법인등기부상 수도권 외 지역에 본점을 둔 청구법인의 사실상의 본점이 수도권 내 지역에 있는 것으로 보아 취득세를 중과세한 처분의 당부

조심2024지1019(20241210) 취득세취소

법인등기부상 수도권 외 지역에 본점을 둔 청구법인의 사실상의 본점이 수도권 내 지역에 있는 것으로 보아 취득세를 중과세한 처분의 당부

결정요지

경기도 고양시장(OOO)이 2024.2.6. 청구법인들에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원 및 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

참조조문

지방세법 제13조

참조결정

조심2015지1560 / 조심2017지0427

주문

경기도 고양시장(OOO)이 2024.2.6. 청구법인들에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원 및 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

이유

1. 처분개요

 

  

 

가. 청구법인 주식회사 AAA개발(이하 “제1청구법인”이라 한다)은 2019.11.11. 경기도 고양시 OOO 토지3,203.9㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 매매로 취득하고, 2019.11.19. 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고납부하였다.

 

 

 

나. BBB 주식회사(제1청구법인의 수탁회사, 이하 “제2청구법인”이라 하고, 제1청구법인과 함께 “청구법인들”이라 한다)는 2022.9.26. 이 건 토지상에 건축물 54,145.863㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 함께 “이 건 부동산”이라 한다)를 신축취득하고, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 「지방세법」제11조 제1항 제3호의 세율(1천분의 28)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고납부하였다.

 

 

 

다. 처분청은 경기도와 합동으로 세무조사(2023.9.25.∼2023.10.4.)를 실시하여 청구법인들이 이 건 부동산을 취득할 당시 제1청구법인의 사실상의 본점이 법인등기부상에 기재된 경기도 화성시 OOO(이하 “화성사무소”라 한다)가 아닌 서울특별시 강남구 OOO(이하 “서울사무소①”라 한다) 및 서울특별시 강남구 OOO(이하 “서울사무소②”라 하고, 서울사무소①과 함께 “서울사무소”라 한다)으로 보고, 이 건 부동산이 「지방세법」제13조 제2항 본문 및 제1호에서 취득세 중과세 대상으로 규정하고 있는 대도시 내 법인설립에 따라 대도시의 부동산을 취득하는 경우에 해당하는 것으로 보아 동 조항의 취득세 중과세율(이 건 토지 : 1천분의 80, 이 건 건축물 : 1천분의 68)을 적용하여 산출한 세액에서 기 신고납부한 세액을 차감한 취득세 등(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 2024.2.6. 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인들에게 부과고지하였다.

 

 

 

＜표1＞ 취득세 부과내역

 

(단위 : 원)

◯◯◯

 

 

 

※「지방세법」제13조 제2항 본문에서 「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 중과세대상에 포함하고 있으므로 수탁자인 제2청구법인이 취득한 이 건 건축물에 대하여도 취득세를 중과세함

 

 

 

라. 청구법인들은 이에 불복하여 2024.4.25. 심판청구를 제기하였다.

 

 

 

 

2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견

 

 

 

가. 청구법인들 주장

 

 

 

(1) 신탁회사인 제2청구법인의 위탁자인 제1청구법인은 부동산개발업 및 주택건설사업 등의 시행사로서 OOO 오피스텔 개발사업(이하 “이 건 개발사업”이라 한다) 자금관리, 공사관리 및 분양관리 등의 업무를 직접 수행하지 않고 모두 시공사 등 외부협력회사에 위탁하였고, 이 건 개발사업 시행 초기업무인 사업성평가(가설계용역, 건축물신축가치 평가 및 세금자문 등), 시공사선정 및 인허가(시공사 선정, 건축관련 인허가 및 설계, 교통영향평가 및 지하안전영향평가 용역 등), PF계약 및 신탁계약 등은 제1청구법인의 대표이사 OOO(이하 “제1청구법인 대표이사”라 한다)가 외부협력회사 등과의 업무계약을 체결하여 외부협력회사들이 수행토록 하고 제1청구법인 대표이사는 외부 협력회사선정 및 관리 등의 업무만를 수행하였기 때문에 제조업이나 도소매업을 영위하는 법인들과 달리 고정된 물적시설 및 상주하는 인적시설이 필요치 아니하여 업무공간, 무선인터넷 등의 인프라를 갖춰 대표이사나 소수의 실무자가 업무를 수행할 수 있는 공유오피스인 화성사무소에서 업무수행이 가능하였던 것인바, 화성사무소는 제1청구법인 대표이사(인적설비)가 임대차계약을 체결한 사업장에서 책상, 의자 컴퓨터 등(물적설비)을 갖추고 중추적인 의사결정이 이루어진 곳이므로 제1청구법인의 본점에 해당한다.

