장상록박사 지방세이야기
정당한사유 고찰 본문
지방특례제한법상 정당한 사유 고찰
“정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 아울러 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 1993.2.26. 선고 92누8750 판결).
1. 정당한사유관련 최근 조세심판원 결정사례 요약
1. 정당한 사유 인정한 사례
1) 조심 2023지4731(20240327) 취득세 경정 /청구법인이 이 건 부동산을 그 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부
결정요지
청구법인이 이 건 토지를 유예기간(1년) 내에 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.다만, 이 건 부동산 중 종전 건축물(569.51㎡)은 취득 후 바로 철거하였는바, 종전 건축물은 청구법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당하지 아니하므로 이 건 부동산의 취득가격 5,425,000,000원을「지방세법 시행령」제19조 제1항에 따라 이 건 토지와 종전 건축물의 시가표준액 비율로 나누어 그 중 종전 건축물에 해당하는 금액에 대하여는 감면한 취득세 등을 부과하는 것이 타당하다고 할 것임.
청구법인은 이 건 부동산의 취득일(2020.6.1.)부터 약 4개월 후인 2020.9.28. 이 건 건축물의 신축 공사를 시작한 것으로 보이는 점, 건축물의 건축 행위를 해당 용도에 직접 사용하는 것으로 볼 수는 없으나 건축을 하는 동안은 해당 용도에 직접 사용할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있는 점,
청구법인이 이 건 건축물의 신축공사를 진행하던 중 처분청의 공사 중단 요청 및 하도급 업체의 공사현장 점거 등으로 당초 예정 보다 공사기간이 늘어난 것으로 보이는 바, 이와 같은 사유는 청구법인이 이 건 부동산을 그 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 시간이 부족하여 유예기간을 경과한 것으로 볼 수 있는 점,
청구법인은 이 건 부동산의 유예기간을 불과 3개월 정도 경과한 2021.8.31. 이 건 건축물의 사용승인을 받아 이 건 심리일 현재 이 건 건축물을 공장으로 사용하고 있는 점 등에 비추어
청구법인이 이 건 토지를 유예기간(1년) 내에 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
다만, 이 건 부동산 중 종전 건축물(569.51㎡)은 취득 후 바로 철거하였는바, 종전 건축물은 청구법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당하지 아니하므로 이 건 부동산의 취득가격 OOO원을「지방세법 시행령」제19조 제1항에 따라 이 건 토지와 종전 건축물의 시가표준액 비율로 나누어 그 중 종전 건축물에 해당하는 금액에 대하여는 감면한 취득세 등을 부과하는 것이 타당하다고 할 것이다.
2) 조심2020지3428(20201223) 취득세 취소 /① 이 건 토지를 유예기간 내 해당 용도에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부 ② 이 건 토지의 취득일을 사실상 잔금지급일인 2017.3.27.로 보아야 한다는 청구주장의 당부
결정요지
① 이 건 토지의 유예기간 경과 후 이 건 건축물의 사용승인을 받고 그 사용승인일부터 4개월이 경과한 후에야 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하였다 하더라도 여기에는「지방세특례제한법」제78조 제5항 제1호에서 규정한 정당한 사유가 있다 할 것임.
② 쟁점①이 인용되어 쟁점②는 심리의 실익이 없으므로 심리하지 아니함.
청구법인은 2019.11.14. 이 건 건축물의 신축공사를 착공하였는바, 이 건 토지의 취득일을 이 건 산업단지의 준공일인 2016.12.27.로 본다고 하더라도 그 착공일이 이 건 토지의 유예기간 이내에 해당된다는 사실은 다툼이 없다고 보이는 점, 이 건 건축물은 2020.3.13. 사용승인을 받았으므로 그 공사기간(4개월)은 해당 용도에 직접 사용할 수 없는 정당한 사유가 있는 기간에 해당된다고 볼 수 있을 뿐만 아니라 건축물을 공장으로 사용하기 위해서는 기계 장치 등의 설치가 선행되어야 하는바 그 준비기간 등도 정당한 사유에 해당된다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 이 건 토지의 유예기간 경과 후 이 건 건축물의 사용승인을 받고 그 사용승인일부터 4개월이 경과한 후에야 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하였다 하더라도 여기에는「지방세특례제한법」제78조 제5항 제1호에서 규정한 정당한 사유가 있다 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
3) 조심 2023지5583(20240326) 취득세 취소 /이 건 부동산을 그 유예기간(1년)내에 도서관으로 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부
결정요지
이 건 대수선 공사를 하는 과정에서 예상하지 못한 구조적 결함이 발견되었고, 이에 대한 보강공사 등를 하는데 상당한 시간과 비용을 투입함에 따라 공사기간이 예정보다 늘어난 것으로 보이는 바, 청구법인은 이 건 부동산을 유예기간 내에 도서관으로 사용하기 위해 꾸준하고 진지한 노력을 다하였으나 위와 같은 사유로 이 건 대수선 공사를 하는데 시간이 부족하여 유예기간을 경과한 것으로 보이는 점, 청구법인은 이 건 부동산의 유예기간 종료일부터 불과 10일 정도 경과한 2022.9.26. 이 건 대수선 공사를 마치고 처분청에 사용승인을 신청하였으며, 2022.11.1. 처분청으로부터 사용승인을 받아 2022.11.15. 이 건 부동산을「도서관법」제31조에 따라 도서관으로 등록하고, 이 건 심리일 현재 사립 공공도서관으로 운영하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 부동산을 유예기간(1년) 이내에 도서관의 용도로 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
건축물의 건축 행위를 해당 용도에 직접 사용하는 것으로 볼 수는 없으나 건축을 하는 동안은 해당 용도에 직접 사용할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있는 점(조심 2020지3428, 2020.12.23. 등 다수), 청구법인은 이 건 부동산을 취득하기 전부터 이 건 대수선 공사를 위한 공간디자인 PM계약, 구조진단 및 설계계약을 체결하였고, 이 건 부동산을 취득한 후에도 정상적인 준비 과정(이 건 대수선 허가 등)을 거쳐 이 건 부동산의 유예기간이 경과하기 전인 2022.2.14. 이 건 대수선 공사를 착공한 것으로 나타나는 점, 이 건 대수선 공사를 하는 과정에서 예상하지 못한 구조적 결함이 발견되었고, 이에 대한 보강공사 등을 하는데 상당한 시간과 비용을 투입함에 따라 공사기간이 예정보다 늘어난 것으로 보이는 바, 청구법인은 이 건 부동산을 유예기간 내에 도서관으로 사용하기 위해 꾸준하고 진지한 노력을 다하였으나 위와 같은 사유로 이 건 대수선 공사를 하는데 시간이 부족하여 유예기간을 경과한 것으로 보이는 점, 청구법인은 이 건 부동산의 유예기간 종료일부터 불과 10일 정도 경과한 2022.9.26. 이 건 대수선 공사를 마치고 처분청에 사용승인을 신청하였으며, 2022.11.1. 처분청으로부터 사용승인을 받아 2022.11.15. 이 건 부동산을「도서관법」제31조에 따라 도서관으로 등록하고, 이 건 심리일 현재 사립 공공도서관으로 운영하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 부동산을 유예기간(1년) 이내에 도서관의 용도로 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4) 조심2023지3519(20230829) 취득세 경정 / 이 건 토지를 유예기간(1년) 이내에 노인복지시설의 용도로 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부
결정요지
청구법인이 청구인들은 2022.11.23. 이 건 건축물의 사용승인을 받은 후 2023.1.16. 이 건 건축물에 노인복지시설을 설치·등록하고 이 건 심리일 현재 노인복지시설을 정상적으로 운영하고 있는 점 등에 비추어 이 건 토지를 유예기간(1년) 이내에 노인복지시설의 용도로 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 할 것인바, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨. 다만, 이 건 토지 중 소매점용 건축물(55.64㎡)의 부속토지에 해당하는 40.18㎡는 노인복지시설에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없으므로 이에 대하여는 면제한 취득세 등을 부과하는 것이 타당하다 하겠음.
