2025년 1월 2월 행정안전부 해석사례

지방세 관련 행정안전부 해석사례 요약

'25.1.1∼2.28까지 행정안전부 주요 해석사례임

 

수탁자 취득 건축물을 위탁자가 운영‧사용시 '직접 사용' 해당 여부 회신

지방세특례제도과-101, 2025. 1. 10.

< 질의 요지 >

수탁자(관리형 토지신탁)가 산업단지 내 신축·취득한 건축물에 위탁자가 입주(물류센터 운영)하여 사용하는 경우, 위탁자를 부동산의 '소유자'로 보아 '직접 사용' 규정을 적용할 수 있는지 여부

 

< 회신 내용 >

가.「지방세특례제한법」제78조제4항에서 사업시행자 외의 자가 산업단지 등 지역에서 취득하는 부동산(신축하여 취득하는 산업용 건축물등)에 대해서는 지방세를 경감하도록 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서 취득일부터 3년이 경과할 때까지 직접 사용하지 아니하거나, 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각?증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 감면 세액을 추징하도록 규정하고 있으며,

- 같은 법 제2조제1항제8호에서 "직접 사용"이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 의미한다고 규정하고 있습니다.

 

나. 위 감면 규정과 추징 규정을 유기적으로 살펴보면, 산업단지 등 지역에서 취득하는 산업용 건축물 등에 대해 취득세 감면을 적용받기 위해서는 부동산 소유자가 해당 부동산을 '직접 사용'하여야 할 것입니다(같은 취지의 행정안전부 지방세특례제도과-2816, 2022.12.13. 해석 참조).

 

다. 한편, '22년 1월 1일부터 「지방세특례제한법」제2조제1항제8호에 따른 '직접 사용' 규정 적용시 소유자의 범위에 「신탁법」제2조에 따른 수탁자를 포함(신탁등기를 하는 경우만 해당)하도록 개정되었는 바('21.12.28. 법률 제18656호로 개정),

- 해당 개정의 입법 취지는 「지방세법」의 개정으로 신탁재산의 재산세 납세의무자(소유자)가 종전 수탁자에서 위탁자로 변경됨에 따라, 재산세 납세의무자(소유자)인 위탁자 뿐만 아니라 수탁자가 그 재산을 사용하는 경우도 '직접 사용'에 해당하도록 범위를 확대하고자 한 것('22년 시행 지방세특례제한법 개정 내용 적용요령 참조)입니다.

 

라. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 이를 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 참조)하는 것이므로,

- 「지방세특례제한법」제2조제1항제8호에서 직접 사용의 정의를 규정하면서 소유자의 범위에 '수탁자를 포함'한다고 규정하고 있을 뿐 위탁자를 포함한다고 규정하지 않은 이상, 취득자(소유자)가 수탁자인 경우로서 위탁자가 사용하는 경우를 직접 사용에 해당한다고 볼 수는 없습니다.

 

라. 다만, 이에 해당하는지 여부에 대해서는 과세권자가 제반 사실관계를 면밀히 검토하여 결정할 사안입니다. 끝.

 

사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우 해당 여부 질의 회신 지방세특례제도과-249(2025. 1. 23.)

 

<질의 요지>

○ 종전 건축물의 철거 지연이 지방세특례제한법 제73조제1항에서 규정하고 있는 사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에 해당하는지 여부

<회신내용>

 

○ 「지방세특례제한법」제73조제1항에서 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」등 관계 법령에 따라 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산등이 매수, 수용 또는 철거된 자가 계약일 또는 해당 사업인정 고시일 이후에 대체취득할 부동산등에 관한 계약을 체결하거나 건축허가를 받고, 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날)부터 1년 이내에 종전의 부동산등을 대체할 부동산등을 취득하였을 때(건축 중인 주택을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 면제한다고 규정하고 있는 바,

- 취득세가 면제되는 대체취득 유예기간(1년 이내)의 기산일은 원칙적으로 보상금을 마지막으로 받은 날이 될 것이나 예외적으로 사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 대체취득이 가능한 날이 그 기산일이 되는 것입니다.

