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장상록박사 지방세이야기

유예기간 도과 건축착공 정당한 사유 있다는 대법원 판결 본문

지방세쟁점사례

유예기간 도과 건축착공 정당한 사유 있다는 대법원 판결

장박사 취미생활 2024. 10. 23. 08:04

유예기간 도과 건축착공 정당한 사유 있다는 대법원 판결

대법 201318582, 2014. 2. 13. 판결 : 파기환송 (과세기관 승)

 

- 구 지방세법 제287조제2(현 지방세특례법 제38조 및 제20)

 

<쟁점요지>

 

1. 의료법인이 의료법에서 부대사업으로 정하고 있는 노인의료복지시설 중 하나인 노인요양시설을 운영하는 것을 의료업에 직접 사용하는 것으로 보아 취득세를 면제할 수 있는지

 

2. 당초 감면신청을 한 감면규정이 아니더라도 취득 당시 해당 규정에 의한 감면요건을 갖추고 있었다면 감면신청여부와 관계없이 김면을 적용 받을 수 있는 지 여부

 

3. 다른 규정에 의한 감면대상에 감면요건을 취득세 50% 감면대상인 유료노인복지시설용 토지를 취득한 이후 처분청의 신축사업 확정통보 지연 등으로 유예기간 1년을 도과하여 공사착공에 이르게 된 경우 추징을 배할 수 있는 정당한 사유가 있는지

 

4. 대도시와 멀리 떨어져 위치하고 있는 병원 의료진이 입원환자나 응급환자의 야간 진료를 위하여 대기할 수 있는 사택으로 제공하기 위해 병원 인근에 취득한 주택을 의료업에 직접 사용하기 위한 부동산으로 보아 감면할 수 있는지(하급심에서만 다투어진 사안임)

 

 

 

<판결요지>

 

1. 노인요양시설의 운영을 감면대상 의료업으로 볼 수 없음

 

- 법령의 문언내용 및 2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정되어 2011. 1. 1.부터 시행된 지방세특례제한법이 의료법인 등에 대한 과세특례(38)와 별도로 노인복지시설에 사용하기 위하여 취득한 부동산에 대한 취득세 감면규정(20)을 둔 입법취지 등을 종합하여 보면, 구 노인복지법에 따른 노인요양시설을 설치운영하는 데에 제공되는 부동산은 의료법인이 의료업에 직접 사용하는 것이라고 할 수 없으므로, 구 지방세법 제287조 제2항이 정한 취득세 등의 면제대상에 해당하지 않는다.

 

2. 감면신청을 하지 않았더라도 감면을 적용 받을 수 있음

 

- 조례에서 과세면제를 받고자 하는 자는 그 사실을 증명할 수 있는 서류를 갖추어 관할관청에 신청하여야 한다고 규정하고 있더라도, 면제신청에 관한 규정은 면제처리의 편의를 위한 사무처리절차를 규정한 것에 불과할 뿐 그 신청이 면제의 요건이라고 볼 수는 없다(대법원 2003. 6. 27. 선고 200110639 판결 등 참조). 그리고 어떠한 과세대상이 당초 감면을 받은 규정에 의한 감면대상에 해당하지 않는다고 하더라도, 다른 감면규정에 의한 감면대상에 해당하고 그에 관하여 추징사유가 발생하지 아니하였다면 다른 규정에 따른 감면사유가 여전히 존재하는 이상 추징처분을 하는 것은 허용되지 않는다고 할 것이다(대법원 2012. 1. 27. 선고 201026414 판결 참조)

 

3. 추징을 배제할 수 있는 정당한 사유로 볼 수도 있음

 

- 이 사건 제2처분의 추징사유인 이 사건 토지의 지목변경에 따른 부동산 취득 간주가 이루어진 날부터 1년의 유예기간을 경과하여 111개월 만에 이 사건 노인요양시설 건축공사가 착공되었지만, 이 사건 노인요양시설의 설치 예정지와 규모에 비추어 노인요양시설의 착공 준비에 상당한 기간이 필요할 것으로 보이고, 원고가 이 사건 노인요양시설의 착공을 방치하고 있었다고 보기는 부족하며, 이 사건 노인요양시설의 신축에 필요한 부지의 취득부터 그 착공과 완공에 이르는 일련의 과정, 특히 피고로부터 건축허가를 받는 데에 1년의 기간이 소요된 사정 등을 전체적으로 파악할 때, 원고가 위 부동산 취득 간주일부터 유예기간 1년 내에 이 사건 요양시설의 착공에 이르지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는 사정들이 나타나 있다.

