쟁점건축물의 등록면허세 과세표준을 법인장부상 가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

조심 2023지3481 (2024.05.27)
[세 목]	취득	[결정유형]	취소
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[제 목]	쟁점건축물의 등록면허세 과세표준을 법인장부상 가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부
[결정요지]	청구법인은 쟁점건축물의 등록면허세 과세표준을 시가표준액 30,979,281,492원으로 신고하였으나, 청구법인의 법인장부상에 쟁점건축물에 대한 취득가액이 22,476,076,347원으로 나타나고 이에 대하여 처분청과 다툼이 없는 점 등에 비추어 쟁점건축물에 대한 등록면허세 과세표준은 법인장부상 가액인 22,476,076,347원으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
[관련법령]	지방세법 제27조
[참조결정]
[따른결정]
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[주 문]

충청남도 천안시장이 2023.1.11. 청구법인에게 한 등록면허세 등 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요   가. 청구법인은 부실 채권 매입 및 관리, 대부 등 여신금융업을 영위하는 법인으로, 주식회사 AAA(이하 “AAA”이라 한다)이 소유하고 있는 미준공 상태인 충청남도 천안시 OOO 외 29필지 공동주택 6개동(총 293호실, 이하 “쟁점건축물”이라 한다)에 대한 공매절차에 참여하여, 2021.10.21. AAA과 쟁점건축물(매매대금 OOO원)과 그 부속토지(매매대금 OOO원)에 대한 매매계약을 체결하였다.   나. 청구법인은 2021.10.26. 쟁점건축물의 부속토지에 대하여는 소유권이전등기를 경료하였으나, AAA이 쟁점건축물에 대한 소유권이전등기를 이행하지 아니하자, 청구법인은 AAA을 상대로 소유권이전등기 소송을 대전지방법원 천안지원에 제기하였고, 2022.9.21. 대전지방법원 천안지원으로부터 승소판결을 받아 확정되었다.   다. 청구법인은 2022.11.4. 쟁점건축물에 대한 등록면허세 과세표준을 시가표준액 OOO원으로 하여 등록면허세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.   라. 청구법인은 쟁점건축물의 등록면허세 과세표준은 법인장부상 취득가액(매매계약서상 취득가액) OOO원 또는 쟁점건축물의 시가표준액에 공정률(53%)을 적용한 가액을 과세표준으로 적용하여야 한다고 주장하면서, 2022.11.11. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2023.1.11. 이를 거부하였다.   마. 청구법인은 이에 불복하여 2023.4.6. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견   가.청구법인 주장   청구법인은 2022.9.21. 쟁점건축물을 AAA으로부터 매매계약(2021.10.21.)을 원인으로 한 소유권이전등기 이행 판결OOO을 받았고, 이를 근거로 2022.11.4. 쟁점건축물에 대해 동별 면적 및 구조 등으로 산정한 시가표준액 OOO원을 등록면허세 과세표준으로 하였으나, 쟁점건축물의 등록면허세 과세표준은 법인장부상 취득가액(매매계약서상 매매금액) 또는 미준공 건물의 공정률을 반영한 시가표준액으로 보아야 함에도 처분청이 쟁점건축물의 등록세 과세표준을 시가표준액으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.   나. 처분청 의견   쟁점건축물은 소유권이전등기 이행 판결에 따른 등록에 대한 것으로 법인장부에 따라 취득가격이 증명되는 취득에 해당하지 아니하므로 법인장부가액을 적용할 수 없다.   청구법인이 쟁점건축물을 취득할 당시에 공정률 53% 정도에 해당하나「지방세법」상 주택가격이 공시된 주택 외의 건축물에 대한 시가표준액은 기준가격에 구조·용도·경과연수 등 과세대상별 특성을 고려하여 정한 지수 등을 곱해 산정하는 것으로서, 공정률에 따른 감산 등은 산정 체계에 존재하지 않으므로 처분청이 쟁점건축물의 등록면허세 과세표준을 시가표준액으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단   가. 쟁점   쟁점건축물의 등록면허세 과세표준을 법인장부상 가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부   나. 관련 법령   (1) 지방세법   제4조(부동산 등의 시가표준액) ② 제1항 외의 건축물(새로 건축하여 건축 당시 개별주택가격 또는 공동주택가격이 공시되지 아니한 주택으로서 토지부분을 제외한 건축물을 포함한다), 선박, 항공기 및 그 밖의 과세대상에 대한 시가표준액은 거래가격, 수입가격, 신축ㆍ건조ㆍ제조가격 등을 고려하여 정한 기준가격에 종류, 구조, 용도, 경과연수 등 과세대상별 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준에 따라 지방자치단체의 장이 결정한 가액으로 한다.   제10조(과세표준) ⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및「소득세법」제101조 제1항 또는「법인세법」제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다. 1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득 2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득 3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득 4. 공매방법에 의한 취득 5.