2023년 3월 조세심판원 결정사례

지방세 관련 조세심판원 결정 주요내용 요약

◆ '23.3.1∼3.31까지 지방세관련 조세심판원 주요 결정 사례

 

1. 조심2019지3805(20230303) 취득세경정 / ① 일반분양분 504세대가 체비지에 해당하여 취득세가 감면되어야 하는지 여부, ② 쟁점부동산이 체비지에 해당하여 취득세가 감면되어야 하는지 여부, ③ 서해종합건설의 쟁점부동산 취득가격을 청구법인들의 법인장부상의 가액으로 인정할 수 있는지 여부 및 ④ 쟁점이자비용이 이 건 토지의 취득을 위한 특정차입금에 해당하여 취득세 과세표준에 포함되어야 하는지 여부

 

[결정요지]

①ㆍ② 처분청은 2013.11.13. 도시환경정비사업 관리처분계획인가 고시를 하면서 일반분양분 504세대와 쟁점부동산을 분양 또는 보류지의 규모 등 분양계획에 포함시켰고, 실제 일반분양분 504세대는 분양절차에 따라 토지소유자인 조합원 외 일반에게 분양된 것으로 확인되어 「도시개발법」상 사업시행자인 청구법인이 취득한 체비지에 해당한다고 할 것인바, 일반분양분 504세대의 경우 지특법 제74조 제1항에 따라 취득세가 면제되는 것이 타당하다고 판단됨.

③ 매매계약서와 서해종합건설의 거래처원장 등에 의하여 확인되는 000000조합과 000종합건설 사이의 쟁점부동산의 매각대금은 「지방세법」제10조 제5항에서 규정한 사실상의 취득가격에 해당한다고 보아 이를 취득세 과세표준으로 하는 것은 타당하다고 판단됨.

④ 처분청이 00000조합이 차입한 00,000,000,000원 중 이 건 토지의 잔금으로 지급한 00000원에 대하여 PF차입금 대출을 위한 표준사업약정서 제15조 제1항에 따른 이율을 적용하여 차입한 날(2014.6.9.)부터 그 잔금을 지급한 날(2014.9.16.)까지의 이자상당액 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨.

 

 

2. 조심2023지0098(20230303) 취득세취소 /쟁점노인복지시설의 설치자와 그 시설의 장이 다르다는 이유로 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

 

[결정요지]

이 건 노인복지시설의 설치·운영자인 청구인은 이 건 부동산의 소유자의 지위에서 이 건 부동산을 무료노인복지시설의 용도에 직접 사용하고 있다고 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 정당한 사유 없이 이 건 부동산의 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다고 보아 청구인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

 

3. 조심2023지0108(20230303) 취득세취소 /쟁점노인복지시설의 설치자와 그 시설의 장이 다르다는 이유로 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

 

[결정요지]

이 건 노인복지시설의 설치·운영자인 청구인은 이 건 부동산의 소유자의 지위에서 이 건 부동산을 무료노인복지시설의 용도에 직접 사용하고 있다고 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 정당한 사유 없이 이 건 부동산의 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다고 보아 청구인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

 

4. 조심2022지1301(20230306) 취득세경정 /① 종전주택이 아닌 신규주택을 처분한 청구인에 대하여 일시적 2주택 적용이 가능한지 여부 ② 가산세를 감면할 정당한 사유가 존재하는지 여부

 

[결정요지]

① 청구인은 2020.11.20. 쟁점주택을 취득할 당시에 쟁점주택 외에 종전주택을 이미 소유하고 있었고, 쟁점주택 취득일부터 1년 이내에 종전주택이 아닌 쟁점주택을 매각한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 청구인을 일시적 2주택자로 보기 어렵다고 판단됨.

② 청구인은 모친과 자신에게 갑자기 발생한 질병 및 그 치료를 위해 모친이 거주하던 종전주택에서 같이 생활할 수밖에 없었고, 이에 따라 당초 계획과 달리 종전주택이 아닌 쟁점주택을 처분할 수밖에 없었던 점 등에 비추어 청구인에게는「지방세기본법」제57조 제1항 소정의 ‘정당한 사유’가 있다고 봄이 타당하므로, 처분청이 가산세에 대한 경정청구까지 거부한 것은 잘못이 있다고 판단됨.

 

5. 조심2021지0864(20230313) 재산세경정 /산업단지개발사업의 이 건 사업시행자가 도시개발사업 시행자로 의제되므로 쟁점토지는 재산세 분리과세대상이라는 청구주장의 당부

 

[결정요지]

인허가와 관련하여 이 건 산업단지 조성사업이 정상적으로 추진되고 있고, 달리 동 사업을 불법사업으로 볼 만한 아무런 사정도 확인되지 않는 점 등에 비추어, 적어도 재산세 분리과세대상인지 여부에 관한 세법의 해석에 관한 이 건에 있어서는, 쟁점의제규정에 따라, 쟁점토지가 도시개발 사업시행자로 의제된 산업단지조성 사업자(위탁자)가 부동산신탁사인 청구법인에게 산업단지 조성을 위해 제공한 토지에 해당함을 전제로, 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호를 적용하여 재산세 분리과세대상으로 구분하는 것이 타당하다 할 것임.

 

(가)「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호에서 「도시개발법」 제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)를 재산세 분리과세대상으로 규정하고 있다.

 

 

 

「산업입지 및 개발에 관한 법률」(2011.8.4. 법률 제11020호로 개정되기 전의 것) 제21조 제1항에서 산업단지지정권자(실시계획승인권자)가 제17조 내지 제19조에 따른 실시계획의 승인을 함에 있어서 다음 각 호의 허가ㆍ결정ㆍ인가ㆍ면허ㆍ협의ㆍ동의ㆍ승인ㆍ해제 또는 처분등(“인ㆍ허가등”)에 관하여 제2항에 따라 미리 관계 행정기관의 장과 협의하거나 승인을 얻은 사항에 대하여는 해당 인ㆍ허가등을 받은 것으로 본다고 규정하면서, 그 제1호에서 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제30조의 규정에 의한 도시관리계획의 결정, 동법 제56조의 규정에 의한 개발행위의 허가, 동법 제86조의 규정에 의한 도시계획시설사업 시행자의 지정, 동법 제88조의 규정에 의한 실시계획의 인가 및 「도시개발법」 제11조의 규정에 의한 사업시행자의 지정, 동법 제17조의 규정에 의한 실시계획의 인가를 규정하고 있고, 같은 법 제21조 제2항에서 실시계획승인권자가 제17조 내지 제19조에 따라 제1항 각 호의 사항이 포함되어 있는 실시계획을 승인하고자 할 때에는 미리 관계행정기관의 장과 협의하거나 승인을 얻어야 하고, 이 경우 관계행정기관의 장은 실시계획승인권자의 협의요청을 받은 날부터 15일 이내에 의견을 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

 

또한, 「산업입지의 개발에 관한 통합지침」 제28조 제1항에서 산업단지개발사업의 시행자는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제6조·제7조·제7조의2 및 제8조의 규정에 의한 산업단지의 지정신청과 동법 제17조 내지 제19조의 규정에 의한 실시계획승인 신청시 동법 제21조 및 제23조의 규정에 따라 관계 법률에 의한 인·허가 등을 의제 받고자 하는 경우에는 당해 인·허가의 내역서와 별표에 해당하는 관계서류를 첨부하여 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

 

(나) 처분청은 쟁점토지는 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호에서 재산세 분리과세대상으로 규정하고 있는 「도시개발법」 제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지로 볼 수 없으므로 이를 종합합산과세대상으로 구분하여 이 건 부과처분을 한 것은 정당하다는 의견이나, 아래와 같은 사정들에 비추어 쟁점토지는 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호에 따른 「도시개발법」 제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지로서 분리과세대상에 해당하는 것으로 보는 것이 타당하다 하겠다.