 

4. 해당 사택을 의료업에 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 있음

 

- 병원에서 근무하는 의사 또는 직원으로서 필요불가결한 존재이고, 녹동현대병원은 35개의 입원실을 갖추고 있고, 대도시와 멀리 떨어진 곳에 위치하고 있어 입원환자나 응급환자의 야간 등 진료를 위하여 의사들이 대기할 수 있도록 병원 인근에 그러한 목적에 상응하는 시설, 면적을 갖춘 사택을 제공하는 것이 위 병원 운영과 의료진 확보를 위하여 반드시 필요하다고 보이므로, 별지 1 목록 기재 제3, 4, 5 각 부동산은 의료업에 직접 사용되는 부동산이라고 할 것이니(원고가 병원 건물에 기숙사로 사용할 수 있는 공간을 보유하고 있다고 하여 달리 볼 것은 아니다), 위 각 부동산에 관하여 취득세 등을 부과한 피고의 제3, 4, 5 각 처분은 위법하다.(하급심-고법)

 

 

 

2

판 결

사 건 201318582 지방세부과처분취소

원고, 상고인 000

피고, 피상고인 000

원 심 판 결 광주고등법원 2013. 8. 8. 선고 201385 판결

판 결 선 고 2014. 2. 13.

 

주 문

원심판결 중 원고 패소부분을 파기하고, 이 부분 사건을 광주고등법원에 환송한다.

 

이 유

1. 상고이유를 판단한다.

. 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 287조 제2항은 의료법 제48조의 규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 의료업에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다.

한편 의료법은 제3조 제1항에서 의료업을 의료인이 공중 또는 특정 다수인을 위하여 하는 의료조산의 업으로 정의하고 제49조 제1항에서 의료법인이 의료기관에서 할 수 있는 의료업무 외에 다음의 부대사업을 할 수 있다고 규정하면서, 3호에서 노인복지법 제31조 제2호에 따른 노인의료복지시설의 설치운영을 들고 있다. 그런데 구 노인복지법(2011. 6. 7. 법률 제10785호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 31조 제2, 34조 제1항 제1호는 노인의료복지시설의 하나인 노인요양시설치매중풍 등 노인성질환 등으로 심신에 상당한 장애가 발생하여 도움을 필요로 하는 노인을 입소시켜 급식요양과 그 밖에 일상생활에 필요한 편의를 제공함을 목적으로 하는 시설로 정의하고 있다.

이러한 관련 법령의 문언내용 및 2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정되어 2011. 1. 1.부터 시행된 지방세특례제한법이 의료법인 등에 대한 과세특례(38)와 별도로 노인복지시설에 사용하기 위하여 취득한 부동산에 대한 취득세 감면규정(20)을 둔 입법취지 등을 종합하여 보면, 구 노인복지법에 따른 노인요양시설을 설치운영하는 데에 제공되는 부동산은 의료법인이 의료업에 직접 사용하는 것이라고 할 수 없으므로, 구 지방세법 제287조 제2항이 정한 취득세 등의 면제대상에 해당하지 않는다.

. 원심이 이 사건 노인요양시설의 설치운영에 제공되는 토지가 의료업에 직접 사용하는 부동산에 해당하지 않는다고 판단한 것은 위와 같은 법리에 따른 것으로서, 거기에 상고이유의 주장과 같이 구 지방세법 제287조 제2항이 정한 취득세의 면제대상에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.

그리고 이 사건 노인요양시설의 설치운영에 제공되는 토지가 취득세의 면제대상에 해당하지 않는 이상, 그 취득일부터 1년 내에 의료업에 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다는 상고이유의 주장은 나아가 살펴볼 필요 없이 받아들일 수 없다.

2. 직권으로 본다.

