재개발조합 최소납부제 조세심판원 결정례(지방세법령정보시스템)

재개발조합 최소납부제관련 해석사례

 

조심2023지0797(20231011) 취득세 기각 /2020.1.15. 개정「지특법」 부칙 제17조 제1항에 따라 종전의 제74조 제1항을 적용할 때 「지특법」 제177조의2(지방세 감면 특례의 제한)에 따른 ‘최소납부세제’를 적용해야 하는지 여부

 

결정요지

이 건 공동주택은 개정「지특법」 제177조의2 제1항에 따른 최소납부세액 부과 대상이라 할 것이므로 처분청이 이 건 공동주택을 최소납부세액 적용 대상으로 보아 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨.

 

2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 「지방세특례제한법」제74조 제1항과 같은 법 부칙 제5조 제3호에서 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업의 사업시행자가 2020.1.1.부터 취득하는 체비지에 대해서는 취득세를 면제하되 그에 따른 최소납부세액을 부과한다고 규정하고 있는 점, 청구법인은 2021.10.13. 이 건 공동주택을 취득한 후 이 건 부칙규정에 따라 그 취득세를 면제받은 것이고, 이에 대하여 이 건 부칙규정에서 최소납부세액을 부과하지 않는다거나 적용의 유예를 규정한 사실은 없는 점, 취득세는 취득 당시의 사실상 현황과 법령에 따라 부과하는 것이므로 신축 건축물의 경우 그 착공시기가 비슷하다 하더라도 취득(사용승인)시기가 다르다면 서로 다른 법령을 적용할 수 있는 것이고 이를 합리적 이유가 없는 차별이라고 할 수는 없는 점,

 

「지방세특례제한법」제74조 제1항에 대한 최소납부세제의 적용은 이미 2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된「지방세특례제한법」에 따라 예정된 것으로 청구법인은 이 건 공동주택에 대한 최소납부세제 적용을 충분히 예측할 수 있었다고 보이는 점,

 

「지방세특례제한법」제177조의2 규정의 경우 2016.1.1. 처음으로 시행된 이후 여러 차례 개정되면서 그 적용 대상이 변경된 것은 사실이나 이는 입법자의 고유 권한으로서 납세자가 그 개정 사항을 예측할 수 없었다고 하여 그 적용 여부가 달라지는 것은 아닌 점 등에 비추어 이 건 공동주택은 개정「지특법」 제177조의2 제1항에 따른 최소납부세액 부과 대상이라 할 것이므로 처분청이 이 건 공동주택을 최소납부세액 적용 대상으로 보아 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

 

 

조심2023지0494(20230919) 취득세 기각 /주택재개발사업자인 청구법인이 체비지로 취득한 쟁점주택을 최소납부세제 적용대상에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

 

결정요지

이 건 건축물(체비지)은 지특법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것) 부칙 제17조 제1항에 따라 최소납부세제(85%감면)가 시행되던 종전조항 적용대상으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단됨.

 

조심2023지1646(20230620) 취득세기각 /주택재개발사업자인 청구법인이 체비지로 취득한 이 건 공동주택을 최소납부세제 적용 대상에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

 

결정요지

지방세특례제한법」제177조의2 규정의 경우 2016.1.1. 처음으로 시행된 이후 여러 차례 개정되면서 그 적용 대상이 변경된 것은 사실이나 이는 입법자의 고유 권한으로서 납세자가 그 개정 사항을 예측할 수 없었다고 하여 그 적용 여부가 달라지는 것은 아닌 점 등에 비추어 이 건 공동주택은 현행「지방세특례제한법」제177조의2 제1항에 따른 최소납부세액 부과 대상이라 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구 중 최소납부세액에 상당하는 세액의 환급을 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

 

 

조심2023지0480(20231011) 취득세 기각 /주택재개발사업자인 청구법인이 체비지로 취득한 쟁점공동주택을 최소납부세제 적용 대상에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

 

결정요지

「지방세특례제한법」제177조의2 규정의 경우 2016.1.1. 처음으로 시행된 이후 여러 차례 개정되면서 그 적용 대상이 변경된 것은 사실이나 이는 입법자의 고유 권한으로서 납세자가 그 개정 사항을 예측할 수 없었다고 하여 그 적용 여부가 달라지는 것은 아닌 점 등에 비추어 쟁점공동주택은 현행「지방세특례제한법」제177조의2 제1항에 따른 최소납부세액 부과 대상이라 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

 

1. 처분개요

 

가. 청구법인은 2020.9.7. OOO시 OOO구 OOO동 OOO일원에 공동주택 OOO세대(일반분양분, 이하 “쟁점공동주택”이라 한다)를 취득(신축)한 후, 쟁점공동주택을「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것, 이하 같다) 제74조 제3항 및 같은 법 부칙 (2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것) 제17조 제1항(이하 “이 건 부칙”이라 한다)에서 규정하고 있는 주택재개발사업의 시행자가 취득하는 체비지에 해당하여 취득세 면제대상이나,「지방세특례제한법」제177조의2 제1항에서 규정하고 있는 최소납부세제 과세대상으로 보아 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다.

 

나. 청구법인은 2022.11.25.「지방세특례제한법」제74조 제3항 및 이 건 부칙에 따라 쟁점공동주택은 취득세 면제대상이지 최소납부세액 적용 대상이 아니라는 취지로 이 건 취득세 등의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2022.12.7. 이를 거부하였다.

 

다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.12.14. 심판청구를 제기하였다.

 

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

 

가.청구법인 주장

 

(1)「지방세특례제한법」제74조 제3항에서 주택재개발사업의 시행자가 취득하는 체비지에 대하여는 취득세의 100분의 75를 감면한다고 규정하면서 이 건 부칙에서 “2020.1.1. 전에「도시 및 주거환경정비법」제50조에 따른 사업시행계획 인가를 받은 사업의 시행으로 2020.1.1. 이후 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면에 대해서는 제74조 제1항 및 제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 제74조 제1항에 따른다고 규정하여 해당 부동산(체비지)에 대하여는 취득세를 면제하고 있다.

 

(2) 처분청은 쟁점공동주택을 2020.1.1. 이후 취득(사용승인)하였으므로 최소납부세제의 적용대상이라고 보았으나, 2020.1.1. 이전에「도시 및 주거환경정비법」제50조에 따른 사업시행계획 인가를 받은 것은 동일함에도 2020.1.1. 이후 사용승인을 받은 공동주택과 2020.1.1. 이전에 사용승인을 받은 공동주택을 합리적인 이유 없이 차별하는 것은 조세형평에도 어긋나므로 2020.1.1. 이후 사용승인을 받은 쟁점공동주택에 대하여도 2020.1.1. 이전에 사용승인을 받은 공동주택과 같이 그 취득세 전액을 면제하여야 한다.