 

1) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 이를 확장 또는 유추 해석하는 것은 허용되지 않는다 할 것이나, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우 등에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 그 입법 취지 및 목적 등을 고려하여 합목적적 해석을 하는 것이 불가피한 것인바, 쟁점토지와 같은 산업단지 조성용 토지는 오랜 기간 동안 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제5호에 근거하여 분리과세대상으로 분류되어 왔고, 이는 산업단지사업 시행자가 산업단지 조성용 토지를 직접 소유하면서 그 사업을 진행하든, 자금 충당을 위한 이유 등에서 부동산담보신탁 등에 따라 그 토지의 소유자를 제3자로 변경하여 그 사업을 진행하든 마찬가지였으며, 2013.12.26. 법률 제12118호로 「지방세법」이 개정되어 재산세의 납세의무자가 신탁자에서 수탁자로 변경된 이후에도 여전히 처분청에서는 분리과세를 적용하여 과세한 점을 볼 때 산업단지 지원을 위한 입법 취지를 고려한 것으로 보이는 점,

한편, 국회에서는 정부를 상대로 적절한 보완 및 대책 마련을 요구하는 질의가 수차례 있었고, 특히 2020.12.31. 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제5호가 개정되어 2021년부터는 과세문제가 해결되었음에도 불구하고, 기존에 한시적으로 처분된 불합리한 과세문제까지 해결하려면 추가로 소급입법이 필요하다는 일부 국회의원들의 발언이 있었으며, 이에 대하여 당시 행정안전부는 소급입법 자체는 반대하면서도 조세심판 등의 제도를 통한 개별적인 구제필요성은 언급하였던 점, 또한 쟁점토지는 당초 계획대로 산업단지용 토지로 그대로 사용되고 있는 사실 및 토지에 대한 재산세 분리과세제도는 정책적 고려에 따라 중과세 또는 경과세의 필요가 있는 토지에 대하여 예외적으로 별도 기준에 의하여 분리과세하여 종합합산과세에서 오는 불합리를 보완하기 위한 것인 점 등을 종합하면,

 

이 건 재산세 등의 부과처분은 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제5호 등에 대한 적절한 추가 입법조치가 이루어지지 않았던 까닭에 일부 기간에 한하여 예외적으로 재산세 등의 부과가 이루어진 것으로 보이므로, 가능한 한 법령의 문언이 허락하는 범위 내에서 관련 규정을 체계적ㆍ합목적적으로 해석하여, 기존의 불합리한 과세를 바로잡아 납세의무자가 겪을 부당함을 방지할 필요가 있다 하겠다.

 

2) 나아가 쟁점의제규정은 그 문언상 ‘지정권자가 관계 행정기관의 장과 협의하거나 승인을 받은 사항(「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호 적용을 위한 도시개발 사업시행자 지정의제 포함)에 대하여 인ㆍ허가 등을 받은 것으로 본다.’라고 규정하고 있는바, 이는 산업단지 사업시행자가 별도로 다수의 개별적 인ㆍ허가 절차를 거치면서 발생하는 여러 불편함을 방지하여 개발사업의 신속한 진행을 돕기 위하여 관련 인ㆍ허가의 창구를 일원화한 것이므로, 그렇다면 쟁점의제규정을 통하여 별개의 다른 의제규정을 재차로 적용하거나 또는 그 결과가 국민에게 침익적 처분의 효과가 발생하는 등의 특별한 사정이 없는 한, 쟁점의제규정에 따라 의제된 인허가의 효력도 그 의제가 당초 의도한 효력의 합목적한 범위 내에서는 원칙적으로 보통의 인허가와 동일한 효력을 가지는 것으로 봄이 타당하고, 이는 세법의 해석에 있어서도 마찬가지라 할 것이어서, 설령 그 결과 재산세 과세대상의 구분이 변경되었다 하더라도 세법 내에 달리 이를 배제하거나 또는 추가적인 요건을 요구하는 등의 별도의 규정을 두고 있지 않는 한, 쟁점의제규정은 일응 그대로 적용된다고 할 것이다.

 

3) 이러한 태도는 종전에 우리 원이 취하고 있던 입장과도 동일한 바, 우리 원은 그 동안 국토개발과 관련된 의제된 인ㆍ허가에 대하여, 특별한 사정이 없는 한 보통의 인허가의 경우와 마찬가지로 「지방세법」이 정한 세제혜택을 부여하는 것으로 판단하여 왔는데, 굳이 이 건에서만 이를 다르게 해석하여 쟁점의제규정의 적용을 부인함으로써 선의의 납세의무자에게 예측하지 못한 손해를 가할 필요는 없어 보이고, 특히 앞서 본 여러 특수한 사정을 감안하면 더욱 그러하다.

 

4) 한편, 쟁점의제규정의 적용과 관련하여 개별적인 인허가 신청이나 명백한 협의가 별도로 있어야 하는지에 대한 다툼이 있을 수도 있겠으나, 대법원은 “어떤 개발사업의 시행과 관련하여 여러 개별 법령에서 각각 고유한 목적과 취지를 가지고 요건과 효과를 달리하는 인허가 제도를 각각 규정하고 있다면, 그 개발사업을 시행하기 위해서는 개별 법령에 따른 여러 인허가 절차를 각각 거치는 것이 원칙이나, 다만 어떤 인허가의 근거 법령에서 절차간소화를 위하여 관련 인허가를 의제 처리할 수 있는 근거 규정을 둔 경우에는, 사업시행자가 인허가를 신청하면서 하나의 절차 내에서 관련 인허가를 의제 처리해줄 것을 신청할 수 있고, 관련 인허가 의제 제도는 사업시행자의 이익을 위하여 만들어진 것이므로, 사업시행자가 반드시 관련 인허가 의제 처리를 신청할 의무가 있는 것은 아니다”고 하였고,

 

우리 원은 유사한 사례에서 “관계행정기관의 장과의 사전협의절차는 외부에 공시되지 않는 행정기관 간의 내부절차에 불과한 것으로서 「도로법」에 따른 도로구역조성 사업이 이미 결정ㆍ고시되었다는 사실에 비추어, 그 사업에 대한 결정ㆍ고시 당시 이미 관계행정기관장과의 협의가 이루어졌거나 관계행정기관장이 공식적인 의견을 제출하지 아니한 경우로 보는 것이 타당하다”고 한 바 있으며, 또한 여기에다 앞서 본 이 건의 여러 특수한 사정 등을 함께 고려하면, 「도시개발법」상 모든 규정 자체의 직접적인 적용 여부는 별론으로 하더라도, 적어도 국토개발행위의 인허가 문제를 해소함과 동시에, 불합리한 과세문제를 해소하기 위한 세법의 적용, 즉 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호의 적용을 위한 부분에 있어서는 쟁점의제규정과 관련하여 납세의무자 등에게 추가적인 절차나 불명확한 요건 등을 요구하여 그 효력 자체를 배제하여서는 아니된다 할 것이다.

