장상록박사 지방세이야기
경제자유구역 개발사업의 사업시행자 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에 따라 산업단지개발사업의 시행자로 의제되는지 여부 본문
경제자유구역 개발사업의 사업시행자 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에 따라 산업단지개발사업의 시행자로 의제되는지 여부
장박사 취미생활 2024. 2. 20. 13:43경제자유구역 개발사업의 사업시행자 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에 따라 산업단지개발사업의 시행자로 의제되는지 여부
조심 2022지0007, 2023. 10. 31. 취득세 기각 /경제자유구역 개발사업의 사업시행자로 지정된 청구법인은 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에 따라 산업단지개발사업의 시행자로 의제되었으므로 쟁점부동산에 대해 「지방세특례제한법」제78조 제1항에 따라 취득세를 경감하여야 한다는 청구주장의 당부
[결정요지]
인․허가의 주무관청은 쟁점부동산은 산업단지로 지정되거나 의제된 사실이 없고, 이에 따라 청구법인은 경제자유구역 개발사업의 시행자일 뿐, 산업단지 개발사업 시행자로 지정 또는 의제된 사실이 없다고 우리 원에 공식의견을 통보해 왔으므로 청구주장을 받아들일 수 없음.
[관련법령]
지방세특례제한법 제78조
[참조결정]
조심2019지2310
[주 문]
심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구법인은 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」(이하 “경제자유구역법”이라 한다) 제4조 등에 따라 2008.5.6. 경제자유구역으로 지정․고시된 OOO경제자유구역 A지식산업지구 개발사업(이하 “쟁점개발사업”이라 한다)에서 2012.3.15. 지정․승인받은 쟁점개발사업의 시행자로서쟁점개발사업의 조성을 위해 2016.8.16.부터 2021.7.16.까지의 기간 동안 경상북도 경산시 OOO등 총 558건의 부동산(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득한 후,취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
나. 그 후, 청구법인은 2021.8.26. 경제자유구역법에 따라 경제자유구역개발사업의 시행자가 실시계획의 승인을 받은 경우에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지개발사업의 시행자의 지정을 받은 것으로 의제되므로 쟁점개발사업의 사업시행자인 청구법인이 취득한 쟁점부동산은 「지방세특례제한법」제78조 제1항 및 제8항(이하 “쟁점감면규정”이라 한다)에 따라 취득세 등 OOO원을 경감하여 달라는 취지로 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.9.10. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.11.29. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 경제자유구역법에 따라 산업단지개발사업 사업시행자로 의제된 청구법인이 쟁점개발사업의 조성을 위해 취득한 쟁점부동산은 ‘산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산’이므로 쟁점감면규정에 따라 취득세가 경감되어야 한다.
(가) 경제자유구역법 제7조의2에서는 ‘경제자유구역의 지정 또는 변경이 있은 때에는 그 경제자유구역개발계획의 내용에 따라 다음 각 호의 지정ㆍ결정ㆍ수립ㆍ확정ㆍ승인 또는 변경이 각각 있은 것으로 본다’고 규정하면서 같은 조항 제3호에서 ‘「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제6조, 제7조 및 제7조의2에 따른 국가산업단지ㆍ일반산업단지 및 도시첨단산업단지의 지정’을 규정하고 있고,
같은 법 제11조 제1항(이하 “쟁점의제규정”이라 한다)에서는 ‘개발사업시행자가 제9조에 따라 실시계획의 승인 또는 변경승인을 받은 경우에는 다음 각 호의 허가ㆍ인가ㆍ지정ㆍ승인ㆍ협의 및 신고 등을 받은 것으로 보며, 제10조에 따라 실시계획의 승인이 고시된 때에는 다음 각 호의 관계 법률에 따른 허가 등의 고시 또는 공고가 있은 것으로 본다’고 규정하면서,
그 제33호에서 ‘「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업시행자의 지정, 같은 법 제17조ㆍ제18조ㆍ제18조의2에 따른 국가산업단지개발ㆍ일반산업단지개발ㆍ도시첨단산업단지개발 실시계획의 승인’을 규정하고 있다.
(나) 또한, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지는 그 제5조에 따라 국토교통부 고시로 제정된 「산업입지의 개발에 관한 통합지침」의 적용을 받으며, 산업단지의 체계적·지속적 관리를 위하여 「산업입지 및 개발에 관한 법률」의 적용을 받게 되는바, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제33조는 산업단지가 지정된 경우, 산업단지로 관리할 필요가 있는 지역에 대하여 산업단지관리기본계획을 수립하도록 규정하고 있다.
(다) 한편, 「지방세특례제한법 기본통칙」78-1은 ‘「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」제8조에 의해 산업단지로 지정된 경우 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의해 지정된 산업단지로 본다.’고 규정하고 있다.
(라) 쟁점개발사업은 경제자유구역법에 따라 2008.5.6. 지식경제부 고시 제2008-36호로 경제자유구역으로 지정되었으므로 같은 법 제7조의2에 따라 산업단지로 지정되었고, 2013.6.18. OOO경제자유구역청 고시 제2013-8호에 따라 경제자유구역 실시계획이 승인됨에 따라 쟁점의제규정의 제33호에 의해 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따른 산업단지개발사업시행자의 지정과 제18조에 따른 산업단지개발 실시계획의 승인이 의제되었으며,
이에 따라 경제자유구역법 제7조의2 제3호에 따라 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지로 의제되었음을 전제로 제33조에 따른 산업단지관리기본계획이 승인ㆍ고시되었다(OOO경제자유구역청 고시 제2018-21호, 2018.11.27.).
또한, 처분청(중소기업벤처과)은 ‘A지식산업지구 산업시설용지 분양공고문(A지식산업지구 공고 제2016-5호)’에서 「산업입지의 개발에 관한 통합지침」에 따라 A지식산업지구의 조성원가를 산정하였다고 밝히고 있어, 처분청이 쟁점개발사업을 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의한 산업단지로 인정하고 있음이 공고문을 통해서도 확인되고 있으며,
쟁점개발사업은 실제의 현황 상 산업시설용지(36.1%), 지원시설용지(45.6%) 등 산업시설용지와 산업단지에 필수적인 부속시설 용지로 구성되어 있다(대법원 2010.2.11. 선고 2009두15760 판결).
(마) 관련규정 및 사실관계 등을 종합할 때, 쟁점개발사업은 경제자유구역법 상 산업시설용지로 조성된 산업단지로서 청구법인은 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지개발사업의 사업시행자로서 쟁점개발사업은 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지에 해당함이 명백하므로 쟁점부동산은 ‘산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산’으로서 쟁점감면규정에 따라 취득세를 경감하는 것이 타당하다.
(2) 처분청의 경정청구 거부처분과 조세심판청구의 의견은 아래와 같은 사유로 인정하기 어렵다.
(가) 처분청은 경제자유구역법 제11조에 따라 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따른 산업단지 개발사업시행자의 지정으로 의제된다 하더라도 「지방세특례제한법」제3조에 따라 쟁점감면규정을 적용할 수는 없고(대법원 2015.4.23. 선고 2014두2409 판결, 같은 뜻임),
경제자유구역법과 「산업입지 및 개발에 관한 법률」은 그 목적 및 법적 효과를 달리하는 법률이므로 쟁점감면규정의 취지 상 산업단지개발 사업시행자에 한정하는 것이지 다른 법률에서 산업단지개발 사업시행자로 의제되는 경우까지를 포함한다고 보기는 어렵다고 주장한다.
