'23 12.1∼12.31까지 대법원 지방세관련 소송 주요 확정판결 내용임

지방세 소송 관련 대법원 판결 쟁점 요약

◆ '23 12.1∼12.31까지 대법원 지방세관련 소송 주요 확정판결 내용임

1. 신탁부동산 신축에 따른 원시취득 납세의무자 / 대법원 2020두49997 2023.12.28 취득세 /처분청 승소

<쟁점요지>

신탁부동산 신축에 따른 원시취득 납세의무자

<판결요지>

구 지방세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16854호로 개정되기 전의 것) 제34조 제1항 제1호는 취득세를 납부할 의무는 ‘과세물건을 취득하는 때’ 성립한다고 규정하고 있다. 그리고 구 지방세법(2017. 12. 26. 법률 제15292호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제1호는 ‘취득’을 ‘건축 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상의 모든 취득’으로 정의하면서 그 괄호에서 ‘수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우’를 원시취득에서 제외하는 한편, 제7조 제1항에서 “취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 ‘부동산등’이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.“라고 규정하고, 같은 조 제2항 본문에서 ‘부동산등의 취득은 민법 등 관계 법령에 따른 등기·등록을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다’고 규정하고 있다.

 

구 지방세법 제10조 제7항은 ‘취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다’고 규정하고, 그 위임에 따른 구 지방세법 시행령(2018. 2. 9. 대통령령 제28627호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조 제6항 본문은 건축물을 건축하여 취득하는 경우의 취득시기에 관하여 ‘사용승인서를 내주는 날(사용승인서를 내주기 전에 임시사용승인을 받은 경우에는 그 임시사용승인일을 말하고, 사용승인서 또는 임시사용승인서를 받을 수 없는 건축물의 경우에는 사실상 사용이 가능한 날을 말한다)과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다‘고 규정하고 있다. 한편 같은 조 제13항은 ‘제1항, 제2항 및 제5항에 따른 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다‘고 규정하면서도 건축물을 건축하여 취득하는 경우에 관한 제6항을 그 적용대상에서 제외하고 있다.

 

이러한 관련 규정의 체계와 문언 및 그 내용 등에 비추어 보면, 건축물을 건축하여 취득하는 경우에는 사용승인일과 사실상의 사용일 중 빠른 날이 그 건축물의 취득일이 되고, 당시의 건축물 소유자가 취득세 등의 납세의무자에 해당한다고 보아야 한다. 이와 같은 건축물의 취득시기가 도래하기 전까지는, 비록 사회통념상 독립한 건물이라고 볼 수 있는 형태와 구조를 갖추었고 그 건물에 대하여 사용승인을 신청하였다거나 소유권보존등기를 마쳤다 하더라도 그 건물에 대하여 취득세 등 납세의무가 성립하였다고 볼 수 없다.

 

그런데도 원심은 건축물을 신축하는 경우 사회통념상 독립한 부동산으로서 건물의 요건을 갖춘 시점에 취득세 등 납세의무가 성립한다는 잘못된 전제에서, 이 사건 건축물의 신축에 따른 취득세 등 납세의무자를 소외 회사라고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 취득세 등 납세의무의 성립요건 및 납세의무자 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.

 

2. 신축건물 촉탁등기 후 신탁시(이전등기) 등록면허세 여부 /대법원 2021두61178(2023.12.28) /처분청 패소

<쟁점요지>

신축건물 촉탁등기 후 신탁시(이전등기) 등록면허세 여부

<판결요지>

구 지방세법(2019. 12. 31. 법률 제16855호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2장은 취득세를 규정하면서 제6조 제1호에서 취득을 ‘매매 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상․무상의 모든 취득’으로 정의하고 있으며, 제7조 제1항은 ‘취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권을 취득한 자에게 부과한다’고 규정하고 있다. 그리고 제9조 제3항 제1호는 신탁(신탁법에 따른 신탁으로서 신탁등기가 병행되는 것만 해당한다)으로 인한 신탁재산의 취득으로서, 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우의 취득에 대해서는 취득세를 부과하지 아니하도록 규정하고 있다.

 

한편 구 지방세법 제3장은 등록면허세를 규정하면서 제23조 제1호에서 등록을 ‘재산권과 그 밖의 권리의 설정․변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 것’으로 정의하고, 그 단서에서 ‘제2장에 따른 취득을 원인으로 이루어지는 등기 또는 등록’을 제외하고 있다.

3. 판단

가. 원심은, 그 판시와 같이 이 사건 건물은 구 지방세법상 건축에 따른 건축물의 취득시기가 도래하지 않아 취득세 과세요건을 충족하지 못하였으므로 그러한 상태에서 마쳐진 이 사건 등기는 등록면허세의 과세대상이 된다고 판단하였다.

 

앞서 본 관련 규정의 문언과 체계, 구 지방세법의 개정 경과 및 위탁자와 수탁자 사이에 이루어지는 신탁재산에 관한 형식적인 소유권 이전을 취득세 비과세 대상으로 규정한 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 등기는 구 지방세법 제23조 제1호 단서에서 정한 ‘제2장에 따른 취득을 원인으로 이루어지는 등기’에 해당하여 등록면허세 과세대상에서 제외된다고 봄이 타당하다. 그 구체적인 이유는 다음과 같다.

 

구 지방세법 제7조 제1항의 ‘부동산 취득’은 특별한 사정이 없는 한 부동산 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는지 여부와 관계없이 소유권이전등기를 넘겨받는 등으로 부동산을 취득하는 모든 경우를 포함한다(대법원 2017. 6. 8. 선고 2015두49696 판결 등 참조). 구 지방세법 제9조 제3항 제1호는 신탁법상 신탁을 원인으로 수탁자가 위탁자로부터 신탁재산을 이전받는 것 또한 제7조 제1항의 ‘취득’에 해당함을 전제로 일정한 요건 하에 취득세를 부과하지 않도록 한 것이다.

 

2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정된 지방세법(이하 ‘2010년 지방세법’이라고 한다)은 세목 체계를 간소화하기 위해 등기행위 자체를 과세대상으로 하던 종래 등록세 중 취득과 관련된 과세대상을 취득세의 과세대상에 통합하고, 이러한 통합 취득세의 세율을 종래 취득세와 등록세의 세율들을 합산한 것으로 조정하였으며, 취득과 관련이 없는 등록세의 나머지 과세대상에 대하여는 별도의 세목인 등록면허세를 신설하였다. 이러한 세목 체계는 구 지방세법 및 현행 지방세법까지도 그대로 유지되고 있다. 그렇다면 위탁자로부터 수탁자에게로의 신탁재산의 이전이 구 지방세법 제2장에서 정한 취득에 해당하는 이상, 그 신탁재산의 취득을 원인으로 한 소유권이전등기는 통합 취득세의 과세 여부가 문제될 뿐 별도로 등록면허세의 과세대상이 될 여지가 없다.