 

(3) 종전 규정을 적용한다는 경과규정이 없음에도 불구하고 헌법상 조세 평등의 원칙에 따라 구법을 적용하여 최소납부세제의 적용을 배제해야 한다는 대법원의 판결(대법원 2019.4.11. 선고 2018두66685 판결)과 주택재개발사업에 따라 신축한 공동주택의 착공시기가 최소납부세제 시행 이전인 경우 일반적 경과규정에 따라 최소납부세제는 배제되어야 한다는 조세심판원 결정(조심 2022지0131, 2022.7.18.) 등을 볼 때, 쟁점공동주택에 대하여는 최소납부세액을 부과하지 않는 것이 타당하다.

 

(4) 끝으로, 최소납부세제를 규정한「지방세특례제한법」제177조의2 규정이 계속하여 개정(배제 기간의 연장, 중단, 단축)됨에 따라 향후 쟁점공동주택에 대해 최소납부세제가 적용될 것이라고 예측할 수 없었는바, 이와 같은 청구법인의 사정을 고려할 때 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

 

나. 처분청 의견

 

(1)「지방세특례제한법」제74조 제3항에서 주택재개발사업의 시행자가 해당 사업의 시행으로 취득하는 체비지에 대해서는 취득세의 100분 75를 경감한다고 규정하고 있으나, 이 건 부칙에서 2020.1.1. 이전에 사업시행계획인가를 받은 사업의 시행으로 2020.1.1. 이후 취득하는 부동산에 대해서는 종전의 법령에 따라 취득세를 면제한다고 규정하고 있으며,「지방세특례제한법」177조의2 제1항 제2호의 최소납부세제 적용 제외 대상에 같은 법 제74조 제3항을 두고 있지 않으므로 쟁점공동주택에 대하여는 당연히 최소납부세제를 적용하여야 한다.

 

(2) 청구법인이 사례로 들고 있는 조세심판원 결정(조심 2022지131, 2022.7.18.)은 해당 공동주택의 원인행위(착공) 당시 시행 중인 지방세특례제한법령에 따라 최소납부세제를 적용하여야 한다는 것으로 이 건 부칙을 적용하여 취득세를 면제한 이 건과는 그 사실관계가 다르다.

 

(3) 또한,「지방세특례제한법」제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) 규정은 2014.12.31. 지방재정 강화를 위해 지방세특례제한법령에 따라 취득세를 면제하는 경우 100분의 15에 해당하는 세액을 과세하는 것으로 그 취지가 수익자가 최소한의 비용을 지불하여 조세부담의 형평성을 증진하기 위함인 것으로 확인되는 바, 쟁점공동주택에 대하여 최소납부세제 적용을 배제하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

 

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 

주택재개발사업자인 청구법인이 체비지로 취득한 쟁점공동주택을 최소납부세제 적용 대상에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

 

나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것)

제74조[도시개발사업 등에 대한 감면] ①「도시개발법」에 따른 도시개발사업과「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업(재개발사업으로 한정한다)의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 환지계획 및 토지상환채권에 따라 취득하는 토지, 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 “환지계획 등에 따른 취득부동산”이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다.

 

② 제1항 제2호의 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.

 

③ 도시개발사업의 사업시행자가 해당 도시개발사업의 시행으로 취득하는 체비지 또는 보류지에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2022년 12월 31일까지 경감한다.

 

제177조의2[지방세 감면 특례의 제한] ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 

2. 제7조부터 제9조까지, 제11조 제1항, 제13조 제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제3항, 제33조 제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제50조, 제55조, 제57조의2 제2항(2020년 12월 31일까지로 한정한다), 제57조의3 제1항, 제62조, 제63조 제2항ㆍ제4항, 제66조, 제73조, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제82조, 제84조 제1항, 제85조의2 제1항 제4호 및 제92조에 따른 감면

 

(2) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것)

 

제74조[도시개발사업 등에 대한 감면] ①「도시개발법」제2조 제1항 제2호에 따른 도시개발사업(이하 이 조에서 “도시개발사업”이라 한다)과「도시 및 주거환경정비법」제2조 제2호 나목에 따른 재개발사업(이하 이 조에서 “재개발사업”이라 한다)의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 환지계획 및 토지상환채권에 따라 취득하는 토지, 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 “환지계획 등에 따른 취득부동산”이라 한다)에 대해서는 취득세를 2022년 12월 31일까지 면제한다.

 

② 제1항 제2호의 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.

 

③ 도시개발사업의 사업시행자가 해당 도시개발사업의 시행으로 취득하는 체비지 또는 보류지에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2022년 12월 31일까지 경감한다.

 

제177조의2[지방세 감면 특례의 제한] ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

 

2. 제7조부터 제9조까지, 제11조 제1항, 제13조 제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제3항, 제33조 제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제50조, 제55조, 제57조의2 제2항(2020년 12월 31일까지로 한정한다), 제57조의3 제1항, 제62조, 제63조 제2항ㆍ제4항, 제66조, 제73조, 제74조 제1항, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제82조, 제84조 제1항, 제85조의2 제1항 제4호 및 제92조에 따른 감면

 

(3) 지방세특례제한법 부칙(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것)

제5조[지방세 면제 특례의 제한에 관한 적용례] 제177조의2의 개정규정은 다음 각 호의 구분에 따른 시기부터 적용한다.

3. 제74조 제1항ㆍ제2항 : 2020년 1월 1일

4. 제1호부터 제3호까지에서 규정한 면제 외의 면제 : 2016년 1월 1일

 

(4) 지방세특례제한법 부칙(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것)

 

제17조[도시개발사업 등에 대한 감면 및 추징에 관한 경과조치] ① 2020년 1월 1일 전에「도시개발법」제17조에 따른 실시계획 인가를 받거나「도시 및 주거환경정비법」제50조에 따른 사업시행계획 인가를 받은 사업의 시행으로 2020년 1월 1일 이후 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면에 대해서는 제74조 제1항 및 제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 제74조 제1항에 따른다.

 

다. 사실관계 및 판단

 

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

 

(가) 청구법인은 OOO구역주택재개발정비사업의 시행을 목적사업으로 설립된 법인으로, 2015.9.23. 처분청으로부터 OOO구역주택재개발정비사업계획의 시행을 인가받았고, 처분청은 2016.4.29. OOO구역주택재개발정비사업의 관리처분계획을 인가하였다.