(나) 하지만, 처분청이 언급한 대법원 판례(2015.4.23. 선고 2014두2409 판결)의 경우, 아래 ＜표1＞과 같이 구 「국유재산법」에 의한 사용·수익에 대한 허가 의제를 위해서는 구 「주택법」에서 시작하여 두 번의 의제를 거쳐야 하는데, 대법원은 이러한 두 번의 의제(‘의제의 의제’)를 인정할 수 없다는 것이고,
청구법인의 경우는 경제자유구역법에서 한 번의 의제로 「지방세특례제한법」에 의한 감면이 가능한 것이므로 대법원 판결에 위반되지 아니한다.
＜표1＞ 대법원 판례와 청구법인의 경우 비교(청구법인 주장)
대법원 판례 (2014두2409)
구 주택법 → 구 국토의 계획 및 이용에 관한 법률·
구 도시개발법 → 구 국유재산법
청구법인 사례
경제자유구역법 → 산업입지법 ← 지특법
(다) 또한, 청구법인의 사안과 유사한 쟁점의 최신 판례 등을 보면, 대법원(2020.8.27. 선고 2020두39044 판결)은 경제자유구역법에 따라 지정된 개발사업시행자로서 산업단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산은 쟁점감면규정에 따른 감면대상에 해당한다고 판시하고 있고,
조세심판원(2019지2310, 2021.3.22. 결정)은 경제자유구역내의 모든 토지에 대하여 산업단지에 대한 의제규정이 적용된다고 볼 수는 없고, 토지의 이용계획 중 산업단지와 관련된 지역에 한정하여 경제자유구역법 제7조의2 제3호의 산업단지에 대한 의제규정이 적용될 수 있다고 결정하고 있으며,
법제처(2010-113, 2010.7.20.) 및 행정안전부(지방세운영과-4736, 2009.11.6., 지방세운영과-3885, 2011.8.17. 등)에서도 위 대법원과 조세심판원의 취지와 같이 운영하고 있다.
(라) 아울러, 쟁점의제규정에서 경제자유구역 사업시행자가 실시계획의 승인 등을 받은 경우 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지개발 사업시행자의 지정이 있는 것으로 본다고 규정하고 있는 이상,
법문대로 해석하여 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지개발 사업시행자의 지정이 있는 것으로 보는 것이 조세법률주의 원칙에 부합하는 해석이라 할 것이며(대법원 2003.1.24. 2002두9537 판결, 같은 뜻임),
나아가 처분청의 주장과 달리 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 산업단지 지정권자의 지정을 받기 위한 조건 중 경제자유구역법에는 규정되지 않아 청구법인이 충족하지 못한 별도의 요건을 확인하기 어렵고,
오히려 위 대법원 및 조세심판원 등의 사례에 비추어 경제자유구역법에서 산업단지개발 사업시행자로 의제되는 경우에 쟁점감면규정의 적용이 가능함을 알 수 있으므로 처분청의 주장(의견)은 잘못이다.
(3) 따라서, 쟁점부동산은 산업단지개발사업시행자로 의제 받은 청구법인이 쟁점개발사업을 위하여 취득하는 부동산으로서 쟁점감면규정에 따라 취득세가 경감되는 것이 타당하다 할 것임에도 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
(1) 쟁점감면규정에서는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 경감한다고 규정하고 있고,
「지방세특례제한법」 제3조 제1항에서는 이 법, 「지방세법」 및 「조세특례제한법」에 따르지 아니하고는 지방세법에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없도록 규정하고 있다.
(2) 어떤 법률에서 주된 인·허가가 있으면 다른 법률에 의한 인·허가를 받은 것으로 의제한다는 규정을 둔 경우에는, 주된 인·허가가 있으면 다른 법률에 의한 인·허가가 있는 것으로 보는데 그치는 것이고, 거기에서 더 나아가 다른 법률에 의하여 인·허가를 받았음을 전제로 한 다른 법률의 모든 규정들까지 적용되는 것은 아니다(대법원 2015.4.23.선고 2014두2409 판결, 같은 뜻임)할 것이다.
(3) 경제자유구역법 제11조에서는 개발사업시행자가 제9조의 규정에 의한 실시계획의 승인을 얻은 경우 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업시행자의 지정으로 의제된다 하더라도,
「지방세특례제한법」 제3조 규정에서 「지방세법」 및 「조세특례제한법」에 따르지 아니하고는 「지방세법」에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없도록 규정하고 있으므로 쟁점감면규정을 적용할 수 있는 것은 아니다.
(4) 또한, 경제자유구역법과 「산업입지 및 개발에 관한 법률」은 그 목적 및 법적 효과를 달리하는 법률이므로 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 산업단지 조성계획 승인을 받고, 산업단지지정권자의 지정을 받기 위해서는 경제자유구역법에는 규정되지 않은 별도의 요건을 갖추어야 하고,
쟁점감면규정에서 취득세를 경감하는 취지는 산업단지개발 사업시행자에 한정하는 것이지 다른 법률에서 산업단지개발 사업 시행자로 의제되는 경우까지를 경감대상으로 하겠다는 것으로 보기는 어렵다 할 것이므로 경제자유구역개발 사업시행자가 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지지정권자의 지정에 의한 자가 아닌 이상 쟁점감면규정에서 정한 취득세 경감대상에는 해당하지 않는 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
(1) 경제자유구역 개발사업의 사업시행자로 지정된 청구법인은 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에 따라 산업단지개발사업의 시행자로 의제되었으므로 쟁점부동산에 대해 「지방세특례제한법」제78조 제1항에 따라 취득세를 경감하여야 한다는 청구주장의 당부
(2) 쟁점부동산 전체를 취득세 경감대상으로 볼 것인지, 아니면 산업시설용 부동산에 한하여 경감할 것인지 여부
나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.
(가) 청구법인은 A지식산업지구의 개발사업, 분양사업 및 관리사업 등을 목적으로 하여 2012.1.4. 설립되었으며, 경상북도 경산시 OOO에 본점을 두고 있다.
(나) 지식경제부장관은 2008.5.6. 경제자유구역법 제4조에 따라 OOO광역시 및 OOO도 일원을 OOO경제자유구역으로 지정하는 내용으로 쟁점부동산이 포함된 A학원연구지구 개발계획을 승인‧고시(지식경제부 고시 제2008-36호, 2008.5.6.)하였다.
＜표2＞ OOO경제자유구역 A지식산업지구(쟁점개발사업)
지정ㆍ고시(2008.5.6., 요약)
(다) 지식경제부장관은 2010.7.12. 상기 경제자유구역의 명칭을 ‘A학원연구지구’에서 ‘A지식산업지구’로, 대상면적을 ‘6,486,530㎡’에서 ‘6,272,500㎡’로 변경하는 내용 등을 골자로 하여 그 개발계획을 변경승인 고시(지식경제부 고시 제2010-135호, 2010.7.12.)하였다.