청구인들은 1토지의 취득일부터 1년 이내인 2020.10.15.에 이 건 건축물의 착공예정일을 2020.10.19.로 하여 착공신고를 하고, 기초 터파기 공사 등 건축물 신축 공사를 시작한 것으로 보이는 점,
건축물의 건축 행위를 해당 용도에 직접 사용하는 것으로 볼 수는 없으나 건축을 하는 동안은 해당 용도에 직접 사용할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있는 점(조심 2020지3428, 2020.12.23.),
이 건 건축물의 신축공사를 하는 과정에서 당초 예상하지 못한 대규모 암반이 발견되어 이를 처리(해체)하는데 상당한 시간과 비용을 투입되었고, 이 건 건축물의 사용승인을 앞둔 2022년 6월 경 중부지방의 폭우로 인해 약 2개월에 걸쳐 이 건 건축물의 보수공사를 한 것으로 보이는 바, 청구인들로서는 이 건 건축물을 예정대로 건축하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 시간이 부족하여 그 유예기간을 경과한 것으로 보이는 점,
청구인들은 2022.11.23. 이 건 건축물의 사용승인을 받은 후 2023.1.16. 이 건 건축물에 노인복지시설을 설치·등록하고 이 건 심리일 현재 노인복지시설을 정상적으로 운영하고 있는 점 등에 비추어
이 건 토지를 유예기간(1년) 이내에 노인복지시설의 용도로 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 할 것인바, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 다만, 이 건 토지 중 소매점용 건축물(OOO㎡)의 부속토지에 해당하는 OOO㎡는 노인복지시설에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없으므로 이에 대하여는 면제한 취득세 등을 부과하는 것이 타당하다 하겠다.
5) 조심2016지1048(20170324) 취득세 취소 /이 건 토지의 취득일부터 유예기간(2년)내에 해당 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부
결정요지
처분청에서는 청구법인이 유예기간 내에 이 건 토지를 직접 사용하기 어렵다는 사실을 충분히 인지하고 있었다고 보이므로 정당한 사유를 인정할 수 없다는 의견이나,청구법인이 이 건 토지 취득하고 건축허가, 건축공사착공 및 준공에 이르는 일련의 과정에 비추어 청구법인이 이 건 토지를 목적사업에 직접 사용하기 위하여 정상적이고 진지한 노력을 다하였다고 보아 정당한 사유를 인정하는 것이 타당해 보이다.
,「조세특례제한법」 제120조 제3항의추징배제사유인 "정당한 사유"란 법령에 의한 금지·제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하며, 정당한 사유의 유무는 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하거나 건축공사에 착공하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없거나 건축공사에 착공할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2014.2.13. 선고 2013두18582 판결, 같은 뜻임)이다.
청구법인이 이 건 토지를 직접 사용하였거나 그러하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기 위해서는 비록 유예기간 만료일까지 준공에 이르지는 못하였다 하더라도 그 기간내에 한 건축공사의 착공을 전후하여 꾸준히 일련의 건축과정을 진행하여야 하는 것인바,
청구법인이 이 건 토지 취득(2014.3.11.) 후 건축허가(2014.6.26.)를 받은 점, 공사에 착공(2015.6.1.) 하기 전 처분청에게 비산먼지 및 특정공사 신고를 하고 터파기 및 토목공사를 실질적으로 수행한 것으로 보이는 점, 착공 후에도 이 건 토지상에 5개동의 건축물을 건축하기 위하여 지속적으로 공사를 추진하고 공장동을 제외한 사무실동, 창고동 및 숙소동은 사실상 공사가 상당 부분 진척된 사실들이 일정별 공정도 및 사진현황 등에서 확인되는 점, 청구법인의 목적사업에 필수불가결한 주요 기계장치인 목재파쇄기를 공장동을 건축할 때 함께 설치하여야 하는 특수성 등으로 인하여 많은 시간이 소요된 것으로 보이는 점, 유예기간의 도래 후에도 잔여 공정을 계속 진행하여 6개월 후에 공장건축물을 준공한 점 등에 비추어 청구법인은 이 건 토지 취득 전의 건축설계를 시작으로 취득 후의 건축허가, 유예기간 도래 전의 착공 및 그 이후부터의 건축물 준공에 이르기까지 공사를 중단하지 아니한 채 공장 건축을 위한 일련의 과정을 꾸준히 밟은 것으로 보인다.
따라서, 청구법인이 이 건 토지를 유예기간 내에 직접 사용한 것으로 보기는 어렵다 하더라도 최소한 그러하지 못한 정당한 사유는 있다고 볼 수 있으므로 처분청이 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
2. 정당한 사유 인정하지 아니한 사례
1) 조심2019지2122(20210525) 취득세 기각 / ① 이 건 산업단지의 실시계획에 따라 단계적으로 조성공사를 진행하고 있으므로 쟁점토지는 산업단지로 조성하고 있는 토지로 보아야 한다는 청구주장의 당부 ② 청구법인이 유예기간 내에 쟁점토지를 산업단지로 조성하였다고 볼 수 있는지 여부 ③ 쟁점토지를 유예기간 내 산업단지로 조성하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부
결정요지
ㅇㅇ화력발전소 부지의 경계 밖에 소재하는 임야 등인 쟁점토지는 청구법인이 산업단지로 조성한 토지에 해당되지 않는다고 할 것이고, 청구법인은 쟁점토지를 ㅇㅇ화력발전소의 부지로 조성하는데 별다른 제한이나 금지가 없었음에도 이를 발전소 부지로 조성하지 않았는바 청구법인이 유예기간 내에 쟁점토지를 산업단지로 조성하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기는 어려움
지방세특례제한법」제78조 제1항 단서에서 산업단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.
「지방세특례제한법」제78조 제1항 단서에서 규정하고 있는 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지·제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유와 목적사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유를 말하는 것인데, 청구법인은 쟁점토지를 OOO부지로 조성하는데 별다른 제한이나 금지가 없었음에도 이를 발전소 부지로 조성하지 않았는바, 이는 청구법인으로서는 어쩔 수 없는 외부적 사유로 인한 것이 아니라 OOO설치나 입지에 관한 청구법인의 계획이나 의도에 따른 것으로 보이는 점, 나아가 쟁점2토지의 경우 OOO주민들이 이주한지 거의 2년 정도 경과한 2019년 8월까지도 여전히 자연 상태의 임야인 것을 보면 청구법인이 이를 산업단지로 조성하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 시간이 부족하여 그 유예기간을 경과한 것이라고 볼 수도 없는 점 등에 비추어 청구법인이 유예기간 내에 쟁점토지를 산업단지로 조성하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다고 할 것이다.
2) 조심2021지0564(20210525) 취득세 기각 /① 청구법인이 유예기간 내에 이 건 토지를 해당 용도에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있는지 여부 ② 무신고가산세가 부당하다는 청구주장의 당부
결정요지
청구법인이 이 건 토지를 유예기간 내에 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 못한 데에 지방세특례제한법령 등에서 규정한 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵고, 추징사유 발생일로부터 60일 이내에 면제받은 세액을 신고하지 않았으므로 무신고가산세를 포함하여 이 건 취득세 등을 신고·납부하는 것은 정당함
「지방세특례제한법」제78조 제5항 제1호에서 규정하고 있는 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지·제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유뿐만 아니라 해당 용도로 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함하는 것인데, 국내 외에 여러 완성차 업체를 거래처로 두고 있는 청구법인의 경우 주요 거래처인 OOO폐쇄가 예측하지 못한 경영상 어려움이라고 할 수는 있겠지만 이와 같은 사유를 유예기간 내에 이 건 토지에 산업용 건축물을 신축할 수 없는 외부적 사유에 해당된다고 보기는 어려운 점, 청구법인이 처분청에 제출한 이 건 건축물의 착공신고서에 그 준공예정일을 신축공사를 착공한 2019.7.10.부터 약 6개월 정도 경과한 2019.12.30.로 기재하고 있으나 실제로는 착공일부터 1년 6개월 정도 경과한 2021.1.22.에서야 이 건 건축물의 사용승인을 받았고, 여기에 신축공사를 중단할 수밖에 없는 행정관청의 금지나 제한은 없었던 것을 보면 청구법인이 이 건 건축물을 유예기간 내에 신축하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 시간이 부족하여 유예기간을 경과한 것이라고 보기도 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 토지를 유예기간 내에 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 못한 데에 지방세특례제한법령 등에서 규정한 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다고 하겠다.