「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득   제23조(정의) 등록면허세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. “등록”이란 재산권과 그 밖의 권리의 설정ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 것을 말한다. 다만, 제2장에 따른 취득을 원인으로 이루어지는 등기 또는 등록은 제외하되, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기나 등록은 포함한다.   제27조(과세표준) ① 부동산, 선박, 항공기, 자동차 및 건설기계의 등록에 대한 등록면허세(이하 이 절에서 “등록면허세”라 한다)의 과세표준은 등록 당시의 가액으로 한다. ② 제1항에 따른 과세표준은 조례로 정하는 바에 따라 등록자의 신고에 따른다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제4조에 따른 시가표준액보다 적은 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다. ③ 제10조 제5항부터 제7항까지의 규정에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 제10조 제5항에 따른 사실상의 취득가격, 같은 조 제6항에 따라 계산한 취득가격 또는 같은 조 제7항에 따라 확인된 금액을 과세표준으로 한다. 다만, 등록 당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다.   제28조(세율) ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 제1호부터 제5호까지 및 제5호의2의 규정에 따라 산출한 세액이 해당 각 호의 그 밖의 등기 또는 등록 세율보다 적을 때에는 그 밖의 등기 또는 등록 세율을 적용한다. 1. 부동산 등기 나. 소유권의 이전 등기 1) 유상으로 인한 소유권 이전 등기: 부동산 가액의 1천분의 20.   (2) 지방세법 시행령   제4조(건축물 등의 시가표준액 산정기준) ① 법 제4조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 기준”이란 매년 1월 1일 현재를 기준으로 과세대상별 구체적 특성을 고려하여 다음 각 호의 방식에 따라 행정안전부장관이 정하는 기준을 말한다. 1의2. 제1호 외의 건축물: 건설원가 등을 고려하여 행정안전부장관이 산정ㆍ고시하는 건물신축가격기준액에 다음 각 목의 사항을 적용한다. 가. 건물의 구조별ㆍ용도별ㆍ위치별 지수 나. 건물의 경과연수별 잔존가치율 다. 건물의 규모ㆍ형태ㆍ특수한 부대설비 등의 유무 및 그 밖의 여건에 따른 가감산율   (3) 충청남도 도세 조례   제7조(과세표준) 법 제27조에 따른 등록에 대한 등록면허세(이하 이 절에서 “등록면허세”라 한다)의 과세표준은 등록자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 법 제4조에 따른 시가표준액보다 적은 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다.   다. 사실관계 및 판단   (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.   (가) 청구법인은 부실 채권 매입 및 관리, 대부 등 여신금융업을 영위하는 법인으로, AAA이 소유하고 있는 미준공 상태인 쟁점건축물에 대한 공매절차에 참여하여, 2021.10.21. AAA과 쟁점건축물(매매대금 OOO원)과 그 부속토지(매매대금 OOO원)에 대한 매매계약을 체결하였다.   (나) 청구법인은 2021.10.26. 쟁점건축물의 부속토지에 대하여는 소유권이전등기를 경료하였으나, AAA이 쟁점건축물에 대한 소유권이전등기를 이행하지 아니하자, 청구법인은 AAA을 상대로 소유권이전등기 소송을 대전지방법원 천안지원에 제기하였고, 2022.9.21. 대전지방법원 천안지원으로부터 승소판결OOO을 받아 확정되었다.   (다) 청구법인은 2022.11.4. 쟁점건축물에 대한 등록면허세 과세표준을 시가표준액 OOO원으로 하고 유상승계세율(2%)을 적용하여 등록면허세 등을 신고ㆍ납부하였다.   (라) 청구법인은 쟁점건축물의 등록면허세 과세표준은 법인장부상 취득가액(매매계약서상 취득가액) OOO원 또는 쟁점건축물의 시가표준액에 공정률(53%)을 적용한 가액을 과세표준으로 적용하여야 한다고 주장하면서, 2022.11.11. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2023.1.11. 이를 거부하였다. (마) 쟁점건축물에 대한 법인장부상 가액이 OOO원이라는 사실에 대하여는 처분청과 청구법인 사이에 다툼은 없다.   (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점건축물에 대한 등록면허세 과세표준을 시가표준액으로 적용하여야 한다는 의견이나, 등록면허세의 과세표준은「지방세법」제10조 제5항 제3호 및 제27조 제2항․제3항에서 부동산에 대한 등록면허세 과세표준은 조례로 정하는 바에 따라 등록자의 신고가액으로 하나, 법인장부에 따라 취득가격이 증명되는 취득에 대하여는 법인장부상가액으로 하도록 규정하고 있는바, 청구법인은 2021.10.21. AAA과 쟁점건축물에 대한 매매대금을 OOO원으로 하여 매매계약을 체결하였고, AAA이 쟁점건축물에 대한 소유권이전등기 의무를 이행하지 아니하자, 청구법인은 AAA을 상대로 소유권이전등기 소송을 대전지방법원 천안지원에 제기하여 승소판결을 받은 점, 청구법인은 쟁점건축물의 등록면허세 과세표준을 시가표준액 OOO원으로 신고하였으나, 청구법인의 법인장부상에 쟁점건축물에 대한 취득가액이 OOO원으로 나타나고 이에 대하여 처분청과 다툼이 없는 점 등에 비추어 쟁점건축물에 대한 등록면허세 과세표준은 법인장부상 가액인 OOO원으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.     4. 결론   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.