 

(나) 청구법인은 2017.9.28. 쟁점공동주택의 신축공사를 착공하여 2020.9.7. 처분청으로부터 사용승인을 받았다.

 

(다)「지방세특례제한법」제74조 및 제177조의2 개정 관련 사항을 요약하면 아래와 같다.

 

제74조 제3항(신설)

○ 도시개발사업시행자가 취득하는 체비지를 제74조 제1항에서 같은 조 제3항으로 이관하고 취득세를 면제에서 75%감면으로 하향조정하며, 주택재개발사업시행자에 대한 감면을 삭제함

 

○ 다만, 2020.1.1. 이전에 정비사업계획을 인가받아 사업시행자가 체비지(공동주택)를 취득하는 경우 종전 규정(제74조 제1항)을 적용하여 취득세를 면제(부칙 제17조 제1항)

 

- 제74조 제1항에 대해 최소납부세제 시행

 

2022.1.1.

제177조의2 제1항 제2호(개정)

 

○ 최소납부세제 제외 대상에 제74조 제1항을 신설

- 제74조 제1항의 조합원 등 환지처분 대상자에 대한 취득세 면제 시 최소납부세액을 부과하지 아니함

 

(마) 청구법인은 쟁점공동주택에 대해「지방세특례제한법」제74조 제3항 및 이 건 부칙을 적용하여 취득세 면제대상이나, 같은 법 제177조의2 제1항에 따라 최소납부세제 대상으로 보아 이 건 취득세 등을 신고·납부하였다.

(2) 2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의「지방세특례제한법」제74조 제1항에서「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업의 사업시행자가 취득하는 체비지에 대해서는 취득세를 2019.12.31.까지 면제한다고 규정하고 있고, 이 건 부칙에서 2020.1.1. 전에「도시 및 주거환경정비법」제50조에 따른 사업시행계획 인가를 받은 사업의 시행으로 2020.1.1. 이후 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면에 대해서는 제74조 제1항 및 제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 제74조 제1항에 따른다고 규정하고 있다. 또한, 2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된「지방세특례제한법」제177조의2 제1항 및 같은 법 부칙 제5조 제3호를 종합하면,「지방세특례제한법」제74조 제1항에 따라 취득세를 면제받는 경우 2020.1.1.부터 최소납부세제를 적용하는 것으로 규정하고 있다.

 

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점공동주택을 최소납부세액 적용 대상이 아니라고 주장하나, 2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된「지방세특례제한법」제74조 제1항 및 제177조의2 제1항과 같은 법 부칙 제5조 제3호에서「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업의 사업시행자가 2020.1.1.부터 취득하는 체비지에 대해서는 취득세를 면제하되 그에 따른 최소납부세액을 부과한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 2020.9.7. 쟁점공동주택을 취득한 후 이 건 부칙에 따라 그 취득세를 면제받은 것이고, 이에 대하여 그 부칙에서 최소납부세액을 부과하지 않는다거나 적용의 유예를 규정한 사실은 없는 점, 취득세는 취득 당시의 사실상 현황과 법령에 따라 부과하는 것이므로 신축 건축물의 경우 그 착공시기가 비슷하다 하더라도 취득(사용승인)시기가 다르다면 서로 다른 법령을 적용할 수 있는 것이고 이를 합리적 이유가 없는 차별이라고 할 수는 없는 점,「지방세특례제한법」제74조 제1항에 대한 최소납부세제의 적용은 이미 2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된「지방세특례제한법」에 따라 예정된 것으로 청구법인은 쟁점공동주택에 대한 최소납부세제 적용을 충분히 예측할 수 있었다고 보이는 점, 나아가「지방세특례제한법」제177조의2 규정의 경우 2016.1.1. 처음으로 시행된 이후 여러 차례 개정되면서 그 적용 대상이 변경된 것은 사실이나 이는 입법자의 고유 권한으로서 납세자가 그 개정 사항을 예측할 수 없었다고 하여 그 적용 여부가 달라지는 것은 아닌 점 등에 비추어 쟁점공동주택은 현행「지방세특례제한법」제177조의2 제1항에 따른 최소납부세액 부과 대상이라 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

 

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

 

 

대법원 2022두65948(2023.03.16.) 취득세 /공동주택 신축이 부칙 규정에 따른 감면대상(신뢰보호)인지 여부

 

주문 / 처분청 승소

 

1. 상고를 기각한다. 2. 상고비용은 원고가 부담한다.

 

이유

 

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유서를 모두 살펴보았으나, 상고이유에 관한 주장은「상고심절차에 관한 특례법」제4조 제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

 

2심-부산고등법원 2022누10583(2022.11.16) 취득세

 

공동주택 신축이 부칙 규정에 따른 감면대상(신뢰보호)인지 여부

 

판결요지

 

1. 이 사건 감면조항은 위 개정 법률에서 개정된 조항이 아니므로, 위 부칙 조항의 적용대상이 아니며, 이 사건 감면조항에서 2014. 12. 31.까지의 적용기한이 만료한 이후에 신축된 공동주택에 대해서도 장래 일정한 기간 내에는 특별히 취득세를 부과하지 않겠다는 것을 규정하고 있지 않음은 문언상 분명하므로 원고의 신뢰를 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수 없는 등 이 사건 감면조항이 적용될 수 없음. 2. 조세심판원에서 이 사건 감면조항과 유사한 경우에 착공시를 기준으로 취득세 감면요건 충족 여부를 결정한 바 있을 뿐인데, 처분에 대한 행정적 불복 기관으로서 과세관청과 독립되어 있는 조세심판원의 결정을 과세관청인 피고의 공적인 견해표명과 동일하게 볼 수는 없다. 위와 같은 사정을 고려하면, 피고가 이 사건 감면조항에 관하여 공적인 견해표명을 하였다거나 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰를 부여하였다고 할 수 없다.

주문 / 처분청 승소

 

1. 원고의 항소를 기각한다. 2. 항소비용은 원고가 부담한다.

이유

 

▣ 청구취지 및 항소취지

 

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2019. 11. 18. 원고에게 한 취득세 및 지방교육세 합계 1,123,092,275원에 대한 경정거부 처분을 취소한다.

 

▣ 이 유

 

1. 제1심 판결의 인용

 

원고가 항소하면서 당심에서 주장하는 사유는 제1심에서 원고가 주장한 내용과 크게 다르지 아니하고, 제1심 및 당심에서 제출된 증거를 원고의 주장과 함께 다시 살펴보더라도 원고의 청구를 기각한 제1심의 판단은 정당하다고 인정된다.