「지방세법」제21조 제1항 제1호에서 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고․납부의무를 다하지 아니한 경우에는 그 산출세액에 무신고가산세 등을 합한 금액을 징수한다고 규정하고 있는 점, 청구법인은 이 건 토지에 대하여 면제받은 취득세 등의 추징사유가 발생하였음에도 그 사유 발생일부터 60일이 경과할 때까지 면제받은 세액을 신고하지 않은 사실은 다툼이 없는 점 등에 비추어 청구법인이 무신고가산세를 포함하여 이 건 취득세 등을 신고ㆍ납부한 것은 정당하다고 할 것이다.
3) 대법원 2022두49748(2022.11.10.) 취득세 /취득세등 경정거부처분취소(감면받은 신축건물 직접 사용 판단 시점)
설계계약 지연 및 공사 지연으로 원고가 이 사건 토지 취득일부터 3년이 경과할 때까지 이 사건 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 않게 된 것으로 보이는데, 원고가 주장하는 사정이나 그 제출의 증거들만으로는, 그에 관한 정당한 사유를 인정하기에 부족하다.
‧산업용 건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세, 등록세의 감면규정을 적용함에 있어서 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 지의 여부로 판단함. ‧취득세를 면제받은 후에 취득세 추징대상이 되었을 경우에도 60일 이내에 신고납부를 해야 하며, 이와 같은 의무를 미이행 했을 경우 무신고 등의 가산세 부과대상임.
2. 정당한사유관련 대법원 판결 분석
1. 대법원 판례 분석한 결과 정당한 사유 인정되기 위한 주요 검토 사항
1) 외부적 장애 : 대부분 외부적 장애에서 인정, 그러나 외부적 장애의 존재만으로 판단하지 않음
2) 내부적 장애 : 정당한 사유 인정은 가능(진지한 노력 요구), 그러나 대부분 부정(자금부족 등)
3) 취득시 장애 인식 : 원칙적으로 정당한 사유 부정, 그러나 진지한 노력 있으면 인정
4) 취득시 장애 부지 : 진지한 노력을 하면 정당한 사유 인정 그러나 방치한 경우 선례 없음.
4) 진지한 노력 : 추후 완공되면 정당한 사유 인정 미완공이라도 상당한 노력 있으면 인정
6) 노력부족 : 방치, 계획만 수립, 착공단계, 공사 중단된 경우는 대부분 부정
2. 정당한 사유 판례 분석
1) 정당한 사유 검토기준
일반적으로 준비기간 장단, 장애사유, 장애정도, 장애사유의 내외부, 진지한 노력, 완공여부 등을 주된 요소로 구체적 사안에서 개별적으로 판단하고, 취득당시 장애사유를 알 수 있었던 경우에는 특별한 사정이 없는 한 정당한 사유가 될 수 없다.
2) 외부적 장애와 내부적 장애
외부장애는 대체로 인정하지만 추가적으로 진지하고 꾸준한 노력을 요구(대법원 95누13104, 1996.1.26) 내부장애는 정당한 사유 인정은 가능하나 자금부족, 추상적 계획만 수립한 경우 부정(대법원 99두9780, 2011.4.10), 외부적 사정보다 뚜준한 노력이 필요(대법원95누13104,1996.1.26)
3) 취득시 장애 인식과 장애사유 부지
취득당기 장애사유를 알고 유예기간까지 지속되어 직접사용 못한 경우에는 정당한 사유 부정(대법원 91누12219.1992.7.14., 대법원 99두9780,2011.4.10), 다만 진지한 노력을 다한 경우에는 인정(대법원 90누8497, 1991.7.26)
4) 진지한 노력과 노력부족
- 진지한 노력 : 가장 중요한 요소로 판단하고 추징시 착공단계라도 향후 완공예상시 긍정(대법원 91누13281, 1992.6.대법원 95누13104,1996.1.26), 착공 못한 경우라도 진지한 노력 꾸준히 한 경우 긍정(대법원 90누8497, 1991.7.26)
- 노력부족 : 단순계획, 착공에 그친 경우, 공사중단, 토지사용 포기후 매각 등은 노력부족으로 보아 정당한 사유 부정하나 장애사유 인식이나 내부적 사정 등을 함께 고려(대법원 99두9780, 2011.4.10)
5) 특수한 사례에 있어 정당한 사유 판단
(1) 소유권 말소(합의해제 등)와 정당한 사유
〈정당한 사유 인정사례〉
- 유예기간 내 해제권 행사로 소유권이 환원되어 매수자가 고유업무 직접사용하지 못한 경우 정당한 사유 인정(대법2005두4212,90누2963,90누6668)
- 증여 받은 부동산을 합의해제하여 되돌려 주어 유예기간내 직접사용하지 못한 경우 정당한 사유 인정(대법2019두46800,2019.10.31.심불)
- 현물출자계약 취소로 소유권이전등기가 말소되어 매수자가 유예기간내 직접사용하지 못한 경우 정당한 사유 인정(대법원 2013두27036,2014.4.10.)
- 대출금 인수조거능로 매수 후 인수후 불가해 소유권이 말소된 경우 정당한 사유 인정(대법원 2017두42293,2017.8.18.심불)
- 법원판결에 의하여 매매계약이 취소되어 소유권이 말소되어 유예기간 내 직접사용하지 못한 경우 정당한 사유 인정(대법원 2021두60977,2022,3,31.심불)
〈정당한 사유 부정사례〉
- 유예기간 경과후 증여계약 합의해제로 소유권이 말소되어 직접사용하지 못한 경우에는 정당한 사유 부정(대법원2013두2778,2013.6.28., 대법원 2019두62239,2020.4.9.심불)
- 매도자인 납세자가 추징 요건인 매각 이후 소유권 환원시에는 정당한 사유 부정 (대법원 2014두42100,2015.3.26.)
(2) 정당한 사유 문구 부재시 판단
- 대법원의 경우 정확한 판단한 사례는 없고 하급심은 사안에 따라 달리 판단하고 있음
- 부정한 사례(대법원2007두3091,2007.3.30.심불) : 조세법률주의 원칙상 사용일로부터 2년이상 그 용도에 직접사용하지 아니하고 매각하는 경우에는 정당한 사유를 참작할 것도 아니라고 할 것임.
- 인정한 사례(대법원 2018두64214,2019.3.14.심불) : 추징은 사후관리 측면에서 의무위반에 대한 제재의 성격을 가지므로(대법원2002두516, 2003.9.26), 위반자의 의무위반을 탓 할수 없는 정당한 사유가 있는 경우까지 부과할 수는 없음(대법원 2002두5177,2003.9.2), 따라서 정당한 사유라는 명문규정에 없더라도 추징이 허용될 수 없음(대법원 98두922,2001.6.29)
- 행정안전부는 정당한 사유를 적용 할수 없다는 입장(지방세운영과-2655,2013.10.18.)이지만 처분청의 위법적인 건축허가 반려 등 그 책임이 처분청에 있는 경우에는 신의칙상 추징 불가(대법원2007두17632.10.26.심불)
(3) 강제매각과 정당한사유
- 자금부족으로 취득전 설정된 근저당권 실행으로 매각되어 고유업무에 사용하지 못한 경우 정당한사유 부정(대법원2012두14620,2013.3.28)
- 건축공사 중 자금사정으로 중단된 이후 경매로 인해 직접사용하지 못한 경우에는 부정(대법원 2017두39562,2014.11.132,심불)
- 강제로 임대용 부동산이 경매되어 사용 중에 의무임대기간을 채우지 못한 경우 정당한 사유 인정(대법원 2008두13842 심불) 다만 회사정리절차(대법원2007두1545심불), 회사경영합리화(대법원2004두497), 사용개시도 않고 매각한 경우에는 정당한 사유 부정
(4) 현물출자, 법인전환과 정당한 사유
- 자회사를 설립 후 감면토지를 현물출자하여 고유업무에 사용하는 경우에는 직접사용하지 못한 정당한 사유 부정(대법원 2014두6616,2014.8.20.)
