장상록박사 지방세이야기
취득세 등 경정청구 거부처분에 관한 심사청구 본문
감심2024-18(20250905) 취득세
취득세 등 경정청구 거부처분에 관한 심사청구
결정요지
주문
이유
1. 원 처분의 요지
가. 청구인1)은 2021. 4. 12. 경기도 이천시 B 등 18개 필지에 물류창고(지하 1층 및 지상 2층, 연면적 19,331.76㎡, 이하 “이 사건 창고”라 한다)를 신축하여 사용승인2)을 받은 후, 같은 해 7. 8. 처분청에 과세표준액 18,819,854,161원에 대한 취득세 등 계 580,360,070원3)을 납부하였다.
나. 청구인은 2022. 12. 22. 처분청에 물류창고운영업 및 물류창고임대업 등을영위하기 위해 취득한 이 사건 창고가 구 ｢지방세특례제한법｣(2021. 1. 5. 법률제17883호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제58조의3 제1항에 따라 창업중소기업이 창업일 당시 업종(물류창고임대업 등 ‘보관 및 창고업’)의 사업을 계속 영위하기 위하여 창업일 이후 4년 이내 취득한 부동산에 해당한다며 기납부한 세액의 ‘100
분의 75’를 돌려달라고 경정청구를 하였다.
다. 처분청은 2023. 1. 17. 청구인이 이 사건 창고를 제3자에게 임대하고 있고이는 구 ｢지방세특례제한법｣ 제2조 제1항 제8호에 따른 소유자의 ‘직접 사용’에 해당하지 않는다는 이유로 경정청구 거부처분(이하 “이 사건 거부처분”이라 한다)을하였다.
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1) 물류창고운영업 및 물류창고임대업 등을 목적사업으로 하여 2018. 5. 4. 설립
2) ｢지방세법 시행령｣ 제20조 제6항에 따라 건축물을 건축 또는 개수하여 취득하는 경우에는 사용승인서를 내주는 날과사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 봄
3) 580,360,070원=511,995,910원(취득세)+37,639,700원(농어촌특별세)+27,119,760원(지방교육세)+3,604,700원(가산세)
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2. 심사청구의 취지와 이유
가. 청구 취지
이 사건의 청구 취지는 이 사건 거부처분을 취소하여 달라는 것이다.
나. 청구 이유
청구인은 창고임대차계약에 따라 ■주식회사(이하 “이 사건 임차인”이라 한다)에 이 사건 창고를 임대하였으나, 처분청으로부터 고압가스냉동제조 허가를 받은 후 오수처리, 소방안전관리, 경비 및 출입통제 등을 하기 위해 용역계약을 체결하고 직원을 채용하여 이 사건 창고를 운영하는 등 직접 관리하고 있다. 따라서 청구인은 창업일 당시 업종(물류창고임대업 등 ‘보관 및 창고업’)의 사업을 영위하기 위하여 이 사건 창고를 취득하였으므로 구 ｢지방세특례제한법｣ 제58조의3 제1항에 따라 취득세를 경감받아야 하는데도, 처분청이 선결례 등4)에 반하여 이 사건 거부처분을 한 것은 부당하다.
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4) 대법원 2016. 7. 29. 선고 2016두37232 판결 등
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3. 처분청의 의견
이 사건 임차인이 창고임대차계약에 따라 이 사건 창고 내 물품의 입출고 및재고관리 등의 업무를 수행하며 물류창고업의 등록 등을 이유로 등록면허세를 납부한 점, 청구인이 제시한 선결례는 ｢지방세특례제한법｣ 제71조와 관련되어 그대로 원용할 수 없는 점, 물류창고를 임대하여 사용하는 경우는 ｢지방세특례제한법｣ 제2조 제1항 제8호에 따른 소유자가 ‘직접 사용’하는 것으로 볼 수 없는 점등을 고려할 때 이 사건 거부처분은 정당하다.
4. 우리 원의 판단
가. 다툼
이 사건의 다툼은 청구인이 창업중소기업으로서 구 ｢지방세특례제한법｣ 제58조의3 제1항 등에 따라 이 사건 창고에 대한 취득세를 경감받을 수 있는지여부이다.
나. 인정사실
이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.
1) 청구인은 2018. 5. 4. 물류창고운영업 및 물류창고임대업 등 6개 사업5)을영위할 목적으로 설립되었다.
2) 청구인은 2020. 8. 25. 등 처분청으로부터 고압가스냉동제조 허가를 받은 후 오수처리, 소방안전관리, 경비 및 출입통제 등을 위한 용역계약을 체결하고관리직원 4명을 채용하여 청구인이 직접 이 사건 창고를 관리 · 운영하고 있다.