(라) 청구법인은 2012.3.15. OOO경제자유구역청 고시 제2012-3호에 의해 쟁점개발사업의 시행자로 대체 지정되었다(당초 : 경상북도 및 A시, 변경 : A산업개발 주식회사).
(마) 지식경제부장관은 2012.8.13. OOO경제자유구역 A지식산업지구 개발계획을 아래와 같이 변경ㆍ고시(지식경제부 고시 제2012-195호, 2012.8.13.)하였다.
＜ 쟁점개발사업 개발계획 변경 고시(발췌) ＞
(바) OOO경제자유구역청은 2013.6.18. 경제자유구역법 제9조에 따라 쟁점개발사업의 실시계획을 승인하였다(OOO경제자유구역청 고시 제2013-8호).
(사) 쟁점개발사업과 관련하여 최초고시부터 이후 변경ㆍ고시된 주요내역을 요약하면 아래 ＜표3＞와 같다.
＜표3＞ 쟁점개발사업 주요 변경고시 이력
(아) 청구법인은 2014년 7월경 쟁점개발사업의 조성사업에 착공하여 아래 ＜표4＞와 같이 조성을 완료하거나 진행 중에 있다.
＜표4＞ 쟁점개발사업 진행경과
(자) OOO경제자유구역청은 2018.11.27. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제33조의 규정에 의거 A지식산업지구 관리기본계획을 변경승인 및 고시하였으며(OOO경제자유구역청 고시 제2018-21호), 이 (변경)고시문에 의한 용도별 구역면적(변경)은 아래 ＜표5＞와 같다.
＜표5＞ 용도별 구역면적(변경)
(차) 2021.1.14. 변경고시된 개발계획상 ‘토지이용계획과 주요기반시설계획’은 아래 ＜표6＞과 같은 비율에 따라 구성된 것으로 나타난다.
＜표3＞ 쟁점개발사업의 용도구분별 용지 비율
(카) 조세심판원은 OOO경제자유구역 A지식산업지구 개발사업을 관할하는 OOO경제자유구역청에 의견조회 등을 요청(상임심판관7-635, 2023.7.25.)하여 아래와 같은 자료를 회신(지구개발3과-1071, 2023.8.2.)받았다.
＜ 조세심판원의 의견조회 및 OOO경제자유구역청의 회신 ＞
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점(1)에 대하여 살피건대, 청구법인은 경제자유구역 개발사업의 시행자이므로 산업단지개발사업의 시행자로 의제된다고 주장한다.
(가) 쟁점부동산 개발사업의 인․허가의 주무관청인 OOO경제자유구역청장은 쟁점부동산은 경제자유구역 A지식산업지구일 뿐, 산업단지로 지정되거나 의제된 사실이 없고, 이에 따라 청구법인은 경제자유구역 개발사업의 시행자일 뿐, 산업단지 개발사업 시행자로 지정 또는 의제된 사실이 없다고 우리 원에 공식의견을 통보해 왔으므로 청구주장을 받아들일 수 없다.
(나) 쟁점(2)는 쟁점(1)이 기각되어 실익이 없으므로 심리를 생략한다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세특례제한법」(2016.7.28. 법률 제13854호로 개정된 것)
제3조(지방세 특례의 제한) ① 이 법, 「지방세기본법」, 「지방세법」, 「조세특례제한법」 및 조약에 따르지 아니하고는 「지방세법」에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없다.
② 관계 행정기관의 장은 이 법에 따라 지방세 특례를 받고 있는 법인 등에 대한 특례 범위를 변경하려고 법률을 개정하려면 미리 행정자치부장관과 협의하여야 한다.
제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.
⑧ 제1항부터 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(제4항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.
(2) 경상북도 도세 감면조례
(2017.4.17. 경상북도조례 제3903호로 전부 개정되기 전의 것)
제11조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조 제8항에 따른 "조례로 정하는 율"은 다음과 같다.
1. 법 제78조 제1항ㆍ제2항, 제3항 제1호 및 제4항 제2호 가목의 경감율에 추가하는 경감율은 100분의 25로 한다.
(3) 산업입지 및 개발에 관한 법률
(2016.3.30. 법률 제13684호로 개정된 것)
제16조(산업단지개발사업의 시행자) ① 산업단지개발사업은 다음 각 호의 자 중에서 산업단지지정권자의 지정에 의하여 산업단지개발계획에서 정하는 자가 이를 시행한다.
1. 산업단지를 개발하여 분양 또는 임대하고자 하는 경우로서 다음 각 목에 해당하는 자
가. 국가 및 지방자치단체
나. 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조제1항제1호부터 제4호까지에 따른 공공기관
다. 「지방공기업법」에 따른 지방공사
라. 산업단지 개발을 목적으로 설립한 법인으로서 가목부터 다목까지에 해당하는 자가 100분의 50 이상의 지분을 가지고 있거나 100분의 30 이상의 지분을 가지고 임원 임명권한을 행사하는 등 대통령령으로 정하는 기준에 따라 사실상 지배력을 확보하고 있는 법인
2. 「중소기업진흥에 관한 법률」에 따른 중소기업진흥공단, 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제45조의9에 따라 설립된 한국산업단지공단 또는 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사
2의2. 「중소기업협동조합법」에 따른 중소기업협동조합 또는 「상공회의소법」에 따른 상공회의소로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 자
3. 해당 산업단지개발계획에 적합한 시설을 설치하여 입주하려는 자 또는 해당 산업단지개발계획에서 적합하게 산업단지를 개발할 능력이 있다고 인정되는 자로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 자
4. 제1호 가목부터 다목까지, 제2호 또는 제3호에 해당하는 자가 산업단지의 개발을 목적으로 출자에 참여하여 설립한 법인으로서 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 법인(제1항제1호라목에 해당하는 법인은 제외한다)
5. 제3호에 해당하는 사업시행자와 제20조의2에 따라 산업단지개발에 관한 신탁계약을 체결한 부동산신탁업자
6. 산업단지 안의 토지의 소유자 또는 그들이 산업단지개발을 위하여 설립한 조합
(4) 산업기술단지 지원에 관한 특례법
(2015.5.18. 법률 제13311호로 개정된 것)
제4조(사업시행자의 지정) ① 산업통상자원부장관은 산업기술단지를 조성ㆍ운영하는 자(이하 “사업시행자”라 한다)를 지정할 수 있다.
② 제1항에 따른 사업시행자의 지정요건 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(5) 경제자유구역 지정 및 운영에 관한 특별법
(2016.1.27. 법률 제13837호로 개정된 것)
제4조(경제자유구역의 지정 등) ① 시ㆍ도지사는 산업통상자원부장관에게 경제자유구역의 지정을 요청할 수 있다. 다만, 대상구역이 둘 이상의 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도 또는 특별자치도(이하 “시ㆍ도”라 한다)에 걸쳐 있는 경우에는 해당 시ㆍ도지사가 공동으로 지정을 요청하여야 한다.
