12.29.)].

 

○ 이와 같은 사안들을 종합적으로 고려할 때, 기업부설연구소가 연구개발 활동만을 수행하고 법인의 주된 기능 즉, 주요한 의사결정이나 인사, 재무, 총무 등의 업무를 수행하지 않는 경우에는 본점 또는 주사무소에 해당하지 않는다고 보아야 할 것임.

 

○ 따라서 쟁점 연구시설이 연구개발 활동만을 수행하는 경우라면 본점이나 주사무소에 해당하지 않으므로 이에 사용되는 부동산은 취득세를 중과세할 수 없으나, 연구개발 외에 윤리경영·경영지원BG(Business Group)·글로벌 영업 등을 위해 사용되는 경우라면 그 부분(쟁점 연구시설과 같은 건물에 위치)은 본점 또는 주사무용 부동산에 해당하므로 취득세를 중과세하는 것이 타당함.

 

  - 다만, 이 질의서에 기재된 사실관계를 토대로 판단한 해석이므로 이에 해당하는지의 여부는 과세권자인 해당 자치단체에서 최종 판단해야할 사안임.