쟁점①부동산은 체육시설, 야외 실험실습장 용도의 토지로서 학교용에 직접 사용하였다는 청구주장의 당부 (2) 쟁점②부동산은 학생 등을 위한 후생복지시설로서 학교용에 직접 사용하였다..

조심2021지0856(20221205) 취득세경정

(1) 쟁점①부동산은 체육시설, 야외 실험실습장 용도의 토지로서 학교용에 직접 사용하였다는 청구주장의 당부 (2) 쟁점②부동산은 학생 등을 위한 후생복지시설로서 학교용에 직접 사용하였다는 청구주장의 당부 (3) 쟁점③부동산은 창업보육센터로서 청구법인 산학협력단이 운영하는 시설이므로 창업보육센터 감면대상이라는 청구주장의 당부

결정요지

(1) 대학 강의실과 축구장 등의 사이에 위치하여 학생ㆍ교직원들의 통로로 사용하며, 학교 외에 다른 용도로 사용한 사실이 없어 보이는 점 등에 비추어, 쟁점①부동산은 청구법인이 학교용도로 직접 사용하는 토지인 것으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 쟁점①부동산에 대하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단되고, (2)·(3) 사업의 용도로 직접 사용하지 아니하고 수익사업에 사용한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단됨.

참조조문

지방세특례제한법 제41조 제1항

주문

OOO이 2020.2.12. 청구법인에게 한 OOO연구시설용 토지 OOO㎡에 대한 2017년도부터 2019년도까지의 재산세 등의 부과처분 및 2020.2.17. 청구법인에게 한 위 토지에 대한 취득세 등의 부과처분은 이를 각각 취소하는 것으로 하여 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

이유

1. 처분개요

 

가. 청구법인은 국립대학법인으로서 2013.6.11.부터 2014.7.7.까지 OOO외 2필지 토지 OOO㎡와 건축물 OOO㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후, 이 건 부동산을 「지방세특례제한법」(2013.5.10. 법률 제11762호로 개정된 것, 이하 같다) 제41조 제1항에 따른 학교가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등 OOO원을 면제받았다.

 

나. 처분청은 이 건 부동산 중, (1) OOO연구시설용 토지 OOO㎡(이하 “쟁점①부동산”이라 한다)에 대하여는 「지방세특례제한법」 제41조 제1항 제2호 및 제2항에 따른 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않거나 그 목적에 직접 사용되지 않는 것으로, (2) 같은 동 OOO건축물 중 청구법인이 OOO등 27곳에 임대한 OOO㎡와 OOO에게 위탁 임대한 학생식당 등 14곳 OOO㎡(위 27곳 OOO㎡와 같은 동 OOO건축물 내 사범대 식당 1곳 OOO㎡를 합한 OOO㎡를 말하며, 이하 “쟁점②부동산”이라 한다)와 (3) 같은 동 OOO용 건축물 중 청구법인이 주식회사 AAA 등 22곳에 임대하여 창업보육센터로 사용하는 OOO㎡(이하 “쟁점③부동산”이라 한다)에 대하여는 같은 법 제41조 제1항 제1호 및 제2항에 따른 수익사업 또는 그 목적에 직접 사용되지 않는 것으로 보아,

 

  2020.2.12. 2017년도부터 2019년도까지의 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 쟁점①~③부동산의 시가표준액에 공정시장가액비율(70%)을 적용한 금액을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제111조 등의 세율을 적용하여 산출한 2017년도부터 2019년도까지의 재산세 등 합계 OOO원을, 2020.2.17. 쟁점①~③부동산의 취득가격을 과세표준으로 하고 「지방세법」제11조 제1항 제7호의 세율(4%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(가산세를 포함하며, 위 재산세 등 OOO원과 합한 OOO원, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 각각 청구법인에게 부과ㆍ고지하였다.

 

다. 청구법인은 이에 불복하여, 2020.5.13. 이의신청을 거쳐, 2020.10.20. 심판청구를 제기하였다.