- 창업한 개인사업자가 사업포괄양수도에 따라 법인으로 전환하면서 부동산을 매각한 경우 정당한 사유 부정(대법원 2016두55377,2017,2.10.심불)
(5) 기타 사례
- 공장 이전 확장을 위해 고유업무에 사용 중이던 유일 재산을 매각하여 자금조달을 한 경우 정당한 사유 인정(대법원98두1659,1998.4.28.)
- 공사착공 후 인근 주민 민원원 방해에 따른 건축변경으로 인해 유예기간 도과한 경우에는 정당한 사유 인정(대법원2012두201311,2013.9.12.)
- 취득시 용도변경 제한으로 고유업무 사용 못한 경우에는 정당한 사유 부정
- 토지보상금 수령이 지연되어 건축물 신축이 늦어진 경우에는 정당한 사유 부정(대법원2014두39319,2014.10.30.심불)
- 매도인의 지분매수 비협조로 인하여 유예기간 내에 건축물을 직접 사용하지 못한 경우에는 정당한 사유 인정 (대법원 2016두42166,2016.9.7.심불)
- 행정기관의 사업시행인가를 위한 보완기간 연장통보에 따라 직접 사용이 지연된 경우에는 정당한 사유 인정(대법원2016두42166 2016.9.7.심불)
- 사업포괄양수로 매각한 경에는 정당한 사유 부정(대법원 2019두55194,2020.1.30.심불)
- 자금부족으로 설계변경 과정에서 착공이 지연된 경우 정당한 사유 부정(대법원2019두55910,2020.1.30.심불)
- 장애인 차량 감면시 대출목적으로 형식상 세대분가(실질은 동일세대)를 한 경우에는 정당한 사유 부정(대법원 2022두35206.2022.5.26.)
- 대규모 사업에서 투자심의, 관계기관 협의, 환경영향평가, 영농보상 등으로 늦어진 경우 정당한 사유 인정(대법원2022두36049,2022.6.16.심불)
- 토지를 취득한 후 건축절차를 바로 진행하지 않고 있다가 지연 착공으로 유예기간내에 준공하지 못한 경우 정당한 사유 부정(대법원 2022두49748.2022.11.10.심불)
3. 정당한 사유관련 조세심판원 결정사례
1) 조심 2023지0495 (2023.05.24.) 취소/ 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후 6개월(유예기간)이내에 본점용 건축물의 신축공사를 착공하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부
청구법인은 이 건 부동산을 취득하기 전에 AAA와 건축물 설계계약을 체결하였으나, AAA가 청구법인에게 교부한 설계도면과는 다른 설계도면을 처분청에 제출하는 등의 미숙하고 성실하지 못한 업무처리로 인하여 이 건 부동산의 취득일(2021.3.24.)부터 6개월 이내에 건축물의 신축공사를 착공하지 못한 것으로 보이는 점, 청구법인은 AAA의 기망행위 등에 대하여는 법원에 고소를 진행하면서 이와는 별개로 2021.9.1. OOO종합건축사사무소와 이 건 건축물의 신축을 위한 설계계약을 체결하고 2021.10.20. 건축허가를 받아 2021.12.22. 건축물의 신축공사를 착공하는 등의 일련의 절차를 거쳐 2022.8.26. 이 건 건축물의 사용승인을 받은 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 청구법인은 이 건 부동산의 취득일부터 그 유예기간(6개월) 내에 이 건 건축물의 신축공사를 착공하기 위해 정상적인 노력을 다하였으나 시간이 없어 유예기간을 경과한 것으로 보이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
2) 조심 2022지1810 (2023.05.23.) 취소/ 청구법인이 이 건 부동산을 유예기간 내에 사회 주택사업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부
OOO시장이 2019.5.28. 사회주택 사업의 사업시행자 선정 업무를 당초 OOO시장의 업무에서 청구법인의 업무로 변경함에 따라 그 선정과정에 10개월(2020.11.5.부터 2021.9.10.까지) 정도가 소요된 점, 청구법인은 3회에 걸쳐 사업시행자 공모와 심사를 하였으나, 1차 공모에서 심사기준에 부합하는 적격 사업자가 없었고 2·3차 공모에서는 신청사업자가 아예 없어 이 건 부동산의 유예기간이 경과할 때까지 사업시행자를 선정하지 못하였던 것은 청구법인의 책임이기 보다는 OOO시장이 사회주택 사업을 계획(설계)하면서 자금조달 능력이나 임대주택 운영 경험 등이 부족한 사회적 경제주체를 사업시행자로 선정하도록 한데 주된 원인이 있다고 보이는 점, 청구법인이 사업시행자 선정을 위한 3차 공모와 심사를 마치고 사업시행자 모집을 사실상 중단하였다 하더라도, 이는 OOO시장이 사회주택 사업을 중단하도록 권고함에 따른 것으로 청구법인이 스스로 결정한 것은 아니라고 보이는 점, OOO시 방침에 따라 청구법인은 이 건 부동산의 취득과 사업시행자 선정만을 담당하고 사회주택 사업에 대한 전반적인 관리·감독은 OOO시장이 하는 사업구조 등을 고려할 때 청구법인이 이 건 부동산을 당초 목적대로 사용하지 못한 데에 행정관청인 OOO시장의 귀책이 전혀 없다고 볼 수는 없는 점, 이 건 심리일 현재까지 이 건 부동산이 당초 목적인 사회주택으로 직접 사용되지 아니하였다 하더라도 여기에는 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유가 있었다고 보는 것이 타당하고, 청구법인이 이 건 부동산을 유예기간 내 목적 사업에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하지 않았다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 부동산을 유예기간 내에 목적 사업에 직접 사용하지 못한 데에는「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호 소정의 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
3) 조심2022지1326(20221222) 취득세 취소 / 청구법인이 이 건 부동산을 유예기간 내에 사회 주택사업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부
OOO이 2019.5.28. 사회주택 사업의 사업시행자 선정 업무를 당초 OOO의 업무에서 청구법인의 업무로 변경함에 따라 그 선정과정에 10개월(2020.11.5.부터 2021.9.10.까지) 정도가 소요된 점, 1차 공모에서 사회적 경제주체(사회주택의 공급·관리사업자)로 선정된 ‘CCC’이 그 지위를 포기한 것이나 2·3차 공모에서 적격 신청자가 없었던 것은 청구법인의 책임이기 보다는 OOO사회주택 사업을 계획(설계)하면서 자금조달 능력이나 임대주택 운영 경험 등이 부족한 사회적 경제주체를 사업시행자로 선정하도록 한데 주된 원인이 있다고 보이는 점, 청구법인이 사업시행자 선정을 위한 3차 공모와 심사(2021.9.10.)를 마친 후, 사업시행자 모집을 사실상 중단하였다 하더라도 이는 OOO이 사회주택 사업을 중단하도록 권고함에 따른 것으로 청구법인이 스스로 결정한 것은 아니라고 보이는 점, 나아가 청구법인은 OOO의 방침에 따라 이 건 부동산의 취득과 사업시행자 선정만을 담당하고 사회주택 사업에 대한 전반적인 관리·감독은 OOO이 하는 사업구조 등을 고려할 때 청구법인이 이 건 부동산을 당초 목적대로 사용하지 못한 데에 행정관청인 OOO의 귀책이 전혀 없다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 심리일 현재까지 이 건 부동산을 당초 목적인 사회주택으로 직접 사용하지 않았다고 하더라도 여기에는 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유가 있었다고 보는 것이 타당하다 할 것이고, 청구법인이 이 건 부동산을 유예기간 내 목적 사업에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하지 않았다고 보기도 어려운 이상, 청구법인이 이 건 부동산을 유예기간 내에 목적 사업에 직접 사용하지 못한 데에는「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4) 조심 2022지1234 (2023.05.08.) 취소 /청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 유예기간(2년)에 건축공사에 착공하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부
