청구법인이 신축하여 취득한 쟁점건물 등을 본점용으로 사용한 것으로 보아 취득세 중과세율을 적용한 처분의 당부

심2024지0253(20241118) 취득세취소

청구법인이 신축하여 취득한 쟁점건물 등을 본점용으로 사용한 것으로 보아 취득세 중과세율을 적용한 처분의 당부

결정요지

청구법인이 쟁점건물을 신축하여 본점으로 사용한 것으로 보기 어렵고, 이에 따라 쟁점건물을 취득세 중과세율 적용대상으로 보기 어려우므로, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨.

참조조문

지방세법 제180조의2

주문

서울특별시 종로구청장이 2023.9.18. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분을 취소한다.

이유

1. 처분개요

 

 

 

가. 청구법인은 2013.7.4. 서울특별시 종로구 OOO토지 1,197㎡(합필 전 토지로 이하 “기존A토지”라 한다) 및 지상 건물(A동 건물로 이하 “기존건물”이라 한다)을, 2015.4.27. 서울특별시 종로구 OOO 토지 760㎡(이하 “기존B토지”라 하고, 기존A토지와 합필 후 토지를 “쟁점토지”라 한다)를 취득하였고, 2019.12.30. 쟁점토지 지상에 B동 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 증축하여 취득한 후, 「지방세법」제11조 제1항 제3호 원시취득에 따른 세율(1천분의 28)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

 

 

 

나. 처분청은 청구법인이 2020.1.14. 기존건물로 본점 소재지를 이전하자, 청구법인이 쟁점건물을 기존건물과 함께 본점으로 사용하기 위하여 취득한 것으로 보아, 2023.9.18. ‘쟁점건물’과 ‘쟁점토지 중 쟁점건물 부속토지 부분’에 대하여「지방세법」제13조 제1항에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

 

 

 

다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.12.12. 심판청구를 제기하였다.

 

 

 

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

 

 

 

가. 청구법인 주장

 

 

 

(1) 청구법인은 쟁점건물을 본점용으로 사용한 사실이 없음에도, 처분청은 아무런 근거 없이 쟁점건물을 본점용으로 사용하기 위하여 취득한 것으로 보아 취득세 등을 부과하였는바, 이 건 처분은 위법하다.

 

 

 

청구법인이 신축(증축)한 쟁점건물은 기존건물의 부속건물이나 부대시설이 아니라 독립한 건물이다. 쟁점토지는 준공시 필요에 의하여 기존토지와 합필되었을 뿐, 각 건물의 등기사항증명서나 건축물대장도 독립적으로 존재한다. 건물 주소 역시 기존건물은 “OOO”이고 쟁점건물은 “평창길 183”이다.

 

 

 

청구법인은 2020.1.13. 본점 주소지를 기존건물로 이전하였을 뿐, 쟁점건물을 함께 사용하거나 쟁점건물로 이전한 것이 아니다. 이는 청구법인의 법인등기사항증명서에도 명확히 확인할 수 있다.

 

 

 

그럼에도 불구하고, 처분청은 토지 지번을 기준으로 합필된 기존토지 지번인 “OOO”으로 이전하였다고 착각하고, 쟁점건물을 본점용 건물로 사용한 것으로 판단하였다. 그러나 이는 사실이 아니다.

 

 

 

쟁점건물은 2019년 12월경 준공이 되었으나, 2년 가까이 마감공사를 하느라 입주를 하지 못하고 있었다. 이러한 사정은 처분청 담당자가 2021.4.16. 청구법인의 과세전적부심사 청구 사건 심리를 위하여 현장확인을 하였는데, 그 당시 확인한 바 있다.

 

 

 

특히, 청구법인이 기존건물에 본점 주소지를 이전한 것은 본점으로 사용할 사무실을 계속하여 임차할 수 있는지 여부가 확정되지 못한 상태에서, 형식적으로 기존건물 주소지로 본점을 이전하였을 뿐, 실제 기존건물 및 쟁점건물 모두 본점으로 사용한 사실이 없다. 청구법인은 의류 매장 몇 개를 운영하던 자그마한 회사로, 대표이사 외에 경리직원 1명, 총괄상무 1명, 실무과장 1명 등으로 운영하다가 경기가 어려워져 운영하던 매장을 모두 정리하고, 현재는 직원들도 모두 내보내고 대표자만 남아 있는 상황이다. 실무과장은 2019.7.1.에 퇴사를 하고, 총괄상무와 경리직원은 2022.3.31.경 퇴사를 하였다. 이와 같이 사업이 축소되는 과정에서 2019.11.1. 실질적인 본점을 2019.11.1. 하남시 건물로 이전하였으나, 위 하남시 건물을 임대인과 정식 임차인이 입주하면 바로 비워주는 조건으로 3개월씩 연장하는 형식으로 임차하는 과정에서 형식적으로 본점 주소지를 기존건물로 등록한 것이다.