 

5) 그런데 산업단지 개발과정에서의 인허가절차 등의 간소화를 위해 별도로 제정된 산업단지특례법 제10조에서 “지정권자는 산업단지계획 승인에 필요한 여러 관련 분야의 협의절차도 동시에 착수하고(제1항), 이 때 협의를 요청받은 관계 행정기관의 장은 10일 이내에 의견을 회신하여야 하며(제2항), 그 기한까지 의견을 회신하지 아니한 경우 이견 없이 산업단지계획의 신청내용을 협의한 것으로 본다(제3항)”고만 규정하고 있을 뿐이고, 쟁점의제규정은 신청이나 협의절차 및 효력에 대한 본 사건 관련 사항을 구체적으로 직접 규정하고 있지는 아니하며, 이와 같은 관계 행정기관의 장과의 협의는 행정 내부의 절차에 불과하여 청구법인으로서는 이에 관여하거나 또는 구체적인 내용에 대하여 알기 어려운 측면이 있는 점 등을 감안하면, 설령 지정권자가 별도로 개별인허가와 관련된 사항을 특정하여 명시적인 협의요청을 하지 않았다하더라도, 관계 행정기관의 장에게 주된 인허가에 대한 협의요청을 한 이상 거기에는 주된 인허가(산업단지계획의 승인 등)에 필요하거나 그 전제가 되는 여러 인허가 사항이 함께 포함되어 있다고 보아야 하고, 같은 취지에서 관계 행정기관의 장이 10일 이내에 주된 인허가 등의 승인과 관련하여 명시적인 의견(거부 또는 추가보완사항 등)을 별도로 회신하지 않는 이상, 쟁점의제규정에 따라 그와 관련하여 필요한 인허가의제의 효력도 그대로 발생한 것으로 봄이 타당하다 할 것이다.

 

6) 결국, 인허가와 관련하여 이 건 산업단지 조성사업이 정상적으로 추진되고 있고, 달리 동 사업을 불법사업으로 볼 만한 아무런 사정도 확인되지 않는 점 등에 비추어, 적어도 재산세 분리과세대상인지 여부에 관한 세법의 해석에 관한 이 건에 있어서는, 쟁점의제규정에 따라, 쟁점토지가 도시개발 사업시행자로 의제된 산업단지조성 사업자(위탁자)가 부동산신탁사인 청구법인에게 산업단지 조성을 위해 제공한 토지에 해당함을 전제로, 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호를 적용하여 재산세 분리과세대상으로 구분하는 것이 타당하다 할 것이다.

(다) 따라서, 처분청이 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 이 건 부과처분을 한 것은 잘못이 있다고 판단된다.

6. 조심2022지0164(20230314) 재산세취소 /① 본안심리대상 해당 여부, ② 재산세 과세대장 등록사실을 통보하지 아니한 절차상 하자가 있으므로 이 건 재산세 등 부과처분이 부당하다는 청구주장의 당부, ③ 상속재산에 대하여 상속지분에 따라 과세하여야 한다는 청구주장의 당부

 

결정요지

① 90일이 경과한 2021.12.6. 심판청구를 제기하였으므로 이에 대한 심판청구는 기간도과로 인하여 부적법한 청구에 해당된다고 판단됨.

② 재산세 과세대장에 납세의무자로 등재된 사실을 통보하는 것은 강행규정이라 할 것이고, 납세자가 사실상 소유자에 해당되지 아니함에도 이러한 자에게 재산세가 부과됨으로 인하여 발생하는 불이익을 사전에 예방할 수 있는 절차적 권리에 해당된다 할 것이므로 이를 위반하여 재산세 과세대장에 등재하고 재산세를 부과한 처분은 부적법하다고 판단됨.

③ 쟁점②가 인용된 이상 쟁점③은 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략함.

 

(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료는 다음과 같다.

 

(가) 청구인의 어머니 aaa이 2021.3.14. 사망함으로써 이 건 주택에 대한 상속이 개시되었다.

 

(나) 청구인은 2021.7.2. 청구인 15/100, 청구인의 동생 bbb 20/100, ccc 20/100, ddd 25/100, eee 20/100의 지분으로 분할한다는 내용의 상속재산분할협의서를 제출하고 취득신고를 하였으며, 2021.7.5. 위 협의분할내용대로 소유권 이전등기를 완료하였다.

 

(2) 먼저, 2021년도 제1기 주택분 재산세 부과처분에 대한 심판청구가 적법한지 여부를 살펴보면, 처분청이 2021.7.15. 청구인에게 납세고지서를 송달한 사실이 우편물 배달증명서에서 확인되고 있고, 이 날로부터 90일이 경과한 2021.12.6. 심판청구를 제기하였으므로 이에 대한 심판청구는 기간도과로 인하여 부적법한 청구에 해당된다 할 것이다.

 

(3) 다음으로, 처분청이 상속재산인 이 건 주택에 대하여 청구인을 재산세 납세의무자로 하여 재산세 과세대장에 등재한 사실을 청구인에게 통보하지 아니한 채 재산세 등을 부과한 처분이 적법한지 여부에 대하여 살펴본다.

 

「지방세법」제120조 제1항 각호에서 정한 사유로 납세의무자가 변동된 경우에는 이를 신고하도록 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서는 신고가 없는 경우 지방자치단체의 장은 직권으로 조사하여 과세대상에 등재할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제117조에서 무신고자산을 과세대장에 등재한 때에는 그 사실을 관계인에게 통지하여야 한다고 규정하고 있다.

 

이와 같이 재산세 과세대상이 되는 부동산의 소유자가 변동되는 경우 우선 이를 신고하도록 하고, 신고가 없거나 신고를 사실과 다르게 한 경우 처분청이 이를 직권으로 조사하여 등재하고 이를 해당 관계인에게 통보하도록 한 것은 조사내용이 사실과 다른 경우 이를 관계인에게 통보하여 관계인의 오류정정요청이 있는 경우 재산세가 부과되기 이전에 이를 수정할 수 있도록 하여 잘못된 부과를 방지하고자 하는데 그 목적이 있다 할 것이다.

 

이와 같이 재산세 과세대장에 납세의무자로 등재된 사실을 통보하는 것은 강행규정이라 할 것이고, 납세자가 사실상 소유자에 해당되지 아니함에도 이러한 자에게 재산세가 부과됨으로 인하여 발생하는 불이익을 사전에 예방할 수 있는 절차적 권리에 해당된다 할 것이므로 이를 위반하여 재산세 과세대장에 등재하고 재산세를 부과한 처분은 부적법하다고 판단된다.