 

이에 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 제1심 판결서 제4면 제2행 “제14조” 뒤에 “(이하 ‘이 사건 부칙’이라고 한다)”를 추가하고, 원고가 당심에서 강조하는 주장에 관한 판단을 추가하는 외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

 

[추가판단 부분]

 

가. 원고의 주장 요지

 

1) 이 사건 부칙 적용 주장

 

이 사건 감면조항과 유사한 내용의 법규는 1995. 1. 16. 경상남도세감면조례가 제정될 무렵부터 20년가량 존재하였고, 위 기간 동안 경상남도감면조례 및 지방세특례제한법은 수차례에 걸쳐 일몰시한을 연장하는 것으로 개정되어 납세자에게 단순한 주관적인 기대를 넘어서 법률상 보호가 필요한 신뢰가 형성되었다. 따라서 이 사건 감면조항의 일몰시한이 연장되지 않은 것은 종전의 규정에 따라 감면하여야 할 지방세를 납세자에 불리하게 개정한 것에 준하는 행위로 보아야 하므로, 이 사건 부칙이 적용되어 종전의 규정인 이 사건 감면조항에 따라야 한다.

 

2) 지방세기본법 제20조 제3항 적용 주장

 

지방세기본법 제20조 제3항에 의하면 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 관행은 존중되어야 하고 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 불이익을 받아서는 아니 된다. 그런데 이 사건 처분의 경우, 이 사건 감면조항의 일몰시한이 경과된 이후에도 기존의 규정에 의한 조세감면이 적용될 수 있다는 취지의 조세심판원 결정이 다수 존재하고, 이에 따라 행정청에서 이 사건 감면조항을 적용하는 해석과 관행이 정착되어 왔다. 따라서 이 사건 처분에 관하여는 위와 같은 관행과 해석을 존중하여 원고에게 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 불이익을 하여서는 아니 된다.

 

나. 판단

1) 이 사건 부칙 적용 주장에 대하여

이 사건 부칙이 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.”고 규정함으로써 이 사건 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다(대법원 2013. 9. 12. 선고 2012두12662 판결의 취지 참조1)

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주1) 이 사건 부칙과 동일하게 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.”라고 규정한 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 부칙(2010. 1. 1.) 제6조에 관한 판결이다.

 

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위 법리에 비추어 보건대, 이 사건 감면조항에서 2014. 12. 31.까지의 적용기한이 만료한 이후에 신축된 공동주택에 대해서도 장래 일정한 기간 내에는 특별히 취득세를 부과하지 않겠다는 것을 규정하고 있지 않음은 문언상 분명하므로, 원고의 신뢰를 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수 없다. 또한 종래 법령 등의 개정을 통하여 적용기한이 상당 기간 계속하여 연장되어 왔다는 사정만으로 향후에도 적용기한이 연장될 것이라는 기대를 보호해주는 경우, 입법자가 적용기한의 종료 즈음에 변화된 정책적 환경과 조세공평의 원칙 등을 고려하여 특례의 존속 여부 및 적용 범위 등을 다시 정할 수 있도록 한시법령의 형태로 규율한 취득세 감면특례의 입법 취지가 몰각될 우려가 있다. 이 부분 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

 

2) 지방세기본법 제20조 제3항 적용 주장에 대하여

지방세기본법 제20조 제3항은 “이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위나 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다.”고 규정하고 있다. 그런데 조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙 또는 비과세 관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙이다(대법원 2004. 7. 22. 선고 2002두11233 판결 등 참조). 따라서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다. 비록 과세관청이 질의회신 등을 통하여 어떤 견해를 표명하였다고 하더라도 그것이 중요한 사실관계와 법적인 쟁점을 제대로 드러내지 아니한 채 질의한 데 따른 것이라면 공적인 견해표명에 의하여 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰가 부여된 경우라고 볼 수 없다. 또한 비과세 관행 존중의 원칙도 비과세에 관하여 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 존재하여야 적용될 수 있는 것으로서, 이는 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 의미하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적인 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없으며, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 증명책임은 그 주장자인 납세자에게 있다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 등 참조).

 

위 법리에 비추어 본다. 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 피고에게 이 사건 감면조항의 적용 범위에 관한 내용을 질의하였다거나 피고가 질의회신 등을 통하여 어떤 견해를 표명하였다고 볼 만한 자료가 없다. 또한 피고에게 2014. 12. 31. 이전에 착공된 공동주택에 관하여는 위 일몰시점이 경과한 이후 사용승인을 받았더라도 이 사건 감면조항을 근거로 취득세를 면제하여 오는 관행이 있었다고 보이지도 않는다. 단지 조세심판원에서 이 사건 감면조항과 유사한 경우에 착공시를 기준으로 취득세 감면요건 충족 여부를 결정한 바 있을 뿐인데, 처분에 대한 행정적 불복 기관으로서 과세관청과 독립되어 있는 조세심판원의 결정을 과세관청인 피고의 공적인 견해표명과 동일하게 볼 수는 없다. 위와 같은 사정을 고려하면, 피고가 이 사건 감면조항에 관하여 공적인 견해표명을 하였다거나 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰를 부여하였다고 할 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

 

2. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1심-창원지방법원 2021구합52059(2022.05.26) 취득세

 

공동주택 신축이 부칙 규정에 따른 감면대상(신뢰보호)인지 여부

 

판결요지

2014. 11.경에 착공하였다는 것인데, 그 이전인 2014. 9. 15. 이 사건 감면조항의 일몰기한이 연장되지 않는 내용의 개정 법안이 입법예고된 사정 등을 고려할 때, 원고가 2014. 12. 31. 이전에 이 사건 공동주택을 착공하면서 위 시점 이후에 이 사건 공동주택을 건축하는 경우에도 이 사건 감면조항을 적용받을 수 있으리라고 신뢰하였다고 하더라도, 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수 없음

주문 / 처분청 승소

 

1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다.

이유

 

▣ 청 구 취 지

피고가 2019. 11. 18. 원고에게 한 취득세 및 지방교육세 합계 1,123,092,275원에 대한 경정거부 처분을 취소한다.

 

▣ 이 유

1. 처분 경위

가. 원고는 김해시 김해대로 ○○○○ 일원에 전용면적 60㎡ 이하 259세대, 60㎡ 초과 677세대, 합계 936세대로 이루어진 공동주택 8개동(이하 ‘이 사건 공동주택’이라 한다)을 신축하여 2017. 6. 12. 사용승인을 받았다.