처분청은 청구법인이 쟁점부동산의 취득일부터 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 것에 정당한 사유가 없다는 의견이다. 그러나, 청구법인은 2019.10.29. 쟁점부동산을 취득하기 전인 2019.10.16. OOO의 역세권 청년주택사업 사전검토단에 건축허가와 관련한 용적률(684.76%)을 검토․의뢰하여 검토를 완료 받은 후, 쟁점부동산에 청년임대주택을 건축하고자 건축허가신청을 하면서 OOO에서 건축허가를 한 다른 청년임대주택의 용적률을 참고하여 그 수준에 적합(680%)하게 건축허가를 신청하였으나, 허가권자인 OOO이 청구법인이 제시한 용적률을 변경하도록 요구하여 전체적인 개발계획이 변경되었고, 용적률 변경으로 인하여 추가적으로 성능위주설계를 변경하게 되어 착공기간이 약 10개월 지연된 것으로 보이는 점, OOO의 역세권 청년주택 운영기준 등에서 OOO가 용적률 상향을 제안할 수 있도록 규정하고 있으나, 용적률 상향 여부에 대한 결정은 청구법인이 아닌 허가권자인 OOO의 고유권한으로서 청구법인 입장에서는 사실상 용적률 상향대상이 되는지 여부를 알 수 없을 뿐만 아니라 이를 예측하기도 어려운 점, 청구법인은 쟁점부동산 취득 후 여러 차례 OOO통합심의위원회 심의와 도시재생과․주택공급과 간의 내부협의를 거쳐 2021.10.21. 청년임대주택 사업계획승인 고시가 있은 후, 2021.12.24. 처분청의 건설감리자 선정이 확정되고 6일 후인 2021.12.30. 건축착공을 하였는바, 청구법인은 상당한 금융비용을 감수하면서 건축공사의 착공을 지연할 이유가 없을 뿐만 아니라 유예기간을 약 2개월 경과한 후에 건축공사에 착공하여 현재 청년임대주택을 건축중인 사실을 종합해 볼 때 청구법인이 유예기간 내에 착공하지 못한 주된 사유가 행정기관의 정책 결정 지연에 따른 것으로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 유예기간내에 건축공사를 착공하지 못한 데에는 정당한 사유가 있는 것으로 보는 것이 합리적이라 하겠다.
5) 조심2021지2689(20221222) 취득세 취소 /청구인이 마을경노당 신축목적으로 취득하여 감면을 받은 쟁점토지를 정당한 사유 없이 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세를 추징한 처분의 당부
OOO의 조례에서 지원되는 국가 등의 예산에 따라 쟁점토지상에 신축되는 마을경로당의 경우 그 사업을 진행하기 위해서는 해당 조례에서 정한 각종 절차 및 과정을 일일이 거쳐야 하고 처분청과 건설업자간의 공사계약 체결이 전제되어 이루어지는 것인바, 청구인은 마을경로당 신축 예산 확보에 우선 순위를 받기 위하여 주민들이 자금을 모아 쟁점토지 취득비용을 조성하였고, 쟁점토지를 취득한 직후부터 위 조례 규정에 따라 처분청에 여러 차례 마을경로당 건축비용을 신청하였다가 처분청으로부터 위 예산이 2021년 10월에 비로소 확보되었고, 2022년 4월 처분청이 건설업자(주식회사 AAA)를 시공사로 선정한 후 청구인은 설계용역에 착수하고 형질변경․측량 등의 절차를 거쳐 2022년 9월부터 착공이 이루어졌는바, 청구인은 현실적으로 OOO의 지방보조금 지원 없이는 마을경로당 신축사업을 원활히 진행할 수 없었던 특수한 사정이 있었던 상황에서 처분청에게 보조금 선정을 위한 노력을 계속하여 쟁점토지 취득일부터 1년 6개월이 경과하여서야 마을경로당 건축비용을 처분청으로부터 지원받아 공사계약 심사를 의뢰하여 시공사 선정 후 착공하여 건축중인 것으로 나타나는 점, 청구인 자신의 노력 등으로 건축착공 기간을 단축시킬 수 없었던 사정이 있는 것으로 볼 수 있어 일반적인 내부사정으로 유예기간을 경과한 것과는 달리 보는 것이 타당한 점 등에 비추어, 처분청이 청구인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
6) 조심2022지0385(20230530) 취득세 기각 /이 건 부동산을 취득한 후 1년 내에 노인복지시설로 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부
청구인들은 이 건 토지의 취득일(2018.8.31.)부터 이미 1년을 경과하여 착공(2019.9.11.)하였고, 청구인들이 건축허가를 받기까지 약 9개월의 시간이 소요되었는바 착공을 지연하게 된 사유도 사업운영계획서 첨부, 주차대수 확보, 도시계획도로 착공 등의 사유이고 이후 2년이 더 경과한 2021년 11월 현재까지도 사용승인을 받지 못하였는바, 이는 청구인들이 노인복지시설을 신축함에 있어 사전준비가 미흡한 면도 있어 보이는 점 등에 비추어, 청구인들이 이 건 토지를 취득한 후 유예기간 내에 노인복지시설로 직접 사용하지 못한 데에 그 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다 할 것임.
7) 조심2023지0253(20230525) 취득세 기각/이 건 토지를 감면유예기간 내 직접 경작하지 아니한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부
처분청의 실태조사 등에 의하면, 이 건 토지는 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 아니하고, 관리되지 않은 나대지나 원형지 상태 등인 사실이 확인되고 있을 뿐만 아니라, 청구법인이 주장하는 사유(전소유자와 공사업체간의 분쟁, 장기간에 걸친 장마 등)는 유예기간(1년) 내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 ‘정당한 사유’로 보기는 어려워 보이므로 처분청이 이 건 토지에 대하여 기 감면한 취득세 등을 부과ㆍ고지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
8) 조심2022지0715(20230515) 취득세 기각 /청구인이 쟁점토지를 취득한 후 1년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것에 정당한 사유가 있는지 여부
청구인들은 정상적이고 진지한 노력을 다하였음에도, 처분청의 보완 통보 등으로 인한 건축허가 및 건축공사의 지연, 코로나19 등 특별한 외부 환경요인 등으로 인하여 감면유예기간(1년) 내 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하지 못하였으므로 정당한 사유가 있다고 주장하나, 건축물을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세 감면규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한, 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 해당 용도로 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다고 할 것인바, 쟁점토지의 취득일(2019.10.21.)부터 1년이 경과한 2020.11.6.에 비로소 건축허가를 받고 2020.11.28. 건축공사에 착수한 점에서 동 토지를 감면유예기간 내에 노인복지시설에 직접 사용하지 못한 것에는 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점, 청구인들의 건축허가신청 승인이 지연된 사유는 토지형질변경에 따른 개발행위허가 심의과정에서 신청요건 미비로 인한 처분청의 보완 요구에 따른 것으로 처분청의 귀책사유가 있다고 보기도 어려운 점, 코로나19 등의 사정은 청구인들뿐만 아니라 당시에 이루어진 다른 건축공사 등에 있어서 일반적인 상황으로, 이를「지방세특례제한법」제178조 제1호 소정의 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
9) 조심2022지1368(20230501) 취득세 기각 /쟁점토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부
청구인들은 2020.11.10. 쟁점토지를 취득한 후 2020.12.17. 건축허가, 2021.2.4. 착공을 하는 등 노인복지시설 신축을 위하여 정상적인 노력을 다하였고 다른 용도로 사용한 사실도 없으므로 쟁점토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장한다. 정당한 사유에는 법령 등에 따른 제한ㆍ금지 등 외부적인 사유뿐만 아니라 해당 사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였으나 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함되는 것인바, 청구인들은 2020.11.10. 쟁점토지를 취득한 후 1년 8개월이 경과한 2022.7.19.에서야 쟁점건물의 사용승인을 얻은 점, 공사비의 인상이나 민원의 발생 등은 청구인들의 내부적인 사정으로서 이러한 사유가 특별히 법령상의 장애나 행정기관의 귀책사유 등에 기인한 것이라고 하기 어려운 점, 시공사와의 공사도급 계약서에 의하면 청구인들은 쟁점건물의 공사를 2020년 11월 착공하여 2021년 준공하기로 약정되어 있으므로 청구인들이 조금만 주의를 더 기울였더라면 예정된 일정으로 쟁점토지를 노인복지시설에 직접 사용할 수 있었을 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 하겠다.