 

○ 위 규정에서 종전 부동산등을 대체할 부동산등의 취득 방법에 대해서는 승계취득에 한정하는 등의 제한이 없으므로 도로개설사업에 따라 종전건축물이 위치한 토지의 일부 면적이 사업인정을 받은 자에게 매수가 되면서 불가피하게 매수된 토지 위해 걸쳐 있던 종전건축물도 지장물로서 손실보상을 마친 상황에서, 사업시행자인정을 받은 자에게 부동산등이 매수된 자는 여러 대체 취득 방안 중 잔여 토지 위에 새로운 건축물을 신축하는 방법을 선택할 수 있는 것이고,

- 이 경우 종전건축물이 철거되어야 건축에 착공할 수 있으므로, 종전건축물의 철거가 지연된 사유가 사업인정을 받은 자에게 있는지 여부를 살펴볼 필요가 있습니다.

 

○ 다만, 이 건의 경우 종전건축물의 철거가 지연된 사유가 사업인정을 받은 자에게 있는지 여부에 대해서는

- 사업인정을 받은 자가 매수한 종전건축물에 대해서 철거할 의무가 있는지, 종전건축물을 바로 철거할 수 있었음에도 사업인정을 받은 자에게 종전건축물이 매수된 자가 철거 지연을 요청하여 이에 따른 것인지, 사업인정을 받은 자가 이 건 종전건축물만 우선적으로 철거할 수 있었는지 여부 등 종전건축물의 철거가 지연된 경위 등 사실관계를 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 사안입니다. 끝.

 

기회발전특구로 이전하는 기업에 대한 취득세 감면 적용 여부 질의 회신

지방세특례제도과-357, 2025. 2. 5.

 

<질의 요지>

○ 수도권의 본점과 공장을 기회발전특구로 이전하기 위해 기회발전특구 내의 기존공장 인접 필지에 건축물을 신축한 경우, 해당 건축물이‘사업을 시작하기 이전에 취득’한 부동산에 해당하는지 여부

 

<회신내용>

 

○「지방세특례제한법」(이하에서‘법’이라 함) 제80조의2에서는 기회발전특구 내의 창업, 수도권 외의 기회발전특구로의 이전, 기회발전특구 내 공장 신·증설에 대해 구분하고 감면율을 달리 정하고 있습니다.

 

○ 수도권 외의 기회발전특구로 본점 및 공장을 이전하는 기업(이하에서‘이전 기업’이라 함)이 취득하는 부동산의 감면 요건을 살펴보면,

 

- 법 제80조의2 제2항에서는 수도권(인구감소지역 또는 접경지역 제외, 이하 같음)에서 본점을 설치하거나 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 기업이 해당 본점 또는 공장을 폐쇄하고 수도권 외의 기회발전특구로 이전하도록 규정하면서,

 

- 법 시행규칙 제8조의2에서는 기회발전특구로 이전하기 위하여 취득한 부동산은 해당 기회발전특구로 이전하기 위하여 취득한 본점용 부동산 또는 공장으로서 사업을 시작하기 이전에 취득한 부동산이어야 하고,

 

- 수도권 내의 본점 및 공장은 기회발전특구로 이전 전에 6개월(임차는 2년) 이상 사업(조업) 실적이 있어야 하며,

 

- 종전 본점 및 공장시설은 기회발전특구에서 그 사업을 시작한 날부터 6개월(시운전 기간은 제외) 이내에 완전히 철거하거나 폐쇄하도록 규정하고 있습니다.

○ 기회발전특구 부동산에 대한 감면은 수도권 집중 완화(기존 사업장 폐업)와 지역균형발전을 도모하기 위해 기회발전특구에서의 창업, 기업 이전 및 공장 신·증설을 폭 넓게 지원하고자 하는 취지로서,

- 법인·공장의 지방 이전 감면(법 제79조, 제80조)과 달리 수도권에서 운영하던 본점 및 공장을 수도권 외의 기회발전특구로 이전하여 사업을 시작하는 경우 뿐만 아니라, 기회발전특구로 본점 및 공장을 이전하여 사업을 시작한 이후라도 공장을 신·증설할 경우 감면대상으로 포함하도록 규정하고 있습니다.