3) 청구인은 2021. 3. 9. 이 사건 임차인6)에게 아래와 같은 내용의 창고임대차 계약을 체결하여 창고 공간을 임대하였으며, 이 계약에 따르면 청구인은 이 사건창고의 보관온도를 냉장 5℃, 냉동 –18℃ 이하(중심온도)로 유지할 의무를 부담한다.
4) 청구인은 2021. 3. 31. 사명(社名)을 ‘주식회사 ◈센터’에서 ‘주식회사A’로 변경하였으며, 같은 해 4. 12. 이 사건 창고를 신축하여 사용승인을 받은 후, [표]와 같이 같은 해 7. 8. 처분청에 과세표준액 18,819,854,161원에 대한 취득세 등계 580,360,070원을 납부하였다.
5) 청구인은 2022. 12. 22. 이 사건 창고에 대하여 기납부한 취득세의 ‘100분의75’를 돌려 달라며 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023. 1. 17. 이 사건 거부처분을하였다.
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5) 물류창고운영업· 화물운송업· 화물 운송주선 및 알선업· 물류창고임대업· 기업지원서비스업· 각 호 관련 부대사업 일체6) 수입식품 등 보관업, 식품보존업 등을 목적사업으로 하는 종합물류기업
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다. 관계 법령
이 사건과 관계되는 법령은 ｢지방세기본법｣ 제34조 제1항 제1호 등 [별지] 기재와 같다.
라. 판단
｢지방세기본법｣ 제34조 제1항 제1호에 따르면 취득세는 과세물건을 취득하는때납부하도록 되어 있다. 한편, 구 ｢지방세특례제한법｣ 제58조의3 제1항 제1호는과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업이 창업일부터 4년 이내에 창업일당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의‘100분의 75’를 경감하도록 규정하면서 같은 법 제58조의3 제4항에서는 이와 같은경감 혜택을 받기 위해 창업중소기업이 영위하여야 하는 업종을 제4항 각호에 열거된 것으로 제한하고 있는 바, 물류산업 중 ‘보관 및 창고업’은 제4항 제9호에따른 감면 대상 업종에 해당한다.7) 한편, 같은 법 제58조의3 제7항 제1호는제58조의3 제1항 제1호에 따라 경감된 취득세를 추징할 수 있는 사유로 “정당한 사유없이 취득일로부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우”를 규정하고 있다.
물류창고는 현재 운영방식에 따라 화주가 창고업자에게 화물을 넘겨주면 창고업자가 임의로 보관하는 위탁방식으로 운영되는 이른바 ‘수탁창고’와 창고업자가운영하는 물류창고의 일정 공간을 화주에게 임대한 후 화주가 직접 해당 공간에 물품을 보관하도록 하는 방식으로 운영되는 이른바 ‘임대창고’의 두 종류가 있는 바, 대법원 판결8)에 따르면, 임대창고 방식으로 영위한 창고업 역시 물류정책기본법이정한 물류사업9)에 해당된다.
최근 소셜커머스 업체, 온라인쇼핑몰, 홈쇼핑 등의 발달로 물류량이 급격히 증가하여 창고가 부족하게 됨에 따라 물류창고에 대한 화물보관방식이 기존의 수탁창고 방식에서 임대창고 방식으로 변화하고 있는 현상을 고려할 때 임대창고를물류사업에서 배제하는 것은 물류사업의 현실에 부합하지 아니하므로, 임대창고 방식의 운영을 목적으로 체결된 창고 임대차계약을 단순한 부동산 임대차계약으로볼 수는 없고, 임대창고 방식으로 창고를 운영하더라도 임대인이 해당 창고 건물을물류시설운영업(창고업) 자체에 직접 사용하였다고 봄이 타당하다.10)
구 ｢지방세특례제한법｣ 제58조의3 제6항에 따르면 폐업 후 사업을 다시 개시하여폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우 또는 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한경우에는 창업으로 보지 아니한다고 되어 있다.