 

 

 

(2) 대법원판례(대법원 1990.2.13. 선고 89누2851 판결 등) 및 조세심판원 선결정(조심 2017지427, 2017.9.28.)에서는 일관되게 과세요건 사실에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세권자에 있다고 결정하고 있는바, 만약, 처분청이 제1청구법인의 화성사무소를 본점으로 부인하고 대도시내에 본점이 소재한 것으로 보기 위해서는 구체적으로 대도시내 본점소재지가 어디인지를 특정하고 그 이유와 근거를 제시하여야 하는데 이 건의 경우 처분청이 제1청구법인의 화성사무소를 본점으로 보기 어렵다는 점 만을 지적할 뿐 어느 곳이 제1청구법인의 대도시내 본점인지를 특정하고 그 이유와 근거를 제시하여 입증한 사실이 없으므로 이 건 취득세 등의 과세처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

 

  

 

나. 처분청 의견

 

 

 

대도시내 법인설립 등에 해당하는지 여부는 법인등기부상의 기재와 관계없이 실질적으로 본점 등의 역할을 수행하는 곳을 기준으로 하여 판단하여야 할 것(서울고등법원 2017.09.20. 선고 2017누33246 판결 참조)으로 본점이란 대표이사 등 임직원이 상주하면서 기획ㆍ재무ㆍ총무 등 법인의 전반적인 사업을 수행하고 있는 곳인 영리법인의 주된 사무소를 의미하고, 주된 사무소는 본점 등기가 아니라 법인의 중추적인 의사결정 등 주된 기능을 수행하는 장소를 의미하는 것(조심 2015지1560, 2016.6.21. 같은 뜻임)인데, 제1청구법인의 법인등기부 상의 본점인 화성사무소의 전기사용량이 제1청구법인의 설립일(2019.5.2.)부터 이 건 토지 취득일(2019.11.11.) 및 이 건 건축물 취득일(2022.9.26.)까지 기본사용량인 3∼4kwh에 불과하고, 제1청구법인의 복리후생비 대부분인 78.1%가 서울특별시에서 사용된데 반해 화성시에서는 0.2%가 사용된 점, 제1청구법인의 계약서, 법인지방소득세 과세표준 세액신고서, 감사보고서 등의 연락처에 서울특별시 지역번호(02)가 표기되어 있고, 제1청구법인의 대표이사 OOO의 차량이 서울사무소 인근에 월주차 등록된 점, 화성사무소에 매일 출근하여 상주하였다는 직원(OOO)은 제1청구법인의 근로자로 2023년 입사한 것으로 확인되고 광역버스로 매일 출근하였다고 주장하나 그에 대한 증빙을 하지 못한 점, 제1청구법인의 정관, 주주명부, 전표 등 주요 실물서류들을 화성사무소에 보관하고 있다고 진술하였으나 화성사무소는 공유오피스로서 1개의 책상과 의자만을 사용할 수 있는 형태로 그 서류를 보관할 장소가 불분명하고 화성사무소 임대인 또한 내부에는 서류 등을 보관할 만한 캐비넷은 존재하지 않았다고 진술하고 있는 점 등에 비추어 화성사무소에서 제1청구법인의 임직원들이 상주하면서 법인의 전반적인 사업을 수행하였다고 보기 어려우므로 제1청구법인이 화성사무소가 아닌 서울사무소를 주된 사무실로 사용한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 잘못이 없다 할 것이다.