 

 

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

 

가. 청구법인 주장

 

  (1) 청구법인은 2013.1.18. 설립된 국립대학법인으로 OOO를 설치․운영하고 있으며, OOO에는 인문대학․자연과학대학․공과대학 등 10개 대학이 있고 OOO에는 사범대학과 대학본부 및 창업지원단 등의 별도의 조직이 설치․운영되고 있으며 쟁점①부동산 인근에는 청구법인인 OOO등의 기관이 소재하고 있고, 청구법인은 쟁점①부동산을 위 산․학․연 관련기관간 협력네트워크 구축을 위한 용도의 연구시설로 조성하기 위하여 취득하였으나 자금사정 등으로 건축물 신축이 지연되었고 종전 OOO이 청구법인으로 통합되면서 OOO의 실험․실습장 부지와 OOO사범대생들의 체육시설(운동장) 등 학교용지가 부족한 것을 해소하기 위하여 2017년 3월부터는 쟁점①부동산을 축구장․농구장(사범대생용) 및 무선통신 및 자율주행차량 실험․실습장(정보기술대학생용)으로 용도를 변경하여 현재까지 교지로 사용하고 있다.

 

  처분청은 현장확인을 통해 쟁점①부동산이 잡풀이 무성하고 바닥도 고르지 않는 등 관리상태가 부실하다는 의견이나, 쟁점①부동산 중 축구장은 마사토를, 농구장은 우레탄을, 자율주행차량용 실험ㆍ실습장은 아스팔트로 각각 시공하여 잡풀이 아예 성장할 수 없는 환경이며, 무선통신 실험ㆍ실습장은 전파 감지가 주 용도의 토지이므로 어느 정도 잡풀이 자란다 하더라도 사용하는데 전혀 지장이 없으며 청구법인(캠퍼스관리과)은 정기적으로 쟁점①부동산을 정비ㆍ관리하고 있는바, 쟁점①부동산 중 일부에서 잡풀이 있다는 이유만으로 청구법인이 쟁점①부동산의 관리를 방치하였다는 주장은 지나친 비약이며, 처분청이 확인한 현장확인 기간도 모두 청구법인 방학기간에 이루어져 쟁점①부동산의 현황을 정확하게 반영하였다고 보기도 어렵다 할 것이다.

 

  따라서 청구법인은 2015년부터 쟁점①부동산을 학생들의 부족한 체육시설과 야외 실험ㆍ실습장 등의 용도로 직접 사용하고 있음에도 처분청은 청구법인이 쟁점①부동산을 사실상 방치한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

 

  (2) 학교가 학생식당 등 후생복지시설을 임대하게 된 경위ㆍ장소ㆍ고객ㆍ판매품목ㆍ판매가격 및 운영실태 등을 고려할 때, 비록 임차인으로부터 임대보증금 및 임대료를 지급받았다 하더라도 학생 및 교직원들의 후생복지시설로 운영되고 있고 임대차계약에 따라 관리ㆍ감독이 엄격히 통제되고 있다면 이러한 경우는 수익사업이 아니라는 법원판결(대법원 2006.12.7. 선고 2005두10255 판결, 같은 뜻임)이 있는바,

 

  쟁점②부동산은 OOO내에 위치한 학생식당ㆍ음식점ㆍ커피점ㆍ은행ㆍ서점ㆍ복사점ㆍ안경점ㆍ사진관ㆍ핸드폰 판매점 등으로 학생 및 교직원 등이 주로 이용하는 후생복지시설로서 청구법인은 사용계약을 통해 이들 후생복지시설의 판매품목ㆍ가격ㆍ영업시간ㆍ휴업기간 등의 관리ㆍ감독권을 행사하고 있으며 이를 통해 이용요금도 외부에 비해 상대적으로 저렴하며, 그 수익도 청구법인의 재산운용수입ㆍ대여료ㆍ사용료수입 등의 세입과목으로 처리되고 있으므로 쟁점②부동산은 위 법원판례의 경우와 같이 수익사업이 아닌 학생ㆍ교직원의 편익을 위한 후생복지시설에 해당한다.

 

  또한, 쟁점②부동산을 주로 외부인들이 이용하면서 이용요금도 저렴하지 않으며, 임차인들로부터 시설관리비를 지급받았다는 처분청 의견에 대해서도 청구법인을 포함한 모든 대학이 외부인 이용에 제한이 없고 방학기간 중에 쟁점②부동산의 임차인들 매출이 유독 낮으며, 청구법인이 임차인들로부터 시설관리비를 지급받은 것이 아니라 임차인들이 사용한 공공요금을 대납하기 위해 미리 징수한 것에 불과하다는 점에서 위 처분청의 의견은 타당하지 않다.