 

나. 원고는 피고에게 이 사건 공동주택 신축에 따른 취득세 4,875,313,010원, 지방교육세 278,589,310원을 신고·납부한 후, 2019. 10.경 지방세특례제한법 제33조 제1항(이하 ‘이 사건 감면조항’이라 한다)에 따라 취득세 1,062,804,001원(가산세 3,896,157원 포함) 및 지방교육세 60,288,274원(가산세 37,075원 포함)이 면제되어야 한다고 주장하면서 신고·납부한 위 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

 

다. 피고는 2019. 11. 18. ‘이 사건 공동주택은 2017. 6. 12. 사용승인되었고, 이 사건 감면조항은 2014. 12. 31. 일몰되었으므로 감면은 불가하다’는 이유로 원고의 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

 

라. 원고는 이 사건 처분의 취소를 구하는 행정심판을 제기하였으나, 조세심판원은 2021. 4. 22. 원고의 청구를 기각하는 재결을 하였다.

 

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 7 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

 

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장 요지

 

이 사건 감면조항의 일몰 전에 이 사건 감면조항이 적용되리라 신뢰한 건축주에 의하여 이 사건 공동주택 취득을 위한 원인행위인 착공이 2014. 11.경에 이루어졌으므로 이 사건 감면조항이 적용되어야 한다.

 

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

 

다. 판단

살피건대, 아래에서 보는 바와 같이 이 사건 공동주택의 신축에는 이 사건 감면조항이 적용될 수 없으므로, 이 사건 처분은 적법하다. 원고의 주장은 이유 없다.

 

1) 이 사건 감면조항은 ‘대통령령으로 정하는 주택건설사업자가 공동주택을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60㎡ 이하인 5세대 이상의 공동주택과 그 공동주택을 건축한 후 미분양 등의 사유로 임대용으로 전환하는 경우 그 공동주택에 대하여는 2014. 12. 31.까지 취득세를 면제한다’고 규정하고 있는바, 이는 공동주택의 공급을 장려하기 위하여 제한적으로 신설된 특혜규정이라 할 것이다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2008. 2. 14. 선고 2007두21242 판결 등 참조). 한편 취득세 감면요건의 충족 여부는 원칙적으로 취득세 납세의무의 성립 시점을 기준으로 판단하여야 하는데, 신축건물의 취득 시기는 건축물에 대하여 사용승인을 받은 날 또는 사실상의 사용일 중 빠른 날이므로(지방세법 제10조의7, 지방세법 시행령 제20조 제6항), 이 사건 감면조항에 따른 취득세 감면요건의 충족 여부는 원칙적으로 공동주택에 대한 사용승인을 받은 날 또는 사실상의 사용일을 기준으로 판단하여야 한다. 이 사건 공동주택은 앞서 보았듯이 2014. 12. 31.이 지난 2017. 6. 12. 사용승인을 받았다.

 

2) 지방세특례제한법 부칙<제12955호, 2014. 12. 31.> 제14조는 “이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.”고 규정하고 있으나, 이 사건 감면조항은 위 개정법률에서 개정된 조항이 아니므로, 위 부칙 조항의 적용대상이 아니다. 부칙규정이 법률불소급의 원칙에 대한 예외로서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전의 법률을 적용하는 특별규정에 해당하기 위해서는, 원칙적으로 구법의 규정에 ‘장래 일정한 기간 내에 비과세 또는 감면 요건을 충족하는 경우에 비과세 또는 감면한다’는 등의 기득권 내지 신뢰보호와 관련된 내용이 있고, 납세의무자가 이를 신뢰하고 구법 시행 당시에 그 비과세 또는 감면 요건의 충족을 위한 원인행위를 하였는데, 구법의 기득권 내지 신뢰보호와 관련된 내용이 납세의무자에게 불이익하게 개정됨으로 말미암아 그 비과세 또는 감면 요건을 충족할 수 없게 된 경우이어야 한다. 그런데 이 사건 감면조항의 신뢰보호와 관련된 내용은 ‘납세의무자가 2014. 12. 31.까지 공동주택을 건축하는 경우에 취득세를 면제한다’는 것이므로, 지방세특례제한법 부칙<제12955호, 2014. 12. 31.> 제14조가 위와 같은 특별규정에 해당하기 위해서는, 이 사건 감면조항의 신뢰보호와 관련된 내용 자체가 납세의무자에게 불이익하게 개정(예를 들어, 위 2014. 12. 31.을 2013. 12. 31.로 단축하거나, 취득세 감면을 감경으로 개정 등)되어야 하는데, 이 사건 감면조항의 경우 그와 같은 개정이 이루어지지 않았고, 단지 이 사건 감면조항의 일몰기한이 도래하여 그 이후부터 취득세에 대한 과세특례가 적용되지 않게 되었을 뿐이다. 그리고 이 사건 감면조항의 일몰기한의 연장 여부는 이 사건 감면조항 자체의 신뢰보호와 관련된 내용으로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 설령 납세의무자가 이 사건 감면조항의 일몰기한을 연장하는 법률 개정이 이루어질 것으로 신뢰하였다고 하더라도 이는 단순한 주관적인 기대에 불과할 뿐 그 신뢰가 마땅히 보호되어야 할 정도에 이르렀다고 볼 수도 없으므로, 그러한 사정만으로 위 부칙규정을 원고 주장과 같은 효력을 가지는 특별규정으로 해석할 수는 없다.

 

3) 원고가 그 주장의 근거로 제시한 대법원 2015. 9. 24. 선고 2015두42152 판결은 종전의 규정에서 취득세의 감면대상이었던 부동산을 그 감면대상에서 제외시키는 내용으로 개정된 사안에 대한 판결로서, 그러한 개정이 이루어지지 않은 이 사건 감면조항에 대하여 그대로 적용할 수 없다. 또한 원고 주장에 의하더라도 2014. 11.경에 착공하였다는 것인데, 그 이전인 2014. 9. 15. 이 사건 감면조항의 일몰기한이 연장되지 않는 내용의 개정 법안이 입법예고된 사정 등을 고려할 때, 원고가 2014. 12. 31. 이전에 이 사건 공동주택을 착공하면서 위 시점 이후에 이 사건 공동주택을 건축하는 경우에도 이 사건 감면조항을 적용받을 수 있으리라고 신뢰하였다고 하더라도, 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수 없고 달리 이를 인정할 자료가 없다. 따라서 이 사건 공동주택 취득을 위한 원인행위인 착공시점을 기준으로 이 사건 감면조항이 적용되어야 한다는 원고 주장은 받아들일 수 없으므로, 더 나아가 2014. 12. 31. 전에 착공되었는지 여부는 살펴볼 필요 없이 이 사건 처분이 위법하다는 원고 주장은 이유 없다.