 

 

 

또한, 쟁점건물은 2022년경이 되어서야 마무리 공사가 진행되었는데, 청구법인은 2022.9.23. 쟁점건물은 ㈜OOO와 보증금 OOO원, 월차임 OOO원, 임대차기간 2022.10.1.부터 2024.9.30.로 하는 임대차 계약을 체결하고 임대하였다.

 

 

 

결국, 청구법인이 쟁점건물을 본점용 건물로 사용한 것으로 단정하고 한 이 건 처분은 위법하다.

 

 

 

나. 처분청 의견

 

 

 

청구법인은 쟁점건물을 본점용으로 사용하였을 개연성이 충분히 인정되는바 이 건 처분은 정당하다.

 

 

 

청구법인은 기존건물과 쟁점건물이 행정동 주소지가 엄격히 다르고, 기존건물을 본점 소재지로 등록하였을 뿐, 쟁점건물을 본점으로 사용한 사실이 없으므로, 이 건 처분이 위법하다고 주장하나, 쟁점건물은 기존건물과 동일한 지번의 토지 지상에 위치하고 있으면서 울타리 등으로 구획되지 아니하고 자유로이 통행이 가능한 상태이므로, 청구법인은 기존건물과 더불어 쟁점건물을 본점으로 사용하였을 개연성이 충분히 인정된다 할 것인바, 청구법인이 쟁점건물을 본점으로 사용한 것으로 보아 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 정당하다.

 

 

 

 

 

3. 심리 및 판단

 

 

 

가. 쟁점

 

 

 

청구법인이 신축하여 취득한 쟁점건물 등을 본점용으로 사용한 것으로 보아 취득세 중과세율을 적용한 처분의 당부

 

 

 

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

 

 

 

다. 사실관계 및 판단

 

 

 

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

 

 

 

(가) 청구법인은 1982.10.6. 토목 공사업, 건설업 등을 목적사업으로 하여 기존A토지 위의 기존건물을 본점 소재지로 하여 설립되었다.

 

 

 

(나) 청구법인은 2013.7.4. 기존A토지 및 기존건물을 취득하였고, 2015.4.27. 기존B토지를 취득하였다.

 

 

 

(다) 청구법인은 2019.10.15. 쟁점건물 증축 과정에서 인접지 경사도 등의 문제로 기존A토지와 기존B토지를 합필하였다.

 

 

 

(라) 청구법인은 2019.12.30. 쟁점토지 지상에 쟁점건물을 증축(기존건물과 별개로 새로운 건물을 신축한 것이나, 같은 필지에 신축하여 건축물대장상 증축으로 기재되어 있음)하고, OOO원을 과세표준으로 하고 원시취득 표준세율(2.8%)를 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

 

 

 

(마) 쟁점건물은 기존건물과 별개로 등기사항증명서 등이 작성되었다.

 

 

 

(바) 청구법인 등기사항증명서에 의하면, 청구법인은 아래 ＜표＞와 같이 본점 소재지를 이전한 것으로 나타나며, 쟁점건물을 본점 소재지로 등기한 사실은 확인되지 아니한다.

 

 

 

＜표＞ 청구법인 본점 소재지 이전 내역

 

 

 

◯◯◯

 

 

 

(사) 청구법인이 제출한 과세전적부심사청구 결정서에 의하면, 처분청은 2021.4.16. 쟁점건물에 대한 현장 출장 조사를 하였고, “쟁점건물은 마감공사가 진행중이었고, 기존건물과 쟁점건물 모두 사업장으로 볼 수 있는 공간이 없다”는 취지로 출장보고를 한 것으로 나타난다.

 

 

 

(아) 처분청이 2021.4.16. 쟁점건물 및 쟁점토지 현장확인하여 촬영한 사진에 의하면, 쟁점건물은 내부가 공사중인 것으로 확인되고, 사업장으로 사용할 수 있는 별도의 공간은 확인되지 아니한 것으로 나타난다.