 

○ 법 시행규칙 제8조의2 제1항 또는 제3항에서‘사업을 시작하기 이전에 취득한 부동산'이라 함은 수도권에서 본점을 설치하거나 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 기업이 수도권 외의 기회발전특구로 본점 및 공장을 이전하여 사업을 시작하기 전에 본점 또는 공장으로 사용하기 위해 취득한 부동산을 의미하며,

 

- 사업 시작의 시점을 이전 기업의 법인 설립 시점, 해당 부동산과 관계 없는 기회발전특구에서의 사업 운영 시점 등을 의미하는 것은 아니라 할 것입니다.

 

- 법 시행규칙 제8조의2 제1항 또는 제3항에서 감면대상이 되는 부동산의 범위를 '사업을 시작하기 이전'에 취득한 부동산으로 한정한 취지는 수도권에서 수도권 외의 기회발전특구로 기업 이전을 하기 위한 부동산 취득에 대해 창업기업에 준하는 감면 혜택을 부여하고자 한 것으로, 기업 이전 이후의 취득(공장 신·증설)과는 차등 지원하기 위함입니다.

 

○ 결론적으로, 수도권 내의 본점과 공장을 수도권 외의 기회발전특구로 이전하기 위해 기회발전특구 내의 기존 공장 인접 필지에 건축물을 신축한 경우 법 제80조의2 제2항에 따른 감면 해당 여부를 판단할 때,

 

- 이전 기업의 법인 설립 시점, 해당 기회발전특구에서 기존 공장의 운영 여부는 감면 요건 판단 시 고려 사항이 아니며, 해당 부동산의 취득 경위, 수도권 내의 본점과 공장의 사업(조업) 실적 요건 충족 여부, 공장의 범위 업종·규모의 적합 여부 등을 기준으로 판단하여야 할 것이고,

 

- 종전 본점 및 공장의 철거·폐쇄 여부, 본점·공장의 수도권 재설치 여부, 직접사용 기간 등은 사후관리를 통하여 추징 여부를 판단하여야 할 것입니다. 끝.

 

장학법인이 기숙사 관리운영을 위탁한 경우 직접사용한 것에 해당하는지에 대한 질의 회신 지방세특례제도과-431, 2025. 2. 12

 

<질의 요지>

○ (질의1) 장학법인이 기숙사 관리·운영과 건물관리 업무 등을 위탁한 경우, 장학법인이 해당 기숙사를 장학사업에 '직접 사용'한 것으로 볼 수 있는지 여부

 

○ (질의2) 장학법인이 쟁점부동산을 유예기간(1년) 내에 장학사업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는 지 여부

 

<회신내용>

 

(질의1) 장학법인이 기숙사 업무를 위탁한 경우, '직접 사용' 해당 여부

 

○ 지방세특례제한법? 제45조제2항에서는 장학법인이 장학사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세 및 재산세를 각각 면제하도록 규정하고 있고,

 

- 같은 법(2021. 10. 21. 법률 제18075호로 개정되기 전의 것) 제2조제1항제8호에서 “직접 사용”을 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것으로 규정되었던 것을,

 

- 지방세특례제한법? 제2제1항제8호 개정을 통해 소유자의 범위를「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하였고, 임대(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 제외)를 "직접 사용"의 범위에서 제외토록 명확화하였습니다.

 

○ 질의에서와 같이 기숙사의 운영, 건물의 시설관리 등의 업무를 위탁하여 운영하는 경우, ㅇㅇ장학재단(이하 '쟁점장학법인'이라 한다)이 쟁점부동산을 장학사업(무료 기숙사 운영)에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는지 살펴보면,

 

- 쟁점장학법인이 기숙사 운영업무(A법인) 및 건물 관리업무(B법인) 위탁을 위해 각각 체결한 계약은 민법 제680조에 따른 위임계약의 일종으로, 당사자 일방이 상대방에 대하여 사무의 처리를 위탁하고 상대방이 이를 승낙함으로써 그 효력이 발생하는 것으로, 양 당사자의 합의 내용에 따라 위탁의 내용이나 범위가 달라진다고 할 것입니다.

 

- 따라서, 쟁점장학법인이 체결한 위탁계약서의 구체적인 내용에 비추어 직접 사용 여부(부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는지)를 판단하여야 할 것입니다.