③ 시ㆍ도지사는 경제자유구역개발계획에 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조 제8호 가목부터 다목까지의 규정에 따른 산업단지에 관한 사항이 포함되어 있으면 제1항에 따라 경제자유구역의 지정을 요청하기 전에 국토교통부장관과 협의를 하여야 한다. 이 경우 국토교통부장관은 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제3조에 따른 산업입지정책심의회의 심의를 거쳐야 한다.
제7조의2(경제자유구역 지정의 효과) 경제자유구역의 지정 또는 변경이 있은 때에는 그 경제자유구역개발계획의 내용에 따라 다음 각 호의 지정ㆍ결정ㆍ수립ㆍ확정ㆍ승인 또는 변경이 각각 있은 것으로 본다.
1. 「도시개발법」 제3조에 따른 도시개발구역의 지정, 같은 법 제4조에 따른 도시개발사업계획의 수립
2. 「택지개발촉진법」 제3조에 따른 택지개발지구의 지정, 같은 법 제8조에 따른 택지개발계획의 수립
3. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제6조, 제7조 및 제7조의2에 따른 국가산업단지ㆍ일반산업단지 및 도시첨단산업단지의 지정
4. 「관광진흥법」 제52조에 따른 관광지 및 관광단지의 지정
5. 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제22조에 따른 물류단지의 지정
6. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제18조, 제22조 및 제22조의2에 따른 도시ㆍ군기본계획의 수립ㆍ변경ㆍ확정 또는 승인(경제자유구역 외의 지역에 대한 도시ㆍ군기본계획 변경안을 마련하여 해당 도시ㆍ군기본계획의 수립권자에게 제출하여 확정 또는 승인받은 경우만 해당한다)
7. 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제23조 및 제27조에 따른 매립기본계획의 변경
8. 「연안관리법」 제12조에 따른 연안통합관리계획 및 연안관리지역계획의 변경
9. 「하천법」 제10조에 따른 하천구역의 결정 및 같은 법 제25조에 따른 하천기본계획의 변경
10. 「수도법」 제4조에 따른 수도정비기본계획의 변경
11. 「하수도법」 제5조 및 제6조에 따른 하수도정비기본계획의 변경
제8조의3(개발사업시행자의 지정) ① 시·도지사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 중에서 경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구(제4조제6항에 따라 분할하여 개발하는 경우에만 해당한다)에 대한 개발사업시행자를 지정한다.
1. 국가, 지방자치단체
2. 제27조의2 제1항에 따른 행정기구(「지방자치법」 제159조에 따른 지방자치단체조합으로 설치된 경우만 해당한다)
3. 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관으로서 대통령령으로 정하는 기관
4. 「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사
5. 공공부문에 해당하지 아니하는 자로서 자본금 등 대통령령으로 정하는 자격요건을 갖춘 자
6. 개발사업을 시행할 목적으로 설립한 법인으로서 제1호부터 제5호까지의 어느 하나에 해당하는 자 둘 이상의 출자비율이 100분의 70을 넘는 법인
제9조(경제자유구역개발사업 실시계획의 승인) ① 개발사업시행자는 개발사업시행자로 지정된 날부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 경제자유구역개발사업 실시계획(이하 “실시계획”이라 한다)을 작성하여 관할 시ㆍ도지사의 승인을 받아야 한다. 승인받은 사항을 변경할 때에도 또한 같다. 다만, 제4조제7항에 따라 경제자유구역의 개발을 단계적으로 시행하는 경우 최종 단계의 실시계획의 승인신청은 제4조제8항에 따른 고시일부터 10년의 범위에서 따로 정하는 때까지 하여야 한다.
② 시ㆍ도지사는 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 실시계획을 승인하거나 변경승인을 하는 경우에는 미리 산업통상자원부장관과 협의하여야 한다.
③ 시ㆍ도지사는 개발사업시행자가 외국인투자의 지연, 자연재해 등의 불가피한 사유로 실시계획의 승인기한의 연장을 요청하는 경우에는 1년 이내의 범위에서 그 기한을 연장할 수 있다.
④ 실시계획에는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제52조에 따라 작성된 지구단위계획이 포함되어야 한다.
⑤ 시ㆍ도지사는 개발사업시행자와 관할 경제자유구역의 특성 및 여건을 고려하여 산업ㆍ유통시설용지 일부를 외국인투자기업에게 임대하거나 분양용지로 공급하는 방안 등을 협의하여 이를 실시계획에 반영하도록 하여야 한다.
제11조(인가ㆍ허가 등의 의제) ① 개발사업시행자가 제9조에 따라 실시계획의 승인 또는 변경승인을 받은 경우에는 다음 각 호의 허가ㆍ인가ㆍ지정ㆍ승인ㆍ협의 및 신고 등(이하 “허가등”이라 한다)을 받은 것으로 보며, 제10조에 따라 실시계획의 승인이 고시된 때에는 다음 각 호의 관계 법률에 따른 허가등의 고시 또는 공고가 있은 것으로 본다.
33. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업시행자의 지정, 같은 법 제17조ㆍ제18조ㆍ제18조의2에 따른 국가산업단지개발ㆍ일반산업단지개발ㆍ도시첨단산업단지개발 실시계획의 승인
② 시ㆍ도지사는 제9조에 따라 실시계획을 승인하거나 변경승인하는 경우 그 실시계획에 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항이 포함되어 있으면 미리 관계 행정기관의 장과 협의하여야 하며, 협의를 요청받은 행정기관의 장은 대통령령으로 정하는 기간 내에 의견을 제출하여야 한다. 이 경우 관계 행정기관의 장이 그 기간 내에 의견을 제출하지 아니하면 의견이 없는 것으로 본다.
조심2019지2310(20210322) 취득세기각 /① 외국인투자법인이 증자를 통하여 조달한 자금으로 공장용 건축물을 신축한 경우 증자분이 아닌 전체 자본금을 기준으로 외국인투자비율을 산정한 것이 적법한지 여부 ② 산업단지 내의 건축물을 신축하려는 자가 취득한 부동산이므로 산업단지에 대한 감면규정의 적용대상에 해당된다는 청구주장의 당부
결정요지
(쟁점①) 외국인 투자비율을 산정함에 있어서「외국인투자촉진법」제5조 제1항에서는 외국인투자비율은 외국인투자기업의 주식 등에 대한 외국투자가 소유 주식 등의 비율을 말한다고 규정하고 있을 뿐이고, 이러한 규정을 증자분의 경우 별도로 증자분만을 기준으로 외국인 투자비율을 산정하는 근거로 삼기에는 어렵다 할 것이며, 감면승인을 받지 못한 기존자본금을 포함한 총자본금을 감안하지 않고 청구법인의 주장처럼 감면승인을 받은 증자금에 대하여만 외국인투자비율을 적용하여 감면세액을 산출하게 된다면 외국인투자에 대한 감면승인을 받지 못한(내국인 투자포함) 지분도 추가로 감면이 된다는 것인데 이는 증자분 감면사업을 위하여 취득한 부동산 등에 대한 외국인투자자의 소유가 실제와 달라지는 결과가 되어 취득세 과세대상인 부동산 등을 외국인투자 지분만큼만 감면이 되어야 한다는 외국인투자기업 감면규정의 취지에 어긋난다 하겠으며, 외국인 투자비율을 산정함에 있어서 증자금액만을 기준으로 외국인투자비율을 산정하는 경우 매 증자시마다 증자분을 기준으로 외국인투자비율을 산정하여 계속 감면헤택을 부여하는 것은 증자금액에 비하여 과다한 감면혜택을 부여하는 결과를 초래하게 되어 불합리한 점이 있으므로, 증자분만을 기준으로 외국인투자비율을 산정하여야 한다는 청구주장은 인정하기 어렵다고 판단됨. (쟁점②) 이 건 건축물 등이 소재한 지역의 경우 산업단지가 아닌 자유무역지역 내에 소재한 토지이므로, 이러한 토지 상에 건축물을 신축한 것이 지특법 제78조 제5항의 규정에 의한 감면대상에 해당된다고 보기는 어렵다고 판단됨.