 

(4) 쟁점②가 인용된 이상 쟁점③은 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

 

7. 조심2022지0017(20230321) 재산세 경정 /종중인 청구인이 쟁점토지를 1990.5.31. 이후에 취득한 것으로 보아 종합합산과세대상으로 구분하여 재산세를 과세한 처분의 당부

 

 

결정요지

쟁점토지의 소유권이전등기에 대한 추정력을 부인할 만한 사유가 달리 나타나지 아니하므로 청구인이 1990.5.31. 이전부터 쟁점토지를 소유한 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점토지는 분리과세대상으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

 

8. 조심2022지0156(20230328) 취득세취소 /주택재개발조합이 신축한 임대주택에 대하여 일반적 경과규정을 적용하여 종전 규정에 따라 취득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

 

결정요지

쟁점주택은 종전규정 및 쟁점부칙규정을 적용하여 취득세 등의 면제대상으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2020지565, 2021.9.15. 결정, 같은 뜻임).됨.

 

(가) 지특법 제74조 제3항이 2016.12.27. 법률 제14477호로 개정되기 이전에는 「도시 및 주거환경정비법」제8조에 따른 주택재개발사업의 시행자가 같은 법 제48조에 따른 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택에 대하여 2018.12.31.까지 취득세를 면제하도록 규정하고 있다가, 개정 이후에는 취득세의 100분의 75를 2019.12.31.까지 경감하도록 개정되면서 그 부칙 제15조에서 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 지방세를 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 경과규정을 두고 있다.

 

(나) 일반적 경과조치 규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전의 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로, 종전의 규정이 장래의 한정된 기간 동안 과세요건의 충족이 있는 경우에도 취득세를 면제하겠다고 명시적으로 규정하는 등 신뢰보호와 관련된 내용을 담고 있고, 납세자가 종전의 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전의 규정 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 종전의 규정이 적용된다고 할 것이다.

 

(다) 청구법인은 종전규정에 따라 쟁점주택 신축에 따른 취득세가 면제될 것임을 신뢰하여 2014.3.3. 주택재개발사업의 사업시행자로 지정된 후 2015.2.13. 사업시행인가를 받고, 2016.4.29. 쟁점주택 신축을 위한 착공을 한 점, 종전규정은 1995년에 신설되어 2017년 감면율이 축소될 때까지 약 20년간 계속되었으므로 청구법인이 쟁점주택의 신축공사를 완료할 때까지 동 면제조항이 유지될 것이라고 기대하는 것이 무리가 아닌 것으로 보이는 점, 일반적 경과조치 규정은 종전규정이 시행될 당시에는 납세의무가 성립되지는 아니하였으나 납세자가 종전규정을 신뢰하고 원인행위를 한 경우 이를 보호하고자 하는데 그 취지가 있다고 보이는 점 등에 비추어 쟁점주택은 종전규정 및 쟁점부칙규정을 적용하여 취득세 등의 면제대상으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

 

9. 조심2021지5791(20230328) 농어촌특별세취소 /이 건 체비지가 취득세 면제대상이므로 그 취득세에 부가되는 쟁점농어촌특별세도 함께 면제(비과세)되어야 한다는 청구주장의 당부

 

결정요지

청구법인이 이 건 체비지분 취득세 등에 대하여 「지방세특례제한법」제74조 제1하에 따른 면제대상이라고 주장하며 2019.10.31. 심판청구를 제기한 것에 대하여 우리 원은 2023.3.2. 인용결정을 한 사실이 확인되는바, 「도시개발법」상 사업시행자인 청구법인이 취득한 이 건 체비지는 「지방세특례제한법」제74조 제1항에 따라 취득세 등이 면제되었으므로 이에 부가되는 쟁점농어촌특별세에 대한 환급을 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨.

 

(가) 「지방세특례제한법」제74조 제1항에서 「도시개발법」에 따른 도시개발사업 등에 따른 관리처분계획에 따라 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있고, 「농어촌특별세법」제4조에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하면서 그 제12호에서 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령으로 정하는 것을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제4조 제6항에서 법 제4조 제12호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면을 말한다고 규정하면서 그 제5호에서 「지방세특례제한법」 제74조 제1항 등을 각각 규정하고 있다.

 

(나) 청구법인이 이 건 체비지분 취득세 등에 대하여 「지방세특례제한법」제74조 제1항에 따른 면제대상이라고 주장하며 2019.10.31. 심판청구를 제기한 것에 대하여 우리 원은 2023.3.2. 인용결정을 한 사실이 확인되는바, 「도시개발법」상 사업시행자인 청구법인이 취득한 이 건 체비지는 「지방세특례제한법」제74조 제1항에 따라 취득세 등이 면제되었으므로 이에 부가되는 쟁점농어촌특별세에 대한 환급을 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

10. 조심2021지2322(20230328) 취득세 경정 / ① 쟁점①~⑤비용은 이 건 건축물 증축비용이 아니므로 이 건 건축물의 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다는 청구주장의 당부 ② 쟁점①~⑤비용에 해당하는 쟁점⑥비용(건설자금이자)도 이 건 건축물의 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다는 청구주장의 당부

 

결정요지

① 2020.8.12.부터 쟁점①ㆍ②ㆍ④ㆍ⑤비용에 해당하는 설비 등이 이 건 건축물 내에 설치되었다는 사실만으로 건축물에 설치된 엘리베이터ㆍ에어컨ㆍ공기 조화기ㆍ소방설비 등과 같이 건축물과 일체가 되어 건축물 고유의 기능과 효용을 증대시키는 부대설비나, 취득세 과세대상이 되는 개수로 보기 어렵다 하겠는바, 이에 대한 비용은 취득세 과세표준에서 제외하는 것이 타당하다 하겠으므로 쟁점①ㆍ②ㆍ④ㆍ⑤비용을 이 건 건축물의 취득세 과세표준에서 제외하여 달라는 이 건 경정청구를 처분청이 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨.

② 쟁점⑥비용 중 쟁점①~⑤비용(쟁점③비용 제외)에 해당하는 비율을 안분하여 그 비용에 해당하는 금액에 대해서는 취득세 과세표준에서 제외하는 것이 타당하다고 판단됨.

 

(가) 처분청은 쟁점①~⑤비용은 이 건 건축물의 부대설비 등의 설치 등에 소요된 비용으로 이 건 건축물의 취득세 과세표준에 포함되어야 한다는 의견이다.

 

(나) 「지방세법」제7조 제3항에서 건축물 중 조작(造作) 설비, 그 밖의 부대설비에 속하는 부분으로서 그 주체구조부(主體構造部)와 하나가 되어 건축물로서의 효용가치를 이루고 있는 것에 대하여는 주체구조부 취득자 외의 자가 가설(加設)한 경우에도 주체구조부의 취득자가 함께 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 제10조 제5항에서 법인장부 등 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득에 대하여는 사실상의 취득가격을 과세표준으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제18조 제1항에서 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다고 규정하고 있다.