2010년 지방세법에서 신탁법상 신탁을 원인으로 수탁자가 위탁자로부터 이전받은 재산권 취득의 등기를 등록세 비과세대상으로 규정한 종전 지방세법 제128조가 삭제된 것도 같은 맥락에서 이해할 수 있고, 종전과 달리 위 조항이 삭제됨에 따라 위와 같은 등기가 등록면허세 과세대상으로 새로이 포함되었다고 보기는 어렵다.

 

구 지방세법 제9조 제3항 제1호는 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우의 취득을 취득세 비과세대상으로 규정하고 있으므로, 수탁자의 신탁재산 취득을 원인으로 한 이 사건 등기에 대해서는 취득세 납세의무가 성립할 여지가 없다. 따라서 구 지방세법에서 정한 취득시기가 도래하지 않아 이 사건 등기 당시 이 사건 건물이 취득세 과세요건을 충족하지 못하였더라도, 그러한 이유만으로 이 사건 등기를 취득과 관련 없이 이루어진 소유권이전등기로서 등록면허세 과세대상에 해당한다고 볼 수는 없다.

 

따라서 원고가 리치홀딩스와 신탁계약을 체결하고 이를 원인으로 위탁자인 리치홀딩스로부터 신탁재산인 이 사건 건물을 이전받은 이상 이는 구 지방세법 제7조 제1항의 ‘부동산 취득’에 해당하고, 그에 따라 이루어진 이 사건 등기는 ‘구 지방세법 제2장에 따른 취득을 원인으로 이루어지는 등기’에 해당한다.

 

그럼에도 원심은 이 사건 등기가 등록면허세 과세대상에 해당한다는 잘못된 전제에서 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 등록면허세 과세대상 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

 

3. 임대목적으로 취득한 토지의 임대사업등록 관련 감면 여부 /대법원 2021두53720(2023.12.28) /처분청 승소

<쟁점요지>

임대목적으로 취득한 토지의 임대사업등록 관련 감면 여부

 

〈판결요지>

가. 이 사건 기반시설 부지 관련 주장에 관한 판단

구 지방세법 제9조 제2항 본문은 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 "국가 등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과하지 않도록 규정하고, 그 단서 제1호에서는 ‘국가 등에 귀속 등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속 등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우’에는 다시 취득세를 부과하도록 규정하고 있다(종래 지방세법 제9호 제2항은 본문의 비과세 규정만을 두고 있었으나, 지방세법이 2015. 12. 29. 법률 제13636호로 개정되면서 일정한 경우 면제된 취득세를 다시 부과하도록 하는 단서 규정이 신설되었다).

 

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제106조 제2항, 제126조 제2항에 따르면, 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 및 부동산의 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 과세하지 않는다. 위 규정의 입법 취지는, 국가 등에 귀속을 조건으로 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 것은 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등이 직접 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 취득세 및 등록세를 비과세하는 구 지방세법 제106조 제1항, 제126조 제1항과 같은 취지에서 취득세 및 등록세를 비과세하겠다는 데에 있으므로, 위 규정에 의하여 취득세 및 등록세가 비과세되기 위해서는 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 할 당시에 취득자가 그 부동산을 국가 등에 귀속시키는 것이 사실상 확정되어 있어야 한다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2010두6977 판결 참조).

 

구 지방세법(2008. 12. 26. 법률 제9168호로 개정되기 전의 것) 제106조 제2항, 제126조 제2항에서 취득세 및 등록세 비과세 요건으로 규정한 ‘기부채납을 조건으로 취득하는 부동산’의 의미에 관하여, 사업자가 주택건설사업계획승인을 받고 그 승인조건에서 나타난 기부채납 등의 조건에 맞추어 취득한 토지가 이에 해당함은 당연하고, 나아가 주택건설사업계획승인 이전이라도 이미 기부채납의 대상이 되는 토지의 위치나 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 행정관청과 사이에 기부채납에 대한 협의가 진행 중인 것으로 볼 수 있는 객관적인 사정이 있는 경우에는, 그 이후에 취득하여 국가 등에 기부채납한 토지도 ‘기부채납을 조건으로 취득한 토지’로서 비과세 대상에 해당한다(대법원 2011. 11. 10. 선고 2011두17363 판결 참조). 이러한 법리는 주택법에 따른 주택건설사업 과정에서 기부채납을 조건으로 부동산을 취득한 경우뿐만 아니라, 도시개발법에 따른 도시개발사업 과정에서 귀속을 조건으로 부동산을 취득하는 경우에도 마찬가지로 보아야 한다(피고는 위 대법원 2011두17363 판결이 ‘기부채납’에 관한 것으로서 ‘귀속’이 문제되는 이 사건에는 적용될 수 없다고 주장하나, 구 지방세법 제9조 제2항은 ‘귀속’과 ‘기부채납’을 같은 조항에서 병렬적으로 규정하고 있는 점, ‘귀속’과 ‘기부채납’은 국가 등이 부동산을 종국적으로 취득하게 된다는 측면에서 본질적으로 차이가 없고, 부동산의 취득이 ‘부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치’라는 측면에서도 동일한 점에 비추어 보면, 구 지방세법 제9조 제2항의 해석과 관련하여 ‘귀속’과 ‘기부채납’을 달리 볼 이유가 없고, 위 대법원 판결은 ‘귀속’이 문제되는 이 사건에서도 적용될 수 있다).

 

앞서 본 관련 규정 및 관련 법리에 비추어 보면, 이 사건 기반시설 부지가 구 지방세법 제9조 제2항에 따른 취득세 비과세 대상에 해당하기 위해서는, 원고가 이 사건 기반시설 부지를 취득할 당시 ‘기반시설 부지가 공공시설 부지로서 위치나 면적이 구체적으로 특정’된 상태에서 행정관청과 사이에 ‘귀속에 관한 협의’가 진행 중인 것으로 볼 수 있는 객관적인 사정이 있는 등으로 ‘국가 등에 귀속될 것이 사실상 확정’되어 있어야 한다.