위 관계 법령 및 법리, 인정사실 등의 내용에 비추어 청구인이 창업중소기업으로서 구 ｢지방세특례제한법｣ 제58조의3 제1항 등에 따라 이 사건 창고에 대한 취득세를 경감받을 수 있는지 여부를 살펴보면,
① 처분청은 소유자인 청구인이이 사건 창고를 ‘직접 사용’하지 않고 이 사건 임차인에게 임대하였다는 이유로 이 사건 거부처분을 하였으나, 청구인이 임대창고 방식으로 이 사건 창고를 운영하더라도 청구인이 직접 이 사건 창고를 이용한 창고업을 영위하고 있다고 보는것이 합리적인 점,
② 청구인은 구 ｢지방세특례제한법｣ 제58조의3 제6항에서 규정한폐업 후 같은 종류의 사업을 개시하는 등 창업의 범위에서 제외하는 경우에해당하지 않고, 창업일(2018. 5. 4.) 당시의 목적사업인 물류창고운영업 및 물류창고임대업 등을 영위하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하였으므로 구 ｢지방세특례제한법｣ 제58조의3 제4항 제9호 등에 따른 ‘보관 및 창고업’의 물류산업을 영위하는창업중소기업에 해당하는 것으로 보아야 하는 점,
③ 청구인이 이 사건 임차인과체결한 창고임대차계약에서 정한 화물보관 방식에 따라 이 사건 창고를 이용한 창고업을 직접 운영하면서 수익을 실현하고 있는 이상 이 사건 창고 임대차계약을단순한 부동산 임대차계약으로 볼 수는 없으며 이 사건 창고는 청구인이 영위하는창고업에 직접 사용되고 있다고 보는 것이 합리적인 점,
④ 창업중소기업에 대한 감면 취지는 새로운 사업을 최초 개시함으로써 원시적인 사업 창출의 효과가 있는경우에만 감면혜택을 주려는 데 있는바11), 청구인이 목적사업인 물류창고운영업 및 물류창고임대업 등을 창업한 이후의 매출액(월 임대료 215,205,000원) 및 고용 현황(관리직원 4명) 등을 비추어 볼 때 이 사건 창고 취득으로 인한 원시적 사업 창출의 효과가 있는 점 등을 종합적으로 고려할 때 처분청이 이 사건 거부처분을한 것은 법리를 오해한 잘못이 있다.
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7) 구 ｢지방세특례제한법 시행령｣(2021. 1. 5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것)제29조의2 제7항에 따르면, 법 제58조의3 제4항 제9호에 규정된 “대통령령으로 정하는 물류산업”이란 구 ｢조세특례제한법 시행령｣(2020. 2. 18. 대통령령 제30423호로 개정되기 전의 것) 제5조 제7항 각 호에 열거된 물류산업을 의미하는데, 해당 조항은 제3호로“보관 및 창고업”을 규정하고 있다.
8) 대법원 2016. 7. 29. 선고 2016두37232 판결(제2심: 서울고등법원 2016. 4. 6. 선고 2015누53987 판결) 참조
9) ｢물류정책기본법｣ 제2조 제1항 제2호 나목에 따르면 물류사업에는 물류터미널이나 창고 등의 물류시설을 운영하는물류시설운영업이 포함되고, 같은 법 제2조 제2항 및 같은 법 시행령 제3조 관련 [별표 1] “물류사업의 범위”에따르면 물류시설운영업에는 일반창고업, 냉장 및 냉동 창고업 등의 ‘창고업’ 포함됨.
10) 대법원 2018. 10. 4. 자 2018두46643 심리불속행 상고 기각 판결(제2심: 서울고등법원 2018. 5. 16. 선고 2017누68488 판결) 참조
11) 대법원 2014. 3. 27. 선고 2011두11549 판결 참조
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5. 결론
그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 ｢감사원법｣ 제46조 제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.
[별지]
관계 법령 등
□ ｢지방세기본법｣
○ 제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.
1. 취득세: 과세물건을 취득하는 때
2.～12. (생략)
②～③ (생략)
□ ｢지방세법 시행령｣
○ 제20조(취득의 시기 등) ①～⑤ (생략)
⑥ 건축물을 건축 또는 개수하여 취득하는 경우에는 사용승인서(｢도시개발법｣ 제51조 제1항에 따른 준공검사 증명서, ｢도시 및 주거환경정비법 시행령｣ 제74조에따른 준공인가증 및 그 밖에 건축 관계 법령에 따른 사용승인서에 준하는 서류를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)를 내주는 날(사용승인서를 내주기 전에 임시사용승인을 받은 경우에는 그 임시사용승인일을 말하고, 사용승인서 또는 임시사용승인서를 받을 수 없는 건축물의 경우에는 사실상 사용이 가능한 날을 말한다)과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다.
⑦～⑭ (생략)
□ 구 ｢지방세특례제한법｣(2021. 1. 5. 법률 제17883호로 개정되기 전의 것)
○ 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1.～7. (생략)
8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.