참조조문
조세특례제한법 제121조의4
참조결정
조심2008지0533
주문
심판청구를 기각한다.
이유
1. 처분개요
가. 청구법인은 1991.6.19. 반도체소자 조립, 테스트 관련 제품의 제조 및 판매 등을 목적으로 설립되었으며, 2014.9.30. 기획재정부장관으로부터 자본금 증자와 관련하여 외국인투자법인으로 승인을 받은 후, 2014.10.2. OOO소재 토지상에 공장 건축물 등(건축연면적 44,545.36㎡, 이하 “이 건 건축물등”이라 한다)을 신축하여 준공전 사용허가를 받았으며, 2014.12.1. 취득신고를 하면서 감면율 39.25%를 적용하여 산정한 취득세 등 OOO을 신고 납부하였다가, 2015.7.27. 취득세 등 OOO수정신고납부를 하였고, 경정청구에 따른 취득세 등 OOO을 환급받았으며, 2015.12.14. 취득세 등 OOO수정신고 납부하여 총 OOO납부하였다.
〈표1〉취득세 과세표준 및 감면세액 산출내역
(단위 : 원)
〈표2〉최초 신고 및 수정신고 납부 내역
(단위 : 원)
나. 이후 청구법인은 2019.2.20. 이 건 건축물등이 외국인투자를 통한 증자에 따라 신축한 건물로서 「조세특례제한법」(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하 “조특법”이라 한다) 제121조의4의 감면대상에 해당하고, 감면세액 산출시 적용할 외국인투자비율은 증자분 감면대상 사업을 기준으로 계산하여야 하므로, 이 건의 경우 외국인투자비율 100%를 적용하여 취득세를 전액 감면하여야 한다는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.4.19. 이를 거부하는 통지를 하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.7.15. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 청구법인은 100% 외국인투자법인으로서 증자를 통해 이 건 건축물 등을 취득하였고 재정경제부로부터 조세감면결정을 받았으며, 구 조특법 제143조에 따라 구분경리를 하고 있고, 조특법 제121조의2에서는 외국인투자에 대하여 법인세 등을 감면하도록 규정하고 있고, 같은 법 제121조의4에서는 증자하는 경우 별도로 감면규정을 두고 있는바, 청구법인의 경우 증자를 하는 방식으로 외국인투자를 하였으므로 조특법 제121조의4의 감면대상에 해당하고, 조특법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정되기 전의 것) 제116조의6 제5항에 따라 증자분에 대하여 조세감면을 적용하는 경우 외국인투자비율을 계산할 때 법 제143조에 따라 해당 증자분 감면대상 사업을 그 밖의 사업과 구분경리하여 증자분 감면대상 사업을 기준으로 외국인투자비율을 계산한다고 규정하고 있으므로, 증자분에 대하여 외국인 투자비율 100%를 적용하여 전액감면되어야 함에도 처분청이 총 자본금 중 증자분이 차지하는 비율로 감면세액 산정의 기준이 되는 외국인투자비율을 산정하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
(2) 청구법인은 2013.5.16. OOO일원의 100,117㎡를 50년간 임차하여 2013년 9월부터 이 건 건축물 등 건축공사에 착공하여 2014.10.2. 준공전 사용허가를 받았고, 2014.12.1. 사용검사를 받았는바,
「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」제7조의2 본문 및 제3호에서 경제자유구역의 지정 또는 변경이 있는 경우 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제6조, 제7조 및 제7조의2에 따른 국가산업단지·일반산업단지 및 도시첨단산업단지의 지정이 있는 것으로 보도록 규정하고 있고, OOO2003.8.5. 경제자유구역으로 지정되었으므로, 청구법인이 신축한 이 건 건축물은 산업단지 내에서 산업용 건축물 등을 신축한 경우에 해당되므로, 「지방세특례제한법」(이하 “지특법”이라 한다) 제78조 제4항의 취득세 감면대상에도 해당된다 할 것이다.
나. 처분청 의견
청구법인은 100% 외국인투자법인으로서 증자를 통해 이 건 건축물 등을 취득하였고 자본금 증자와 관련된 조세감면결정을 받았으므로, 외국인투자비율을 계산할 때 39.25%가 아닌 100%를 적용하여 전액 감면하여야 한다고 주장하나,
구 조특령 제116조의6 제5항에서 “증자분에 대하여 조세감면을 적용하는 경우 외국인투자비율을 계산할 때 법 제143조에 따라 해당 증자분 감면대상 사업을 그 밖의 사업과 구분경리하여 해당 증자분 감면대상 사업을 기준으로 외국인투자비율을 계산한다”고 되어 있고, 법인세는 법인의 소득에 대한 과세하는 것으로 증자로 인한 사업에서 발생한 소득을 구분경리하여 산정되었다면 그 구분된 소득 중에서 증자자본금에서 외국인투자자본금이 차지하는 비율만큼 증자분 사업소득에 기여한 것을 전제로 법인세 감면 시 외국인투자비율을 증자자본금에서 외국투자자본금이 차지하는 비율로 산정하는 것이 타당하다고 할 것으로 전체 법인세 중 감면대상 사업에 대하여만 외국인투자비율을 계산하여 감면을 적용하라는 의미일 것이다.
법인세와 마찬가지로 취득세에 있어서도 증자분 감면대상 사업을 기준으로 외국인투자비율을 적용한다고 할 때 청구법인의 총자본금 중 감면결정을 받은 증자자본금에 대한 외국인투자비율을 적용하여 감면세액을 산출하면 될 것이므로 외국인투자기업 감면규정은 외국인투자분에 해당되는 지분만큼 감면하게 되므로 법인세와 취득세의 적용이 다르다는 청구법인의 주장은 맞지 아니한다.
감면승인을 받지 못한 기존자본금을 포함한 총자본금을 감안하지 않고 청구법인의 주장처럼 감면승인을 받은 증자금에 대하여만 외국인투자비율을 적용하여 감면세액을 산출하게 된다면 외국인투자에 대한 감면승인을 받지 못한(내국인 투자포함) 지분도 추가로 감면이 된다는 것인데 이는 증자분 감면사업을 위하여 취득한 부동산 등에 대한 외국인투자자의 소유가 실제와 달라지는 결과가 되어 취득세 과세대상인 부동산 등을 외국인투자 지분만큼만 감면이 되어야 한다는 외국인투자기업 감면규정의 취지에 위배된다 할 것이다.