 

앞서 본 사실, 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들에 비추어 보면, 원고가 이 사건 기반시설 부지를 취득할 당시 기반시설 부지가 공공시설 부지로서 위치나 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 그 공공시설의 관리청인 피고와 사이에 귀속에 관한 협의가 진행 중인 것으로 볼 수 있는 객관적인 사정이 있어 국가 등에 귀속될 것이 사실상 확정되어 있었다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 기반시설 부지는 구 지방세법 제9조 제2항의 ‘국가 등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산’으로서 취득세 비과세 대상에 해당하므로, 이 사건 처분 중 기반시설 부지에 관한 951,886,270원의 환급 거부 부분은 위법하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

 

① 도시개발법령에 따르면, 도시개발구역 지정권자는 도시개발구역을 지정하려면 개발계획을 수립하여야 하고, 이때 개발계획에는 ‘도시개발구역의 명칭ㆍ위치 및 면적’, ‘토지이용계획’, ‘주요 기반시설의 설치계획’ 등의 사항이 포함되어야 한다.

 

이에 따라 이 사건 2009년 고시에는 ‘토지이용계획’ 및 ‘기반시설계획’이 포함되었고, 그 ‘토지이용계획’의 도시기반시설 용지 부분에는 도로, 공원ㆍ녹지 등 기반시설별 면적이 기재되어 있으며, 기반시설별 세부적 계획을 담은 ‘기반시설계획’에는 ‘목성리 494-9 답 일원’ 등으로 각 기반시설의 위치와 면적이 기재되어 있다(별지3, 다만 도로의 경우에는 여러 필지를 관통하는 특성상 노선수, 폭원, 연장, 면적 외에 위치는 별도로 표시되지 않은 것으로 보인다). 또한 위 고시에 포함된 지형도면(별지4)에는 기반시설 부지의 지도상 위치 및 면적이 특정되어 있어 이 사건 사업구역 중 어디에 기반시설이 설치될 것인지를 구체적으로 확인할 수 있다. 이에 따르면 이 사건 2009년 고시 당시 이미 도시개발법 제66조에 따라 무상귀속될 기반시설 부지는 그 위치와 면적이 구체적으로 특정된 상태였다.

 

② 원고 이전에 이 사건 개발사업의 시행자였던 한국토지주택공사와 피고 소속 회계과, 건설과의 개발계획수립을 위한 협의에는 도시개발법 제66조에 의한 공공시설의 무상귀속에 관한 내용이 포함되어 있었고, 한국토지주택공사는 ‘실시계획인가 시 공공시설의 무상귀속 등에 대하여 관리청과 협의하겠다’는 조치계획을 밝혔는데, 이에 따르면 한국토지주택공사와 피고 상호간에는 이 사건 2009년 고시가 있기 전부터 도시개발법 제66조 제2항에 따른 공공시설의 무상귀속을 당연한 전제로 하는 협의가 진행되고 있었음을 확인할 수 있다.

 

③ 한국토지주택공사로부터 사업시행자 지위를 승계한 원고는 2015. 5. 20. 피고에게 ‘소유권이전등기를 위하여 취득세를 우선 납부하고자 하니, 구 지방세법 제9조 등 관련 규정에 따라 감면대상인 기부채납 대상 토지에 대하여 기납부한 취득세 등을 실시계획인가 후 정산 환급 처리하여 주시기 바란다’는 내용의 공문을 보냈는데, 이에 대하여 피고는 같은 날 원고에게 ‘시간이 촉박함을 감안하여 취득세를 우선 납부하여 이전등기 하면, 실시계획인가 후 지방세기본법의 경정청구 규정에 따라 과오납 부분을 정산할 계획’이라는 취지로 회신하였다.

 

이는 원고의 구 지방세법 제9조 제2항에 근거한 취득세 등의 정산 환급 요구에 대하여, 피고가 공문을 받은 날 바로 원고에게 실시계획인가 후 정산 처리할 계획이라고 회신한 것인데, 통상 공문 회신에 관련 부서의 법률 검토 등 상당한 시간이 소요되는 점을 감안하면, 원고와 피고 사이에는 이미 무상귀속될 기반시설 부지에 대한 취득세 감면 협의가 진행되었던 것으로 보인다.

 

④ 비록 실시계획인가 전에는 도시개발법 제66조 제2항에 따라 국가 등에 무상귀속될 공공시설 부지가 확정되기 어렵고 원고가 이 사건 실시계획인가 고시 전에 이 사건 기반시설 부지를 취득하였다고 하더라도, 이 사건 기반시설 부지는 도시개발법 제66조 제2항에 따른 무상귀속이 법률상 예정되어 있었고, 앞서 본 것과 같이 기반시설 부지의 위치와 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 사업시행자인 원고와 기반시설 관리청인 피고 사이에 무상귀속을 당연한 전제로 하여 무상귀속 및 취득세 감면 협의까지 진행되었으며, 결국 이 사건 기반시설 부지가 모두 국가 등에 귀속되었다면, 이 사건 기반시설 부지는 국가 등에 귀속될 것이 사실상 확정되어 있어 귀속을 조건으로 취득한 부동산에 해당한다고 봄이 타당하다.

 

⑤ 구 지방세법 제9조 제2항 본문의 입법 취지는, 국가 등에 귀속 등을 조건으로 부동산을 취득하는 것은 그 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로, 국가 등이 직접 부동산을 취득하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 취득세 등을 비과세하겠다는 것이다. 도시개발사업의 시행자인 원고가 기반시설 부지의 위치와 면적이 구체적으로 특정되고 관리청인 피고와 무상귀속을 당연한 전제로 한 귀속 및 취득세 감면 협의까지 진행된 상태에서 기반시설 부지를 취득하는 것은, 부지를 취득하여 기반시설을 설치한 후 그 부지 및 시설을 도시개발법 제66조 제2항에 따라 국가 등에 무상귀속하기 위한 것이고, 이는 ‘부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치’에 불과하다. 이 경우 ‘귀속을 조건으로 취득하는 부동산’에 해당한다고 보아 취득세를 비과세하는 것이 구 지방세법 제9조 제2항의 입법취지에 더욱 부합하고, 부동산의 취득이 실시계획인가 전이라는 사정만으로 비과세 대상에 해당하지 않는다고 본다면 오히려 구 지방세법 제9조 제2항의 입법취지에 반하는 결과가 된다.