 

(다) 어떤 철제구조물이 건축물의 바닥 또는 벽면에 나사와 볼트로 연결되어 있어 나사와 볼트를 제거하는 방법으로 이를 건축물과 분리하여 철거하고 이설할 수 있도록 설계 및 시공되어 있는 것인 경우에는 이를 건축물과 일체가 되어 건축물 고유의 기능과 효용을 증대시키는 부대설비로 보기는 어렵다할 것이므로 이러한 기준에 따라 위 규정의 주체구조부(主體構造部)와 하나가 되어 건축물로서의 효용가치를 이루고 있는 지를 판단하여야 할 것이고, 어떤 시설물이 동력을 이용하여 물품을 자동으로 분류하여 이송시키는 시스템 설비로서 그 자체로 물품의 분류 및 이송이라는 고유한 효용을 가지고 있다면, 그 시설물이 건축물 내에 설치되었다는 사실만으로 건축물의 효용을 증대시키는 부대설비에 해당한다고 보기 어렵다 할 것이다.

 

1) 쟁점①비용인 이 건 물류설비 비용은 동력을 이용해 물품(생닭 등)을 자동으로 분류하고 이송시키는 시스템인 수평․수직자동화물류설비 설치 등에 소요된 비용인바, 그 자체로 물품의 분류 및 이송이라는 고유한 효용을 가지고 있다 하겠다.

2) 쟁점②비용인 이 건 냉동설비는 물품(생닭 등)을 분류․보관․이송하는 공간에서 적정한 온도 조절·유지 등을 위한 대형 냉동기와 관련 부속설비(파이프관 등) 및 그와 연결된 옥상 제상수탱크․실외기 등의 설치 등에 소요된 비용으로, 이 건 건축물의 바닥면․벽면 또는 외부 옥상에 파이프관 형식으로 상호 연결되어 볼트와 너트 등으로 부착되어 있는바, 해당 설비는 생닭 등을 도계하여 제품을 생산하기 위한 생산라인의 온도를 조절․유지하는 시설로서 이 건 건축물로부터 분리하더라도 다른 장소에 설치하여 사용하는 것이 가능하다 보이고, 이 건 건축물과는 별개의 경제적 효용을 가진 것으로 볼 수 있다 하겠다.

 

3) 쟁점④비용은 이 건 도계설비와 관련된 비용으로, 닭을 도계(탈모→내장적출→방혈 등의 공정과 닭털․내장 등의 부산물 이송 등)하는데 필요한 도계설비 설치비용인바, 해당 도계설비는 이 건 건축물 내부에 설치된 생산설비의 일부인 각종 기계장치인 것으로 볼 수 있다 하겠다.

 

4) 쟁점⑤비용은 종전건축물 내 사무공간 등의 리모델링 공사인바, 「건축법」에 의한 대수선이나 「지방세법 시행령」제6조의 건축물에 딸린 시설물의 교체(개수)가 아닌 건축물 내부의 인테리어공사, 내부 전선(케이블) 교체 및 단순 페인트․바닥공사 마감․천정 조명시설 교체 등으로서 종전건축물의 용도와 기능 유지를 위한 단순한 보수공사로 보이는 점 등에 비추어,

 

결국 쟁점①․②․④․⑤비용에 해당하는 설비 등이 이 건 건축물 내에 설치되었다는 사실만으로 건축물에 설치된 엘리베이터․에어컨․공기 조화기․소방설비 등과 같이 건축물과 일체가 되어 건축물 고유의 기능과 효용을 증대시키는 부대설비나, 취득세 과세대상이 되는 개수로 보기 어렵다 하겠는바, 이에 대한 비용은 취득세 과세표준에서 제외하는 것이 타당하다 하겠으므로 쟁점①․②․④․⑤비용을 이 건 건축물의 취득세 과세표준에서 제외하여 달라는 이 건 경정청구를 처분청이 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

 

5) 한편, 쟁점③비용인 이 건 냉동판넬설비 설치 비용은 이 건 건축물 증축을 하면서 건축물 벽면 등에 냉동판넬을 함께 설치한 것으로 보이는바, 이 건 건축물과 독립적인 경제적 효용을 가진 것이라기 보다는 이 건 건축물 등의 부수시설로 보는 것이 합리적이라 하겠으므로 이에 대한 비용은 이 건 건축물의 취득세 과세표준에 포함하는 것이 타당하다고 판단된다.

 

(라) 다음으로 쟁점②의 쟁점⑥비용인 건설자금이자에 대하여 살피건대, 쟁점⑥비용은 쟁점①․② 및 ④․⑤비용에 해당하는 설비 등을 설치하기 위해 차입한 금액의 비용으로, 이들 설비에 소요된 비용이 위에서 설시한 바와 같이 이 건 건축물의 취득세 과세표준에서 제외하는 것으로 판단하였으므로,

 

쟁점⑥비용 중 쟁점①~⑤비용(쟁점③비용 제외)에 해당하는 비율을 안분하여 그 비용에 해당하는 금액에 대해서는 취득세 과세표준에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다.

 

 

11. 조심2022지0458(20230330) 취득세 취소 /쟁점비용을 쟁점건축물의 취득가격에 포함하는 것이 부당하다는 청구주장의 당부

 

결정요지

이 건 도로는 본선 도로에서 쟁점단지 인근까지 위치한 도로로 이 건 도로를 쟁점단지 주민뿐만 아니라 주변아파트 단지 주민 등 불특정 다수가 사용할 수 있는 도로에 해당하여 그 효용과 편익이 쟁점단지 등의 입주자들에게 국한된다고 볼 수 없어 쟁점건축물의 취득가격으로 볼 수가 없다 하겠는 점 등에 비추어 쟁점비용은 쟁점건축물의 취득가격에 포함하지 않는 것이 타당하다고 판단됨.

 

쟁점①에 대하여 살펴본다.

지방세법」제9조 제2항에 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고,

 

같은 법 제10조 제5항에서 다음 각 호의 취득에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다고 하고 그 제3호에서 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득을 규정하고 있으며,

 

같은 법 시행령 제18조 제1항에서 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다고 규정하면서 그 제5호에서 취득대금 외에 당사자의 약정에 따른 취득자 조건 부담액과 채무인수액이라고 있다.

 

처분청은 쟁점비용을 이 건 취득세 등의 취득가격에 포함하여야 한다는 의견이나, 쟁점비용은 청구법인이 쟁점단지 외부에 이 건 도로를 설치하여 처분청에 기부채납하기로 하였다가 본선 도로의 공사지연으로 공사비를 처분청에 예치한 비용으로 쟁점건축물 신축과 별개의 물건의 조성비에 해당하므로 쟁점건축물의 신축관련 취득비용으로 보기는 어려운 점,

 

「OOO도시계획 일단의 주택지조성사업 시행 조례 시행규칙」제4조 제2항에서 공공기반시설 분담은 인접한 공공시설에 대하여 무상귀속 또는 기부채납을 원칙으로 하며 부득이한 경우 현금으로 분담할 수 있다고 규정하고 있고,

 

청구법인은 이 건 도로를 설치하여 처분청에 기부채납하기로 하였다가 본선 도로의 준공지연으로 쟁점비용을 처분청에 현금으로 지급한 것으로 쟁점비용은 취득세 등의 비과세대상물건인 이 건 도로의 설치·조성비에 해당하는 것(조심 2019지1780, 2020.7.21. 결정, 같은 뜻임)으로 볼 수 있는 점,

이 건 도로는 본선 도로에서 쟁점단지 인근까지 위치한 도로로 이 건 도로를 쟁점단지 주민뿐만 아니라 주변아파트 단지 주민 등 불특정 다수가 사용할 수 있는 도로에 해당하여 그 효용과 편익이 쟁점단지 등의 입주자들에게 국한된다고 볼 수 없어 쟁점건축물의 취득가격으로 볼 수가 없다(조심 2021지2782, 2022.8.18. 결정, 같은 뜻임) 하겠는 점 등에 비추어 쟁점비용은 쟁점건축물의 취득가격에 포함하지 않는 것이 타당하다고 판단된다.