 

○ 쟁점장학법인이 체결한 위탁운영 실시협약서에 따르면, 쟁점장학법인은 기숙사 시설물 일체와 기숙사 관리·운영에 소요되는 전반 비용을 제공하면서 매 사업연도 운영비 산정 및 정산, 기숙사 운영위원회 위원 추천, 기숙사 운영계획 수립, 기숙사생 선발 등 쟁점부동산의 운영 전반에 관여하고 있는 점, 쟁점부동산의 시설을 제3자에게 위탁하거나 부대시설을 설치하려는 경우 쟁점장학법인의 사전 동의가 있어야 하는 점, 쟁점장학법인이 매 사업연도 말 운영결과를 보고받는 점 등 쟁점장학법인은 쟁점부동산의 효율적 관리운영을 위해 일부 운영업무를 A법인과 B법인에게 각각 위탁한 것에 불과하므로 쟁점부동산은 쟁점장학법인이 장학사업에 직접 사용하는 부동산에 해당한다고 보여집니다.

 

○ 다만, 최종 판단은 위탁계약의 구체적 내용과 그 이행 여부, 실제적 운영실태 등의 사실관계를 바탕으로 과세관청이 판단하여야 할 것입니다.

 

(질의2) 쟁점장학법인이 쟁점부동산을 유예기간(1년) 내에 장학사업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는 지 여부

 

○ 지방세특례제한법? 제45조 제3항에서는 “정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우”에 해당하는 경우 감면세액을 추징하도록 규정하고 있습니다.

○ "정당한 사유"의 유무를 판단할 때에는 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않은 입법 취지를 충분히 고려하면서, 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 대해 개별적으로 판단(대법 2017두42293, 2017.8.18. 선고)하여야 할 것입니다.

 

○ 쟁점장학법인은 쟁점부동산의 취득일로부터 1년이 경과하기 이전에 쟁점부동산(당초 용도: 관광호텔, 휴게음식점)을 기숙사로 사용하기 위해 내부공사를 완료한 후 건축법에 따른 용도변경 사용승인 받고, 기숙사생 모집 공고를 진행하는 등 쟁점부동산을 장학사업에 사용하기 위한 일련의 절차를 진행한 점을 고려할 때,

 

- 취득일로부터 1년이 경과한 시점에 기숙사생이 입소하지 않았다는 이유만으로 정당한 사유 없이 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우라 단정할 수 없다 할 것이나,

 

- 이는 과세관청이 "정당한 사유" 해당 여부를 사실관계 확인을 통해 판단하여야 할 것입니다. 끝

 

 

도시개발사업의 사업시행자가 취득하는 체비지의 최소납부 적용 여부에 대한 질의 회신 지방세특례제도과-452, 2025. 2. 14.

 

<질의 요지>

○ 도시개발사업의 사업시행자가 체비지를 최소납부 적용(2020.1.1.)이전에 제3자에게 양도함으로써 그 이전에 양수인 명의로 체비지대장에 등재되거나 잔금이 완납된 것으로 확인 될 경우 그 체비지에 대해서 최소납부 적용을 배제하고 취득세를 면제할 수 있는지 여부

 

<회신내용>

 

○「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것) 제74조제1항에서 도시개발사업의 사업시행자가 해당 도시개발사업의 시행으로 취득하는 체비지 또는 보류지에 대해서 취득세의 100분의 75를 경감하도록 규정하고 있고, 같은 법 부칙 제17조에서 2020.1.1. 전에 실시계획 인가를 받은 사업의 시행으로 2020.1.1. 이후 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면은 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따라 취득세를 면제하도록 규정하고 있으며

 

- 「지방세특례제한법」(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것) 제177조의2제1항제2호에서 최소납부 배제 대상에서 제74조를 제외하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 부칙 제5조제3호에서 제177조의2의 개정규정 중 제74조제1항은 2020.1.1.부터 적용하도록 규정하고 있습니다.

 

○ 「지방세법」제6조제1호에서 “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다), 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다고 규정하고 있습니다.

 

- 여기서 말하는 취득은 소유권을 취득하는 것을 말하는 것으로 매매계약 등과 같은 법률행위 또는 공유수면 매립지에 대한 취득(「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」제46조) 등과 같은 법률의 규정에 의한 취득으로 구분할 수 있는데, 도시개발사업 시행자의 체비지의 취득은 「도시개발법」제42조제5항에 의한 취득으로 법률의 규정에 의한 취득에 해당합니다.