. (1) 구 전라남도 도세 감면조례(2009. 12. 31. 전라남도조례 제3333호로 개정되기 전의 것, 이하 도세 감면조례라 한다)는 제2장에서 사회복지 지원을 위한 감면을 규정하면서, 그에 속한 제8조로 노인복지법 제31조의 규정에 의한 노인복지시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 취득세와 등록세를 감면한다. 다만 부동산 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 노인복지시설에 직접 사용하지 아니하거나 건축공사에 착공하지 아니하는 경우와 2년 이상 노인복지시설에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다.”고 규정하고, 2호에서 유료노인복지시설에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다.”고 정하고 있다.

도세 감면조례 제8조가 추징요건으로 규정하는 부동산 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 노인복지시설에 직접 사용하지 아니하거나 건축공사에 착공하지 아니하는 경우에서의 추징배제사유인 정당한 사유, 법령에 의한 금지, 제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다. 그리고 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서, 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하거나 건축공사에 착공하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없거나 건축공사에 착공할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 1996. 1. 26. 선고 9513104 판결 등 참조).

(2) 아울러 도세 감면조례 제37조 제1항은 이 조례에 의하여 도세를 감면받고자 하는 자는 별지 제1호 서식에 의한 전라남도세감면신청서 및 그 사실을 증명할 수 있는 서류를 갖추어 시장군수에게 신청하여야 한다. 다만 이 조례 제2장의 경우 시장군수가 감면대상임을 알 수 있는 때에는 신청이 없는 경우라도 직권으로 감면할 수 있다.”고 규정하고 있다.

조례에서 과세면제를 받고자 하는 자는 그 사실을 증명할 수 있는 서류를 갖추어 관할관청에 신청하여야 한다고 규정하고 있더라도, 면제신청에 관한 규정은 면제처리의 편의를 위한 사무처리절차를 규정한 것에 불과할 뿐 그 신청이 면제의 요건이라고 볼 수는 없다(대법원 2003. 6. 27. 선고 200110639 판결 등 참조). 그리고 어떠한 과세대상이 당초 감면을 받은 규정에 의한 감면대상에 해당하지 않는다고 하더라도, 다른 감면규정에 의한 감면대상에 해당하고 그에 관하여 추징사유가 발생하지 아니하였다면 다른 규정에 따른 감면사유가 여전히 존재하는 이상 추징처분을 하는 것은 허용되지 않는다고 할 것이다(대법원 2012. 1. 27. 선고 201026414 판결 참조).

. 원심판결 이유와 기록에 의하면, (1) 피고는 원고가 2007. 11. 29.0000000리 산 50-1 임야 11,692중 일부에 대하여 대지 조성 공사를 하여, 같은 리 233-15 7,506(이하 이 사건 토지라 한다)로 분할, 지목 변경한 것을 취득으로 보고, 2012. 2. 14. 원고에게 이 사건 토지의 가액 증가분에 관하여 취득세 25,671,740, 농어촌특별세 2,567,160원 합계 28,238,900원을 추징하는 이 사건 제2처분을 한 사실, (2) 원고는 이에 불복하여 전라남도지사에 대하여 지방세 이의신청을 하면서 지목변경에 따른 취득세 등 부과액 중 이 사건 노인요양시설은 도세 감면조례 제2사회복지 지원을 위한 감면중 제8조 제1항 제2호에서 정한 유료노인복지시설로서 취득세 등을 50% 감면하여야 한다고 주장한 사실, (3) 전라남도지사는 이 사건 노인요양시설은 노인복지시설로 50% 취득세 등 감면대상이나, 토지취득일부터 1년 이내에 노인복지시설로 직접 사용하는 경우에만 50% 감면대상에 해당되고, 정당한 사유 없이 1년 이내에 노인복지시설로 직접 사용하지 않는 경우에는 감면된 취득세 등을 추징할 수 있는데, 지목변경이 완료된 2007. 11. 29.부터 취득시점을 기산하더라도 이 사건 노인요양시설 착공일인 2009. 10. 30.경까지 111개월이 경과하고 있어 정당한 사유를 인정할 수 없다는 이유로 이의신청을 기각하였는데, 그 이의신청 결정문은 이 사건 소송에서 증거(갑 제7호증의 1, 2)로 제출되어 있는 사실, (4) 한편 원고는 2008. 4. 16. 피고에게 지목변경된 이 사건 토지의 일부 지상에 노인요양시설을 설치운영하기 위한 사업승인을 재차 신청하였는데, 그 때부터 무려 1년이 경과한 2009. 4. 17.에 이르러서야 피고로부터 노인요양시설 신축사업 확정통보를 받고 그 무렵 00군의 보조금 지원 결정을 받았으며, 2009. 9. 14. 건축허가를 받은 후 2009. 10. 30. 착공하여 2010. 10. 7. 철근콘크리트조 슬래브지붕 3층 규모의 이 사건 노인요양시설을 완공한 다음, 이를 유료로 운영하고 있는 사실 등을 알 수 있다.