 

⑥ 도시개발법 제66조 제2항에 따라 무상귀속의 대상이 되는 공공시설 부지는 도시개발구역 지정 이후 사업이 진행되면서 여러 가지 이유로 변동이 있을 수 있고, 심지어는 실시계획인가가 이루어진 이후에도 최종적으로 기반시설이 설치되기 전까지는 그 변경인가 등을 통해 변동이 있을 수 있으므로, 그러한 변동 가능성만으로 일괄적으로 구 지방세법 제9조 제2항 본문의 취득세 비과세 대상에 해당하지 않는다고 보게 되면, 그 부동산의 취득의 실질이 ‘국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치’에 불과함에도 이를 반영하지 못하여 부당할 뿐만 아니라, 이 사건과 같은 도시개발사업에서는 취득세 비과세 대상에 해당하는 경우가 거의 존재하지 않게 되어 불합리하다. 만약 토지 취득자가 귀속 등의 조건을 이행하지 않거나 국가 등에 귀속되지 않는 것으로 조건이 변동된다면 구 지방세법 제9조 제2항 단서 제1호를 적용하여 다시 취득세를 부과할 수 있으므로 조세정의에 반할 우려가 없고, 위와 같이 구 지방세법 제9조 제2항의 본문과 단서를 해석하는 것이 그 입법취지와 목적에 부합하고 실질과세의 원칙에도 더 부합한다.

 

⑦ 피고는 앞에서 본 대법원 2010두6977 판결을 들면서 이 사건 기반시설 부지가 국가 등에 귀속되기 전에 제3자에게 처분될 가능성이 있으므로 원고가 이 사건 기반시설 부지를 취득할 당시 국가 등에 귀속될 것이 사실상 확정되어 있다고 볼 수 없다고 주장한다. 그러나 위 대법원 판결은 토지등소유자가 도시정비법령상 도시정비사업의 사업시행자로 지정되기 전에 정비구역 내 토지를 취득한 사안에 관한 것으로, 도시개발법령상 도시개발사업의 사업시행자가 취득한 기반시설 부지에 관한 이 사건과 사안이 동일하지 않고, 2015. 12. 29. 지방세법 제9조 제2항 단서 규정이 신설되기 이전인 2011. 7. 28. 선고된 판결이라는 점에서도 이 사건에 그대로 적용될 수 없다. 또한 피고는 대법원 2012. 11. 29. 선고 2012두16695 판결을 들면서 도시개발사업의 실시계획인가 고시 전에 토지를 취득한 경우는 구 지방세법 제9조 제2항의 취득세 비과세 대상인 ‘국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득한 부동산’에 해당하지 않는다고 주장하나, 위 대법원 판결은 도시개발구역으로 지정되기도 전에 도시개발사업조합의 조합원들이 토지를 취득한 사안에 관한 것으로서 이 사건과는 사안을 달리하여 원용하기에 적절하지 않다.

 

나. 이 사건 임대주택 부지 관련 주장에 관한 판단

 

2016. 12. 31.까지 시행된 개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문은 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자(임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 "임대사업자"라 한다)가 임대할 목적으로 공동주택(괄호생략)을 건축하는 경우 그 공동주택과 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(괄호생략)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 그 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2018년 12월 31일까지 감면하도록 규정하여, 지방세 감면 대상이 되는 임대사업자 요건에 관하여 “임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 임대사업자로 등록한 경우”로 규정하고 있었다.

 

그런데 위 규정이 개정되어 2017. 1. 1.부터 시행된 개정 후 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문은 지방세 감면 대상이 되는 임대사업자 요건에 관하여, “임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말한다”고 규정하였다.

 

이하에서는 위 각 규정에 공통으로 적용되는 관련 법리를 살펴본 후, ① 개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문이 적용되는 부분(2015. 5. 8.부터 2016. 12. 31.까지 취득 부분), ② 개정 후 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문이 적용되는 부분(2017. 1. 1.부터 2017. 6. 8.까지 취득 부분)의 순서로 판단하되, ① 개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문이 적용되는 부분은 2015. 5. 8.부터 2015. 11. 8.까지 취득 부분과 2015. 11. 9.부터 2016. 12. 31.까지 취득 부분으로 나누어 살펴보기로 한다.

 

구 지방세특례제한법 제31조 제1항은 임대주택의 건설 및 분양을 촉진하여 서민의 장기적인 주거생활의 안정을 도모하기 위하여 임대사업자가 취득한 임대주택에 대하여 취득세 감면의 혜택을 부여하면서도, 조세형평 등을 고려하여 감면대상의 범위를 임대주택의 구체적 취득방법 등에 따라 제한하고 있는바(대법원 2017. 6. 15. 선고 2017두32401 판결 등 참조), 그러한 제한의 목적 및 취지는 임대사업자 등록 및 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하는 등록 등에 따른 제한에 관하여도 마찬가지로 보아야 한다. 그리고 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2020. 6. 11. 선고 2017두36953 판결 등 참조).

 

(1) 2015. 5. 8.부터 2015. 11. 8.까지 취득 부분

 

앞서 본 관련 규정에 따르면, 개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 임대사업자 요건에 해당하기 위해서는 임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 임대사업자로 등록하여야 한다. 그런데 원고가 2015. 5. 8.부터 2015. 11. 8.까지 이 부분 임대주택 부지를 취득한 사실, 원고가 토지취득일로부터 60일이 경과한 2016. 1. 8.에야 임대사업자로 등록한 사실은 앞서 본 것과 같으므로, 원고는 이 부분 임대주택 부지 취득에 관하여 위 규정의 임대사업자 요건을 갖추지 못하였다. 따라서 개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 감면규정이 적용될 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

 

(2) 2015. 11. 9.부터 2016. 12. 31.까지 취득 부분

 

살피건대 개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 임대사업자 요건에 해당하기 위해서는 임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 임대사업자로 등록하여야 함은 앞서 본 것과 같고, 조세법률주의 원칙상 조세감면요건 등 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하므로, 개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 임대사업자는 문언상 임대용 부동산 취득일로부터 60일 이내에 임대사업자로 등록하면 족하고 반드시 그 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자 등록을 하여야 하는 것으로 해석할 수는 없다.

 

원고가 2015. 11. 9.부터 2016. 12. 31.까지 이 부분 임대주택 부지를 취득한 사실, 원고가 토지취득일로부터 60일 이내인 2016. 1. 8. 임대사업자로 등록한 사실은 앞서 본 것과 같으므로, 원고는 개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 임대사업자 요건을 갖추었다고 봄이 상당하다. 따라서 이 부분 임대주택 부지 취득에 관하여는 개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 감면규정이 적용된다고 봄이 타당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

 

다) 개정 후 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문이 적용되는 부분

 

(1) 앞서 본 관련 규정에 따르면, 개정 후 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 임대사업자요건에 해당하기 위해서는 임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록하여야 하고, 원고가 2017. 1. 1.부터 2017. 6. 8.까지 이 부분 임대주택 부지를 취득한 사실, 원고가 그로부터 60일이 지난 2018. 7. 26.에야 이 사건 임대주택 부지를 임대목적물로 하여 임대사업자 변경등록을 한 사실은 앞서 본 것과 같다.