 

쟁점②는 쟁점①의 ‘인용’으로 인하여 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다.

 

 

12. 조심2021지2405(20230331) 재산세경정 /산업단지개발사업의 사업시행자는 도시개발사업의 시행자로 의제되므로 당해 사업에 공여되는 토지는 재산세 분리과세대상에 해당된다는 청구주장의 당부

 

결정요지

인허가와 관련하여 이 건 사업이 정상적으로 추진되고 있고, 달리 이 건 사업을 불법사업으로 볼 만한 아무런 사정도 확인되지 않는 점 등에 비추어, 적어도 재산세 분리과세대상인지 여부에 관한 세법의 해석에 관한 이 건에 있어서는, 쟁점의제규정에 따라 쟁점토지가 도시개발 사업시행자로 의제된 산업단지조성 사업자(위탁자)가 부동산 신탁사인 청구법인에게 산업단지 조성을 위해 제공한 토지에 해당함을 전제로, 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호를 적용하여 재산세 분리과세대상으로 구분하는 것이 타당하다 할 것임.

 

(가)「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호에서 「도시개발법」 제11조 에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)를 재산세 분리과세대상으로 규정하고 있다.

 

산업입지법(2011.8.4. 법률 제11020호로 개정되기 전의 것) 제21조 제1항에서 산업단지지정권자(실시계획승인권자)가 제17조 내지 제19조에 따른 실시계획의 승인을 함에 있어서 다음 각 호의 허가·결정·인가·면허·협의·동의·승인·해제 또는 처분등(“인·허가등”이라 한다)에 관하여 제2항에 따라 미리 관계 행정기관의 장과 협의하거나 승인을 얻은 사항에 대하여는 해당 인·허가등을 받은 것으로 본다고 규정하면서, 그 제1호에서 국토계획법 제30조의 규정에 의한 도시관리계획의 결정, 같은 법 제56조의 규정에 의한 개발행위의 허가, 같은 법 제86조의 규정에 의한 도시계획시설사업 시행자의 지정, 같은 법 제88조의 규정에 의한 실시계획의 인가 및 「도시개발법」제11조 의 규정에 의한 사업시행자의 지정, 산업입지법 제17조의 규정에 의한 실시계획의 인가를 규정하고 있고, 산업입지법 제21조 제2항에서 실시계획승인권자가 같은 법 제17조 내지 제19조에 따라 제1항 각 호의 사항이 포함되어 있는 실시계획을 승인하고자 할 때에는 미리 관계행정기관의 장과 협의하거나 승인을 얻어야 하고, 이 경우 관계행정기관의 장은 실시계획승인권자의 협의요청을 받은 날부터 15일 이내에 의견을 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

 

또한, 「산업입지의 개발에 관한 통합지침」(2014.7.9. 국토교통부고시 제2014-420호로 개정된 것) 제28조 제1항에서 산업단지개발사업의 시행자는 산업입지법 제6조·제7조·제7조의2 및 제8조의 규정에 의한 산업단지의 지정신청과 같은 법 제17조 내지 제19조의 규정에 의한 실시계획승인 신청시 같은 법 제21조 및 제23조의 규정에 따라 관계 법률에 의한 인·허가 등을 의제 받고자 하는 경우에는 당해 인·허가의 내역서와 별표에 해당하는 관계서류를 첨부하여 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

 

(나) 처분청은 쟁점토지는 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호에서 재산세 분리과세대상으로 규정하고 있는 「도시개발법」제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지로 볼 수 없으므로 이를 종합합산과세대상으로 구분하여 이 건 처분을 한 것은 정당하다는 의견이나, 아래와 같은 사정들에 비추어 쟁점토지는 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호에 따른 「도시개발법」제11조 에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지로서 분리과세대상에 해당하는 것으로 보는 것이 타당하다 하겠다.

 

1) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 이를 확장 또는 유추 해석하는 것은 허용되지 않는다 할 것이나, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우 등에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 그 입법 취지 및 목적 등을 고려하여 합목적적 해석을 하는 것이 불가피한 것인바, 쟁점토지와 같은 산업단지 조성용 토지는 오랜 기간 동안 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제5호에 근거하여 분리과세대상으로 분류되어 왔고, 이는 산업단지사업 시행자가 산업단지 조성용 토지를 직접 소유하면서 그 사업을 진행하든, 자금 충당을 위한 이유 등에서 부동산담보신탁 등에 따라 그 토지의 소유자를 제3자(수탁자인 신탁회사)로 변경하여 그 사업을 진행하든 마찬가지였으며, 2013.12.26. 법률 제12118호로 「지방세법」이 개정되어 재산세의 납세의무자가 신탁자에서 수탁자로 변경된 이후에도 여전히 처분청에서는 분리과세를 적용하여 과세한 점을 볼 때 산업단지 지원을 위한 입법 취지를 고려한 것으로 보이는 점, 국회에서는 정부를 상대로 적절한 보완 및 대책 마련을 요구하는 질의가 수차례 있었고, 특히 2020.12.31. 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제5호가 개정되어 2021년부터는 과세문제가 해결되었음에도 불구하고, 기존에 한시적으로 처분된 불합리한 과세문제까지 해결하려면 추가로 소급입법이 필요하다는 상임위 국회의원들의 발언이 있었으며, 이에 대하여 당시 행정안전부(차관)는 소급입법 자체는 반대하면서도 조세심판 등의 제도를 통한 개별적인 구제필요성을 언급하였던 점, 쟁점토지는 당초 계획대로 산업단지용 토지로 그대로 사용되고 있는 사실 및 토지에 대한 재산세 분리과세제도는 정책적 고려에 따라 중과세 또는 경과세의 필요가 있는 토지에 대하여 예외적으로 별도 기준에 의하여 분리과세하여 종합합산과세에서 오는 불합리를 보완하기 위한 것인 점 등을 종합하면, 이 건 처분은 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제5호 등에 대한 적절한 추가 입법조치가 이루어지지 않았던 까닭에 일부 기간에 한하여 예외적으로 재산세 등의 부과가 이루어진 것으로 보이므로, 가능한 한 법령의 문언이 허락하는 범위 내에서 관련 규정을 체계적·합목적적으로 해석하여 기존의 불합리한 과세를 바로잡아 납세의무자가 겪을 부당함을 방지할 필요가 있다고 하겠다.