 

 

  따라서, 청구법인은 쟁점②부동산을 학생ㆍ교직원을 위한 후생복지시설로 사용하고 있음에도 처분청은 이를 수익사업에 사용한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

 

  (3) 「지방세특례제한법」(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것, 이하 같다, 이하 “개정 「지방세특례제한법」”이라 한다) 제60조 제3항 제1호의2 규정이 개정되면서 2016년까지는 학교 등이 창업보육센터사업자의 지정을 받고 창업보육센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 한정하여 감면을 적용하였으나, 2017년부터는 산학협력단이 운영하는 창업보육센터에 대해서도 감면이 적용되도록 개정이 되었고, 행정안전부는 지방자치단체에 산학협력단은 학교의 업무 지휘ㆍ감독대상이고 창업지원 활동을 수행하고 있어 입법취지 및 목적론적 해석에 입각하여 감면 처리하여야 한다는 내용의 운영지침을 통보(행정안전부 지방세특례제도과-2741, 2016.9.27.)하였는바,

 

  청구법인은 「중소기업창업지원법」에 따라 창업보육센터사업자로 지정을 받아 쟁점③부동산을 창업보육센터로 사용하였으며 청구법인 「학칙」 제107조에 따라 설립된 OOO이 쟁점③부동산을 창업보육센터를 운영하고 있고, 처분청이 인용하는 대법원 판결(대법원 2019.1.17. 선고 2018두57803 판결)은 개정 「지방세특례제한법」 제60조가 아닌 같은 법 제41조의 적용 여부를 판단하는 것으로 그 사실관계를 오인한 것이다.

 

  따라서 쟁점③부동산을 개정 「지방세특례제한법」 제60조 제3항 제1의2 규정에 따라 OOO이 창업보육센터용으로 직접 사용되고 있으므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

 

나. 처분청 의견

 

(1) 처분청이 현지확인한 바에 의하면, 쟁점①부동산은 축구장․농구장 등 체육시설용, 무선통신․자율주행차량 야외 실험․실습용으로 구분되는 토지로서 1.5m 높이로 철조망이 설치되어 있을 뿐 내부는 축구골대 2개(그물망 없음), 농구대 2개만 있고 자율주행차량 실험․실습용 아스팔트가 깔려 있는 것 외에는 별다른 시설이 없고, 부지 가장자리 주변은 잡풀이 많이 자라고 있으며 바닥도 고르지 않는 등 외관상으로 오랜 기간 관리가 되지 않은 채 방치되고 있는 토지인 것으로 확인되고 있다. 특히, 쟁점①부동산 인근에는 도로와 주택단지가 연접해 있어 언제든지 외부인의 출입이 가능하여 쟁점①부동산의 주 이용자는 불특정 다수의 외부인이고 청구법인의 학생이 간헐적으로 사용하는 것으로 보이므로 청구법인이 쟁점①부동산을 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 학교용도로 사용하지 않은 것으로 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

 

  (2) 청구법인은 임차인들과 쟁점②부동산을 직접 임대하는 사용계약을 체결하면서 시설관리비(제세공과금) 등의 비용을 임차인들이 부담하도록 되어 있고, 외부인들이 쟁점②부동산을 자유롭게 이용하면서 이용요금도 시중가격에 비해 특별히 저렴하다고 보기 어려우므로 쟁점②부동산을 학생ㆍ교직원을 위한 후생복지시설이 아닌 수익사업에 사용되고 있는 것으로 보아 처분청이 쟁점②부동산에 대해 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

 

  (3) 「고등교육법」에 따른 학교가 창업보육센터 사업자로서 학생 등 그 구성원이 아닌 일반인을 대상으로 창업지원 활동을 하면서 창업자를 위한 시설과 장소로 그 소유 부동산을 제공하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 이를 교육사업에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다는 판결(대법원 2019.1.17. 선고 2018두57803 판결, 같은 뜻임)을 하였고, 「지방세특례제한법」 제2조 제8호에서 직접 사용이란 부동산 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 의미한다고 규정하고 있다.