 

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

 

 

( 별지 )

 

관계 법령

■ 지방세특례제한법

 

제33조(주택 공급 확대를 위한 감면)

① 대통령령으로 정하는 주택건설사업자가 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 복리시설을 포함하되, 분양하거나 임대하는 복리시설은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 분양할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 5세대 이상의 공동주택(해당 공동주택의 부속토지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)과 그 공동주택을 건축한 후 미분양 등의 사유로 제31조에 따른 임대용으로 전환하는 경우 그 공동주택에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

 

■ 부칙 <제12955호, 2014.12.31>

제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거

대법원 2018두66685(2019.04.11.) 국세 /2011년도에 발생한 석박사 인건비에 대한 연구인력개발비 세액공제액은 구 조세특례제한법 제132조 제1항이 적용되어 최저한세가 적용되지 않으므로 이월세액공제 대상에 해당됨

 

주문 / 처분청 패소

 

1. 상고를 기각한다. 2. 상고비용은 피고가 부담한다.

이유

 

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 상고심절차에 관한 특례법 제4조 제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정된다. 이에 같은 법 제5조에 의하여 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

 

 

2심-서울고등법원 2018누52817(2018.11.28) 국세

 

2011년도에 발생한 석박사 인건비에 대한 연구인력개발비 세액공제액은 구 조세특례제한법 제132조 제1항이 적용되어 최저한세가 적용되지 않으므로 이월세액공제 대상에 해당됨 (국패)

 

주문 / 처분청 패소

 

1. 피고의 항소를 기각한다. 2. 항소비용은 피고가 부담한다.

 

이유

 

【청구취지 및 항소취지】

 

1. 청구취지

 

피고가 2017. 2. 13. 원고에 대하여 한 2015 사업연도 법인세 000원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

 

2. 항소취지

 

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

 

【이유】

 

1. 제1심판결의 인용 등

 

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심판결 중 해당 부분을 다음 2항과 같이 수정하는 이외에는 제1심판결의 이유 부분(그 별지를 포함하되, ‘3. 결론’ 부분 제외) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

 

2. 수정하는 부분

 

○ 5쪽 4행 아래에 다음과 같은 내용을 추가한다.

 

[ 다) 또한 구체적 분쟁사건의 재판에 즈음하여 법률 또는 법률조항의 의미ㆍ내용과 적용 범위가 어떠한 것인지를 정하는 권한, 곧 법령의 해석ㆍ적용 권한은 사법권의 본질적 내용을 이루는 것이고, 법률이 헌법규범과 조화되도록 해석하는 것은 법령의 해석ㆍ적용상의 대원칙이다(대법원 2009. 2. 12. 선고, 2004두10289 판결 참조). ]

 

○ 6쪽 10행의 “보인다” 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

 

[ (피고는, 조세특례제한법 개정 이후에도 원고가 지출한 연구ㆍ인력개발비가 증가하였으므로 원고가 석ㆍ박사의 인건비 관련 세액공제액에 대해서는 최저한세가 적용되지 않는다는 규정을 신뢰 또는 고려하여 석ㆍ박사 인건비를 지출한 것이 아니라고 주장하나, 원고의 석ㆍ박사 인건비 지출은 세제혜택뿐만 아니라 당시 경제상황, 경쟁업체의 지출 정도 등 여러 요소를 종합적으로 고려하여 결정할 사항으로 보이는바, 최저한세 적용 배제 규정은 다른 조건이 동일하다면 원고의 석ㆍ박사 인건비 지출을 증가시키는 요소로 작용할 것임이 분명하다고 할 것이어서 만약 최저한세 적용 배제 규정이 계속 유지되었더라면 원고의 석ㆍ박사 인건비 지출이 현재 상황보다 더 큰 폭으로 증가하였을 가능성을 배제하기 어려우므로, 위 주장과 같은 사정만으로 달리 보기 어렵다) ]

 

○ 6쪽 아래에서 7행의 “허용되는 기간 동안” 다음에 “당기순이익이 발생하는 경우에는”을 추가한다.

 

○ 9쪽 본문 아래에서 4행 밑에 다음과 같은 내용을 추가한다.

 

[ ⑥ 나아가 만약 이 사건 쟁점세액에 대하여 개정 조세특례제한법 제132조를 그대로 적용하여 이월세액공제기간인 5년 동안에도 최저한세가 적용된다고 해석한다면, 2011 사업연도에 석ㆍ박사 인건비 지출이 완료되어 세액공제 신청을 한 납세자들 중 “결손금이 발생하여 2011 사업연도에 석ㆍ박사 인건비 지출에 관한 세액공제를 받지 못한 납세자”와 “당기순이익이 발생하여 2011 사업연도에 석ㆍ박사 인건비 지출에 관한 세액공제를 받은 납세자”를 결손금 발생이라는 우연한 사정에 따라 불합리하게 차별하는 결과를 가져 온다. 따라서 이 사건 쟁점세액에 대하여는 개정 조세특례제한법 제132조가 아닌 구 조세특례제한법 제132조를 적용하여 이월세액공제기간인 5년 동안에는 최저한세가 적용되지 않는다고 봄이 헌법상 평등의 원칙에 부합하는 합헌적 법률해석이라 할 것이다. ]

 

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 받아들여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.

 

1심-서울행정법원 2017구합70670(2018.06.07) 국세

 

2011년도에 발생한 석박사 인건비에 대한 연구인력개발비 세액공제액은 최저한세가 적용되지 않으므로 이월세액공제에 해당됨 (국패)

 

주문 / 처분청 패소

 

1. 피고가 2017. 2. 13. 원고에 대하여 한 2015 사업연도 법인세 000원의 경정청구 거부처분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다.

 

이유

 

1. 처분의 경위

가. 원고는 ○○ 관련 제품을 생산하여 판매하는 사업을 영위하고 있다.