10) 조심2022지0428(20230426) 취득세취소 /노인복지시설에 사용하기 위하여 이 건 토지를 취득한 후 유예기간(1년) 내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 한다는 청구주장의 당부
인허가와 이 건 요양원의 경우, 청구인이 이 건 토지를 취득(2020.9.16.)하기 이전인 2020.8.31. 건축허가를 신청하여 처분청으로부터 건축허가를 받은 후 2020.10.21.부터 착공을 하였고, 이후 2021.10.6. 사용승인을 받기까지 지속적으로 공사를 진행한 것으로 나타나며, 감면 유예기간 종료시점(2021.9.16.)에 이 건 요양원의 본관ㆍ주차장 등 부대시설이 설치 완료되었거나 막바지 설치 중에 있었던 것으로 보아, 청구인이 ① 코로나19(인부들의 백신접종, 코로나 발생 등) ② 기상상황(장마) ③ 보완공사ㆍ날씨 등의 영향으로 공사일정이 다소 지연되었다는 청구주장이 신뢰성이 있어 보이는 점 등에 비추어, 이 건 토지의 취득부터 건축허가, 착공과 사용승인 및 노인복지시설 설치신고에 이르는 일련의 과정 전체를 살펴보면, 청구인은 이 건 요양원을 노인복지시설에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 일부 경과한 것으로 보는 것이 타당하므로 청구인이 이 건 토지를 취득한 후 유예기간 내에 노인복지시설로 직접 사용하지 못한 데에는 그 정당한 사유가 있다고 보는 것이 합리적이라 하겠음.
청구인이 이 건 토지를 취득(2020.9.16.)하기 이전인 2020.8.31. 건축허가를 신청하여 처분청으로부터 건축허가를 받은 후 2020.10.21.부터 착공을 하였고, 이후 2021.10.6. 사용승인을 받기까지 지속적으로 공사를 진행한 것으로 나타나며, 감면 유예기간 종료시점(2021.9.16.)에 이 건 요양원의 본관ㆍ주차장 등 부대시설이 설치 완료되었거나 막바지 설치 중에 있었던 것으로 보아, 청구인이 ① 코로나19(인부들의 백신접종, 코로나 발생 등) ② 기상상황(장마) ③ 보완공사ㆍ날씨 등의 영향으로 공사일정이 다소 지연되었다는 청구주장이 신뢰성이 있어 보이는 점 등에 비추어, 이 건 토지의 취득부터 건축허가 착공과 사용승인 및 노인복지시설 설치신고에 이르는 일련의 과정 전체를 살펴보면, 청구인은 이 건 요양원을 노인복지시설에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 일부 경과한 것으로 보는 것이 타당하므로 청구인이 이 건 토지를 취득한 후 유예기간 내에 노인복지시설로 직접 사용하지 못한 데에는 그 정당한 사유가 있다고 보는 것이 합리적이라 하겠다.
11) 조심2022지0722(20230314) 취득세 기각 /청구법인이 쟁점토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않은 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부
이 건 건축물의 사용승인을 받을 때까지 수차례에 걸쳐 건축물의 설계를 변경하였다 하더라도 이러한 사정만으로 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 해당 용도에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 그 시간이 부족하여 유예기간을 경과한 것이라고 보기도 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.
청구법인은 처분청이 2020.7.1. OOO㎡를 도시계획시설(도로)에서 실효하는 결정을 하기 전인 2020.4.1. 위의 토지를 이 건 건축물의 대지(OOO㎡)에 포함하여 건축물의 설계계약을 체결하였고, 도시계획시설의 실효 이후 청구법인이 스스로 이 건 건축물의 설계를 변경한 것이므로 여기에 행정관청의 귀책이 있다거나 도시계획시설의 실효를 청구법인이 쟁점토지를 마음대로 사용할 수 없는 외부적인 사유에 해당된다고 볼 수는 없는 점, 이 건 건축물과 같은 대규모 노인복지시설을 신축하기 위해서는 해당 토지의 개발행위 허가가 선행되어야 하는데, 개발행위 허가를 통한 건축허가의 경우 관련 부서 등과 지속적인 협의를 진행하여야 하므로 일반적인 건축허가보다 더 많은 시간이 필요하고, 이러한 협의 과정은 적법한 절차에 따른 것으로 이를 행정관청의 금지나 제한으로 보기는 어려운 점, 또한 청구법인이 조금만 주의를 기울였다면 이 건 토지의 개발행위허가와 이 건 건축물의 건축허가를 받는데 상당한 시간이 소요된다는 사실을 충분히 예측할 수 있었다고 할 것인데 청구법인은 쟁점토지를 취득한 날부터 9개월 이상 경과한 2020.12.18.에서야 이 건 건축물의 건축허가(개발행위허가 포함)를 신청한 점, 청구법인은 <표2>와 같이 2020.4.1.부터 2021.9.1.까지 4회에 걸쳐 이 건 건축물의 설계를 변경하였는데 이 건 건축물의 건축허가를 받은 후(2021.5.10.)에도 2회에 걸쳐 설계를 변경하여 건축허가 당시의 건축물 연면적(OOO㎡)과 사용승인 후 연면적(OOO㎡)이 큰 차이를 보이는바, 이와 같은 설계 변경은 청구법인의 건축자금 조달 능력과 대규모 노인복지시설에 대한 경영 환경 변화 등과 관련이 있는 것으로 이는 청구법인의 내부적 사유에 해당하는 점, 나아가 이 건 건축물의 사용승인을 받을 때까지 수차례에 걸쳐 건축물의 설계를 변경하였다 하더라도 이러한 사정만으로 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 해당 용도에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 그 시간이 부족하여 유예기간을 경과한 것이라고 보기도 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
12) 조심2022지0503(20230206) 재산세 기각 / 청구법인들이 쟁점토지를 유예기간(3년) 이내에 직접 사용하지 못한 것에는 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부
쟁점토지를 취득하고 쟁점산업단지의 준공인가일(2019.3.29.)까지 약 7개월 정도의 기간에 착공에 이르지 못한 방해요소가 있었다 하더라도 청구법인들이 그 이후에 곧바로 착공한 것도 아니라서 청구법인들이 쟁점토지를 유예기간(3년) 이내에 해당 용도로 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다해왔다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 코로나19 등의 사유는 법령상 제한 등에 준하는 부득이한 사유라고 보기도 어려운 점 등에 비추어, 청구법인들이 쟁점토지를 취득한 후 3년 이내에 쟁점토지를 직접 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨.
13) 조심2021지3150(20221222) 취득세 취소 /쟁점토지를 취득일부터 3년 이내에 산업단지로 조성하지 아니한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부
쟁점산업단지는 그 지정대상지역의 면적이 252,478㎡에 이르고, 사유지의 비율이 99.4%에 달하여 청구법인이 쟁점산업단지 조성공사를 착공하기 이전에 필수적으로 선행되어야 하는 토지 매수절차가 단기간에 완료되기를 기대하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 산업단지로 조성하기 위하여 정상적인 노력을 다하여 쟁점토지를 3년 이내에 산업단지로 조성하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨.