 

  쟁점③부동산은 「중소기업창업 지원법」 제6조 제1항의 규정에 따라 설립된 OOO이 창업보육센터사업자로 지정을 받아 창업보육센터 입주자 선정 및 관리·지원 등의 업무를 수행하고 있다 하더로도 쟁점③부동산은 청구법인 학교 등의 구성원이 아닌 외부인을 대상으로 창업활동을 지원하고 있고, 청구법인(산학협력단)은 주식회사 AAA 등 22개 사업자에게 쟁점③부동산을 임대한 사실이 확인되므로 쟁점③부동산은 개정 「지방세특례제한법」 제60조에 따른 감면요건을 충족하지 않아 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

 

 

3. 심리 및 판단

 

가. 쟁 점

 

  (1) 쟁점①부동산은 체육시설, 야외 실험실습장 용도의 토지로서 학교용에 직접 사용하였다는 청구주장의 당부

 

  (2) 쟁점②부동산은 학생 등을 위한 후생복지시설로서 학교용에 직접 사용하였다는 청구주장의 당부

 

  (3) 쟁점③부동산은 창업보육센터로서 청구법인 산학협력단이 운영하는 시설이므로 창업보육센터 감면대상이라는 청구주장의 당부

 

나. 관련 법령 : <별지> 기재

 

다. 사실관계 및 판단

 

  (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 확인된다.

 

   (가) 법인등기부등본․학칙에 의하면, 청구법인은 국립대학법인으로서 OOO를 사업장 소재지로 하여 2013.1.18. 설립되었고, OOO로 구분되며 OOO에는 인문대학․자연과학대학․사회과학대학 등 10개 대학과 일반대학원 등 8개의 대학원, OOO(세부내역은 다음 <표1>의 기재와 같다)에는 사범대학 1개 대학과 대학본부 및 창업지원단․산학협력단․소비자생활협동조합 등을 설치․운영하고 있다.

 

<표1> 청구법인 OOO이용현황

 

   (나) 청구법인과 OOO은 2013.1.17. “OOO지원에 관한 협약”을 체결하였고, 이후 청구법인은 2013.6.11. 및 2014.1.16. OOO으로부터 쟁점②부동산(토지 OOO㎡, 건축물 OOO㎡)을 무상양여 받아 취득하였고, 2014.7.7. OOO와 대물변제 계약을 체결한 후 쟁점①ㆍ③부동산을 취득하였다.

 

   (다) 청구법인 내부자료(총무과-4631, 2017.6.27.)에 의하면, 청구법인은 쟁점①부동산을 2014.7.9.부터 2017.7.8.까지 OOO로 조성할 계획이었으나, 예산부족으로 공사일정이 지연되는 것으로 나타난다.

 

   (다) 청구법인은 쟁점①부동산을 학교용지로 사용하고 있다고 주장하며 다음의 입증자료를 제출하였다.

 

    1) 청구법인은 교육부장관의 위임을 받은 OOO에게 2015년부터 OOO학교부지 OOO㎡와 OOO학교부지 OOO㎡(쟁점①부동산 포함) 합계 OOO㎡를 교육기본용 재산으로 보고하였다.

 

    2) 청구법인 OOO사범대생 및 인근의 OOO소속 학생 현황은 다음의 <표2>와 같다.

 

<표2> 청구법인 사범대생 등 현황

(단위 :명)

 

    3) 청구법인은 OOO사범대생들의 체육시설(운동장)과 OOO정보기술대학생들의 실험ㆍ실습장 부지 부족문제를 해소하기 위하여 2014.5.27.부터 2020.3.18.까지 다음과 같이 쟁점①부동산의 용도를 체육시설(농구장, 축구장) 및 야외 실험ㆍ실습장(자율주행 및 무선통신설비 실습장)으로 조성하였고, 쟁점①부동산 주위에 1.5m 높이의 담장(도로변이 접하는 곳은 나무가 식재되어 있음)이 설치되었으며, 인근에는 청구법인 사범대 건물 등이 소재하고 있다.

 

    4) 청구법인은 OOO사범대생 등을 위해 2015년 5월 농구장(AAA 주식회사 시공)을, 2015년 9월 축구장(BBB 주식회사 시공)을 다음과 같이 조성하였다.

 

<현장사진1> 축구장 및 농구장 조성현황(사진첨부 생략)

 

   5) 청구법인과 CCC 주식회사는 2015년 8월부터 산학협력방식으로 OOO정보기술대학 정보통신공학과 학생 등의 무선통신 실험ㆍ실습장 용도로 다음과 같이 사용하였다.