 

(2) 원고는 실시계획인가 이전에는 임대주택 부지가 결정되지 않아 이를 임대목적물로 하여 임대사업자 등록을 할 수 없으므로, 원고가 실시계획인가일인 2018. 6. 14.로부터 60일 내인 2018. 7. 26. 그 변경등록을 한 이상 개정 후 구 지방세특례제한법 제31조 제1항의 임대사업자에 해당한다고 주장하나, 앞서 본 사실, 앞서 든 증거, 갑 제18호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들에 비추어 보면, 원고는 이 부분 임대주택 부지 취득에 관하여 개정 후 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 임대사업자 요건을 갖추지 못하여 위 규정이 적용될 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 조세법률주의 원칙상 조세감면요건 등 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는데, 개정 후 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문은 임대사업자 요건에 관하여 “임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말한다”고 명시하고 있어, 그 문언상 60일의 등록 유예기간은 ‘임대용 부동산의 취득일‘부터 기산하여야 한다.

 

② 갑 제18호증의 기재에 따르면, 개정 후 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 개정이유는 임대사업자가 부동산을 추가 취득할 경우에 관한 해석상 논란이 있어 임대사업자를 ’임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우‘로 한정하기 위한 것이다.

 

③ 개정 후 구 지방세특례제한법이 2021. 12. 28. 법률 제18656호로 개정되면서 제31조 제1항 본문은 임대사업자에 대하여 ‘임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되, 토지에 대해서는 주택법 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는 건축법 제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다.’는 내용으로 개정되었다. 위 규정은 원고의 주장처럼 사업계획승인을 받은 날로부터 60일의 등록 유예기간를 기산하도록 하고 있으나, 그 부칙(2021. 12. 28.) 제4조 제1항에서 ‘위 개정규정은 이 법 시행 이후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다.’고 규정하므로, 이 사건에 적용되는 개정 후 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 임대사업자 부분을 위 개정 규정과 같은 취지로 해석하는 것은 그 문언의 의미를 넘어서는 해석이다.

 

④ 원고는, 장래 임대주택 건설을 위해 부지를 취득하는 것이 명확한 경우라면 그 부지 취득 후 60일 이내에 이를 임대목적물로 하여 임대사업자 등록을 하지 않았더라도 개정 후 구 지방세특례제한법 제31조 제1항에 따라 취득세를 감면하는 것이 입법취지에 부합한다고 주장하나, 원고가 이 부분 임대주택 부지를 취득할 당시에는 도시개발업무지침(국토교통부훈령 제1531호) 2-8-5-3, (3), ⑧, ㉯에 따라 공동주택용지의 20% 이상을 임대주택건설용지로 계획하여야 한다는 점이 정해져 있었을 뿐 이 사건 개발사업 부지 중 어느 부지가 임대주택 부지인지가 분명하지 않았으므로, 원고가 이 부분 임대주택 부지를 취득할 당시 장래 임대주택 건설을 위해 부지를 취득하는 것이 명확한 경우에 해당한다고 보기도 어렵다.

 

라) 소결론

 

(1) 이 사건 임대주택 부지 중 2015. 5. 8.부터 2015. 11. 8.까지 취득 부분과 2017. 1. 1.부터 2017. 6. 8.까지 취득 부분에 관하여는 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 감면규정이 적용되지 않으므로, 이 사건 처분 중 이 부분 임대주택 부지에 관한 환급 거부 부분은 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 단서의 ‘정당한 사유’ 여부를 판단할 필요 없이 적법하다.

 

(2) 이 사건 임대주택 부지 중 2015. 11. 9.부터 2016. 12. 31.까지 취득 부분에 관하여는 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 본문의 감면규정이 적용되므로, 이하에서는 이 부분 임대주택 부지와 관련하여, 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 단서의 토지를 취득한 날부터 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 데에 정당한 사유가 존재하는지 여부에 관하여 살펴보기로 한다.

2) 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 단서의 토지취득일로부터 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 ‘정당한 사유’ 존재 여부(2015. 11. 9.부터 2016. 12. 31.까지 취득 부분)

 

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제288조 제2항 단서가 정하는 ‘정당한 사유’라고 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 본문에 규정된 비영리단체가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리단체에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 아니하는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 고유 업무에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 고유 업무에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 비영리단체가 부동산을 고유 업무에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단할 것인바(대법원 2012. 12. 13. 선고 2011두1948 판결 등 참조), 이러한 법리는 구 지방세특례제한법 제31조 제1항 단서의 ‘정당한 사유’에 관하여도 마찬가지로 보아야 한다.

 

원고가 2015. 11. 9.부터 2016. 12. 31.까지 이 부분 임대주택 부지를 취득한 사실, 그로부터 2년이 경과한 2019. 10. 29. 이 사건 임대주택 부지 중 A-1, A-2 블록에 관한 착공신고가 마쳐진 사실은 앞서 본 것과 같다.

 

그러나 앞서 본 사실, 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들에 비추어 보면, 원고가 이 부분 임대주택 부지를 취득한 날부터 2년 이내에 임대주택을 착공하지 않은 데에는 정당한 사유가 존재한다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

 

① 구 매장문화재법 제5조 제2항은 ‘개발사업 시행자는 공사 중 매장유산을 발견한 때에는 즉시 해당 공사를 중지하여야 한다.’고 규정하고 있다. 그런데 원고의 2017. 11. 24.자 문화재 보존조치(발굴조사) 결과보고서에 따르면, 2016. 10.경부터 2017. 10. 25.까지 이 사건 사업구역(729,316㎡)의 상당 부분을 차지하는 657,766㎡에서 매장문화재 표본조사 및 시굴조사가 시행되어 청동기 시대부터 조선 시대에 이르기까지의 유구가 다량 출토되었고, 유물 산포지가 이 사건 사업구역의 전 구역에 걸쳐 분포되어 있었는바, 원고로서는 이 사건 사업구역에서의 공사를 중지하여야 하였다.

 

② 또한 대한문화재연구원은 2016. 10.경 추가 구역(22,610㎡)에 대한 지표조사를 실시하였고, 이에 대해 문화재청장은 2016. 11. 17. 원고 및 피고 등에게 구 매장문화재법 제9조에 따라 문화재 보존대책을 통보하였는바, 원고는 위와 같은 문화재청장의 통보에 따른 조치를 완료하기 전에는 해당지역에서 공사를 시행해서는 아니되므로(구 매장문화재법 제10조 제1항), 원고는 문화재청장의 위와 같은 문화재 보존대책통보에 따라서도 그 구역에서 공사를 시행할 수 없었다.