또한, 이 건 건축물등의 총 취득가액 OOO중 청구법인의 부담액은 OOO반해 이 건과 관계되는 증자액은 OOO것을 볼 때, 전체 자본금을 감안하지 않고 청구법인이 주장한 대로 증자금에 대하여만 외국인투자비율을 적용하여 감면을 하게 되면 외국인투자가로부터 적은 금액을 증자받고도 취득가액의 규모와 상관없이 취득세 및 재산세가 「조세특례제한법」에 의거 5년 동안 100%, 이후 3년 동안 50%(인천광역시의 경우 「인천광역시세감면조례」에 의거 10년 동안 100%, 이후 3년 동안 50% 감면)의 감면을 적용해야 하는 것으로 이는 일반납세자와의 형평성에도 어긋날 뿐 아니라 감면을 통해 외국인투자를 유치하고자 하는 감면취지에도 맞지 아니한다.
이와 관련하여 조세심판원에서는 “자본금을 증자하고 부동산을 취득ㆍ등기하는 경우 당해 부동산에 조세감면은 각각의 당해 자본증가에 관한 변경등기일을 사업개시일로 보아 증자시점별로 외국인투자비율을 적용하되, 그 감면비율은 각각의 증자시점별로 감면기간에 따른 감면율을 적용하여야 하는 것이므로, 총자본금 중 당해 증자분(외국인투자금액)별로 감면율 및 적용기간에 따른 감면비율을 적용하여 감면세액을 산정하여야 함이 타당하다”라고 결정하였다(조심 2008지533, 2009.2.10. 같은 뜻임).
따라서, 취득세 감면세액을 산정함에 있어서 적용할 외국인투자비율은 총자본금과 감면결정 승인을 받은 외국인투자자본금을 기준으로 산정되어야 함이 타당하다 할 것이므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 적법하다 할 것이다.
또한, 구 조특령 제116조의6 제5항의 감면적용에 있어서 청구법인의 주장대로 적용한다고 하더라도, 이 건 건축물등을 취득할 때 투입한 총 취득가액 OOO중 청구법인 부담액은 OOO이었으며 계약상 건축주만 청구법인일 뿐 외주업체가 부담한 OOO해당되는 취득세 등 OOO고려하지 않고 전액 감면하여야한다고 청구하였으나 이는 외주업체가 부담한 금액에 해당되므로 경정청구대상에서 제외되었어야 할 것이다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
① 외국인투자법인이 증자를 통하여 조달한 자금으로 공장용건축물을 신축한 경우 증자분이 아닌 전체 자본금을 기준으로 외국인투자비율을 산정한 것이 적법한지 여부
② 산업단지 내의 건축물을 신축하려는 자가 취득한 부동산이므로 산업단지에 대한 감면규정의 적용대상에 해당된다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령 : <별지> 참조
다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점①과 관련하여 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다.
(가) 청구법인은 1991.6.19. 반도체소자 조립, 테스트 관련 제품의 제조 및 판매 등을 목적으로 설립되었으며, 2015.7.1. OOO로 본점을 이전한 사실이 등기사항전부증명서에서 확인된다.
(나) OOO2015.2.26. 발행한 외국인투자기업등록증명서(등록번호 OOO1999.8.12.)에는 외국투자가는 ① OOO이고, 상호는 OOO이며, 주소는 OOO이고, 외국인투자금액 및 비율은 ① OOO인 것으로 기재되어 있다.
(다) 외국인투자자들은 2014.8.27. OOO아래 <표3>과 같이 유상증자를 통하여 총 USD OOO(이하 “쟁점증자”라 한다)를 투자한다는 내용으로 “신주 등의 취득 또는 출연 방식에 의한 외국인 투자내용 변경신고서”를 제출하였다.
〈표3〉쟁점증자 사항
(단위 : 원)
(라) 청구법인은 2015.2.17. 쟁점증자에 따른 자본금 변경 등기를 하였으며, 그 내용은 아래〈표4〉와 같다.
〈표4〉자본금(증자) 변경등기 내용 (단위 : 원)
(마) 청구법인은 2014.9.30. 기획재정부장관으로부터 아래와 같이 조세감면결정을 받았다(대외경제총괄과-1724호).
(2) 쟁점②와 관련하여 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다.
(가) 재정경제부장관은 2003.8.11. 아래와 같은 내용으로 인천경제자유구역을 지정고시하였다(재정경제부고시 제2003-19호).
1. OOO명칭·위치 및 면적
○ 명칭 : OOO
○ 위치 : OOO
○ 면적 : 총 209㎦(6,336만평)
- OOO
5. 토지이용계획 및 주요기반시설 계획
가. 토지이용계획
□ 국제업무, 지식정보, 문화·레저 등의 기능이 상호유기적인 관계를 유지하되, 지구별 특성, 교통권·생활권 등을 감안하여 배치
○ 주거용지
○ 상업·업무용지
○ 산업·물류용지
○ 쾌적한 환경조성을 위해 공원·녹지용지율을 20% 이상 확보함
다. 주요 산업유치 계획
□ 국제업무지구 조성OOO
□ 지식정보산업단지 개발OOO
○ 첨단 지식정보 산업단지 조성(57만평)
○ 테크노파크 활성화(13만평)
○ 국제교류부지(10만평)
(나) 청구법인은 2013.5.16. OOO사업시행에 관한 실시협약을 체결하였으며, 관련 내용은 아래와 같다.
제4조(임대토지) OOO사업시행자에게 본 사업과 관련하여 아래의 토지를 임대한다. 다만, 지적확정측량결과 토지면적에 증감이 있는 경우에는 측량결과에 따라 면적이 변경된다.
(3) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.
(가) 조특법 제121조의2 제4항에서 외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득ㆍ보유하는 당해 재산에 대한 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액을 기준으로 취득세ㆍ등록세 및 재산세를 감면한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 외국인투자비율은 외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제121조의4 제1항에서 외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대해서는 제121조의2 및 제121조의3을 준용하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제116조의2 제14항에서는 법 제121조의2 제2항 전단에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율”이라 함은「외국인투자촉진법」제5조 제1항 규정에 의한 외국인투자비율을 말한다고 규정하고 있고,「외국인투자촉진법」제5조 제1항에서는 외국인투자비율은 외국인투자기업의 주식 등에 대한 외국투자가 소유 주식 등의 비율을 말한다고 규정하고 있다.