 

<현장사진2> 무선통신 실험ㆍ실습장비 현황(사진첨부 생략)

 

   6) 청구법인은 쟁점①부동산을 안테나 공학 및 안테나 설계 수업을 위한 실습을 위한 무선통신 실험실습장으로 사용하기 위하여 정보기술대학 정보통신공학과에서 안테나 공학 및 설계 과목(매학기 3학점)의 강좌를 다음의 <표3>과 같이 개설하였다.

 

<표3> 무선통신 실험ㆍ실습장 야외 강좌 개설 현황

 

    7) 청구법인은 2017년부터 OOO학생들의 자율주행차량 실험ㆍ실습장으로 사용하였고,

 

    부지사용일지에 의하면, DDD 등 5명은 2021.5.27., EEE 등 7명은 2021.9.1., DDD 등 4명은 2021.6.26., DDD 등 3명은 2021.9.16., DDD 등 1명은 2021.11.4., DDD 등 4명은 2021.9.23. 쟁점①부동산 지상에서 자율주행차량의 각종 실험ㆍ실습을 한 것으로 나타난다.

 

    또한, 청구법인 소속 FFF 교수OOO가 작성한 부지사용 이력서에 의하면, 2016년 11월부터 2017년 7월까지 (1) OOO주관 제13회 자율차 경진대회용 자율주행차량 개발 및 시험 평가를 위해 주당 14시간을, (2) 국제 학술연구 논문발표를 위해 주당 3시간을, (3) 석사학위 논문 작성을 위해 주당 3시간을, (4) 학부생 실습 수업을 위해 주당 1시간의 실험ㆍ실습을 쟁점①부동산에서 수행한 것으로 나타난다.

 

<현장사진3> 자율주행차량 실험ㆍ실습 이용현황(사진첨부 생략)

 

   8) 청구법인과 OOO은 2018.2.1. OOO건축물 내 OOO㎡에 대하여 다음과 같이 사용계약을 체결하였다.

 

    9) OOO는 청구법인(종전 OOO)의 쟁점②부동산 주변에 식당이 5곳 뿐이고, 가격도 비싸 부담이 되고 있으며, 이에 청구법인은 외부업체를 추가로 입점할 계획이 있다는 등의 내용을 보도를 다음과 같이 하였다.

 

   (라) 처분청은 청구법인이 쟁점①부동산을 학교용지로 사용하고 있지 않으며, 쟁점②ㆍ③토지는 수익사업에 사용하고 있다고 주장하며 다음의 입증자료를 제출하였다.

 

    1) 처분청이 2019.7.5. 현지확인한 바에 의하면, 쟁점①부동산은 농구대 2개, 축구골대 2개, 일부 바닥에 차량운행용 표지선만 있는 것을 확인하였고, 쟁점②부동산 중 OOO에는 음식점, 커피점, 은행, 우체국 등 42개 시설이, OOO에는 식당 1개시설이 있는 것으로 확인하였으며, 쟁점③부동산의 4층 용도는 교육시실로 되어 있으나, 주식회사 AAA 등 23개 업체가 사용 중인 것을 확인하였다.

 

    2) 처분청이 2019.9.6. 현지확인한 바에 의하면, 청구법인은 쟁점①부동산의 이용현황이 축구골대 2개, 농구골대 2개가 설치되었을 뿐 별다른 시설이 없으며 외부인들이 언제든지 자유롭게 이용이 가능하며, 잡풀이 자라는 등 관리상태가 부실한 것으로 보아 장기간 방치된 것으로 보이며,

 

  쟁점②부동산에 대해 OOO등 27곳 OOO㎡은 직접 임대를, 학생식당 등 15곳 OOO㎡(OOO1곳 OOO㎡ 별도)는 OOO에게 위탁하여 임대중인 사실을 확인하였고, 쟁점③부동산인 주식회사 AAA 등 24곳 OOO㎡를 청구법인 소속 교수ㆍ학생이 아닌 외부 일반인을 대상으로 창업지원을 하고 있는 사실을 확인하였다.

 

    3) 청구법인은 임차인들에게 쟁점②부동산을 임대하는 계약을 다음과 같이 체결하였다.