 

2) 나아가 쟁점 인·허가의제규정은 그 문언상 “지정권자가 관계 행정기관의 장과 협의하거나 승인을 받은 사항(「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호 적용을 위한 도시개발 사업시행자 지정의제 포함)에 대하여 인·허가 등을 받은 것으로 본다.”고 규정하고 있는바, 이는 산업단지 사업시행자가 별도로 다수의 개별적 인·허가 절차를 거치면서 발생하는 여러 불편함을 방지하여 개발사업의 신속한 진행을 돕기 위하여 관련 인·허가의 창구를 일원화한 것이므로, 그렇다면 쟁점의제규정을 통하여 별개의 다른 의제규정을 재차로 적용하거나 또는 그 결과가 국민에게 침익적 처분의 효과가 발생하는 등의 특별한 사정이 없는 한, 쟁점 인·허가의제규정에 따라 의제된 인허가의 효력도 그 의제가 당초 의도한 효력의 합목적한 범위 내에서는 원칙적으로 보통의 인허가와 동일한 효력을 가지는 것으로 봄이 타당하고, 이는 세법의 해석에 있어서도 마찬가지라 할 것이어서, 설령 그 결과 재산세 과세대상의 구분이 변경되었다 하더라도 세법 내에 달리 이를 배제하거나 또는 추가적인 요건을 요구하는 등의 별도의 규정을 두고 있지 않는 한, 쟁점 인·허가의제규정은 일응 그대로 적용된다고 할 것이다.

 

3) 이러한 태도는 종전에 우리 원이 취하고 있던 입장과도 동일한바, 우리 원은 그 동안 국토개발과 관련된 의제된 인·허가에 대하여, 특별한 사정이 없는 한 보통의 인허가의 경우와 마찬가지로 「지방세법」이 정한 세제혜택을 부여하는 것으로 판단하여 왔는데, 굳이 이 건에서만 이를 다르게 해석하여 쟁점 인·허가의제규정의 적용을 부인함으로써 선의의 납세의무자에게 예측하지 못한 손해를 가할 필요는 없어 보이고, 특히 앞서 본 여러 특수한 사정을 감안하면 더욱 그러하다.

 

4) 한편, 쟁점 인·허가의제규정의 적용과 관련하여 개별적인 인허가 신청이나 명백한 협의가 별도로 있어야 하는지에 대한 다툼이 있을 수도 있겠으나, 대법원은 “어떤 개발사업의 시행과 관련하여 여러 개별 법령에서 각각 고유한 목적과 취지를 가지고 요건과 효과를 달리하는 인허가 제도를 각각 규정하고 있다면, 그 개발사업을 시행하기 위해서는 개별 법령에 따른 여러 인허가 절차를 각각 거치는 것이 원칙이나, 다만 어떤 인허가의 근거 법령에서 절차간소화를 위하여 관련 인허가를 의제 처리할 수 있는 근거 규정을 둔 경우에는, 사업시행자가 인허가를 신청하면서 하나의 절차 내에서 관련 인허가를 의제 처리해줄 것을 신청할 수 있고, 관련 인허가 의제 제도는 사업시행자의 이익을 위하여 만들어진 것이므로, 사업시행자가 반드시 관련 인허가 의제 처리를 신청할 의무가 있는 것은 아니다.”라고 판시하였고, 우리 원은 유사한 사례에서 “관계행정기관의 장과의 사전협의절차는 외부에 공시되지 않는 행정기관 간의 내부절차에 불과한 것으로서 「도로법」에 따른 도로구역조성 사업이 이미 결정·고시되었다는 사실에 비추어, 그 사업에 대한 결정·고시 당시 이미 관계행정기관장과의 협의가 이루어졌거나 관계행정기관장이 공식적인 의견을 제출하지 아니한 경우로 보는 것이 타당하다”고 한 바 있으며, 또한 여기에다 앞서 본 이 건의 여러 특수한 사정 등을 함께 고려하면, 「도시개발법」상 모든 규정 자체의 직접적인 적용 여부는 별론으로 하더라도, 적어도 국토개발행위의 인허가 문제를 해소함과 동시에 불합리한 과세문제를 해소하기 위한 세법의 적용, 즉 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호의 적용을 위한 부분에 있어서는 쟁점 인·허가의제규정과 관련하여 납세의무자 등에게 추가적인 절차나 불명확한 요건 등을 요구하여 그 효력 자체를 배제하여서는 아니된다 할 것이다.

 

5) 그런데 산업단지 개발과정에서의 인허가절차 등의 간소화를 위해 별도로 제정된 산단절차간소화법 제10조(이하 “쟁점절차규정”이라 한다)에서 “지정권자는 산업단지계획 승인에 필요한 여러 관련 분야의 협의절차도 동시에 착수하고(제1항), 이 때 협의를 요청받은 관계 행정기관의 장은 10일 이내에 의견을 회신하여야 하며(제2항), 그 기한까지 의견을 회신하지 아니한 경우 이견 없이 산업단지계획의 신청내용을 협의한 것으로 본다(제3항)”고만 규정하고 있을 뿐이고, 쟁점 인·허가의제규정은 신청이나 협의절차 및 효력에 대한 본 사건 관련 사항을 구체적으로 직접 규정하고 있지는 아니하며, 이와 같은 관계 행정기관의 장과의 협의는 행정 내부의 절차에 불과하여 청구법인으로서는 이에 관여하거나 또는 구체적인 내용에 대하여 알기 어려운 측면이 있는 점 등을 감안하면, 설령 지정권자가 별도로 개별인허가와 관련된 사항을 특정하여 명시적인 협의요청을 하지 않았다고 하더라도, 관계 행정기관의 장에게 주된 인허가에 대한 협의요청을 한 이상 거기에는 주된 인허가(산업단지계획의 승인 등)에 필요하거나 그 전제가 되는 여러 인허가 사항이 함께 포함되어 있다고 보아야 하고, 같은 취지에서 관계 행정기관의 장이 10일 이내에 주된 인허가 등의 승인과 관련하여 명시적인 의견(거부 또는 추가보완사항 등)을 별도로 회신하지 않는 이상, 쟁점 인·허가의제규정에 따라 그와 관련하여 필요한 인허가의제의 효력도 그대로 발생한 것으로 봄이 타당하다 할 것이다.

 

6) 결국, 인허가와 관련하여 이 건 사업이 정상적으로 추진되고 있고, 달리 이 건 사업을 불법사업으로 볼 만한 아무런 사정도 확인되지 않는 점 등에 비추어, 적어도 재산세 분리과세대상인지 여부에 관한 세법의 해석에 관한 이 건에 있어서는, 쟁점의제규정에 따라 쟁점토지가 도시개발 사업시행자로 의제된 산업단지조성 사업자(위탁자)가 부동산신탁사인 청구법인에게 산업단지 조성을 위해 제공한 토지에 해당함을 전제로, 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호를 적용하여 재산세 분리과세대상으로 구분하는 것이 타당하다 할 것이다.

 

7) 나아가 처분청은 이 건 사업시행자(위탁자)가 신탁회사인 청구법인에게 소유권을 이전하여 도시개발사업에 제공되고 있는 쟁점토지를 분리과세대상으로 구분할 수 없다는 의견이다.