(나) 청구법인은 이에 대하여 증자금액에 대하여 당해 증자금액을 기준으로 외국인투자비율을 산정하여야 한다고 주장하나, 외국인 투자비율을 산정함에 있어서「외국인투자촉진법」제5조 제1항에서는 외국인투자비율은 외국인투자기업의 주식 등에 대한 외국투자가 소유 주식 등의 비율을 말한다고 규정하고 있을 뿐이고, 이러한 규정을 증자분의 경우 별도로 증자분만을 기준으로 외국인 투자비율을 산정하는 근거로 삼기에는 어렵다 할 것이며, 감면승인을 받지 못한 기존자본금을 포함한 총자본금을 감안하지 않고 청구법인의 주장처럼 감면승인을 받은 증자금에 대하여만 외국인투자비율을 적용하여 감면세액을 산출하게 된다면 외국인투자에 대한 감면승인을 받지 못한(내국인 투자포함) 지분도 추가로 감면이 된다는 것인데 이는 증자분 감면사업을 위하여 취득한 부동산 등에 대한 외국인투자자의 소유가 실제와 달라지는 결과가 되어 취득세 과세대상인 부동산 등을 외국인투자 지분만큼만 감면이 되어야 한다는 외국인투자기업 감면규정의 취지에 어긋난다 하겠으며, 외국인 투자비율을 산정함에 있어서 증자금액만을 기준으로 외국인투자비율을 산정하는 경우 매 증자시마다 증자분을 기준으로 외국인투자비율을 산정하여 계속 감면헤택을 부여하는 것은 증자금액에 비하여 과다한 감면혜택을 부여하는 결과를 초래하게 되어 불합리한 점이 있으므로, 증자분만을 기준으로 외국인투자비율을 산정하여야 한다는 청구주장은 인정하기 어렵다 하겠다.
(4) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.
(가) 지특법 제78조 제4항 제1호 및 제2호 가목의 규정을 종합하면, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지에서 산업용 건축물등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하도록 규정하고 있고, 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」제7조의2 본문 및 제3호에서 경제자유구역의 지정이 있은 때에는 그 경제자유구역개발계획의 내용에 따라 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제6조, 제7조 및 제7조의2에 따른 국가산업단지·일반산업단지 및 도시첨단산업단지의 지정·수립·승인 또는 변경이 각각 있은 것으로 본다고 규정하고 있다.
(나) 경제자유구역에는 다양한 시설물이 설치될 수 있고, 재정경제부장관이 고시한 인천경제자유구역 지정고시문에서도 국제업무지구, 지식정보산업단지, 테크노파크, 영종지구에 관세자유지역 조성 등의 산업유치계획이 포함되어 있으므로, 경제자유구역내의 모든 토지에 대하여 산업단지에 대한 의제규정이 적용된다고 볼 수는 없고, 토지의 이용계획 중 산업단지와 관련된 지역에 한정하여 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」제7조의2 제3호의 산업단지에 대한 의제규정이 적용될 수 있다고 보아야 할 것이다.
(다) 이 건 건축물 등이 소재한 지역의 경우 산업단지가 아닌 자유무역지구내에 소재한 토지이므로, 이러한 토지 상에 건축물을 신축한 것이 지특법 제78조 제5항의 규정에 의한 감면대상에 해당된다고 보기는 어렵다 하겠다.
(5) 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
<별지> 관련 법령
(1) 쟁점① 관련
(가) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것)
제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(「외국인투자촉진법」제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항, 제4항, 제5항 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세(「지방세법」제111조에 따라 부과된 세액을 말한다. 이하 같다)를 각각 감면한다.
1. 국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 사업으로서 「외국인투자 촉진법」제27조에 따른 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업
가. 산업지원서비스업 : 부가가치가 높고 제조업지원 등 다른 산업의 발전을 지원하는 효과가 큰 서비스업
나. 고도의 기술을 수반하는 사업 : 국내에서의 개발수준이 낮거나 개발이 되지 아니한 기술을 수반하는 사업
2. 「외국인투자촉진법」제18조 제1항 제2호에 따른 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업 및 제2호의2, 제2호의8, 제121조의8 제1항 또는 제121조의9 제1항 제1호의 사업 중 외국인투자기업이 경영하는 사업으로서 다음 각 목의 위원회의 심의·의결을 거치는 사업
가. 제2호의2의 사업인 경우 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」제25조에 따른 경제자유구역위원회
2의2. 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제2조제1호에 따른 경제자유구역에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업
2의3. 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제8조의3제1항 및 제2항에 따른 개발사업시행자에 해당하는 외국인투자기업이 경영하는 사업
3. 그 밖에 외국인투자유치를 위하여 조세감면이 불가피한 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업
② 「외국인투자촉진법」제2조 제1항 제6호에 따른 외국인투자기업(이하 이 장에서 “외국인투자기업”이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하되, 그 사업을 개시한 후 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도에는 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 함으로써 발생한 소득이 총 과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호·제2호 및 제121조의4 제4항에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항 제2호의2부터 제2호의9까지 및 제3호에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서는 해당 사업을 개시한 후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정할 때 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업은 제외한다)과 합병하여 해당 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 경우에는 합병 전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.
④ 외국인투자기업이 신고한 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세 및 재산세에 대해서는 다음 각 호와 같이 그 세액을 감면하거나 일정금액을 과세표준에서 공제한다. 다만, 지방자치단체가 「지방세특례제한법」 제4조에 따른 조례로 정하는 바에 따라 감면기간 또는 공제기간을 15년까지 연장하거나 연장한 기간에 감면비율 또는 공제비율을 높인 경우에는 제1호 및 제2호에도 불구하고 그 기간 및 비율에 따른다.
1. 취득세 및 재산세는 사업개시일부터 5년 동안은 해당 재산에 대한 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면. 다만, 제1항 제2호의2부터 제2호의9까지 및 제3호에 따른 감면대상이 되는 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세 및 재산세는 사업개시일부터 3년 동안은 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다.
2. 토지에 대한 재산세는 사업개시일부터 5년 동안은 해당 재산의 과세표준에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항, 제5항, 제12항제3호 및 제4호에서 "공제대상금액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 동안은 공제대상금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 과세표준에서 공제. 다만, 제1항제2호의2부터 제2호의9까지 및 제3호에 따른 감면대상이 되는 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 토지에 대한 재산세는 사업개시일부터 3년 동안은 공제대상금액의 전액을, 그 다음 2년 동안은 공제대상금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 과세표준에서 각각 공제한다.(중문생략)
⑥ 외국인투자기업이 제2항, 제4항, 제5항 및 제12항에 따른 감면을 받으려면 그 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지 기획재정부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 다만, 제8항에 따라 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받으려면 해당 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 기획재정부장관에게 조세감면내용 변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 남은 기간에 대해서만 적용된다.
⑧ 기획재정부장관은 제6항에 따른 조세감면신청 또는 조세감면내용 변경신청을 받거나 제7항에 따른 사전확인신청을 받으면 주무부장관과 협의하여 그 감면·감면내용변경·감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 알려야 한다. 다만, 제4항, 제5항, 제12항제3호 및 제4호에 따른 취득세 및 재산세의 감면에 대해서는 해당 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장과 협의하여야 한다.
제121조의4(증자의 조세감면) ① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대해서는 제121조의2 및 제121조의3을 준용한다. 다만, 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대해서는 제121조의2 제8항에 따른 주무부장관 또는 지방자치단체의 장과의 협의를 생략할 수 있다.
③ 제1항을 적용할 때 사업개시일은 자본증가에 관한 변경등기를 한 날로 한다.
④ 제1항에 따라 외국인투자기업에 대한 감면대상세액을 계산하는 경우 제121조의2에 따른 감면기간이 종료된 사업의 사업용 고정자산을 제1항에 따른 증자분에 대한 조세감면을 받는 사업(이하 이 항에서 “증자분사업”이라 한다)에 계속 사용하는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 증자분사업에 대한 감면대상세액으로 한다.