 

   4) 처분청이 2019.12.23. 현지확인한 바에 의하면, 쟁점①부동산은 축구골대 2개, 농구골대 2개가 설치되어 있고 운동장 바닥은 고르지 않으며, 작은 풀이 자라고 있어 축구를 할 수 있는 라인은 없으며, 인도와 차도가 인접하고 있어 운동장은 언제든지 외부인의 출입이 가능한바, 청구법인이 쟁점①부동산을 운동장으로 관리하지 않고 방치한 사실이 확인된다.

 

<현장사진4> 쟁점①부동산 현황(사진첨부 생략)

 

   (마) 임대차계약서에 의하면, 청구법인은 아래 <표4>~<표7>과 같이 2015.1.1.부터 2022.12.31.까지 쟁점②ㆍ③부동산을 임차인들에게 임대하였고, 임차인들은 청구법인에게 쟁점②ㆍ③부동산을 사용하는 대가로 연간사용료를 지급하고 있으며, 그 외 시설관리비(제세공과금 포함) 등의 비용을 부담하는 것으로 나타난다.

 

<표4> OOO건축물 중 청구법인이 직접 임대한 쟁점②부동산 현황(27곳)

(단위 : 원, ㎡)

 

<표5> OOO건축물 중 청구법인이 OOO에게 위탁 임대한 쟁점②부동산 현황(14곳)

(단위 : 원, ㎡)

 

<표6> OOO건축물 중 청구법인이 OOO에게 위탁 임대한 쟁점②부동산 현황(1곳)

(단위 : 원, ㎡)

 

<표7> OOO건축물 중 청구법인이 임대하여 창업보육센터로 사용중인 쟁점③부동산 현황(22곳)

(단위 : 원, ㎡)

 

    (바) 청구법인은 2006.1.17. “OOO”을 다음과 같이 설립하였다.

 

   (사) 청구법인(종전 OOO)은 1999.2.27. 중소기업청장으로부터 창업보육센터사업자로 지정(명칭 : OOO소재지 : OOO면적 : OOO㎡) 받았다.

 

   (아) 청구법인 세입징수부(2017년~2019년) 등에 의하면, 청구법인은 쟁점②ㆍ③부동산을 임대하면서 발생한 임대수익금을 “교육부대 및 교육외 수입(재산운용 수입)” 또는 “교육부대 및 교육외 수입(대여료 및 사용료 수입)” 항목으로 세입처리하는 것으로 나타난다.

 

   (자) OOO은 2019.11.8., 2019.11.11. 청구법인에게 쟁점①~③부동산에 대한 세무조사 결과를 통지하였고, 청구법인은 2020.1.31. 과세전적부심사청구를 거쳐 2020.2.17. 처분청으로부터 쟁점①~③부동산의 이 건 취득세 등 합계 OOO원(세부내역은 다음의 <표8>의 기재와 같다)이 부과ㆍ고지되었다.

 

<표8> 이 건 취득세 등 부과ㆍ고지 현황

 

(단위 : 원)

 

  (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

 

  (가) 「지방세특례제한법」 제41조 제1항에서 「고등교육법」 등에 따른 학교가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하면서 단서에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하면서 그 제1호에서 수익사업에 사용하는 경우를, 그 제2호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 학교등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 등을 면제한다고 규정하면서 단서에서 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 면제하지 아니한다고 규정하고 있다.

 

  (나) 처분청은 쟁점①부동산이 전반적으로 관리상태가 부실하여 학교용도(운동장 등)로 직접 사용한 것으로 보기 어렵다는 의견이나,

 

   위 (가)에서 규정된 학교 등이 해당 사업에 직접 사용한다 함은 실제 사용용도가 학교법인이 설치 경영하는 학교의 교지·교사 등과 같이 당해 부동산의 사용용도가 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다 할 것인바, 쟁점①부동산은 청구법인 OOO내에 소재하는 부동산으로서 OOO에는 2019년도 기준 국어교육과 등 7개 학과 학생 652명이 수업하는 장소이므로 언제든지 이들 학생들의 체육시설 등의 일부로서 활용되는 장소인 것으로 보이는 점,

 