 

③ 두류문화연구원이 2019. 3.경까지 이 사건 사업구역 중 1지구(86,538㎡), 2지구(80,917㎡) 및 3지구(91,584㎡)에서 실시한 매장문화재 정밀발굴조사 결과에 따르면 전 지구에 걸쳐 청동기 시대부터 조선 시대에 이르기까지의 유구가 다량 출토되었다(별지6). 이처럼 2016. 10.경부터 2019. 3경까지 이 사건사업구역에서 실시된 매장문화재 발굴조사 등으로 인하여 원고는 임대주택을 착공할 수 없었고, 이는 원고가 이 사건 개발사업 부지를 취득할 당시에는 예상할 수 없었던 사정에 해당한다.

 

④ 비록 토지 보상 등에 관한 문제로 인해 매장문화재 발굴조사 등이 일부 지체된 것으로 보이기는 하나, 이 사건 사업구역의 전 구간에 걸쳐 다량의 문화재가 매장되어 있어 장기간 발굴조사 등이 진행되고 있었던 상황이었음을 고려하면, 2016. 10.경부터 2019. 3.경까지는 이 부분 임대주택 부지를 취득한 날부터 2년 이내에 임대주택을 착공할 수 없는 법령상의 장애사유가 있었던 것으로 볼 수 있고, 원고는 그 법령상의 장애사유가 제거된 2019. 3.경부터 2년 이내인 2019. 10. 29. 이 사건 임대주택 부지에서 임대주택을 착공하였다.

 

⑤ 물론 원고로서는 임대주택 착공 가능 시기 등을 예상하여 구 지방세법 제31조 제1항에 따른 취득세 감면을 받을 수 있도록 이 부분 임대주택 부지 취득 시기를 조정할 수도 있었을 것이다. 그러나 지체되고 있던 이 사건 개발사업을 조속히 추진하고자 했던 피고가 원고에게 2015. 5. 8. “빠른 시일 내에 소유권이전등기 등이 이루어질 수 있도록 조치하여 주시기 바랍니다.”라는 내용의 공문을 보내거나, 원고의 취득세 등 정산 환급 요청에 대하여 2015. 5. 20. “사업대상 토지 면적의 2/3 이상의 계약 체결이 된 날(2015. 5. 8.)로부터 15일 이내에 매매대금의 전액을 지급해야 하므로 시간이 촉박함을 감안하여 취득세를 우선 납부하여 등기 이전한 후 실시계획 인가되면 정산(과오납 반납 등) 처리할 계획”이라고 회신하는 등 원고로 하여금 조속히 이 사건 개발사업 부지를 취득하도록 한 점에 비추어 보면, 원고가 이 사건 개발사업 부지를 조속히 취득한 것을 두고 오로지 원고의 사업상 판단에 따른 결정으로서 원고의 책임이라고만 하기도 어렵다.

 

3) 소결론

 

결국 이 사건 임대주택 부지 중 2015. 11. 9.부터 2016. 12. 31.까지 취득한 부분에 관하여는 개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항의 감면규정이 적용되므로, 이 사건 처분 중 위 임대주택 부지에 관한 3,872,250원의 환급 거부 부분은 위법하다.

 

다. 신뢰보호원칙 위반 주장에 관한 판단

 

일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하고, 어떠한 행정처분이 이러한 요건을 충족할 때에는, 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 해할 우려가 있는 경우가 아닌 한, 신뢰보호의 원칙에 반하는 행위로서 위법하게 된다(대법원 1998. 11. 13. 선고 98두7343 판결 등 참조). 위 요건의 하나인 행정청의 공적 견해표명이 있었는지의 여부를 판단하는 데 있어 반드시 행정조직상의 형식적인 권한분장에 구애될 것은 아니고 담당자의 조직상의 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 상대방의 신뢰가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 한다(대법원 1997. 9. 12. 선고 96누18380 판결 등 참조).

 

가) ① 원고가 2015. 5. 8.부터 2017. 6. 9.까지 이 사건 개발사업 부지를 취득하고, 그 취득 과정에서 2015. 5. 13.부터 2017. 6. 12.까지 별지1 기재와 같이 취득세 등 합계 3,075,961,730원을 납부한 사실, ② 원고가 2015. 5. 20. 피고에게 “취득세를 우선 납부하고자 하오니, 구 지방세특례제한법 제31조 및 구 지방세법 제9조 등 관련 규정에 의거 감면(면제) 대상인 ‘임대주택 용지 및 도시계획시설 기부채납 대상 토지’에 대하여 기납부한 취득세를 실시계획인가 후 정산 환급 처리하여 주시기 바랍니다.”라는 내용의 공문을 보낸 사실, ③ 원고가 보낸 위 공문에 대하여 피고는 같은 날 원고에게 “구 지방세특례제한법 제31조와 구 지방세법 제9조의 규정에 따라 필지별 면제, 감면, 미부과 내용을 정리한 후 처리하여야 하나, 이 사건 개발사업의 경우 구역계 변경과 개발계획 변경이 진행되어야 하고 실시계획인가 후 토지 용도 지정으로 도로 등 공공 기부채납 토지와 임대주택 용지 등으로 분류되어 필지별 면제, 감면, 미부과 사항을 확정할 수 있을 것”이라고 하면서, “취득세 등이 납부되어야 부동산등기법에 의한 소유권이전등기가 가능하고 시간이 촉박함을 감안하여 취득세를 우선 납부하여 등기 이전한 후 지방세기본법 제51조(경정 등의 청구) 규정에 따라 임대주택 사업승인 또는 도시개발사업 실시계획 인가되면 필지별 면제, 감면, 미부과 사항을 정리하여 정산(과오납 반납 등) 처리할 계획”이라고 회신한 사실, ④ 원고가 2019. 1. 25. 피고에게 별지1 기재와 같이 취득세 등 납부액 중 1,239,773,380원의 환급을 구하는 경정청구를 하였는데, 피고는 2019. 3. 20. 원고에 대하여 이 사건 기반시설 부지에는 구 지방세법 제9조 제2항이 적용되지 않고, 이 사건 임대주택 부지에는 구 지방세특례제한법 제31조 제1항이 적용되지 않는다는 사유로 원고의 위 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 한 사실은 앞서 본 것과 같다.