 

○ 취득물건의 취득유형별 취득의 시기에 대해서는 「지방세법」 제10조의7 및 같은 법 시행령 제20조에서 규정하고 있으므로, 유상승계취득의 경우와 같이 사실상의 잔금지급일에 취득한 것으로 보는 등 지방세법령에서 구체적으로 정하고 있는 경우에는 그 시기를 따라야 하는 것입니다.

 

○ 도시개발사업 시행자의 체비지 취득의 경우 지방세법령에서 구체적인 시기를 정하고 있지 아니하나,「도시개발법」제42조제5항에서 체비지는 시행자가 환지처분이 공고된 날의 다음날에 해당 소유권을 취득한다고 규정함으로써 법률의 규정에 따른 취득임과 함께 취득의 시기를 정하고 있고,

- 도시개발사업과 유사한 재건축사업에 있어서 재건축조합이 재건축사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지의 취득시점을 「도시 및 주거환경정비법」 제86조제2항에 따른 소유권이전 고시일의 다음 날로 보고있으므로(「지방세법 시행령」제20조7항), 도시개발사업 시행자의 체비지의 취득시기도 환지처분이 공고된 다음날로 보는 것이 타당하다고 할 것입니다.

 

○ 따라서 이 건 체비지의 경우 환지처분이 공고된 날의 다음날(2021.6.26.)에 도시개발사업 시행자가 체비지를 취득한 것이므로 「지방세특례제한법」(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것) 제177조의2 및 같은 법 부칙 제5조제3호의 규정에 따라 취득세 면제(최소납부 적용) 대상으로 판단됩니다

 

「지방세특례제한법」 제21조에 제1항에 따른 청소년단체에 해당하는지 여부 지방세특례제도과-502, 2025. 2. 19.

 

< 질의 요지 >

○ 재단법인이 정관에 목적사업으로 청소년 자립 지원 등을 규정하고, 광역자치단체의 장으로부터 설립허가를 받은 후 청소년 지원 활동을 수행하는 경우, 이를 「지방세특례제한법」제21조 제1항에 따른 청소년단체로 보아 취득세 감면대상으로 볼 수 있는지 여부

 

< 회신 내용 >

 

○ 「지방세특례제한법」제21조 제1항에서 다음 각 호의 법인 또는 단체가 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2026년 12월 31일까지 경감하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 2026년 12월 31일까지 면제하도록 규정하며,

 

제1호에서 「스카우트활동 육성에 관한 법률」에 따른 스카우트주관단체, 제2호에서 「한국청소년연맹 육성에 관한 법률」에 따른 한국청소년연맹, 제3호에서 「한국해양소년단연맹 육성에 관한 법률」에 따른 한국해양소년단연맹, 제4호에서 제1호부터 제3호까지의 단체 등과 유사한 청소년단체로서 대통령령으로 정하는 단체로 규정하고 있습니다

 

그리고, 「지방세특례제한법 시행령」제9조에서 법 제21조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 단체”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 청소년단체를 말한다고 규정하며, 제1호에서 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 「민법」 외의 법률에 따라 설립되거나 그 적용을 받는 청소년단체로 규정하고 있습니다.

 

○ 청소년○○○○재단(이하에서 “쟁점 재단”이라 한다.)이 감면대상인 청소년단체에 해당하는지 여부를 살펴보면 다음과 같습니다.

 

- 우선 공익법인 설립허가증을 살펴보면, 쟁점 재단이 「여성가족부 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」제4조 및「행정권한의 위임 및 위탁에 관한 규정」 제40조에 따라 ○○시로부터 법인 설립을 허가받은 비영리법인이라는 사실을 확인할 수 있는 바, 쟁점 재단은 정부로부터 허가 또는 인가는 받은 단체에 해당한다고 볼 수 있다고 할 것입니다.