   토지 이용현황에 의하면, 쟁점①부동산은 1.5m 높이의 울타리(도로변이 접하는 부분은 나무 식재)가 설치되어 있어 외부와 구분이 되며, 청구법인은 2015년 8월에 농구장을, 2015년 9월에 축구장 및 무선통신설비 실험ㆍ실습장을, 2018년 9월에 자율주행차량 실험ㆍ실습장을 각각 조성한 사실이 확인되는 점, 학교 운동장은 학생들의 편익을 위한 체육시설로서 강의실 등 다른 시설에 비해 사용일지 등 객관적 자료를 통해 학생들이 실제로 운동장을 이용하였는 지를 일일이 판단하기가 어렵고, 대부분의 학교가 운동장 이용에 외부인 출입을 제한하지 않아 설령 외부인이 쟁점①부동산(축구장 등)을 일부 이용한다 하더라도 이를 학교용에 직접 사용하지 않았다고 단정할 수 없는 점, 그 외 자율주행차량 실험ㆍ실습장은 청구법인이 야외 교과과정(매학기 3학점)을 개설하였고, 2016년부터 2021년까지 사용실적(부지사용일지 등)이 있는 것으로 확인되며, 무선통신설비 실험ㆍ실습장의 경우도 무선통신설비 시설이 설치되어 있고, 대학 강의실과 축구장 등의 사이에 위치하여 학생ㆍ교직원들의 통로로 사용하며, 학교 외에 다른 용도로 사용한 사실이 없어 보이는 점 등에 비추어, 쟁점①부동산은 청구법인이 학교용도로 직접 사용하는 토지인 것으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 쟁점①부동산에 대하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

 

(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

 

  청구법인은 쟁점②부동산은 청구법인이 직접 임대 또는 OOO에게 위탁 임대한 부동산으로서 청구법인 관리․감독하에 쟁점②부동산을 사용하므로 비록 임대를 주었다 하더라도 이는 후생복지시설로서 직접 사용한 것으로 보아야 한다고 주장하나,

 

   「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제8호에서 규정하는 “직접 사용”의 정의에 비추어, 쟁점②부동산이 청구법인이 경영하는 사업의 용도에 직접 사용되는 것을 뜻하고, 그 범위는 국립대학법인의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 하는바, 청구법인은 2017.1.16.부터 2022.1.31.까지 유료 임대를 조건으로 하는 임대차계약을 체결하였고, 쟁점②부동산 중 식당 등은 외부인에게도 개방되어 있고 특별히 이용요금도 저렴하다고 보기 어려워 대학구성원만을 위한 후생복지시설로 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 제3자에게 위탁경영하는 쟁점②부동산을 당해 사업의 용도로 직접 사용하지 아니하고 수익사업에 사용한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

 

  (4) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살펴본다.

 

  청구법인은 2017년부터 대학 산학협력단이 창업보육센터를 운영하는 경우 감면적용이 가능하도록 지방세특례제한법령이 개정되었는바, 쟁점③부동산은 OOO산업협력단이 운영하고 있으므로 취득세 등의 감면대상이라고 주장하나,

 

  쟁점③부동산의 취득일이 2014.7.7. 이전이므로 개정 「지방세특례제한법」 제60조 제3항의 적용대상이 아니라 하겠고, 그 업무가 청구법인 학생 등의 창업지원이 아닌 외부 일반인을 대상으로 하는 창업지원인 것으로 확인되고 있는바, 이러한 경우 창업보육센터 감면대상으로 볼 수 없으며(대법원 2015.5.14. 선고, 2014두45680 판결, 같은 뜻임), 청구법인은 주식회사 GGG 등 22곳에 연간 OOO억의 임대료를 받고 있는 것으로 확인되어 학교 사업에 직접 사용한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점③부동산에 대하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

 

 

4. 결 론

 

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢지방세기본법｣ 제96조 제6항과 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

<별지> 관련 법령

 

(1) 지방세특례제한법(2013.5.10. 법률 제11762호로 개정된 것 개정된 것)

 

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "고유업무"란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.

2. "수익사업"이란 「법인세법」제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다. 다만,「고등교육법」 제4조에 따라 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업과 「사회복지사업법」에 따라 설립된 사회복지법인이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다.

8. "직접 사용"이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

 

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ① 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

② 학교등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대하여는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 면제하지 아니한다.

 

제60조(중소기업협동조합 등에 대한 과세특례) ③ 「중소기업창업 지원법」에 따른 창업보육센터에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 창업보육센터사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감한다.