. 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, (1) 이 사건 노인요양시설은 도세 감면조례 제8조 제1항 제2호에서 정한 유료노인복지시설로서 취득세 등의 50% 감면대상에 해당한다고 할 것이고, (2) 비록 이 사건 제2처분의 추징사유인 이 사건 토지의 지목변경에 따른 부동산 취득 간주가 이루어진 날부터 1년의 유예기간을 경과하여 111개월 만에 이 사건 노인요양시설 건축공사가 착공되었지만, 이 사건 노인요양시설의 설치 예정지와 규모에 비추어 노인요양시설의 착공 준비에 상당한 기간이 필요할 것으로 보이고, 원고가 이 사건 노인요양시설의 착공을 방치하고 있었다고 보기는 부족하며, 이 사건 노인요양시설의 신축에 필요한 부지의 취득부터 그 착공과 완공에 이르는 일련의 과정, 특히 피고로부터 건축허가를 받는 데에 1년의 기간이 소요된 사정 등을 전체적으로 파악할 때, 원고가 위 부동산 취득 간주일부터 유예기간 1년 내에 이 사건 요양시설의 착공에 이르지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는 사정들이 나타나 있다.

. 따라서 원심으로서는 원고가 제출한 소송자료 등 기록에 나타난 자료에 의하여 이 사건 노인요양시설의 부지로 사용되는 이 사건 토지에 대한 도세 감면조례 제8조 제1항 제2호의 50% 감면규정 및 추징규정의 적용 여부, 그리고 지목변경에 따른 부동산 취득 간주일부터 이 사건 노인요양시설 착공일까지 1년 내에 공사에 착공하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는지 여부에 대하여도 필요한 석명을 구하거나 심리를 하여 그 감면사유 및 추징사유의 당부에 따른 이 사건 제2처분의 위법 여부를 판단하였어야 할 것이다(대법원 2010. 2. 11. 선고 200918035 판결 등 참조).

그럼에도 이와 달리 원심은 도세 감면조례 제8조 제1항 제2호의 50% 감면규정 및 추징규정의 적용 여부와 그 유예기간 경과에 관한 정당한 사유의 유무에 대하여 아무런 심리판단을 하지 아니하고 이 사건 제2처분을 적법하다고 인정하고 말았으니, 도세 감면조례에 의한 감면사유 및 추징사유를 비롯한 앞에서 본 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.

3. 그러므로 원심판결 중 원고 패소부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

재판장 대법관    
대법관    
주 심 대법관    
대법관    

광 주 고 등 법 원

1

판 결

사 건 201385 지방세부과처분취소

원고, 피항소인 000

피고, 항소인 000

1 광주지방법원 2012. 12. 13. 선고 2012구합3088 판결

변 론 종 결 2013. 7. 18.

판 결 선 고 2013. 8. 8.

 

주 문

1. 1심 판결 중 별지 1 목록 기재 제2 부동산에 관한 취득세, 농어촌특별세의 부과 처분의 취소 청구 부분을 취소하고, 위 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

2. 피고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 5/6는 원고가 부담하고, 나머지는 피고가 부담한다.

 

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고는 2012. 2. 14. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 기재 제1, 6, 7, 8 부동산에 관한 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세의 각 부과 처분 및 제2 부동산에 관한 취득세, 농어촌특별세의 부과 처분, 3, 4, 5 각 부동산에 관한 취득세, 등록세, 지방교육세의 각 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

주문 제1항 및 제1심 판결 중 별지 1 목록 기재 제3, 4, 5 각 부동산에 관한 취득세, 등록세, 지방교육세의 각 부과처분의 취소 청구 부분을 취소하고, 위 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

 

이 유

1. 이 법원의 심판범위

원고는 제1심에서 피고에 대하여, 별지 1 목록 기재 제1 내지 8 각 부동산에 관한 과세 처분의 취소를 구하였는데, 1심 법원은 그 중 별지 1 목록 기재 제1, 6, 7, 8 각 부동산에 관한 과세처분의 취소 청구를 기각하고, 2 내지 5 각 부동산에 관한 과세처분의 취소 청구를 인용하였다. 이에 대하여 피고만이 불복하여 항소하였으므로, 이 법원의 심판대상은 별지 1 목록 기재 제2 내지 5 각 부동산에 관한 과세처분 취소 청구 부분에 한정된다.

