전환국립대학법인이 취득한 토지에 대한 학교 감면 및 추징 가능 여부에 대한 질의 회신

지방세특례제도과-2817(20241106) 취득세

전환국립대학법인이 취득한 토지에 대한 학교 감면 및 추징 가능 여부에 대한 질의 회신

관계법령

지방세특례제한법 제41조제1항

답변요지

○ 해당 국립대학법인이 컨벤션 센터, 글로벌 복합연구단지, 스포츠시설 등의 건축물을 신축하기 위하여 취득한 토지에 대한 감면 적용이 가능한지는 실제 사용관계(이용주체, 이용현황 등) 및 일반인의 접근 가능성 여부, 해당 시설의 운영과 학교법인의 교육사업과 연관성, 시설 운영으로 인한 수익의 귀속 주체 및 그 규모 등의 제반사정을 종합적으로 고려하여 과세기관인 자치단체에서 구체적인 사실관계 확인을 통해 결정할 사안임 ○ 비과세 특례 규정 시행 이후에 해당 국립대학법인이 추징사유가 발생하였고 달리 추징 당시의 법령에 따르지 아니하여야 할 사정이 없는 경우라면 그 추징여부에 관하여는 비과세 특례 규정을 적용하여야 할 것임

본문

<질의요지>

 

○ 학교가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 감면 중(지특법 §41①)

   - 국립대학법인이 컨벤션, 연수원, 글로벌복합연구단지 등으로 사용하기 위해 취득한 토지를 학교법인 감면 적용이 가능한지 여부

 

○ 국립대학법인이 취득세를 면제받고, 전환국립대학법인의 특례 규정 신설* 이후 추징 사유가 발생한 경우, 그 납세의무의 성립시기

   * 전환된 국립대학법인을 별도의 법인으로 보지 아니하고 종전의 국립학교로 간주하도록 특례 신설(지기법 §154, 2019.12.31. 신설)

 

 

<회신내용>

 

○ 「지방세특례제한법」(법률 제16865호, 2020. 1. 15., 일부개정 되기 전의 것, 이하 “지특법”이라 함) 제41조제1항에서 「고등교육법」에 따른 학교가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제 하도록 규정하고 있고,

 

   - 다만, ①해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우, ②정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우, ③해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 중 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징해야 하며,

 

   - 같은 법 제2조제8호에서 "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것으로 규정하고 있습니다.

 

○ 2019. 12. 31. 법률 제16854호로 개정된 「지방세기본법」제154조(이하 “비과세 특례 규정”이라 한다)에서는 전환 국립대학법인을 별도의 법인으로 보지 아니하고 종전의 국립학교로 간주하도록 전환 국립대학법인의 납세의무에 대한 특례를 신설하였고

 

   - 위 개정 법률 부칙 제16조(국립대학법인의 납세의무에 대한 적용례) 제2항은 위 개정 규정에 대하여 이 법 시행 이후 성립하는 납세의무부터 적용하도록 규정하였습니다.

 

○ 먼저, 국립대학법인이 교육‧연구용으로 사용하기 위하여 취득한 토지에 대해 「지특법」제41조제1항에 따른 취득세 감면이 가능한지 여부에 대하여 살펴보면,

 

   - 「지특법」제41조제1항에서 “해당 사업”에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다고 규정하고 있는바,

 

   - “해당 사업”은 「고등교육법」 제2조에서 열거하는 학교로서의 사업으로 그 범위가 제한되며, 학교를 경영하는 자가 부동산을 해당 사업에 직접 사용한다고 함은 현실적으로 해당 부동산을 학교의 교육사업 자체에 사용하는 것을 뜻하는 것(대법원 2019. 1. 17., 선고 2018두57803 판결례 참조)으로,

 

   - 학교법인의 교육사업에 직접 사용하기 위한 것인지 여부에 대하여 판단하기 위해서는 실제 사용관계(이용주체, 이용현황 등) 및 일반인의 접근 가능성 여부, 해당 시설의 운영과 학교법인의 교육사업과 연관성, 시설 운영으로 인한 수익의 귀속 주체 및 그 규모 등의 제반사정을 종합적으로 고찰해야 할 것(대법원 2009두19533, 2010.2.25. 참조)입니다.

 

○ 따라서, 해당 국립대학법인이 컨벤션 센터, 글로벌 복합연구단지, 스포츠시설 등의 건축물을 신축하기 위하여 취득한 토지에 대한 감면 적용이 가능한지는 과세기관인 자치단체에서 구체적인 사실관계 확인을 통해 결정할 사안입니다.

 

○ 다음으로 비과세 특례 규정 신설 이후 전환국립대학법인에 대한 추징 사유가 발생한 경우, 그 납세의무의 성립시기를 판단에 대해서는

 

   - 추징처분은 일단 감면요건에 해당하면 그 세액을 감면한 후에 당초의 감면취지에 합당한 사용을 하느냐에 대한 사후관리의 측면에서 규정한 것으로서 본래의 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 처분이라 할 것(대법원 1992.4.28. 선고 91누8487 판결, 대법원 2013.11.28. 선고 2011두27551 판결 등)이고,

   - 추징사유가 발생하는 경우에 대하여 추징을 위한 과세기준일은 추징 요건사실이 발생한 때라 할 것이므로 과세여부는 특별한 사정이 없는 한 과세기준일 당시의 법령에 따라야 할 것(지방세특례제도과-2713, 2019.7.11. 참조)입니다.

 

○ 따라서, 비과세 특례 규정 시행 이후에 해당 국립대학법인이 추징사유가 발생하였고 달리 추징 당시의 법령에 따르지 아니하여야 할 사정이 없는 경우라면 그 추징여부에 관하여는 비과세 특례 규정을 적용하여야 할 것입니다.

 

   - 다만, 해당 규정의 단서 부분에서 “교육ㆍ연구 활동에 지장이 없는 범위 외의 수익사업에 사용된 과세대상에 대한 납세의무에 대해서는 그러지 아니하도록 규정”하고 있으므로 이에 해당하는지 여부는 자치단체에서 최종 판단하여야 할 사안입니다.