 

 

 

 

3. 심리 및 판단

 

 

 

가. 쟁점

 

 

 

법인등기부상 수도권 외 지역에 본점을 둔 청구법인의 사실상의 본점이 수도권 내 지역에 있는 것으로 보아 취득세를 중과세한 처분의 당부

 

 

 

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

 

 

 

다. 사실관계 및 판단

 

 

 

(1) 청구법인들과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

 

 

 

(가) 제1청구법인은 2019.5.2. 부동산개발업 및 주택건설사업, 부동산 분양업 등을 목적사업으로, 화성사무소를 본점소재지로 하여 설립되었고, 2022.11.1. 본점소재지를 경기도 화성시 OOO로 변경하였다.

 

 

 

(나) 제1청구법인은 2019.11.7. OOO(이하 “화성사무소임대인”이라 한다)과 화성사무소에 대한 임대차계약(월임대료 : OOO원, 임대차기간 : 2019.11.8.∼2020.11.7.)을 체결하였다.

 

 

 

(다) 제1청구법인은 2019.11.11. 이 건 토지를 취득하였고, 제2청구법인은 2022.9.2. 이 건 토지 상에 이 건 건축물의 사용승인을 받았다.

 

 

 

(라) 제1청구법인이 2019.11.18. OOO와 체결한 관리형 토지신탁계약서에는 주소가 서울시 강남구 OOO으로, 전화번호가 OOO으로 기재되어 있고, 2020 감사보고서에는 본점이 화성사무소로, 전화번호는 OOO으로 기재되어 있으며, 2019∼2021 사업연도 법인지방소득세 과세표준신고서에 기재된 소재지 및 전화번호는 아래와 같다.

 

◯◯◯

 

 

 

(마) 지방세 세무조사 결과통보OOO에 따르면, 2019∼2022년 화성사무소의 전기사용량 및 제1청구법인의 복리후생비 지출내역은 아래와 같다.

 

[전기사용량(2019∼2022년)]

(단위 : kwh)

 

 

[복리후생비 지출내역]

 

◯◯◯

 

 

 

(바) 제1청구법인 대표이사의 업무용차량OOO의 법인세 신고서에 따르면, OOO아파트 및 OOO 지점에 2021.12.19.∼2022.9.17.까지 월주차요금을 납부한 것으로 나타난다.

 

 

 

(사) 제1청구법인의 2020년∼2022년 근로소득 지급내역에 따르면 2020년 2월부터 2022년 9월까지 기간 중 월별 1∼5명에게 근로소득이 지급된 것으로 나타난다.

 

 

 

(아) 경기도 OOO 직원 출장결과보고서에 따르면, 청구법인 대표이사와 OOO, 회계사 OOO은 다음과 같이 진술(일부발췌)하였다.

 

◯◯◯

 

 

(자) 경기도 OOO 직원 출장결과보고서OOO에 따르면, 처분청은 2023.10.11. 다음과 같이 출장복명(일부발췌)하였다.

 

◯◯◯

 

 

 

(차) 청구법인들은 화성사무소를 본점으로 사용하였다는 증빙으로 화성사무소 임대인OOO 확인서(2023.12.28.), 토지용역계약서(2018.12.30.), 교통영향평가용역계약서(2019.4.), 지하안전영향평가용역계약서(2019.4.), 설계용역계약서(2019.5.), 사업타당성평가용역계약서(2019.8.), 오피스텔도급공사계약서(2019.10.), 대출약정서(2019.11.18.), 법률자문계약서(2019.11.18.) 및 관리형토지신탁계약서(2019.11.18.)를 제출하였고, 동 계약(약정)서에는 제1청구법인의 주소지가 화성사무소(전화번호 미기재)로 기재되어 있고, 관리형토지신탁계약서의 통지처에는 서울사무소①(전화번호 OOO)로 기재되어 있다.