2. 처분의 경위

원고는 2006. 10. 26.0000000리 산 50-1 임야 11,692(별지 1 목록 기재 제2 부동산), 같은 리 산 50-18 임야 2,106(이후 같은 리 233-17 2,062로 변경되었다)를 각 취득하고, 2007. 2. 23.경 같은 리 산 50-14 임야 2,581(당초에는 등기부에 그 면적이 2,939로 표시되었으나 이후 2,581로 정정되었다), 같은 리 산 50-16 임야 217를 각 취득하였는데, 의료법인으로서 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하였음을 전제로 구 지방세법(2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것, 이하 구 지방세법이라고 한다) 287조 제2항 본문에 따라 피고로부터 위 각 토지의 취득세 등을 면제받았다.

원고는 2007. 3. 18. 위와 같이 취득한 0000000리 산 50-1 임야 11,6927,665, 같은 리 산 50-14 임야 2,581219, 같은 리 산 50-18 임야 2,106에 대해 장례식장 및 휴게시설 조성을 목적으로 하여 피고로부터 산지전용허가를 받아 대지로 조성하고, 2008. 4.경 해당 부분에 대하여 토지분할 및 지목변경 절차를 마쳤다(50-1 임야 11,692의 일부가 233-15 7506, 50-18 임야 2,106233-17 2,062, 50-14 임야 2,581의 일부가 같은 리 233-16 219로 분할되거나, 지목, 지번이 변경되었다).

원고는 2007년경 00000233-15 대 지상에 기존 병원의 부속건물로서 별지 1 목록 기재 건물을 신축하는 한편, 2009. 10. 30. 00000233-16 등 대 지상에 철근콘크리트조 슬래브지붕 3층 노인요양시설(이하 이 사건 노인요양시설이라 한다)의 신축 공사에 착공하여 2010. 10. 7. 완공한 후 노인요양시설을 운영하고 있다.

원고는 2008. 2. 28. 별지 1 목록 기재 제5 부동산을, 2008. 3. 6. 별지 목록 제4 부동산을, 2010. 9. 2. 별지 1 목록 기재 제3 부동산을 각 취득하였다.

피고는 2008. 4. 21. 원고에게 별지 1 목록 기재 제1 건물에 관하여 취득세 등으로 합계 18,842,440원을 납부하였다.

피고는 2012. 2. 14. 원고에게 아래와 같이 세금을 부과·고지하였다(이하 순번에 따라 이 사건 제1 내지 8 처분이라 한다).

별지 1 목록 기재 제1 건물에 대하여 취득세 7,347,360(가산세 890,750, 납부불성실가산세 2,002,850원 포함), 농특세 734,720(가산세 및 납부불성실가산세 289,350원 포함), 등록세 2,815,630(가산세 341,350, 납부불성실가산세 767,520원 포함), 지방교육세 528,980원 등 합계 11,426,690

별지 1 목록 기재 제2 부동산의 지목변경에 대하여 그 총 공사비 1,517,721,290원 중 시설공사 도급 변경 계약서에 의하여 확인된 토목공사비 573,932,000원과 계정별 원장에 의하여 확인된 토목공사비용 187,000,000, 장례식장 토목공사비 17,000,000원의 합계 777,932,000원을 지목 변경에 소요된 금액으로 인정하여 이를 과세표준으로 삼아 취득세 25,671,740, 농특세 2,567,160원 등 합계 28,238,900

별지 1 목록 기재 제3 부동산에 대하여 취득세 1,421,600, 등록세 1,421,600, 지방교육세 263,220원 등 합계 3,106,420

별지 1 목록 기재 제4 부동산에 대하여 취득세 1,492,880, 등록세 1,492,880, 지방교육세 280,170원 등 합계 3,265,930