 

그러나, 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제4호는 「도시개발법」제11조 에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)를 재산세 분리과세대상으로 규정하고 있고, 토지에 대한 재산세의 분리과세제도는 정책적 고려에 따라 중과세 또는 경과세의 필요가 있는 토지에 대하여 예외적으로 별도의 기준에 의하여 분리과세함으로써 종합합산과세에서 오는 불합리를 보완하고자 하는 것으로서, 위 시행령 규정에서 도시개발사업에 제공하는 토지를 분리과세대상으로 규정한 입법취지는 도시개발사업을 보다 효율적으로 수행할 수 있도록 도시개발사업용 토지를 종합합산과세대상에서 제외하여 예외적으로 저율의 분리과세를 함으로써 조세부담을 경감하여 주는 데 있다 할 것인 점, 위 시행령은 ‘소유’가 아닌 ‘제공’으로 규정하고 있어서 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지인지 여부는 사업의 방식(수용, 환지 및 혼용방식)이나 토지의 소유형태 등이 아닌 그 도시개발사업에 제공되고 있는지의 여부에 따라 판단하는 것이 합리적인 점 등에 비추어 위 규정에 따른 재산세 분리과세대상은 도시개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지에 한정된다고 보기는 어렵다 하겠다.

 

 

13. 조심2022지1529(20230403) 재산세취소 /청구인이 2022년 재산세 과세기준일 현재 쟁점노인복지시설을 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 재산세를 부과한 처분의 당부

 

결정요지

「지방세특례제한법」제20조 제1호에서 취득세감면 대상을 노인복지시설을 설치ㆍ운영하기 위하여 취득하는 부동산으로 규정하고 있을 뿐 노인복지시설의 설치ㆍ운영에 대하여는 별도로 규정하고 있지 아니한 이상, 「지방세특례제한법」에서 ‘노인복지시설’이란「노인복지법」등에서 정하는 의미로 해석하는 것이 타당하고, 나아가 행정관청은 노인복지시설에 대한 각종 행정처분을 시설의 장이 아닌 설치·운영자에게 하고 있는 점 등에 비추어 청구인이 쟁점노인복지시설을 직접 사용하고 있는 것으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 재산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨

 

14. 조심2023지0835(20230403) 취득세취소 /청구법인 등이 시공법인에게 지급한 쟁점비용을 이 건 건축물의 신축비용으로 보아 청구법인 등의 경정청구를 거부한 처분의 당부

 

결정요지

쟁점금액은 청구법인과 시공법인의 이 건 건축물 신축을 위한 공사대금이라기 보다는 일분분양가 상승에 따른 이익분배금으로서 이 건 건축물 자체의 가격은 물론 이 건 건축물 취득을 위한 간접비용이라고도 보기 어렵다 하겠음.

 

(가)「지방세법」제10조 제5항에서 다음 각 호의 취득에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다고 규정하면서 그 제3호에서 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득이라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제18조 제1항에서 법 제10조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다고 규정하고 있다.

 

(나) 위 규정에서 말하는 “취득가격”에는 과세대상 물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다고 할 것이나, 그것이 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상 물건을 취득하기 위하여 당해 물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해 물건의 취득가격에 포함된다고 보아 취득세 과세표준으로 삼을 수 없다고 할 것(조심 2021지2321, 2022.5.26. 결정 등 다수, 같은 뜻임)이다.

 

(다) 처분청은 청구법인 등이 시공법인에게 지급한 쟁점금액을 이 건 건축물의 신축비용에 포함하여야 한다는 의견이나, 청구법인과 시공법인이 2016.2.16. 이 건 건축물 신축을 위하여 체결한 쟁점계약에서 그 계약체결 당시 약정 분양가 보다 분양가가 상승할 경우 청구법인 등과 시공법인이 공사대금과 구분하여 이익분배금으로 분배하도록 계약을 체결한 점, 청구법인이 2021.1.10. 처분청에 이 건 취득세 등을 신고할 당시에 처분청에 제출한 비용산정 내역에서 쟁점금액을 분양원가 항목이 아닌 판매관리비 항목의 “분양가상승에 따른 이익분배금”으로 기재한 사실이 확인되는 점, 제2차 변경계약(2021.1.15.)은 청구법인이 이 건 건축물을 취득(2020.11.30.)한 후 시공법인의 요청에 따라 쟁점금액이 사실상 이익분배금임에도 총 계약금액에 합산하는 것 등을 안건으로 하여 청구법인의 총회(2020.12.26.)의 승인에 따라 체결한 것이 총회안건 등의 자료에서 확인되는 점 등에 비추어 볼 때 쟁점금액은 청구법인과 시공법인의 이 건 건축물 신축을 위한 공사대금이라기 보다는 일분분양가 상승에 따른 이익분배금으로서 이 건 건축물 자체의 가격은 물론 이 건 건축물 취득을 위한 간접비용이라고도 보기 어렵다 하겠다.

 

따라서 청구법인 등이 시공법인에게 지급한 쟁점금액이 이 건 건축물의 신축비용에 포함된다고 볼 수 없으므로 처분청이 청구법인 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

 

 

감심2022-105(20230310) 지역자원시설세 /지역자원시설세 경정청구 거부처분에 관한 심사청구(2차 전력이 지역자원시설세 과세대상에 해당하는지 여부)

 

결정요지

① 2차 발전으로 전기를 생산하는 방식은 전기생산의 효율을 높이기 위하여 화력발전 기술이 발전함에 따라 개발된 것으로서 1차 발전과 마찬가지로 2차 발전도 그 터빈을 돌리는 동력의 원천이 화석연료에 있으므로 화석연료 그 자체를 연소하는 것뿐만 아니라 화석연료의 연소과정에서 발생한 물질을 이용한 것 역시 화력발전에 포함된다고 해석할 수 있고,5) 이에 따라 현행｢지방세법｣ 제143조를 적용하더라도 2차 발전은 화력발전으로 볼 수 있는 점,

② 2차 전력은 발전시설용량이 시간당 1만 kW 이상인 이 사건 화력발전소에서 화석연료인 LNG를 연소하는 과정에서 발생한 열원을 이용하여 생산되었으므로 지역자원시설세의 과세대상에 해당하는 점 등을 종합적으로 고려할 때 이 사건 거부처분은 부당하다고 할 수 없다.

 

감심2023-69(20230405) 취득세 /취득세 등 경정청구 거부처분에 관한 심사청구(증여를 원인으로 소유권이전등기를 하고 취득세 등을 신고·납부한 후 증여계약 해제에 따라 그 등기가 말소된 경우, 납부된 취득세 등을 환급해 주어야 하는지 여부)

 

결정요지

국세인 증여세와 지방세인 취득세는 관계 법령이 서로 다르고, 취득세의 경우 ｢지방세법 시행령｣ 제20조 제1항에 따라 해당 취득물건을 등기‧등록하지 않은 상태에서 화해조서, 공정증서 등 서류로 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 않도록 되어 있고, 이 사건 토지의 소유권이전등기 이후 증여계약이 해제되었으므로 명확하게 취득세 부과대상에 해당한다