 

 

 

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다.

 

 

 

「지방세법」제13조 제2항 본문에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다고 규정하면서, 그 제1호에서 대도시에서 법인을 설립하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우를 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제27조 제3항에서 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점·분사무소 설치 및 법인의 본점·주사무소·지점·분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정자치부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 항에서 "사무소등"이라 한다)이 그 설립·설치·전입 이전에 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다고 규정하고 있다.

 

 

 

위의 규정에서 “법인의 본점”이라 함은 인적․물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소 중 기획, 재무, 총무 등 법인의 중추적인 기능을 하는 주된 사무소를 의미한다 할 것이고, “법인의 본점을 대도시 내로 전입”한다 함은 대도시 외에 소재한 본점의 인적․물적설비를 대도시 내로 이전하거나, 대도시 내에 새로운 인적․물적설비를 설치하고 그 장소에서 법인의 중추적인 기능을 수행하는 것을 의미한다 할 것이며, 여기에는 본점의 전입등기는 이루어지지 아니하였지만 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로 본점을 전입한 것도 포함된다 할 것(대법원 2006.6.15. 선고 2006두2503 판결, 같은 뜻임)이다.

 

 

 

또한, 대도시 외의 지역에서 설립된 법인이 등기부상 본점 전입등기는 하지 아니한 채 사실상 본점을 대도시 내로 전입한 것으로 보아 중과세율을 적용하기 위해서는 일반적으로 세금부과처분의 취소소송에서 과세요건사실에 관한 입증책임이 과세권자에게 있으므로 그 법인이 인적․물적설비를 갖춘 본점을 대도시 내에서 설립하였다는 사실도 과세관청이 입증해야 할 것(대법원 2004.4.27. 선고 2003두14284 판결, 같은 뜻임)이다.

 

 

 

처분청은 제1청구법인의 사실상의 본점을 서울사무소로 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다는 의견이나,

 

 

 

처분청은 이 건 부동산 취득 당시 제1청구법인이 서울사무소에서 인적․물적설비를 갖추고 사업을 하였다는 사실에 대하여는 아무런 입증을 하지 못한 채 화성사무소가 공유오피스라는 사실, 일부계약서 등에 연락처가 서울지역번호의 전화번호가 기재된 사실, 복리후생비가 주로 서울특별시에서 주로 사용된 사실 및 대표이사가 서울특별시 지역에 월주차한 사실 등에만 착안하여 서울사무소를 제1청구법인의 사실상의 본점으로 본 점,

 

 

 

납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위해서는 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고 과세관청은 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것(대법원 2009.4.9. 선고 2007두26629 판결, 같은 뜻임)인바, 부동산개발업 등의 특성상 사업시행자인 제1청구법인이 사업초기에 화성오피스와 같은 공유사무실을 본점으로 하여 설립되고 대표이사가 이를 간헐적으로 이용하였다 하여 이를 본점이 아니라고 단정하기도 어려운 점 등에 비추어 처분청이 서울사무소를 제1청구법인의 본점으로 보아 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

 

 

 

 

4. 결 론

 

 

 

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

 

 

 

 

 

 

＜별지＞ 관련 법령

 

 

 

(1) 지방세법

 

 

 

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조제1항제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2제1항제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

 

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

 

 

 

(2) 지방세법 시행령

 

제26조(대도시 법인 중과세의 예외) ① 법 제13조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

 

3. 「해외건설촉진법」에 따라 신고된 해외건설업(해당 연도에 해외건설 실적이 있는 경우로서 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산만 해당한다) 및 「주택법」 제4조에 따라 국토교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 부동산만 해당한다)

 

 

 

제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ③ 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 조에서 "사무소등"이라 한다)이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다.