 

나) 원고가 2015. 5. 20. 피고에게 취득세 등의 정산 환급 요청을 하자 피고는 같은 날 원고에게 구체적으로 구 지방세법 제9조, 구 지방세특례제한법 제31조의 비과세·감면규정을 언급하면서 시간이 촉박하므로 우선 취득세를 납부하여 등기를 이전하면 실시계획인가 후 경정 등의 청구 규정에 따라 필지별 면제, 감면, 미부과 사항을 정리하여 정산(과오납 반납 등) 처리할 계획이라는 취지로 회신하였는바, 이는 피고가 원고에 대하여 우선 이 사건 개발사업 부지를 취득하고 취득세 등을 납부한 후 소유권이전등기를 마치면, 실시계획인가 후 구 지방세법 제9조, 구 지방세특례제한법 제31조의 적용 요건에 해당하면 이에 따라 취득세를 감면하여 납부한 취득세 등을 환급해 주겠다는 공적인 견해표명을 한 것으로 볼 수 있다(피고는 2015. 5. 20.자 회신을 한 부서가 취득세 등 세금에 관한 권한이 없는 택지조성과인 점을 들어 그 회신을 피고의 공적 견해표명으로 볼 수 없다고 주장하나, 위 회신은 피고 명의로 행해진 것으로서 행정조직상의 형식적인 권한분장과는 별개로 피고가 위와 같은 견해표명을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 원고의 신뢰가능성 등에 비추어 볼 때 이는 실질적으로 피고의 공적 견해표명에 해당한다).

 

다) 원고는 피고의 위와 같은 공적 견해표명을 신뢰하고 이 사건 개발사업 부지를 취득하면서 그 취득세 등을 납부하였고, 이 사건 실시계획인가 고시가 있은 이후에 피고에게 구 지방세법 제9조 제2항, 구 지방세특례제한법 제31조 제1항에 따라 취득세 등의 경정청구를 하였는데, 피고는 이 사건 기반시설 부지에는 구 지방세법 제9조 제2항이 적용되지 않고, 이 사건 임대주택 부지에는 구 지방세특례제한법 제31조 제1항이 적용되지 않는다는 이유로 원고의 위 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다. 그러나 앞서 본 것과 같이 이 사건 기반시설 부지는 구 지방세법 제9조 제2항에 따른 취득세 등 비과세 대상이고, 이 사건 임대주택 부지 중 2015. 11. 9.부터 2016. 12. 31.까지 취득한 부분은 개정 전 구 지방세특례제한법 제31조 제1항에 따른 지방세 감면대상이므로, 피고의 이 부분 처분은 위 견해표명에 반하는 것이고 이로 인하여 이를 신뢰한 원고의 이익을 침해하는 결과가 초래되었다고 할 것이다.

 

라) 따라서 이 사건 처분 중 적어도 원고가 피고의 위와 같은 견해표명이 있었던 2015. 5. 20. 이후 취득한 기반시설 부지 및 이 사건 임대주택 부지 중 2015. 11. 9.부터 2016. 12. 31.까지 취득한 부분에 관한 취득세 등의 경정청구에 대하여 피고가 그 경정청구를 거부한 부분은 신뢰보호의 원칙에 위반되어 위법하다.

그렇다면 원고의 이 사건 기반시설 부지 및 이 사건 임대주택 부지 중 2015. 11. 9.부터 2016. 12. 31.까지 취득한 부분에 대한 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결 중 위 임대주택 부지에 관한 부분은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여 이를 취소하고, 이 사건 처분 중 위 임대주택 부지에 관한 3,872,250원의 환급 거부 부분을 취소하며, 원고의 나머지 항소 및 피고의 항소는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

 

4. 다주택자 중과관련 2020.7.10. 이전에 계약이 이루어졌는지 여부 /대법원 2023두53447(2023.12.07) /처분청 일부승소

<쟁점요지>

다주택자 중과관련 2020.7.10. 이전에 계약이 이루어졌는지 여부

 

<판결요지

 

현행 지방세법 제13조의2는 2020. 8. 12. 법률 제17473호로 지방세법이 개정되며 신설된 조항으로 법인이 주택을 취득하는 경우, 1세대가 주택법 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역에 있는 2주택 이상에 해당하는 주택을 취득하는 경우 등을 취득세 중과세율 적용대상으로 규정하고 있다.

 

한편 개정 지방세법 부칙(2020. 8. 12. 법률 제17473호) 제1조 본문은 “이 법은 공포한 날부터 시행한다.”고 규정하고, 제2조는 “이 법은 이 법 시행 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.”고 규정하고 있다. 취득세의 납세의무는 과세물건을 취득하는 때 성립한다(지방세기본법 제34조 제1항 제1호). 그런데 개정 지방세법 부칙 제6조(이하 ‘이 사건 부칙조항’이라 한다)는 지방세법 제13조의2에 관한 경과조치를 규정하고 있는바, “제13조의2의 개정규정을 적용할 때 법인 및 국내에 주택을 1개 이상 소유하고 있는 1세대가 2020년 7월 10일 이전에 주택에 대한 매매계약을 체결한 경우에는 그 계약을 체결한 당사자의 해당 주택의 취득에 대하여 종전의 규정을 적용한다. 다만, 해당 계약이 계약금을 지급한 사실 등이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우에 한정한다.”고 규정하고 있다.

 

이 사건 부칙조항은, 다주택자에 대한 취득세율을 인상하는 내용이 포함되어 있는 정부의 주택시장 안정 보완대책이 2020. 7. 10. 발표된 점을 고려하여, 개정 지방세법 제13조의2 시행일(2020. 8. 12.) 이후에 주택을 취득하였으나 2020. 7. 10. 이전에 해당 주택 매매계약을 체결한 주택 매수인의 취득세율에 대한 신뢰를 보호하기 위한 취지에서 마련된 것이다. 그리고 이 사건 부칙조항의 단서가 “다만, 해당 계약이 계약금을 지급한 사실 등이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우에 한정한다.”고 규정한 것은, 개정 지방세법 시행일 이후에 주택을 취득한 자가 2020. 7. 10. 이후에 해당 주택에 대한 매매계약을 체결하였으면서도 형식적으로 계약일자를 2020. 7. 10. 이전으로 소급한 계약서 등을 작성하여 개정 지방세법 제13조의2에 따른 중과세율 적용을 회피하는 것을 방지하기 위해 해당 매매계약이 2020. 7. 10. 이전에 체결된 사실을 확인하는 방법을 한정한 것으로, 실질과세원칙을 구체화하여 공평과세를 실현하고자 하는 데에 그 취지가 있다고 할 것이다.

 

원고는 개정 지방세법 시행(2020. 8. 12.) 이후인 2020. 9. 7. 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로서 조정대상지역에 있는 이 사건 주택을 취득하여 그때 취득세 납세의무가 성립하였으므로, 2020. 7. 10. 이전에 이 사건 매매계약을 체결한 경우임이 증빙자료에 의해 확인되는 경우라야 개정 전 지방세법에 따라 표준세율을 적용받을 수 있다.