 

나. 원고는 ○○시에 연구소(R&D센터)를 건립하고, 석·박사 출신의 연구원들을 채용하여 위 연구소의 연구전담 직원으로 근무하도록 하고 있는데, 2011 사업연도 법인세 신고 당시 위 석·박사 출신 연구원들에게 지급한 급여를 포함한 연구·인력개발비 지출액에 대하여 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제10조에 따라 000원(그 중 석·박사 인건비 지출액 000원에 상응하는 000원을 ‘이 사건 쟁점세액’이라 한다)의 세액공제를 신청하였으나, 2011 사업연도에 결손이 발생함에 따라 2014 사업연도까지 2011 사업연도에 발생한 위 연구·인력개발비 세액공제액을 공제받지 못하였다.

 

다. 한편, 구 조세특례제한법 제132조 제1항 제3호는 석·박사의 인건비 지출액에 상응하는 연구·인력개발비 세액공제액을 최저한세 적용 대상 세액공제에서 제외하고 있었으나, 2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정된 조세특례제한법(이하 ‘개정 조세특례제한법’이라 한다) 제132조 제1항 제3호는 중소기업이 아닌 법인의 석·박사 인건비에 상당하는 연구·인력개발비 세액공제액을 최저한세 적용 대상으로 규정하였다.

 

라. 원고는 2015 사업연도 법인세 신고를 함에 있어 이 사건 쟁점세액을 포함하여2011 사업연도에 공제받지 못하였던 2011 사업연도 발생 연구·인력개발비 세액공제액을 개정 조세특례제한법 제144조 제1항에 따라 이월공제하여 법인세를 신고하였는데, 당시 원고는 개정 조세특례제한법 제132조 제1항 제3호에 따라 이 사건 쟁점세액을 최저한세 적용 대상 연구·인력개발비 세액공제액에 포함시켜 법인세를 신고하였다.

 

마. 이후 원고는 2016. 12. 13. 피고에게 이 사건 쟁점세액이 최저한세 적용 대상에 서 제외되어야 함을 이유로 2015 사업연도 법인세 000원을 감액경정하여 줄 것을 청구하였으나, 피고는 위 경정청구일로부터 2개월 내에 원고에게 경정청구 결과를 통지하지 않았다.

 

바. 원고는 국세기본법 제45조의2 제3항 단서에 따라 위 경정청구가 있었던 때로부터 2개월이 지난 2017. 2. 13. 피고의 거부처분이 있는 것으로 보아(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다) 2017. 4. 18. 조세심판원에 그 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 2017. 10. 24. 기각되었다.

 

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

 

2. 이 사건 처분의 적법 여부

 

가. 원고의 주장

개정 조세특례제한법의 문언과 그 개정 취지, 납세자의 신뢰보호와 예측가능성 등을 고려할 때, 구 조세특례제한법 제132조가 적용되던 2011 사업연도에 이미 확정적으로 발생하여 신고까지 마친 이 사건 쟁점세액에 대하여는 개정 조세특례제한법 제132조가 아니라 구 조세특례제한법 제132조가 적용되어 최저한세의 제한을 받지 않는 것으로 해석하여야 하므로, 이와 다른 전제에서 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

 

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

 

다. 판단

 

1) 관련 법리

가) 구 조세특례제한법은 연구개발을 장려하기 위해 제10조에서 내국법인이 지출한 연구·인력개발비를 세액공제대상으로 규정하는 한편, 제132조 제1항 제3호에서 중소기업이 아닌 법인의 경우에도 해당 사업연도 연구·인력개발비 세액공제 대상금액에서 석ㆍ박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 뺀 금액을 최저한세 적용대상으로 정하고 있었다. 그런데 개정 조세특례제한법 제132조 제1항 제3호에서는 중소기업이 아닌 법인의 연구·인력개발비 세액공제액 전부를 최저한세 적용 대상으로 규정하였다. 또한, 개정 조세특례제한법 부칙(제11133호, 2011. 12. 31.) 제1조는 개정 조세특례제한법의 원칙적인 시행일을 2012. 1. 1.로 규정하고 있고, 제2조 제1항에서는 ‘이 법 중 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다‘고 규정하고 있다.

 

나) 한편, 국세기본법 제18조 제1항은 ‘세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다’고 규정하고 있고, 조세법률주의의 원칙상 조세에 관한 법률규정은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장 또는 유추하여 해석하는 것은 허용되지 않지만, 법률규정 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지와 목적 등을 고려하여 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것이다(대법원 2008. 2. 15. 선고, 2007두4438 판결 ; 대법원 2014. 1. 23. 선고, 2011두2781 판결 등 참조).

2) 원고의 주장에 대한 판단

살피건대, 위 각 조세특례제한법 규정의 내용, 입법 취지, 개정 경위와 갑 제3, 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 쟁점세액에 대하여는 개정 조세특례제한법 제132조가 아닌 구 조세특례제한법 제132조가 적용되어 최저한세가 적용되지 않는다고 봄이 상당하므로, 이와 다른 전제에서 원고의 이 사건 쟁점세액에 대한 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하고, 원고의 위 주장은 이유 있다.

 

① 이 사건에서는 개정 조세특례제한법 시행 전인 2011 사업연도에 원고가 지출한 석·박사 인건비와 관련한 것으로서 그 당시에는 최저한세의 적용대상이 아니었던 이 사건 쟁점세액이 개정 조세특례제한법 제132조 제1항 제3호에 따라 최저한세의 적용대상이 되는지가 문제되는데, 개정 조세특례제한법 부칙은 위 개정 법률의 원칙적인 시행일 및 위 개정 법률 중 법인세에 관한 개정 규정의 일반적인 적용시점에 대하여만 규정할 뿐 개정 조세특례제한법 시행 이후의 이월세액이 최저한세의 제한을 받는지 여부에 대하여는 명확한 규정을 두고 있지 않으므로, 조세특례제한법의 문언, 입법 취지와 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 통해 이 사건 쟁점세액에 개정 조세특례제한법 제132조 제1항 제3호에 따라 최저한세가 적용될지 여부를 결정하여야 할 것이다.

 

② 그런데, 아래와 같은 사정들을 고려하면, 개정 조세특례제한법 제132조 제1항 제3호는 위 개정 법률의 시행일인 2012. 1. 1. 이후 발생하는 석·박사 인건비 세액공제분부터 적용되는 것으로 해석하여야 하고, 그 부칙에서 위 조항과 관련한 경과규정을 별도로 두고 있지 않다고 하여 이와 달리 볼 수는 없다고 할 것이다.