 

- 둘째로, 「청소년기본법」제3조 제8호에서 “청소년단체”란 청소년육성을 주된 목적으로 설립된 법인이나 대통령령으로 정하는 단체를 말한다고 규정하며, 「청소년기본법 시행령」제2조에서 「청소년기본법」제3조 제8호에서 “대통령령으로 정하는 단체”란 법 제3조제3호부터 제5호까지의 규정에 따른 청소년활동, 청소년복지 또는 청소년보호를 주요 사업으로 하는 단체로서 여성가족부장관이 인정하는 단체를 말한다고 규정하고 있습니다. 또한,「청소년단체의 정의」관련 여가부 고시를 살펴보면, ① 정관의 설립목적 또는 목적사업에 청소년활동, 청소년복지, 청소년보호를 주요사업으로 하고 청소년관련 활동실적이 있는 비영리 법인이나 ② 청소년활동, 청소년복지, 청소년보호를 주요사업으로 하는 단체로서 비영리민간단체지원법에 따라 등록된 단체를 여성가족부장관이 인정하는 청소년단체로 본다고 규정하고 있음을 확인할 수 있습니다. 쟁점 재단은 법인 정관에서 목적사업을 국가보호 종료 청소년의 자립지원을 위한 사업, 청소년 생명존중 및 정신건강증진에 관한 사업, 장애인 청소년의 자립지원을 위한 사업 등으로 정하고 있으며, 쟁점 재단의 연차보고서에서 목적사업을 실제로 영위하고 있다는 것을 확인할 수 있으므로 쟁점 재단은「청소년기본법」에 따른 청소년단체에 해당한다고 할 것입니다.

 

○ 따라서, 쟁점 재단은 「지방세특례제한법」제21조 제1항에 따른 감면대상인 청소년단체에 해당한다고 할 것이나, 이에 해당하는지 여부는 구체적인 사실관계 등을 토대로 자치단체에서 최종 판단하여야 할 사안입니다.

 

주택 재개발 정비구역 내 교회 부지의 재산세 감면 여부에 대한 질의 회신

지방세특례제도과-335(2025.2.4.)

 

<질의 요지>

① 재개발 정비구역 사업 진행으로 기존 교회가 철거되고 새로운 교회 이전 예정지(대토부지)에 교회를 건축 중인 경우 기존 교회 부지(공동주택 신축 중)에 대해 재산세 면제(종교단체 직접사용)가 가능한지 여부

② 교회 소유가 아닌 새로운 교회 이전 예정지(대토부지)에 교회가 사용승낙을 받아 교회를 건축 중인 경우 대토부지에 대해 재산세 면제(종교단체 직접사용)가 가능한 지 여부

 

<회신내용>

 

○「지방세특례제한법」제50조에서는 제1항에서 '종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다.’라고 규정하면서, 제2항에서 ‘제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세 및 지방세법에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다’라고 규정하고 있고,

 

- 지방세특례제한법 시행령 제25조 제1항에서는‘해당 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우의 건축 예정 건축물의 부속토지’를 직접 사용하는 부동산에 포함하도록 규정하고 있습니다.

 

○ 질의1의 경우, 재건축정비사업의 시행에 따라 지상의 종교시설(교회건물)이 철거되었고 해당 토지에는 과세기준일인 현재 공동주택 신축공사가 진행되고 있어 소유자인 종교단체가 종교사업에 직접 사용하지 못하고 있고,

- 해당 토지가「지방세특례제한법 시행령」제25조에서 정하는 해당 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우의 건축 예정 건축물의 부속토지에 해당하지 않으므로 재산세 면제를 적용할 수 없다고 할 것입니다.

 

○ 질의2와 관련하여,「지방세특례제한법」 제50조 감면 규정은 종교단체 또는 향교의 ‘직접 사용’에 ‘종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당사업에 사용하는 경우를 포함한다.’고 규정하고 있는 바,

- 재개발사업 진행으로 교회를 사용할 수 없는 종교단체가 재개발조합과 손실보상비 협의를 통하여 기존 교회 부지에 대한 보상으로 대토부지를 받기로 하고, 조합으로부터 토지사용승낙을 받아 해당 부지에 새로 이전할 교회를 건축하는 것은 종교단체가 제3자 소유의 부동산을 무상으로 해당사업에 사용하는 경우로 볼 수 없으므로 재개발 조합원 소유인 해당 토지를 종교단체가 직접사용하는 것으로 보아 재산세 면제를 적용할 수 없는 것으로 판단됩니다.

 

○ 다만, 이에 해당하는지 여부에 대해서는 과세권자가 제반 사실관계를 면밀히 검토하여 결정할 사안입니다