쟁점산업단지 대상지역 내의 토지 소유자들 일부가 보상협의를 거부하여 수용재결 신청을 하였고, 이에 대한 재결수용 결정이 있기 전까지는 쟁점산업단지의 토지 매수절차가 완료될 수 없었을 것으로 보이고, 토지 매수절차 지연으로 인하여 환경영향평가 재협의 대상이 됨에 따라 현재까지 착공이 늦어지고 있는 것으로 보이는 점, 청구법인은 쟁점산업단지 조성을 목적으로 2016.6.13. ~ 2017.8.4. 13차에 걸쳐 쟁점토지를 포함한 총 OOO㎡의 토지를 매수하였고, OOO㎡ 등 총 ○○○필지 OOO㎡의 토지소유자들과 보상협의가 진행되지 아니하여 2016.11.25. 보상재결신청을 청구하였으며, 재감정 의뢰 및 손실보상 협의요청 통지 등을 거친 이후 2018.6.29. 2차 재결신청을 청구하였고, ○○○도 지방토지수용위원회로부터 2019.6.25. 재결 결정을 받았으나, 위 결정을 받은 토지소유자들 중 일부가 국토교통부 중앙토지수용위원회에 이의신청를 하여, 동 위원회로부터 2020.1.31. 최종 기각결정을 받은 점, ○○○필지의 소유자 aaa이 2020.7.15. 수용재결신청을 청구하자, 2020.7.30. 수용재결 신청을 하여, ○○○도 지방토지수용위원회로부터 2020.10.7. 해당 토지에 대한 재결 결정을 받은 점, 또한, 청구법인은 2017년 1월 ○○○필지내 총 85기에 대한 분묘개장 공고요청을 접수하여 2018.12.19.부터 2019.3.18.까지 분묘개장 공고를 진행하여 70기에 대한 개장을 완료하였고, 2020년 3월 무연고 분묘 15기에 대해 ○○○시장에게 개장 허가신청을 하여 2020.3.23. 무연고 분묘 개장허가증을 발급받아 2020.3.29. 개장을 완료한 점,
청구법인은 2020.12.22. 착공신고를 하고 조성공사를 진행하려고 하였으나, 「환경영향평가법」 제32조 제1호 제1호 규정에 따라 환경영향평가 재협의 대상이 되어 현재 환경영향평가를 진행하고 있는 것으로 보이는 점, 쟁점산업단지는 그 지정대상지역의 면적이 OOO㎡에 이르고, 사유지의 비율이 99.4%에 달하여 청구법인이 쟁점산업단지 조성공사를 착공하기 이전에 필수적으로 선행되어야 하는 토지 매수절차가 단기간에 완료되기를 기대하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 산업단지로 조성하기 위하여 정상적인 노력을 다하여 쟁점토지를 3년 이내에 산업단지로 조성하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
14) 조심2021지3150(20221222) 취득세 취소 /쟁점토지를 취득일부터 3년 이내에 산업단지로 조성하지 아니한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부
쟁점산업단지는 그 지정대상지역의 면적이 252,478㎡에 이르고, 사유지의 비율이 99.4%에 달하여 청구법인이 쟁점산업단지 조성공사를 착공하기 이전에 필수적으로 선행되어야 하는 토지 매수절차가 단기간에 완료되기를 기대하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 산업단지로 조성하기 위하여 정상적인 노력을 다하여 쟁점토지를 3년 이내에 산업단지로 조성하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨.
15) 조심2021지2689(20221222) 취득세 취소 /청구인이 마을경노당 신축목적으로 취득하여 감면을 받은 쟁점토지를 정당한 사유 없이 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세를 추징한 처분의 당부
청구인은 현실적으로 지방보조금 지원 없이는 마을경로당 신축사업을 원활히 진행할 수 없었던 특수한 사정이 있었던 상황에서 처분청에게 보조금 선정을 위한 노력을 계속하여 쟁점토지 취득일부터 1년 6개월이 경과하여서야 마을경로당 건축비용을 처분청으로부터 지원받아 공사계약 심사를 의뢰하여 시공사 선정 후 착공하여 건축중인 것으로 나타나는 점, 청구인 자신의 노력 등으로 건축착공 기간을 단축시킬 수 없었던 사정이 있는 것으로 볼 수 있어 일반적인 내부사정으로 유예기간을 경과한 것과는 달리 보는 것이 타당한 점 등에 비추어, 처분청이 청구인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
16) 조심2022지0437(20221220) 취득세 취소 /청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 1년 이내에 지식산업센터용 건축물의 건축공사를 착공하지 못한 정당한 사유가 있다는 주장의 당부
청구법인은 이 건 토지 취득일부터 1년 내 착공을 지연할 만한 행위를 한 것으로 보이지 아니하고, 공사지연의 사유가 철도 인접지역의 공사상 안전성 문제로 인한 한국철도공사의 심의 및 보완 과정에서 기인된 것이며, 여기에 청구법인의 귀책사유가 있었던 것으로도 보이지 아니하므로 지특법 제58조의2 제1항 제1호의 ‘정당한 사유’에 해당한다고 보는 것이 타당하다고 판단됨.
4. 정당한사유관련 참고 사례
대법원 2016두42166(2016.09.07.) 취득세 /행정관청이 사업시행인가를 위한 필요사항 보완기간 연장통보에 따라 직접사용이 지연된 경우 정당한 사유로 볼 수 있는지 여부
판결요지
재정비계획 변경에 따른 보완기간 연장통보는 원고가 주체적 관여사항이 아니고, 사전에 알 수도 없어 정당한 사유로 봄이 타당하다.
대법원 2023두30413(2023.04.13.) 취득세 /농협경제지주 회사 물류센터 신축 부지의 정당한 사유
판결요지
원고는 공기업으로서 준수하여야 하는 관계 법령에 따른 절차를 진행하기 위한 내부적 사유 등으로 부득이하게 유예기간 내에 이 사건 사업을 완료하지 못한 것으로 보임 원고로서는 건축허가를 위한 통상적 절차인 환경영향평가, 개발행위허가 등 각종 허가, 실시설계, 건축설계 등 일련의 절차를 정상적으로 진행한 반면, ① 이례적인 사정으로 인하여 하수관로 설치를 위한 도로점용허가 등에 관한 절차를 추가로 진행하고, ② 관계 법령이 개정되어 저류시설의 위치 변경에 따른 재해영향평가를 다시 받으며, ③ 건축계획심의 절차를 이행하는 등의 과정에서 일정한 기간 이 사건 사업이 부득이하게 지연되었는바, 이는 법령에 의한 금지, 제한 등 원고가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유에 해당한다고 봄이 타당
대법2023두30413, 2023.04.13. 심불 /광주고법2022누1106, 2022.12.07.
원고가 이 사건 각 토지를 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데에는 이 사건 추징규정에서 정한 ‘정당한 사유’가 있다고 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에 기초한 이 사건 처분은 위법하다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 있다.
가) 구 지방세특례법 제14조의2 제1호에서 농협경제지주회사가 구매ㆍ판매사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 대하여 취득세 일부를 감경하는 취지는, 농업경제지주회사가 수행하는 위 사업의 공익적 성격을 고려하여 농협경제지주회사로 하여금 위 사업을 원활히 수행할 수 있도록 세제상으로 지원함으로써 영농산업 등을 보호, 육성하려는 정책적 고려에 의한 것으로 볼 수 있다. 실제로 이 사건 사업은 농림축산부 등 정부 관계부처의 주도로 마련된 농산물 유통구조 개선 종합대책의 일환인 5대 권역 물류센터 건립 사업의 하나로 추진된 것으로서, 산지 가격의 교섭력 제고, 소비자가격 합리화 등을 통하여 국민경제에 이바지하는 것을 목표로 한다.