 

원고는 2020. 7. 8. 이 사건 주택에 대한 매매계약을 체결하고 계약 당일 계약금 5,000만 원 중 1,000만 원을 매도인 권○○에게 자기앞수표로 지급하였다고 하면서, 이에 관한 증빙자료로 ① 매매계약서(갑 제2호증, 이하 ‘이 사건 매매계약서’라 한다), ② 2020. 7. 7. 발행된 1,000만 원 권 자기앞수표(을 제4호증의 2, 기업은행 발행 자기앞수표, 수표번호 바가47566078, 이하 ‘이 사건 자기앞수표’라 한다), ③ 권○○ 명의로 작성된 2020. 7. 8.자 영수증(갑 제4호증, 이 사건 매매계약의 계약금으로 1,000만 원을 영수하였다는 취지가 기재된 것, 이하 ‘이 사건 영수증’이라 한다)과 함께 ④ 권○○이 2020. 7. 23. 권○○ 명의 기업은행 계좌에 이 사건 자기앞수표를 입금한 내역(갑 제32호증) 등을 들고 있다.

 

그러나 앞서 채택한 증거, 갑 제2, 4, 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고가 들고 있는 이 사건 매매계약서, 자기앞수표 및 영수증을 포함하여 제1심 및 당심에 제출된 증거나 자료만으로는 이 사건 매매계약이 2020. 7. 10. 이전에 체결되었음을 확인할 수 없고, 그 밖에 이 사건 처분에 어떤 위법이 있다고 보기 어렵다. 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

 

원고는 이 사건 주택을 개정 지방세법 시행 이후인 2020. 9. 7. 취득하였고, 2020. 7. 8.자로 된 이 사건 매매계약서나 이 사건 영수증은 공인중개사의 입회 없이 계약당사자가 작성한 서류로서 언제나 사후에 작성할 수 있는 서류이며, 원고는 이 사건 매매계약을 2020. 7. 31.에야 신고하였는바, 이러한 사정과 더불어 개정 지방세법 부칙 제1조, 제2조 및 이 사건 부칙조항의 문언, 구조 및 취지, 실질과세의 원칙, 공평과세의 원칙 등에 비추어 볼 때, 개정 전 지방세법이 정한 취득세율을 적용할 것인지와 관련하여 이 사건 매매계약서나 이 사건 영수증이 2020. 7. 10. 이전에 작성된 것인지를 판단함에 있어, 2020. 7. 8. 계약금을 지급한 사실 등이 다른 증빙자료에 의하여 확인되지 않는 한, 처분문서의 증명력에 관한 법리(대법원 2002. 5. 24. 선고 2000다72572 판결 등)를 그대로 적용할 수는 없다.

 

앞서 본 바와 같이 이 사건 매매계약서는 공인중개사의 입회 없이 작성된 것이고, 공증 등을 통해 작성일이 확인된 것도 아니며, 원고는 2020. 7. 31.에야 이 사건 매매계약을 신고하였는데, 이 사건 매매계약서 초안을 교부한 자료 등도 전혀 존재하지 않는다. 이 사건 매매계약서에 의하면, 계약금 5,000만 원(매매대금 5억 원의 10%) 중 1,000만 원은 2020. 7. 8. 지급하고, 나머지 계약금 4,000만 원은 2020. 7. 20. 지급하는 것으로 되어 있는데, 계약금을 모두 지급하기 전에 계약금 일부만을 받고 계약서를 작성하는 것은 거래의 경험칙상 매우 이례적이다.

 

원고는 피고에게 취득세 경정청구를 한 이래 이 사건 매매계약 체결, 계약금 지급 경위와 관련하여, ‘권○○이 2020. 7. 8. 원고에게 연락하여 이 사건 주택을 매도하겠다는 의사를 밝혔는데, 권○○이 매도의사를 철회할까봐 당일 급하게 계약을 체결하기 위해 2억 2,000만 원(큰아버지로부터 차용한 2억 원과 원고의 자금 2,000만 원)을 지참하고 권○○의 사무실을 방문하여 이 사건 매매계약을 체결하였다. 원고는 당일 권○○에게 계약금 5,000만 원을 지급하고자 하였으나, 권상은이 거액의 금액을 가지고 다니기가 불편하다기에 우선 1,000만 원을 2020. 7. 8. 당일에 이 사건 자기앞수표로 지급하고, 나머지 4,000만 원은 2020. 7. 20. 계좌로 입금하였다’는 취지로 주장 내지 진술하여 왔다. 그런데 위 주장 내용 자체가 납득하기 어려운 내용인데다가 모순적이기까지 하다[권○○이 거액을 가지고 다니기 불편했다면, 권○○에게 처음부터 계좌이체의 방식으로 지급하면 되었을 일이고, 이 사건 자기앞수표를 포함하여 이 사건 매매계약 당일 원고가 가지고 있었다는 2020. 7. 7. 발행된 여러 자기앞수표(갑 제3호증, 을 제5호증의 2) 중 이 사건 수표만을 계약금의 일부로 지급한다는 것도 매우 이례적이다. 권○○은 제1심에 증인으로 출석하여 이 사건 매매계약 체결 경위, 계약금을 지급받은 경위 등에 관하여 증언하였는데, 그 증언 내용이 구체적이지도, 일관되지도 않는다].

 

이 사건 자기앞수표는 2020. 7. 23.에야 권○○의 계좌로 입금되었고, 원고의 주장에 의하더라도 나머지 계약금 4,000만 원은 2020. 7. 20.에야 권○○에게 계좌이체 방식으로 지급되었다는 점에서 볼 때, 이 사건 자기앞수표가 2020. 7. 7. 발행된 것이라는 사정만으로 2020. 7. 8. 매도인 권○○에게 계약금 일부로 지급되었음을 뒷받침한다고 보기 어렵고, 그 밖에 이를 인정할 만한 자료가 전혀 없다.

 

한편 행정안전부장관이 마련하여 각 지방자치단체장에게 통보한 ‘다주택자·법인 주택 취득세 중과 운영요령’(을 제2호증)은 2020. 7. 10. 이전 매매계약 체결 사실을 확인할 수 있는 증빙서류 또는 확인절차에 관하여 정하고 있는데, 이는 행정기관 내부의 법령 해석·적용 기준 내지 사무처리기준에 불과하고, 피고는 개정 지방세법 제13조의2 제1항 제3호, 부칙 제2조 및 이 사건 부칙조항을 근거로 이 사건 처분을 하였으므로, 피고가 위 운영요령에 따라 이 사건 처분을 하였다거나 그 처분서에 위 운영요령이 정한 기준을 거론하였다는 사정만으로 이 사건 처분에 조세법률주의 위배 등의 위법이 있다 할 수 없다.