별지 1 목록 기재 제5 부동산에 대하여 취득세 617,080, 등록세 617,080, 지방교육세 115,810원 등 합계 1,349,970

별지 1 목록 기재 제6 부동산에 대하여 취득세 280,370, 농특세 28,020, 등록세 280,370, 지방교육세 52,680원 등 합계 641,440

별지 1 목록 기재 제7 부동산에 대하여 취득세 2,097,820, 농특세 209,770, 등록세 2,097,820, 지방교육세 393,730원 등 합계 4,799,140

0000000233-15 4,421, 같은 리 233-17 1,793, 같은 리 233-25 142, 같은 리 233-27 183에 대하여 취득세 452,070, 농특세 45,180, 등록세 452,070, 지방교육세 84,910원 등 합계 1,034,230

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 6호증의 각 기재(각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

3. 2 내지 5 처분의 적법 여부

. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 제2 내지 5 처분이 위법하다고 주장한다.

이 사건 제2 처분 : 별지 1 목록 기재 제2 부동산 중 일부만이 지목 변경되었음에도 그 전부에 관하여 취득세 등을 부과한 것은 위법하고, 원고가 위 부동산을 취득한 직후 피고에게 노인복지시설 사업승인을 신청하였다가 관련 부지 미확보를 이유로 반려되었고, 이에 추가로 토지를 취득하고 토목공사를 실시하여 지목변경까지 마친 다음 사업승인을 받고 보조금을 교부받아 착공에 이르게 되었던바, 이러한 과정 자체로 위 부동산을 의료업에 직접 사용한 것으로 볼 수 있고, 그렇지 않더라도 이는 원고가 노인복지시설의 착공에 이르기까지 반드시 거쳐야 하는 절차로서 위 부동산의 취득일로부터 1년 내에 의료업에 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우라고 보아야 한다.

이 사건 제3 내지 5 처분 : 별지 1 목록 기재 제3 내지 5 부동산은 원고가 소속 의사, 간호사 등 종사자들의 숙소로 사용하기 위해 취득한 것이고 현재도 종사자들이 거주하는 숙소로 사용되고 있는바, 이는 의료업에 직접 사용하는 경우에 해당한다.

. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

. 2 처분의 적법 여부에 관한 판단

1) 을 제6호증의 1~4의 각 기재에 의하면, 원고가 0000000리 산 50-1 임야 11,692의 일부에 대하여 대지 조성 공사를 하여 같은 리 233-15 7506로 분할, 지목 변경한 것에 대하여 피고가 이를 취득으로 보고 구 지방세법 제111조 제5항 제3, 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것) 82조의3 1항 제2호에 의하여 대지 조성 공사의 토목공사비 합계 777,932,000원을 과세표준으로 하여 취득세 등을 산출한 사실을 인정할 수 있는바, 피고는 위 00리 산 50-1 임야 중 대지로 지목이 변경된 같은 리 233-15 부분에 한하여만 취득세 등을 부과하였다고 할 것이므로, 지목이 변경되지 아니한 나머지 부분에 대하여도 취득세를 부과하였다는 원고의 주장은 이유 없다.

2) 구 지방세법 제287조 제2항은 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하는바, 원고가 별지 1 목록 기재 제2 부동산에 노인요양시설을 신축하고, 이를 운영하고 있는 사실은 다툼이 없으나, 의료법은 제3조에서 의료업을 의료인이 공중 또는 특정 다수인을 위하여 하는 의료조산의 업이라고 정의하고 있고, ‘의료기관으로 의원, 치과의원, 한의원, 조산원, 병원, 치과병원, 한방병원, 요양병원, 종합병원을 열거하고 있을 뿐인 점, 노인요양시설은 노인복지법 제34조의 노인의료복지시설의 하나로서 노인복지법에 의하여 규율되는 것이고, 의료법은 제49조 제1항 제3호에서 노인의료복지시설의 설치운영을 의료업무 외에 부대사업으로 운영할 수 있다고 정하고 있는 점, 2011. 1. 1. 시행된 지방세특례제한법(2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정)은 의료법인 등에 대한 과세특례(38)와 별도로 제20조에서 노인복지시설에 사용하기 위하여 취득한 부동산에 대하여 취득세를 면제 또는 경감하도록 정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 노인요양시설의 운영을 의료업이라고 볼 수 없다고 할 것이니, 원고가 그 지상에 노인요양시설을 건립하여 운영하고 있는 별지 1 목록 기재 제2 부동산이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산이라는 원고의 주장은 이유 없다.