나) ① 이 사건 사업은 대지면적이 27,910㎡, 건축면적이 5,615.61㎡(연면적 6,590.47㎡), 투자금액이 약 200억 원에 달하는 등 대규모 사업에 해당하는 점, ② 그에 따라 원고는 이 사건 사업을 추진하는 과정에서 중앙회의 투자관리준칙, 계약사무처리준칙 등 관계 규정에 따라 중앙회 투자협의회의 협의, 이 사건 사업의 예산을 증액하기 위한 중앙회의 고정투자심의위원회의 심의 및 의결, 중앙회 관재업무담당부서에 대한 건설 업무의 위임, 중앙회를 통한 관련 계약의 입찰 절차 등 다수의 절차를 거쳐야 하고, 그 과정에서 불가피하게 상당한 시간이 소요되는 점, ③ 실제로 원고는 ㉠ 투자안을 수립하는 과정에서 중앙회 관재 담당부서의 예비타당성 검토, 고정투자에 대한 중앙회 투자협의회의 협의 등을 거치고, 이 사건 각 토지의 매입예산 증액을 위한 중앙회 고정투자심의원회의 재심의 및 의결을 거쳤고, ㉡ 2016. 7.경 개발행위허가용역 업체, 환경영향평가용역 업체 등을 선정하는 과정에서 입찰 절차를 거쳤으며, ㉢ 2017. 11. 건축설계용역 업체 선정을 위한 입찰 절차, 2021. 2. 공사도급 업체 선정을 위한 입찰 절차를 거치는 등으로 이 사건 사업을 추진하기 위하여 관계 규정에 따른 일련의 절차를 거치는 과정에서 상당한 시간이 소요되었는데, 이는 원고가 정상적인 노력을 다하더라도 이 사건 사업이 지연될 수밖에 없는 내부적 사유에 해당한다고 봄이 타당하다.
다) 앞서 본 바와 같이 이 사건 사업은 개발행위허가용역, 기본설계용역, 환경영향평가용역을 수행할 업체의 선정(2016. 7.) → 소규모환경영향평가서, 사전재해영향성검토서 제출(2017. 1.∼2.) → 관계부서와의 협의 및 소규모환경영향평가 보완서 제출 및 개발행위허가, 농지전용허가, 산지전용허가 등 신청(2017. 3.) → 관계부서와의 협의 및 개발행위허가 취득(2017. 6.) → 지적도 경계 정정 등을 위한 토지이동 신청서 제출(2017. 7.), 관계부서와 설계를 위한 업무 협의 진행(2017. 8.) 및 우수저감대책을 위한 저류시설 변경(2017. 8.) → 해당 업체로부터 실시설계 및 구조계산서 성과물 제출(2017. 9.) → 건축설계용역 업체 선정을 위한 입찰 및 용역계약 체결(2017. 11.∼12.) → 건축설계용역 업체의 업무 진행[현장답사, 인허가 협의(2017. 12.), 계획설계 도서납품(2018. 2.), 중간설계 도서납품 및 기본설계설명회(2018. 4.), 하수관로 매립을 위한 도로굴착을 수반하는 도로점용허가 사전 협의와 반려 및 허가 불가(2018. 4.∼5)] → 하수관로 매립을 위한 도로점용허가를 위한 국토교통부 질의회신, 협의 및 심의 절차(2018. 5.∼11.) 및 기본설계 완료(2018. 11.) → 개발행위변경허가용역 업체 선정(2018. 11.) 및 관련 업무 진행(2018. 12.) → 자연재해대책법 시행령 개정(2018. 12.) → 재해영향평가 재협의(2019. 5.) 및 검토 결과 회신(2019. 6.) → 구 제주특별자치도 조례 등에 따른 건축계획심의절차 경유(2019. 8.∼9.) → 건축허가 신청(2019. 10.) → 건축허가 취득(2020. 1.) 등의 절차를 거쳐 진행되었는데, 원고로서는 건축허가를 위한 통상적 절차인 환경영향평가, 개발행위허가 등 각종 허가, 실시설계, 건축설계 등 일련의 절차를 정상적으로 진행한 반면, ① 이 사건 각 토지가 임야 내지 농지로서 하수관로가 설치되지 않고 인근 도로가 재포장되어 도로굴착이 제한되는 이례적인 사정으로 인하여 하수관로 설치를 위한 도로점용허가 등에 관한 절차를 추가로 진행하고, ② 관계 법령이 개정되어 저류시설의 위치 변경에 따른 재해영향평가를 다시 받으며, ③ 구 제주특별자치도 조례 등에 따른 건축계획심의 절차를 이행하는 등의 과정에서 일정한 기간 이 사건 사업이 부득이하게 지연되었는바, 이는 법령에 의한 금지, 제한 등 원고가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유에 해당한다고 봄이 타당하다.
라) 원고는 2013. 6. 안성물류센터(중부권), 2015. 7. 밀양물류센터(영남권), 2017. 6. 횡성물류센터(강원권), 2020. 7. 장성물류센터(광주권)를 각 준공하여 정상적으로 운영하였고, 2022. 9. 제주물류센터를 마지막으로 준공하였는데, 이와 같이 원고가 5대 권역 물류센터 건립사업을 동종 절차에 따라 정상적으로 추진하였으나, 이 사건 사업의 진행 과정에서 앞서 본 도로점용허가, 재해영향평가, 건축계획심의 등의 절차를 추가적으로 진행하는 과정에서 사업 진행이 부득이하게 지연된 것으로 보일 뿐, 원고가 다른 물류센터 건립 사업과 달리 이 사건 사업의 진행을 게을리 하였다거나 진지한 노력을 다하지 않은 것으로 보이지 않는다.
마) 앞서 본 사정 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 각 토지를 취득한 이후 이 사건 사업을 정상적으로 추진하였으나, 법령에 의한 금지, 제한 등 원고가 마음대로 할 수 없는 외부적 사유 및 공기업으로서 준수하여야 하는 관계 법령에 따른 절차를 진행하기 위한 내부적 사유 등으로 부득이하게 유예기간 내에 이 사건 사업을 완료하지 못한 것으로 보이므로, 원고에게는 이 사건 추징규정에서 정한 ‘정당한 사유’가 있다고 봄이 타당하고, 이 사건 사업 과정에서 도로공사의 진행 상황이나 관련 법령의 개정 경과 등을 미리 파악하지 못한 데에 다소간의 과실이 있다고 하더라도 그러한 사정만으로 ‘정당한 사유’가 부정된다고 볼 수는 없다.
행정관청이 사업시행인가를 위한 필요사항 보완기간 연장통보에 따라 직접사용이 지연된 경우에는 이 재정비계획 변경에 따른 보완기간 연장통보는 주체적 관여사항이 아니고, 사전에 알 수도 없어 정당한 사유로 봄이 타당하다(대법원 2016두42166, 2016.9.7.).
토지 취득 당시 조금만 주의를 기울였더라면 해당 지식산업센터 건립에 따른 인근주민의 민원제기를 사전에 예측할 수 있었던 점, 이에 건축허가 시 인근 주민의 의견을 수렴하고 반영하는 과정에서 상당한 시간이 소요될 것도 예상할 수 있었던 점, 건축허가에 따른 인근주민의 민원을 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 있지 아니한 점 등을 종합적으로 고려해 볼 때, 인근주민의 민원제기와 관할관청의 건축심의 등에 따른 착공 지연은 법령에 의한 금지, 제한 또는 행정관청의 귀책사유 등 해당 법인으로서는 어쩔 수 없는 외부적으로 불가피한 ‘정당한 사유’로 보기는 어렵다(대법원 2001두229, 2002.9.4. 참조)고 판단된다(지방세운영과-1077, 2013.6.17.).
한편, 토지 취득 전 공장사업계획승인을 받고 토지 취득 후 부지 조성 공사 및 공장 신축사업 주민 설명회를 한 점, 인근 주민의 ‘공장 설립승인 취소 촉구’ 주민 기자회견 및 행정심판 청구를 한 점, 건축허가를 신청하였으나 충청북도 행정심판위원회의 재결(사업계획승인 처분 취소) 후 건축허가 신청이 반려된 점, 행정소송을 제기(행정심판 재결 취소 청구의 소)하고 현재 행정소송이 진행 중인 점 등 일련의 과정을 고려하여 위 기준에 따라 과세권자가 사실조사 등을 통하여 판단할 사안이라 할 것이다(지방세특례제도과-916, 2015.4.1.).