 

제94조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

 

(2) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것)

 

제60조(중소기업협동조합 등에 대한 과세특례) ③ 「중소기업창업 지원법」에 따른 창업보육센터에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 창업보육센터사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를, 재산세의 100분의 50을 각각 2017년 12월 31일까지 경감한다.

1의2. 제41조 제1항에 따른 학교등이 창업보육센터사업자의 지정을 받고 창업보육센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(학교등이 취득한 부동산을 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 운영하는 경우의 부동산을 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 75를, 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 100을 각각 2017년 12월 31일까지 감면한다.

 

부 칙

 

제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

 

제4조(지방세 감면분 추징에 관한 적용례) 제22조 제1항 제1호, 제22조의2 제3항 단서, 제41조 제1항 제1호, 제43조 제1항 제1호, 제50조 제1항 제1호, 제52조 제2항 제1호, 제60조 제2항 제1호, 제72조 제1항제1호, 제89조 제1항 제1호, 제90조 제1항 제1호 및 제91조 제1호의 개정규정은 이 법 시행 전에 감면받은 지방세를 이 법 시행 후 추징하는 경우에도 적용한다.

 

(2) 지방세법(2013.3.23. 법률 제11690호로 개정된 것)

 

제20조(신고 및 납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 30일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

 

제21조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 「지방세기본법」 제53조의2부터 제53조의4까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.

 

(3) 법인세법(2013.1.1. 법률 제11607호로 개정된 것)

 

제3조(과세소득의 범위) ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

 

(4) 법인세 시행령(20136.11. 대통령령 제24575호로 개정된 것)

 

제2조(수익사업의 범위) ①「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)·조경수 식재 및 관리서비스업외의 농업

2. 사업서비스업중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)

2의2. 비영리내국법인이 외국에서 영위하는 선급검사용역에 대하여 당해 외국이 법인세를 부과하지 아니하는 경우로서 당해 외국에 본점 또는 주사무소가 있는 비영리외국법인(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우에 한한다)이 국내에서 영위하는 선급검사용역

3. 교육서비스업중 「유아교육법」에 따른 유치원, 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」에 따른 외국교육기관(정관 등에 따라 잉여금을 국외 본교로 송금할 수 있거나 실제로 송금하는 경우는 제외한다)과 「평생교육법」제31조 제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조 제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설을 경영하는 사업

 

(5) 대학설립ㆍ운영 규정

 

제5조(교지) ① 대학은 별표4의 기준면적에 따른 교지를 교육ㆍ연구 활동에 지장이 없는 적합한 장소에 확보하여야 한다. 이 경우 동일한 대학의 교지가 분리되어 있는 경우에는 각각의 교지가 교지별로 수용하는 학생정원에 따른 별표4의 기준면적을 충족하여야 하되, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 교지가 분리되지 아니한 것으로 본다.

1. 교지가 도로ㆍ하천 등으로 부득이하게 나뉘어 인접한 경우

2. 교지 경계선(분리되지 아니한 것으로 보는 교지가 있는 경우 그 교지의 경계선을 포함한다)을 기준으로 교지 간 최단거리가 2킬로미터 이하인 경우

② 제1항에 따른 교지는 대학이 교육ㆍ연구를 위하여 사용하는 모든 용지 중 다음 각 호의 용지를 제외한 것으로 한다.

1. 농장ㆍ학술림ㆍ사육장ㆍ목장ㆍ양식장ㆍ어장 및 약초원 등 실습지

1의2. 제2조 제6항 제5호에 따라 학생기숙사 등 학생 주거용 시설로 사용되는 시설ㆍ건축물의 부지

2. 제7조에 따른 수익용기본재산에 해당하는 용지

③ 제1항에 따라 교지의 기준면적을 산정하는 경우에 제2조 제6항 제1호의 토지는 교지로 본다.

④ 대학이 기존의 교지 밖에 별표 2에 따른 교사시설 중 학생기숙사 등 학생 주거용 시설을 설치하는 경우(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조 제6호 라목에 따른 학교로 도시ㆍ군계획시설결정이 된 경우만 해당한다) 해당 학생 주거용 시설의 부지는 기존의 교지(기존의 교지가 이미 분리되어 있는 경우에는 해당 학생 주거용 시설과 가장 가까운 교지를 말한다)와 분리되지 아니한 것으로 보아 제1항 후단을 적용하지 아니한다.