3) 설령 노인요양시설의 운영이 의료업에 해당한다고 하더라도, 구 지방세법 제287조 제2항은 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하되, 취득일부터 1년 안에 정당한 사유 없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여 면제된 취득세를 추징하도록 규정하고 있으므로, 원고가 2006. 10. 26. 별지 1 목록 기재 제2 부동산을 취득한 후 2009. 10. 30. 노인요양시설의 신축 공사를 착공하여 2010. 10. 7. 완공한 후에야 이를 운영한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 피고가 면제된 취득세 등을 추징한 것은 적법하다(원고는 노인요양시설 사업승인 신청 등의 과정 자체를 의료업에 직접 사용한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 이를 인정할 아무런 근거가 없다).

이에 대하여 원고는 취득일로부터 1년 안에 의료업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 주장하므로 살피건대, 여기서 정당한 사유란, 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 하고(대법원 1996. 1. 26. 선고 9513104 판결, 대법원 2000. 5. 12. 선고 20001300 판결 등 참조), 토지를 취득하여 고유업무에 직접 사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다면 그 토지를 고유업무에 직접 사용하지 못한데 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 하나(대법원 2009. 3. 12. 선고 200611781 판결 참조), 토지를 취득할 당시 그 사업 내지 고유업무에 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황 하에서 토지를 취득하였고, 취득 후 일정 기간 내에 당해 토지를 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 토지를 그 업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될 수 없는바(대법원 2002. 9. 4. 선고 2001229 판결), 갑 제4호증의 2~11, 13, 14, 갑 제10호증의 1, 2, 3, 갑 제11호증의 1~4의 각 기재에 의하면, 원고가 2007. 3. 18. 산지전용허가를 받고 그 무렵 대지로 조성한 후 2008. 4.경 토지분할 및 지목변경을 마친 사실, 원고가 2008. 4. 16. 피고에게 재차 노인요양시설 설치·운영 사업을 신청하여 2009. 4. 17. 피고로부터 노인전문요양시설 신축사업 확정통보를 받고, 2009. 9. 14. 건축허가를 받은 후, 2009. 10. 30.경 이 사건 노인요양시설 신축 공사에 착공한 사실을 인정할 수 있으나, 토지 취득일로부터 위 산지전용허가 및 대지조성 공사, 지목변경 절차, 노인요양시설 설치운용 사업 신청 절차 등을 거쳤다는 위와 같은 사정만으로는 원고가 진지한 노력을 다 하였음에도 취득일로부터 약 211개월이 지나서야 신축 공사에 착공할 수밖에 없었음을 인정하기에 부족하고, 산지를 전용하여야 하는 법령상의 장애사유는 정당한 사유라고 보기 어려우며, 달리 원고가 취득일인 2006. 10. 26.로부터 1년 안에 공사에 착공하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

4) 따라서 피고가 원고에게 별지 1 목록 기재 제2 부동산에 관하여 취득세 등을 부과한 이 사건 제2 처분은 적법하고, 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.

 

. 3, 4, 5 처분의 적법 여부에 관한 판단

1) 지방세법 제107조 제1호와 제127조 제1항 제1호는 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 그 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는바, 위 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 그 사업에 사용한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2002. 4. 26. 선고 20003238 판결, 대법원 2012. 5. 24. 선고 201115183 판결 등).

2) 원고가 0000병원이라는 의료기관에서 의료업을 운영하고 있는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 갑 제8호증, 갑 제13호증의 1, 2, 3, 갑 제14호증, 갑 제15호증의 1~10의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 별지 1 목록 기재 제3 부동산에는 2010. 6.경부터 2011. 6.경까지는 위 병원 정형외과 의사인 000, 그 후부터 2013. 6.경까지는 위 병원의 병원장인 000이 사용하고 있고, 4 부동산에는 2008. 6.경부터 2013. 6.경까지 위 병원 일반외과 의사인 000이 사용하고 있으며, 5 부동산에는 2008. 3.경부터 2010. 12.

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