 

 

 

(자) 청구법인은 쟁점건물 내부공사를 완료한 이후, 2022.9.23. 쟁점건물을 ㈜OOO에 임대하였다고 주장하며, 부동산 임대차계약서를 증빙으로 제시하였는데, 위 계약서에 따르면 청구법인은 쟁점건물을 ㈜OOO에게 2022.10.1.∼2024.9.30.까지 보증금 OOO원, 차임 OOO원에 임대하기로 한 것으로 나타난다.

 

 

 

(차) 청구법인이 2019.11.1.부터 실제 본점으로 사용하였다고 주장하며 제출한 임대차계약서에 의하면, 청구법인은 경기도 하남시 OOO 건물을 보증금 OOO원, 월 차임 OOO원에, 임대기간은 2019.11.1.부터 2020.1.30.(3개월)로 하되, 1개월 전에 연장여부를 임대인에게 의사표시하고, 표시 없는 경우 임대차계약이 종료되는 조건으로 계약을 체결한 것으로 나타난다.

 

 

 

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 기존건물과 쟁점건물이 한 필지에 위치하고 있고, 기존건물과 쟁점건물은 쉽게 왕래가 가능한 구조이므로, 쟁점건물 역시 본점으로 사용하였을 개연성을 배제할 수 없다 할 것인바, 쟁점건물을 본점용으로 사용한 것으로 보아 취득세 중과세율을 적용한 이 건 처분이 정당하다는 의견이다.

 

 

 

그러나, 과세요건사실의 존재에 관하여는 과세관청인 처분청이 입증책임을 부담한다고 할 것(대법원 2002.11.13. 선고 2002두6392 판결 등 다수)인데, 이 건에서 처분청은 과세요건사실인 청구법인이 쟁점건물을 본점용으로 사용하였다는 사실에 대한 직접적인 증거는 제출한 바 없고, 그나마 제출한 간접증거로는 기존건물을 본점으로 등록한 등기사항증명서와 쟁점건물과 기존건물이 연접한 현황 등이 있으나, 이러한 증거만으로는 과세요건사실이 추단되거나 입증되었다고 보기는 어렵다.

 

 

 

오히려, 처분청이 2021.4.16. 쟁점건물 현장에서 찍은 내부 사진에 의하면 쟁점건물은 그 당시 내부공사중으로, 사업장으로 사용할 수 있는 공간이 별도로 존재하지 않았던 사실이 확인될 뿐만 아니라, 청구법인이 기존건물이나 쟁점건물과 별도로 오피스텔을 임차한 사실 등에 비추어보면 청구법인이 쟁점건물을 본점으로 사용하였다는 사실을 인정하기는 어렵다 할 것이다.

 

 

 

따라서, 청구법인이 쟁점건물을 신축하여 본점으로 사용한 것으로 보기 어렵고, 이에 따라 쟁점건물을 취득세 중과세율 적용대상으로 보기 어려우므로, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

 

 

 

 

 

4. 결 론

 

 

 

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

 

 

 

 

 

＜별지＞ 관련 법령

 

 

 

(1) 지방세법(2021.12.28. 법률 제18655호로 개정되기 전의 것)

 

 

 

제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

 

19. “중과기준세율”이란 제11조 및 제12조에 따른 세율에 가감하거나 제15조 제2항에 따른 세율의 특례 적용기준이 되는 세율로서 1천분의 20을 말한다.

 

 

 

제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

 

3. 원시취득 : 1천분의 28

 

 

 

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하기 위하여 신축하거나 증축하는 건축물을 포함한다)과 그 부속토지를 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

 

 

 

제16조(세율 적용) ① 토지나 건축물을 취득한 후 5년 이내에 해당 토지나 건축물이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우에는 해당 각 호에서 인용한 조항에 규정된 세율을 적용하여 취득세를 추징한다.

 

1. 제13조 제1항에 따른 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)

 

 

 

(2) 지방세법 시행령

 

 

 

제25조(본점 또는 주사무소의 사업용 부동산) 법 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.

 

 

 

(3) 수도권정비계획법

 

 

 

제6조(권역의 구분과 지정) ① 수도권의 인구와 산업을 적정하게 배치하기 위하여 수도권을 다음과 같이 구분한다.

 

1. 과밀억제권역 : 인구와 산업이 지나치게 집중되었거나 집중될 우려가 있어 이전하거나 정비할 필요가 있는 지역

 

② 과밀억제권역, 성장관리권역 및 자연보전권역의 범위는 대통령령으로 정한다.