9.～14. (생략)
② (생략)
○ 제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 2023년 12월 31일까지 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 “창업일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.
1. 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다.
2. (생략)
②～③ (생략)
④ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는중소기업으로 한정한다. 이 경우 제1호부터 제8호까지의 규정에 따른 업종은 ｢통계법｣ 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 업종으로 한다.
1. 광업
2. 제조업
3. 건설업
4. 정보통신업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 업종을 제외한다.
가.~다. (생략)
5. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 전문, 과학 및 기술 서비스업(대통령령으로 정하는 엔지니어링사업을 포함한다)
가.~마. (생략)
6. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업시설 관리, 사업지원 및 임대서비스업
가.~마. (생략)
7. 창작 및 예술관련 서비스업(자영예술가는 제외한다)
8. 수도, 하수 및 폐기물 처리, 원료 재생업
9. 대통령령으로 정하는 물류산업
10.～12. (생략)
⑤ (생략)
⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.
1. 합병 · 분할 · 현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의사업을 하는 경우, 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 ｢부가가치세법｣ 제5조 제2항에 따른 사업개시 당시 토지 · 건물 및 기계장치 등대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의50 미만으로 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우는 제외한다.
2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우
4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로개시하는 것으로 보기 곤란한 경우
⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항 제1호 및 제2항 제1 호에 따라 경감된 취득세를 추징한다. 다만, ｢조세특례제한법｣ 제31조 제1항에 따른 통합을 하는 경우와 같은 법 제32조 제1항에 따른 법인전환을 하는 경우는 제외한다.
1. 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 사용하지 아니하는 경우
2. (생략)
3. 최초 사용일부터 계속하여 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하거나 매각 · 증여하는 경우
⑧～⑨ (생략)
□ 구 ｢지방세특례제한법 시행령｣(2021. 1. 5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것)
○ 제29조의2(창업중소기업 등의 범위) ① 법 제58조의3 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 “대통령령으로 정하는 날”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날을 말한다.
1. 법인이 창업하는 경우: 설립등기일
2. (생략)
②～⑥ (생략)
⑦ 법 제58조의3 제4항 제9호에서 “대통령령으로 정하는 물류산업”이란 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제5조 제7항에 따른 물류산업을 말한다.
⑧～⑪ (생략)
□ 구 ｢조세특례제한법 시행령｣(2020. 2. 18. 대통령령 제30423호로 개정되기 전의 것)
○ 제5조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ①～⑥ (생략)
⑦ 법 제6조 제3항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 물류산업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 업종(이하 “물류산업”이라 한다)을 말한다.
1.~2. (생략)
3. 보관 및 창고업
(이하 생략)
□ ｢물류정책기본법｣
○ 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. “물류(物流)"란 재화가 공급자로부터 조달 · 생산되어 수요자에게전달되거나 소비자로부터 회수되어 폐기될 때까지 이루어지는 운송 · 보관· 하역(荷役) 등과 이에 부가되어 가치를 창출하는 가공 · 조립 · 분류· 수리 · 포장 · 상표부착 · 판매 · 정보통신 등을 말한다.
2. “물류사업"이란 화주(貨主)의 수요에 따라 유상(有償)으로 물류활동을영위하는 것을 업(業)으로 하는 것으로 다음 각 목의 사업을 말한다.
가. 자동차 · 철도차량 · 선박 · 항공기 또는 파이프라인 등의 운송수단을통하여 화물을 운송하는 화물운송업
나. 물류터미널이나 창고 등의 물류시설을 운영하는 물류시설운영업다. 화물운송의 주선(周旋), 물류장비의 임대, 물류정보의 처리 또는물류컨설팅 등의 업무를 하는 물류서비스업
라. 가목부터 다목까지의 물류사업을 종합적 · 복합적으로 영위하는 종합 물류서비스업
3. (생략)
4. “물류시설”이란 물류에 필요한 다음 각 목의 시설을 말한다.
가. 화물의 운송 · 보관 · 하역을 위한 시설
나. 화물의 운송 · 보관 · 하역 등에 부가되는 가공 · 조립 · 분류 · 수리· 포장 · 상표부착 · 판매 · 정보통신 등을 위한 시설
다. 물류의 공동화 · 자동화 및 정보화를 위한 시설
라. 가목부터 다목까지의 시설이 모여 있는 물류터미널 및 물류단지5.～14. (생략)
② 제1항 제2호에 따른 각 물류사업의 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.
□ ｢물류정책기본법 시행령｣
○ 제3조(물류사업의 범위) 법 제2조 제2항에 따른 물류사업의 범위는 [별표 1]과 같다.