제143조(구분경리) ① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.
② 소비성서비스업과 그 밖의 사업을 함께 하는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산·부채 및 손익을 각각의 사업별로 구분하여 경리하여야 한다.
③ 감면대상사업의 소득금액을 계산할 때 제1항 및 제2항에 따라 구분하여 경리한 사업 중 결손금이 발생한 경우에는 해당 결손금의 합계액에서 소득금액이 발생한 사업의 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액을 공제한 금액으로 한다.
(나) 조세특례제한법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 일부 개정되기 전의 것)
제116조의2(조세감면의 기준등) ⑭ 법 제121조의2 제2항 전단에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율”이란 「외국인투자촉진법」제5조 제1항의 규정에 의한 외국인투자비율을 말한다. 다만, 외국인투자가가 회사정리계획인가를 받은 내국법인의 채권금융기관이 회사정리계획에 따라 출자하여 새로이 설립한 내국법인(이하 이 항에서 “신설법인”이라 한다)에 대하여 2002년 12월 31일까지 외국인투자를 개시하여 동기한까지 출자목적물의 납입을 완료하는 경우로서 당해 신설법인의 부채가 출자전환(2002년 12월 31일까지 출자전환되는 분에 한한다)됨으로써 우선주가 발행되는 때에는 다음 각호의 비율중 높은 비율을 그 신설법인의 외국인투자비율로 한다.
제116조의6(증자의 조세감면) ①기획재정부장관이 법 제121조의4 제1항의 규정에 의하여 증자분에 대한 조세감면여부를 결정함에 있어서 당해외국인투자기업이 유상감자(주식 또는 출자지분의 유상소각, 자본감소액의 반환등에 의하여 실질적으로 자산이 감소되는 경우를 말한다)를 한 후 5년 이내에 증자하여 조세감면신청을 하는 경우에는 그 감자전보다 순증가하는 부분에 대한 외국인투자비율에 한하여 감면결정을 하여야 한다.
② 법 제121조의4 제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 기준"이란 법 제121조의2의 규정에 의하여 조세감면을 받고 있는 사업을 위하여 증액투자하는 것을 말한다.
⑤ 법 제121조의4 제1항에 따라 증자분에 대하여 조세감면을 적용하는 경우 제116조의2 제14항의 외국인투자비율을 계산할 때 법 제143조에 따라 해당 증자분 감면대상 사업을 그 밖의 사업과 구분경리하여 해당 증자분 감면대상 사업을 기준으로 외국인투자비율을 계산한다.
⑥ 법 제121조의4 제1항에 따라 증자분에 대하여 조세감면을 적용할 때 제116조의2 제22항에 따른 외국인투자누계액은 당초 감면대상 사업에 대한 외국인투자누계액과 해당 증자분 감면대상사업에 대한 외국인투자누계액으로 각각 구분하여 계산한다. 다만, 감면결정을 받았으나 감면기간이 종료되어 0퍼센트의 감면율이 적용되는 외국인투자누계액은 제외한다.
(다) 외국인투자 촉진법(2014.1.10. 법률 제12225호로 일부개정된 것)
제5조(신주 등의 취득에 의한 외국인투자) ① 외국인은 대한민국법인(설립 중인 법인을 포함한다) 또는 대한민국국민이 경영하는 기업이 새로 발행하는 주식등의 취득에 의하여 외국인투자를 하려는 경우에는 산업통상자원부령으로 정하는 바에 따라 미리 산업통상자원부장관에게 신고하여야 한다. 신고한 내용 중 외국인투자금액, 외국인투자비율(외국인투자기업의 주식등에 대한 외국투자가 소유 주식등의 비율을 말한다. 이하 같다) 등 대통령령으로 정하는 사항을 변경할 때에도 또한 같다.
(2) 쟁점② 관련
(가) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)
제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.
1. 대상 지역
가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지
나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역
다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지
2. 감면 내용
가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(「건축법」제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다.
다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.
(나) 산업입지 및 개발에 관한 법률
제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. “산업단지”"란 제7호의2에 따른 시설과 이와 관련된 교육ㆍ연구ㆍ업무ㆍ지원ㆍ정보처리ㆍ유통 시설 및 이들 시설의 기능 향상을 위하여 주거ㆍ문화ㆍ환경ㆍ공원녹지ㆍ의료ㆍ관광ㆍ체육ㆍ복지 시설 등을 집단적으로 설치하기 위하여 포괄적 계획에 따라 지정ㆍ개발되는 일단(一團)의 토지로서 다음 각 목의 것을 말한다.
가. 국가산업단지 : 국가기간산업, 첨단과학기술산업 등을 육성하거나 개발 촉진이 필요한 낙후지역이나 둘 이상의 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시 또는 도에 걸쳐 있는 지역을 산업단지로 개발하기 위하여 제6조에 따라 지정된 산업단지
나. 일반산업단지 : 산업의 적정한 지방 분산을 촉진하고 지역경제의 활성화를 위하여 제7조에 따라 지정된 산업단지
다. 도시첨단산업단지 : 지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업, 그 밖의 첨단산업의 육성과 개발 촉진을 위하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역에 제7조의2에 따라 지정된 산업단지
라. 농공단지(農工團地) : 대통령령으로 정하는 농어촌지역에 농어민의 소득 증대를 위한 산업을 유치ㆍ육성하기 위하여 제8조에 따라 지정된 산업단지
(다) 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법
제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “경제자유구역”이란 외국인 투자기업의 경영환경과 외국인의 생활여건을 개선하기 위하여 조성된 지역으로서 제4조에 따라 지정ㆍ고시되는 지역을 말한다
제4조(경제자유구역의 지정 등) ① 시ㆍ도지사는 산업통상자원부장관에게 경제자유구역의 지정을 요청할 수 있다. 다만, 대상구역이 둘 이상의 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도 또는 특별자치도(이하 "시ㆍ도"라 한다)에 걸쳐 있는 경우에는 해당 시ㆍ도지사가 공동으로 지정을 요청하여야 한다.
② 시ㆍ도지사는 제1항에 따라 경제자유구역의 지정을 요청하려는 경우에는 제6조 제1항 각 호의 사항이 포함된 경제자유구역개발계획(이하 “경제자유구역개발계획”이라 한다)을 작성하여 이를 제출하여야 한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 주민의 의견을 미리 들어야 한다.
③ 시ㆍ도지사는 경제자유구역개발계획에 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조 제8호 가목부터 다목까지의 규정에 따른 산업단지에 관한 사항이 포함되어 있으면 제1항에 따라 경제자유구역의 지정을 요청하기 전에 국토교통부장관과 협의를 하여야 한다. 이 경우 국토교통부장관은 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제3조에 따른 산업입지정책심의회의 심의를 거쳐야 한다.
제7조의2(경제자유구역 지정의 효과) 경제자유구역의 지정이 있은 때에는 그 경제자유구역개발계획의 내용에 따라 다음 각 호의 지정·수립·승인 또는 변경이 각각 있은 것으로 본다.
3. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제6조, 제7조 및 제7조의2에 따른 국가산업단지·일반산업단지 및 도시첨단산업단지의 지정