 

㉠ 원고가 이 사건 쟁점세액과 관련한 석·박사 인건비 85,443,341,138원을 지출한 2011 사업연도 당시 시행 중이던 구 조세특례제한법 제10조는 연구개발을 장려하기 위해 내국법인이 지출한 연구·인력개발비를 세액공제대상으로 규정하는 한편, 제132조 제1항 제3호에서는 원고와 같이 중소기업이 아닌 법인의 경우에도 석·박사의 인건비 관련 세액공제액에 대해서는 최저한세가 적용되지 않는 것으로 규정하고 있었는데, 원고는 위와 같은 세액공제 제도를 신뢰 또는 고려하여 위와 같은 거액의 석·박사 인건비를 지출하였을 것으로 보인다.

 

㉡ 또한 원고는 2011 사업연도 법인세 신고시 이 사건 쟁점세액에 대한 공제신청까지 마쳤으나, 2011 사업연도에 결손이 발생함에 따라 2014 사업연도까지 이 사건 쟁점세액을 공제받지 못한 것에 불과하고, 원고로서는 2011 사업연도 법인세 신고 당시 이미 지출이 완료되어 공제 신청까지 마친 이 사건 쟁점세액에 대하여 이월공제가 허용되는 기간 동안 최저한세의 적용 없이 확정적으로 세액공제를 받을 수 있다는 기대를 갖게 되었을 것으로 보인다.

 

㉢ 국민에게 새로운 납세의무나 종전보다 가중된 납세의무를 규정하는 세법의 조항은 그 시행 이후에 과세요건이 발생하거나 충족되는 경우에 한하여 적용될 수 있으며, 국가의 과세권은 납세의무자인 국민이 과세요건을 실현하는 행위 당시의 세법규정에 의해 예상할 수 있었던 법적 효과보다 불리한 처분을 할 수 없음이 원칙이라 할 것이고, 이는 종전에는 최저한세 적용 대상이 아니던 조세감면 규정이 법령의 개정으로 최저한세 적용 대상이 되어 개정 전에 비하여 세부담이 증가되는 결과가 초래되는 경우에도 마찬가지라고 할 것이다.

 

㉣ 그런데, 이 사건 쟁점세액과 관련한 석ㆍ박사 인건비 지출 당시 시행 중이던 구 조세특례제한법에 의할 경우 최저한세 적용 대상이 아니던 위 쟁점세액에 대하여 개정 조세특례제한법에 따라 최저한세가 적용된다고 보는 것은 위와 같은 원고의 신뢰 및 예측을 벗어나 과거에 이미 지출이 완료된 비용과 관련한 세부담을 증가시키는 결과를 초래하게 된다.

 

③ 또한, 개정 조세특례제한법 제132조 제1항 제3호가 구 조세특례제한법 시행 이전의 법률과 마찬가지로 대기업의 석·박사 인건비에 상당하는 연구·인력개발비 세액공제액을 최저한세 적용 대상에 포함시킨 것은, 연구·인력개발에 대해서는 충분히 세제지원을 하고 있는 점 및 다른 세액공제와의 과세형평성 등을 고려하여 개정 조세특례제한법 시행 이후에 발생한 대기업의 연구·인력개발비 관련 세액공제 금액에 대하여는 최저한세를 적용하기 위함으로 보이는바, 이미 그 이전에 지출이 완료되어 연구개발 활성화에 기여한 부분에 대해서까지 개정 조세특례제한법에 따라 최저한세가 적용된다고 보는 것은 위와 같은 개정 조세특례제한법의 취지에도 부합하지 않는 해석으로 보인다.

 

④ 나아가, 조세특례제한법(구 조세특례제한법 및 개정 조세특례제한법 모두 마찬가지이다) 제144조 제1항은 ‘제10조에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나, 제132조에 따른 법인세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 법인세에서 공제한다’고 규정하고 있고, 제144조 제2항은 ‘제10조에 따라 공제할 세액과 제1항에 따라 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우에는 제1항에 따라 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고, 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제한다’고 규정하고 있다. 또한 법인세 신고시에도 위 규정 등에 따라 여러 종류의 조세감면을 최저한세 적용 여부에 따라 구분하고, 당해 사업연도에 실제로 공제될 조세감면액을 이월된 조세감면액과 해당 사업연도에 새로 발생한 조세감면액으로 구분하며, 차기로 이월된 미공제 조세감면액을 발생시점에 따라 구분하여 신고하여야 한다. 이와 같이 조세특례제한법에서 이월된 세액공제금액과 당해 사업연도에 새로 발생한 세액공제금액이 구분되는 것으로 규정하고 있고, 실제로 법인세를 신고함에 있어서도 이를 구분하여 신고하도록 하고 있는 점에 비추어 보더라도, 이월된 이 사건 쟁점세액의 경우에는 2015 사업연도에 새로 발생한 세액공제금액과는 달리 개정 조세특례제한법이 아닌 구 조세특례제한법에 따라 최저한세가 적용되지 않는다고 할 것이다.

 

⑤ 피고는 대법원 2009. 6. 11. 선고, 2007두7727 판결에서 ‘구 조세특례제한법 시행 후 개시하는 과세연도로 이월되어 온 이월세액공제액이 그 과세연도에 최저한세의 적용대상이 되는지 여부는 그 과세연도의 법인세에 관한 것으로서 구 조세특례제한법 부칙 제2조 제1항의 규정에 따라 그 과세연도분 법인세부터 적용되는 구 조세특례제한법 제132조 제1항의 규정에 의하여 결정되어야 한다’고 판단한 것을 들어 이 사건 쟁점세액의 경우에도 개정 조세특례제한법 제132조 제1항 제3호가 적용되어 최저한세의 제한을 받는다고 주장한다. 그러나, 이 사건에서는 원래 구 조세특례제한법에 따라 최저한세의 적용대상이 아니었던 이 사건 쟁점세액이 개정 조세특례제한법에 따라 최저한세의 적용대상이 되는지가 문제되는 것인 반면, 위 대법원 판결에서는 구 조세특례제한법 이전에 시행되던 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것)에 따라 최저한세의 적용대상이었던 이월세액이 구 조세특례제한법에 따라 최저한세의 적용대상에서 제외되는지가 문제되었던 것으로, 위 대법원 판결은 구 조세특례제한법 및 부칙 규정의 내용과 입법취지 등을 종합적으로 고려하여 구 조세특례제한법 시행 이전에 발생한 이월세액도 구 조세특례제한법에 따라 최저한세의 적용을 받지 않는다고 본 것인바, 그와 반대로 이 사건 쟁점세액과 관련하여 납세자에게 불리한 개정 조세특례제한법을 적용할지 여부가 문제되는 이 사건에 있어서 위 대법원 판결의 내용을 그대로 적용할 수는 없다고 할 것이다.

 

3. 결론

 

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.